Chương trình tiêu diệt đạo Công Giáo của Minh Mệnh tiến sang giai đoạn hai, tức là xử tử các đạo trưởng và các tín đồ cố chấp. Trong sắc lệnh cấm đạo có nhắc tới hai vụ án xử người Công Giáo đã xảy ra tại Mông Phụ, thuộc xứ Ðoài Bắc Việt năm 1830 và tại Dương Sơn năm 1832, có thể gọi đó như là bước đường dẫn đến lệnh cấm đạo. Nhưng trên thực tế, Minh Mệnh phải chờ sau khi Lê Văn Duyệt chết tháng 8-1832 mới dám hạ lệnh.
Năm 1829, có một người đến làng Mông Phụ (Sơn Tây) nói rằng theo lệnh quan đến tịch thu các đồ đạo. Giáo dân thấy ông ta chỉ là người thông tin không có tước hiệu gì nên từ chối. Thế là các giáo dân bị đem ra tòa. Các quan là người ghét đạo, ra án cho các giáo dân bị bắt phải lưu đầy vĩnh viễn. Tuy nhiên bản án trên không được Minh Mệnh chấp thuận, ba giáo dân bị giam giữ hơn một năm. Ngày 14-10-1830 vua truyền lệnh như sau: “Nhà thờ Mông Phụ phải rỡ và đem các đồ vật về tỉnh làm nhà kho, ba giáo dân bị kết án phải đánh 100 roi, đeo gông và phơi nắng một tháng, sau đó phải phát lưu”. Một người đã chết trong khi thọ hình 100 roi và phơi nắng. Sau đó bản án được sao lại gửi cho các quan tỉnh khác làm gương theo đó để xử các vụ người Công Giáo.
Sự kiện này nói lên ý định của Minh Mệnh và mở đường cho các quan và các làng bên lương xách nhiễu làm tiền người Công Giáo. Một số đông bị đánh đập, đeo gông, và giam tù. Nhờ tiền đút lót, các quan vui lòng trả tự do. Tại Nghệ An, quan trấn là một người rất liêm khiết và hâm mộ đạo Công Giáo, nên tình trạng xách nhiễu người Công Giáo không xảy ra. Tại Thanh Hóa Nội, Cha Toán đang làm lễ Phục Sinh thì quan đến bao vây và đòi 15 lạng bạc mới để mọi người ra về tự do, sau cùng quan bằng lòng với hai lạng. Tại Hà Nội, Cha Duyệt ở Sơn Miêng đang cử hành lễ nghi Thứ Sáu Tuần Thánh thì quan phủ đem lính đến vây, có một tên lính tuốt gươm dí vào cổ người nhưng người vẫn điềm nhiên cử hành lễ nghi. Sau đó quan cho dân về, giữ hai cha lại. Một cha đã hỏi quan lệnh vua ở đâu? Quan sợ rằng có lệnh khác của vua đổi thái độ với người Công Giáo nên chỉ ra lệnh kiểm kê các đồ đạo rồi rút lui. Tại Nam Ðịnh, quan trấn là người đã ra án lệnh xử ba giáo dân Mông Phụ và là bạn thân của Minh Mệnh. Ông tuyên bố là vua sai ông đến sửa đổi tư tưởng dân chúng và loại trừ các lạm dụng tôn giáo của các linh mục. Nhưng Chúa quan phòng đã để ông bị bạo bệnh chết đầu năm 1832. Khi ông chết rồi vua đổi thái độ không cho tổ chức rước xác ông về kinh đô.
Khoảng tháng 9 hoặc tháng 10 năm 1830, dân làng Cổ Lão bên cạnh làng Dương Sơn đến nằm vạ ở huyện để xin phân xử lấy cho được đất của Dương Sơn. Cha Jaccard ở Dương Sơn đã thu xếp với quan huyện để bênh người Công Giáo khỏi bị chiếm đất. Dân chúng được Minh Mệnh khuyến khích đưa nội vụ lên phủ đường tại kinh đô, và kiện Dương Sơn là làng Công Giáo, đó là lý do chắc chắn họ sẽ thắng kiện. Ba quan lớn xử một bản án rất nặng bắt mọi người trong làng Dương Sơn đi lưu đầy. Minh Mệnh không ưng bản án quá nặng và tập thể. Quan ra lệnh bắt 73 người Công Giáo Dương Sơn giam tù, đánh đập và đeo gông. Ba quan lớn tỉnh Thừa Thiên đã xét xử nội vụ và đã nghe lời dân làng Cổ Lão, buộc tội dân làng Dương Sơn theo đạo Gia Tô, và tội đã kéo đông người đến đánh dân làng Cổ Lão. Ba quan làm lại một kiến nghị mới lên vua: “Chúng hạ thần là Cẩn, Thông và Phan, quan án tòa hình xin đệ trình lên vua bản xét xử mới để làm sáng tỏ và sửa đổi án cũ về cuộc tranh chấp giữa hai làng Dương Sơn và Cổ Lão. Chúng hạ thần sấp mình xin hoàng thượng duyệt xét. Chúng hạ thần đã xem xét bản án do ba quan tỉnh, xử toàn thể làng Dương Sơn, gồm 73 người đàn ông và đàn bà đã công khai thực hành đạo Gia Tô và hai người là trùm trưởng đạo này tên là Khoa và Tài. Theo luật nước thì hai ông trùm trưởng bị kết án xử giảo hoặc phát lưu, còn 71 người trong đó có ông đội Ðạo, trong đội coi voi hiện đang ở Bắc Việt, phải ra lệnh cho quan sở tại tra hỏi, còn lại 70 người thì theo như án hoàng thượng đã xử tên Quyên, tức là đàn ông phải phục dịch như lính, đàn bà phải làm nô lệ. Tuy nhiên chiếu theo một điều luật qui định rằng nếu tội nhân nào cải đổi và bỏ tà đạo này bằng cách chà đạp thánh giá thì có thể tha thứ lỗi lầm, nhưng nếu sau này người nào cố chấp bất trị vẫn còn theo đạo này thì phải áp dụng hình phạt nghiêm ngặt nhất mà không cần phải thương xót. Chúng hạ thần chưa tra hỏi xem các phạm nhân có muốn bỏ đạo và đạp ảnh thánh giá không. Ngay khi chúng hạ thần biết được ý của hoàng thượng, chúng hạ thần sẽ thi hành theo. Tội của các phạm nhân rất rõ ràng không cần minh chứng, và luật pháp cũng hiển nhiên như đã nói ở trên. Ba quan tỉnh có bổn phận xét xử nội vụ đã không áp dụng đúng mức nghiêm khắc của lề luật, nhưng nội vụ đã được xét lại, bổ khuyết cho lỗi lầm ấy. Hơn nữa ba quan tỉnh xét xử vội vàng, đã thay đổi loại hình phạt áp dụng cho phạm nhân, phạm thêm một lỗi lầm khác. Làm sao xét xử khi còn 23 người chưa được tra khảo? Ngoài ra còn một tội nhân tên Sơn, là một sĩ quan trong đội quân thứ tư thuộc đệ nhị hữu đạo quân cũng chưa được xét xử. Viên sĩ quan này phải giáng xuống làm lính thường. Nếu không áp dụng luật pháp nghiêm khắc thì không làm sao giữ dân chúng có ý nghĩ và tòng phục như nhau. Vì những lẽ nêu trên, chúng hạ thần xử khác với ba quan tỉnh để các vị xem lại và thi hành luật pháp theo đúng tinh thần và sự đòi buộc phải có. Nếu chúng hạ thần táo bạo trình lên hoàng thượng một kiến nghị như thế này là vì chúng hạ thần xác tín rằng kiến nghị được dựa trên những lý lẽ vững chắc. Cúi đầu xin hoàng thượng chỉ dụ. Minh Mệnh năm thứ 12, ngày 2 tuần trăng thứ 12 (4-1-1832)”. Vua Minh Mệnh đã phê: “Chuẩn y tấu”.
Trước những hậu quả có thể xảy ra sau vụ xử án này, Ðức Cha Taberd đã cầu cứu với lão tướng Lê Văn Duyệt, nhưng ông này cho biết không thể vận động gì được khi chính vua chưa công bố.
Vụ án Dương Sơn được xử lần thứ ba có liên quan tới cả Cha Jaccard và nhà thờ. Bản án như sau: Người trùm trưởng phải xử giảo nhưng chưa ấn định ngày hành quyết, người thứ hai phải lưu đầy ra Bắc trong khoảng giữa Xứ Nghệ và Lào, 7 người lính phải tạp dịch ở Quảng Ngãi, 6 người khác tạp dịch tại Thanh Hóa sau khi đã thọ hình 100 roi, đeo gông và phơi nắng hai tháng. Những người đàn ông khác sau khi bị đánh 100 roi và phơi nắng hai tháng sẽ được thả tự do. Các bà không phải phơi nắng nhưng vẫn bị đánh đòn. Nhà thờ và học viện của cha Jaccard bị tịch thu. Riêng Cha Jaccard bị các quan xử cùng một hình phạt như hai trùm trưởng, nhưng hoàng thượng khoan hồng giáng xuống làm lính, với lý do cha không phải là một người mọi rợ, không làm gì trái với luật pháp, nhưng chỉ đến nước này kiếm kế sinh nhai và lừa dối dân chúng theo tà đạo.
Suốt trong thời gian bị giam tù và tra tấn, các tín hữu đã tỏ ra can đảm khiến nhiều lần chính nhà vua cũng phải thán phục, nói rằng người Công Giáo không phạm tội nào khác, chỉ có một điều không thể tha thứ được là ngay cả một người đàn bà già lão dám coi thường quyền bính của vua mà nghe lời một người Âu Châu. Các người Công Giáo Dương Sơn bị kết án trên đã phải chịu sức nóng gay gắt của tháng 7 và 8 với gông nặng trên cổ thật anh hùng. Khoảng 15 ngày sau vụ án, Cha Jaccard phải về Huế làm việc như một tên lính đặc biệt của triều đình, lo dịch các sách báo văn thơ.
Sau vụ Dương Sơn, các lương dân biết rõ ý vua ghét đạo, nên bắt người Công Giáo đóng tiền vào các việc cúng tế hoặc đưa ra tòa phủ, huyện. Tháng 12-1832, một quan lãnh binh đã bắt tất cả lính dưới quyền phải làm giấy xuất giáo. Có 12 người kiên cường không chịu nên đã bị xiềng xích và giam tù theo lệnh vua ngày 31-12, trong đó có quan đội Phaolô Tống Viết Bường, bị xử tử khi lệnh bắt đạo toàn diện được công bố.
Vào tuần trăng thứ 9 năm 1830, các quan Bộ Hình do Hình Bộ Thượng Thư đứng đầu dâng kiến nghị xin vua Minh Mệnh bắt đạo và triệt phá các nhà thờ: “Trong các đạo ở nước này có đạo Gia Tô là tệ hại nhất. Ðạo Phật và đạo Lão Quan tuy không hay và có nhiều dị đoan nhưng vẫn còn tốt hơn đạo Gia Tô. Ngày trước Hoàng Ðế Trung Hoa và các Tiên Vương đã nghiêm ngặt cấm đoán đạo vô luân này, nhưng vì các quan biếng trễ không thi hành lệnh chu đáo và không làm tròn nghĩa vụ khiến đạo này tiếp tục làm hư hỏng và tăng số trong nước. Ðây chính là dịp dành cho Hoàng Thượng tối cao, đầy quyền uy và sáng suốt để tiêu diệt hoàn toàn tà đạo này, một thứ đạo chỉ có những người cố chấp và những đàn bà ngu dại nghe theo. Các đạo trưởng phân chia đất nước thành nhiều xứ để cai trị theo ý muốn. Các tín đồ có lòng kính trọng đạo trưởng đến độ vâng lời tối mặt và thông báo tin tức trong nháy mắt từ Bắc xuống Nam. Kính xin hoàng thượng ra chỉ dụ cấm đạo lý sai lầm này. Quốc gia không thể dung thứ được những người mọi rợ đến đây rao giảng đạo. Phải trừng phạt những người nào cho họ trú ngụ. Cũng phải cấm các sách viết bằng chữ mọi rợ. Phải ra lệnh nộp các sách này cho các quan hủy đị Ðồng thời cấm việc đọc kinh dù là âm thầm tại nhà. Ngoài ra phải bắt các thầy giảng và trưởng gia đình đạp ảnh. Có làm như vậy họ mới được tha thứ cho lần thứ nhất. Chúng thần là những người hèn mọn thấp trí, dám dâng thư nàỵ Kính mong hoàng thượng chỉ giáo, muôn đời sẽ nhớ ơn và các thế hệ tương lai sẽ xưng tụng danh của đức vua”.
Theo thơ của Ðức Cha Taberd thì Vua Minh Mệnh không trả lời gì về bản tâu trình trên, nhưng các quan ghét đạo đã làm giả chữ “Y nghị” của vua vào bản tâu và đem đến Dinh Cát. Mọi người tin là có lệnh cấm nên thông báo cho nhau, cả Nam lẫn Bắc. Nhà thờ và nhà trường Hồ Phương ở Dinh Cát được giáo dân tháo gỡ. Tỉnh Quảng Nam cũng vậy, các giáo dân gỡ nhà thờ. Tại Bình thuận, một quan huyện bắt giáo dân rỡ nhà thờ nhưng họ không chịu, quan huyện liền cho làng bên lương đến phá. Một người trèo lên bàn thờ đứng giang tay như hình thánh giá và diễu cợt liền bị một cái xà đổ xuống làm ngã bất tỉnh. Trong tháng 11 năm đó người ta nói Huế chỉ có lửa và máu. Một tên lính ở Sài Gòn nghe lệnh phá nhà thờ liền đến phá nhà thờ Chợ Quán, nhưng quan lớn đã ra lệnh đánh hắn 80 đòn.
Sau thời gian lâu dài chuẩn bị, và các cuộc canh tân guồng máy chính quyền chuyên chế 1831 và 1832 hoàn tất, vua Minh Mệnh đã công bố một chỉ dụ cấm đạo: “Ta, Hoàng Ðế Minh Mệnh, truyền lệnh như sau. Từ nhiều năm nay những người Tây Phương đến đây truyền bá đạo Gia Tô làm mê hoặc thường dân bằng lời rao giảng có thiên đàng hạnh phúc và hỏa ngục khổ sở. Chúng không trọng kính đức Phật cũng không thờ kính tổ tiên. Ðó là một trọng tội phạm đến chính đạo (Khổng Giáo). Hơn nữa, chúng xây cất những nhà thờ, nhà hội to lớn tiếp đón đông đảo dân chúng để dụ dỗ đàn bà và thiếu nữ. Ngoài ra chúng còn móc mắt những người ốm. Không còn gì trái nghịch hơn với lý trí và tập tục. Năm ngoái Trẫm đã trừng phạt hai làng theo đạo này: Dương Sơn và Mông Phụ với ý định làm cho bá tánh biết rõ ý Trẫm muốn họ xa tránh tội ác này mà trở về đường ngay nẻo chính. Và đây là điều Trẫm nghĩ. Mặc dù dân chúng ngu dốt theo đạo này đã đông số, nhưng vẫn còn đủ lương tri biết là hợp hay không và còn dễ dàng dậy dỗ trở về đàng lành. Vì vậy trước hết phải dùng lời khuyên và dậy dỗ đối với họ, nếu họ bất trị thì mới dùng các khổ hình.
Vậy ta truyền cho tất cả những người theo đạo này, từ quan cho chí đến dân đen phải thực tâm từ bỏ nếu họ nhìn biết quyền uy của ta. Trẫm muốn rằng tất cả các quan hãy tỉ mỉ xem xét có còn người Kitô nào sống trong địa hạt của mình và bắt họ tuân phục mệnh lệnh, bắt họ đạp trên ảnh tượng ngay trước mặt mình. Nếu họ làm theo thì sẽ được ân xá. Ðối với các nhà thờ và nhà đạo trưởng các quan phải tịch thu làm kho chung. Từ đây về sau nếu có người nào bị nhận diện hay tố cáo là thực hành những thói tục đáng ghét này sẽ bị trừng trị với hình phạt nghiêm ngặt nhất ngõ hầu có thể tiêu diệt thứ đạo này tận gốc rễ.
Ðó là mệnh lệnh của Trẫm, mọi người phải hết lòng tuân giữ. Ngày 12 tháng 11 Âm Lịch, Minh Mệnh nguyên niên thứ 13.”
Trong chỉ dụ vừa nêu trên không nhắc gì tới đạo trưởng khiến các thừa sai thắc mắc. Một vị quan đã nói với thừa sai, bật mí âm mưu của Minh Mệnh: “Vua không muốn làm kinh động nhân dân nên có ra thêm một mật lệnh gửi các tổng đốc”. Nhờ đút lót và quen biết, mật lệnh trên được chuyền tới tay các thừa sai. Vị quan lớn ở Phú Yên, nơi Cha Gagelin ở, rất có cảm tình với đạo Công Giáo nên đã cho người hay. Mật lệnh viết như sau: “Ðạo Gia Tô rất đáng ghét, nhưng dân chúng ngu dại tin theo mà không suy xét. Con số đã tăng thêm đông và ở khắp mọi nơi trong vương quốc. Trẫm không thể để mặc cho tín đồ thêm vững mạnh và tăng thêm số. Do đó Trẫm đã ban hành chỉ dụ cấm đạo, lấy lòng nhân từ chỉ dậy con đường phải theo để sửa đổi. Trẫm cũng nghĩ rằng những người tin theo đạo cũng là nhân dân của quốc gia. Số người càng đông và càng mù quáng cố chấp đến độ mang họ ra khỏi lầm lạc không phải là việc dễ dàng trong một chốc lát. Nếu cứ phải áp dụng đúng luật thì phải giết cả một đám đông. Giải pháp này làm thương tổn đến lòng từ tâm của Trẫm đối với dân chúng và rất có thể số đông những người được gọi đến để sửa trị sẽ chìm đắm trong lỗi lầm. Vả lại cần phải hành xử việc này một cách khôn ngoan theo câu cách ngôn: Muốn phá một tục lệ xấu thì phải phá từ từ, hoặc là muốn nhổ cỏ phải nhổ tận gốc. Vậy hãy theo lời khôn ngoan của tiền nhân để có thể chắc chắn thành công và không gây đổ vỡ.
Trẫm truyền cho các thống đốc và tất cả những quan cai trị dân chúng phải: 1/ Nghiêm chỉnh chỉ thị cho các quan cấp dưới cũng như dân chúng tự sửa mình và từ bỏ đạo này. 2/ Thông báo chính xác các nhà thờ, nhà đạo trưởng hay nhà họ dậy dỗ dân chúng để triệt hạ không trì hoãn. 3/ Dùng mưu chước khôn khéo mà bắt đạo trưởng. Các đạo trưởng Tây thì phải giải ngay về kinh đô với lý lẽ theo lệnh vua để dịch các thư từ Âu Châu. Với đạo trưởng Việt Nam thì hãy giam giữ tại phủ, huyện và canh chừng cẩn thận không để cho họ trốn thoát hay tiếp tục liên lạc bí mật với tín đồ của họ. Hãy canh phòng cẩn mật và trông chừng các quan cấp dưới để họ không lợi dụng cơ hội bắt bớ những người Kitô mà không phân biệt hay thiếu khôn ngoan, gây ra rối loạn khắp nơi. Ðiều đó các quan phải chịu trách nhiệm. Việc này không phải là việc nhỏ nhặt, nhưng nó là nền tảng, vì vậy Trẫm mới phải nhắc nhở và luôn để tâm đến. Các khanh là những quan đầu tỉnh, hãy tuân hành đúng lệnh triều đình, hành động cho khôn khéo để khỏi gây xáo động. Nếu xảy ra điều gì thì các khanh không còn đáng tin cậy nữạ Trẫm cấm không được công bố lệnh này sợ rằng nếu công bố sẽ gây rắc rối, vậy khi nhận được một mình các khanh biết mà thôi”.
Nhận xét chung đầu tiên của các thừa sai là các quan và dân chúng thực sự ghét đạo rất ít nhưng ham tiền thì nhiều. Các thừa sai đã chia tay nhau mỗi người trốn một nơi. Cha Retord, tới Bắc Việt đúng ngay lúc bắt đạo, đã kể lại cảnh khổ sở của các thừa sai phải ẩn trốn như sau: “Từ cuối tháng Giêng, các thừa sai phải chui trốn dưới những hầm trú tối tăm chật hẹp, rất sâu và rất hoang vu để không bị phát lộ. Nếu tôi phải kể ra những khổ cực trong vô số hầm trú mà tôi đã trải qua thì các vị sẽ phải rùng mình khiếp sợ”. Thật vậy, ban ngày các đấng chui xuống hầm, ban đêm mới được lên trên nhà, có người canh chung quanh làng để kịp thời báo động. Luôn luôn có sẵn thuyền để trốn khi bị bao vây.
a. Tại Bố Chính
Thừa sai Jeantet ở đây cho biết nhờ Chúa quan phòng, các họ đạo không phải tháo gỡ nhà thờ. Chỉ có hai họ đạo phải viết tờ tuyên bố vô thưởng vô phạt cho quan hài lòng. Tại Quỳnh Lưu, một họ đạo rất sốt sắng đã phải mất nhiều tiền cho quan. Tại Kẻ Bầu, đa số là lương dân, các giáo dân bị ép buộc đóng góp vào việc cúng tế ở chùa nên đã làm đơn kiện lên quan trên. Nhờ tiền đút họ được miễn đóng góp và được tách ra khỏi làng. Có một thanh niên 21 tuổi, mới theo đạo được hai năm, đã can đảm xưng đạo, bị đánh đòn hai lần vẫn không nao núng. Lương dân hỏi tại sao cố chấp theo đạo Công Giáo, anh ta hãnh diện trả lời rằng anh chỉ thấy có đạo Công Giáo là đạo thật. Lương dân chịu thua và để anh ta về nhà. Trong 21 ngày anh không thể ngồi được, không ăn được. Máu anh rơi rớt trên đường về nhà.
b. Tại Nghệ An - Hà Tĩnh
Tại Hà Tĩnh, các quan cho gọi những người đứng đầu các họ đạo Công Giáo đến và vẽ hình chữ thập xuống đất rồi bảo họ: “Chúng tôi chẳng muốn bắt ép quí vị điều gì trái nghịch với đạo. Chúng tôi biết đây không phải là thánh giá mà quí vị tôn thờ. Vậy hãy bước qua để chúng tôi có thể trình lại với vua là chúng tôi đã thi hành lệnh, nếu không chúng tôi mắc lỗi trước mặt vua”. Những người Công Giáo hiện diện lúc đó có thái độ khác nhau, người thì bước đi bên cạnh và phân phô không phải là họ chối đạo, người khác phản đối và xin quan miễn cho việc này, còn quan muốn viết thế nào cho vua thì mặc ý. Dĩ nhiên sau đó các quan làm tờ phúc trình là các người Công Giáo trong địa hạt đã bỏ đạo hết.
Riêng tại Nghệ An, ông quan tỉnh là một người ghét đạo và nhất định bắt mọi người phải chối đạo. Dân chúng phần lớn trốn tránh, chỉ có khoảng 100 người không giữ đạo từ trước là bị bắt. Trong số này có 10 người can đảm xưng đạo và bị giam tù. Tháng 7 họ được trả tự do. Trước đó họ bị bắt làm một lời khai họ là người Công Giáo không chịu đạp ảnh cũng không chối đạo nhưng từ rầy về sau sẽ không hội họp nữa. Tuy nhiên Thừa Sai Masson coi vùng này đã bảo họ phải xin lại tờ khai và bỏ đi khoản cuối cùng. Quan trả lại và không đòi gì khác nữa. Còn những người chối đạo, thực sự vì yếu đuối nên họ chỉ chối bên ngoài nhưng trong lòng họ không một người nào muốn bỏ đạo cả. Một vị quan đã nói: “Các ông thật dại dột để mình phải khổ sở. Làm sao chống lại được với lệnh vua? Ðạo ở trong lòng chứ đâu có ở bên ngoài. Tạm chối đi, rồi hai ba tháng sau theo trở lại. Hãy xem thánh Phêrô đã chối đạo ba lần mà vẫn còn được cất nhắc lên cao”.
c. Tại Sơn - Hưng - Tuyên
Cả ba tỉnh trên mới họp thành 4 họ đạo, mỗi họ có hai cha Việt coi sóc dưới sự hướng dẫn của Thừa Sai Marette. Khi có lệnh bắt đạo, Thừa Sai Marette đã hỏi ý quan tổng đốc của cả ba tỉnh trên thì ông nói cứ yên trí. Tuy nhiên nhiều nơi đã tự ý tháo gỡ nhà thờ, 16 nhà chung chỉ còn có 4. Có một quan huyện duy nhất trong vùng này triệt để bắt đạo, ông ra lệnh bắt các trùm trưởng của 4 họ lẻ đánh đòn và đeo gông. Sau đó họ nộp tiền để được tự do, nhưng lại bị quan án trên tỉnh bắt lại, đánh đòn và tái diễn cảnh nộp tiền chuộc. Riêng tại Sơn Tây có tới 80 họ lẻ và khoảng 1.200 giáo dân. Khoảng tháng 4, quan án cho công bố lệnh than phiền rằng lệnh cấm đạo của vua chưa được thi hành đúng mức. Sau đó ông sai lính đi các làng xem làng nào có người Công Giáo. Khi có lệnh đi lùng soát như thế không còn vấn đề đút lót nữa mà chỉ có lựa chọn chối đạo hay xưng đạo. Các trùm trưởng để trong lòng chứ đừng tỏ ra dấu hiệu nào bên ngoài nữa thì mới yên. Tuy nhiên các quan cấp dưới lại hành hạ giáo dân, bắt nộp ảnh tượng hay sách vở đạo: “Nếu các ông không đặt thánh giá trên bàn thờ thì các ông thờ ai? không lẽ thờ một con chó à? Hay là các ông nghèo đến nỗi không có lấy hai miếng gỗ để làm thánh giá!” Chỉ có một ông trùm đã mang nộp thánh giá trong nhà thờ cho quan. Ngoài ra có hai họ lẻ khác đã phải viết tờ khai như sau: “Chúng tôi theo ý của quan xin nộp tờ khai như sau. Chúng tôi là các dân đinh làng Yên Tập thuộc Ta Xã, tuyên bố rằng từ nhiều năm chúng tôi có một nhà thờ để thực hành đạo Ðức Chúa Trời, nhưng tháng 11 năm ngoái cuồng phong đã làm đổ. Còn về đồ đạo thì Cha Phương trước ở đây đã mang đi và bị bọn cướp giết chết và lấy các đồ. Ðiều này có ghi trong công hàm. Vì thế chúng tôi không còn gì để nộp. Nếu chúng tôi khai gian xin chịu phạt. Ðó là lời chứng của chúng tôi”.
d. Tại Thanh Hóa - Hà Nội - Nam Ðịnh
Thanh Hóa là quê tổ của nhà Lê, chúa Trịnh và chúa Nguyễn, các họ đạo đã phải đóng góp vào các việc cúng tế. Tại Ðoài Hạ thuộc xứ Kẻ Bắc, dân chúng đã nhân dịp bắt đạo để xua đuổi cha sở họ không thích. Một số họ đạo khác bán nhà thờ cho lương dân, nhưng khi họ mua rồi có nhiều hiện tượng lạ xảy ra làm lương dân khiếp đảm, họ xin giáo dân lấy lại. Các quan còn đòi phải nộp các sách đạo. Phần lớn giáo dân lựa sách hộ giáo để nộp với mục đích các quan đọc sẽ thấy đạo Công Giáo là phải, là cao siêu. Một quan đã nói sau khi đọc sách xong: “Sách đạo Công Giáo có những lý lẽ vững mạnh hơn các đạo khác, và những người suy nghĩ được như vậy thì không thể gọi họ là điên rồ được”.
Tại cố đô Hà Nội, quan đầu tỉnh là một người hiếu hòa, không muốn rối loạn trong tỉnh nên đã để các tín hữu tự do cứ như không có sắc lệnh cấm đạo vậy. Ðến tháng 7-1833, quan đầu tỉnh mới nhậm chức, ra lệnh cho các trùm trưởng phải trình diện tại huyện để đạp ảnh chối đạo và nộp sách. Các linh mục tại đây rất sợ hãi đã cùng với 30.000 giáo dân góp tiền cho quan lớn và các quan khác, nhờ đó mà việc bắt đạo được nguôi đi.
Nơi quan trọng nhất của Bắc Việt là tỉnh Nam Ðịnh. Tại Kẻ Vĩnh, nơi có chủng viện, tòa giám mục và toàn tòng, quan đã cho mời lý trưởng đến và nói là họ đã mắc một thứ bệnh khốn khó như là phong cùi vậy vì họ đã chứa chấp đạo trưởng Tây từ nhiều năm. Trùm trưởng trả lời quan rằng trước đây lâu lắm rồi thì có, còn bây giờ thì không. Quan tỏ ra không tin, nói thêm rằng các người Âu Châu rất giầu và như vậy người Công Giáo cũng giầu nữa. Thế là dân làng phải thỏa thuận nộp một khoản tiền lớn để được bình yên. Quan tổng đốc đã ra lệnh cho các quan phủ huyện bắt các linh mục, phá nhà thờ và nhà trường. Thế là đức cha và các thừa sai tại đây phải trốn đi, học viện được phân chia cho mỗi thầy giảng 12 chú để tiếp tục huấn luyện tại các họ lẻ. Các thừa sai ý thức rằng tương lai giáo hội trong cơn bắt đạo tùy thuộc vào việc đào luyện các linh mục nên quyết tâm duy trì bằng mọi cách.
e. Tại Ðịa Phân Ðông Ký, thuộc các cha Dòng Ða Minh
Khi có lệnh cấm đạo, Ðức Cha Delgado đã gửi một lá thư luân lưu để chuẩn bị tinh thần người tín hữu vững mạnh trong cơn bắt đạo, khuyên họ hoàn toàn tin tưởng vào Thiên Chúa. Trong thời gian này, các thừa sai người Tây Ban Nha phải trốn tránh ngày cũng như đêm, chỉ có các linh mục bản xứ có thể đi lại ban các bí tích với nhiều thận trọng. Các thừa sai Âu Châu vì muốn tránh một sự dữ nặng hơn nên đã phải chọn cảnh giam hãm để chờ ngày hòa bình và cơn bắt đạo qua đi. Ðức Cha Delgado viết cho Cha Retord, thừa sai Pháp: “Không có hòa bình bao lâu bất công còn đầy rẫy trong đất nước, như lời Chúa đã nói, sự bất công mang lại sự khốn nạn.”
f. Tại Huế và miền Nam
Khi lệnh bắt đạo công bố, trong nhà tù đã có quan đội Bường và 6 người bạn trong đội thị vệ. Vì loạn nổi lên, quan đội Bường mãi đến ngày 23-10-1833 mới bị hành quyết. Thừa Sai Jaccard đã bị giam lỏng ngay sau vụ Dương Sơn và đến tháng 12-1833 thì phải đi đầy ở Ai Lao cùng với Thừa Sai Odorico, Dòng Phanxicô, bị bắt ở Sài Gòn. Thừa Sai Delamotte mới tới, còn lén lút ở Dương Sơn, có lúc cũng phải trốn ra một cù lao giữa sông.
Tại miền Nam, từ tháng 7-1832 đã có lệnh của vua truyền cho các quan phải trông chừng Ðức Cha Taberd cẩn mật. Từ đó giữa làng ngoại giáo và Công Giáo đã có những vụ kiện cáo ức hiếp người Công Giáo. Ngày 10-2-1833 thừa dịp quan lơ là, Ðức Cha Taberd đã trốn lên rừng ở Hà Tiên. Ngày 22-2, Thừa Sai Regéreau và Cuenot cũng đến trốn ở Hà Tiên nơi đức cha đang trốn. Sau đó các đấng qua Thái Lan và khi có chiến tranh giữa Thái Việt, các đấng đi Singapore. Thừa Sai Marchand từ chối không trốn đi đã lên rừng phía Bắc.
Cha Gagelin là cố chính đang kinh lược ở tỉnh Quảng Ngãi, ở đó quan đầu tỉnh rất tốt với cha, đã cho cha bản sao của mật lệnh. Tuy nhiên người thấy tại các họ đạo giáo dân bị hạch sách và tra khảo nơi ở của các thừa sai gắt quá nên người trốn trên rừng. Khi thấy nhiều giáo dân bị bắt và bỏ đạo, người lại quyết định nộp mình để tránh cho giáo dân khỏi liên lụy. Cha xuống tỉnh Qui Nhơn nộp mình ngày 31-7, tới ngày 23-8 người bị giải về Huế. Ngày 17-10 người bị xử giảo tại Bãi Dâu.
Sử gia Louvet cho biết tại miền Nam có 18 người tử vì đạo trong tháng 12 năm 1833. Vua Minh Mệnh đã khiển trách các quan tổng đốc các tỉnh Biên Hòa, Sài Gòn và Mỹ Tho vì đã không tận lực bắt đạo. Vua lại ban khen hai tổng đốc tỉnh Vĩnh Long và Châu Ðốc. Riêng tại Châu Ðốc có 20 giáo dân, nhiều thầy giảng và một linh mục bị bắt. Quan sáng chế ra cái gông mới dài đủ để đeo cổ 8 người vào với nhau khiến một người di động thì làm 7 người khác phải khổ. Các người bị bắt, giam ở ngoài trời và chịu phơi nắng.
Tại Nghệ An vào khoảng đầu tháng 11 có một âm mưu dấy loạn, nhưng quan đã bắt được một người khả nghi để điều tra. Sau nhiều lần tra tấn, người này đã thú nhận như các thư bị bắt. Nhờ đó quan bắt được những người chủ mưu. Nội vụ không được điều tra sâu rộng vì sợ các tội nhân khai ra tên các quan khác nữa. Sau cùng chỉ có 16 người bị xử mà thôi. Thừa Sai Masson viết về thái độ của dân chúng đối với Minh Mệnh như sau: “Một điều ngạc nhiên là mọi người nghe theo những người nổi loạn, những người Công Giáo cũng như bên lương. Ðó là một điều khó hiểu. Những người không đủ can đảm để theo giặc thì họ theo trong lòng. Mọi người đều chán ghét nền cai trị của Minh Mệnh”.
Thừa Sai Marette tại vùng Sơn Hưng Tuyên cho biết rằng khi lệnh bắt đạo được công bố, người lương cũng như người Công Giáo đều tiên đoán đất nước sắp có loạn. Thấy dân tình hoang mang, những người nổi loạn (Nồng Văn Vân) đã dùng dấu chữ thập như là một thứ đe dọa làm cho Minh Mệnh hoảng sợ và đồng thời như một mưu chước thúc dục Minh Mệnh bắt đạo gắt gao hơn. Tuy nhiên Minh Mệnh đã sáng suốt không liệt kê người Công Giáo vào phe phản loạn. Vụ nổi dậy bắt đầu từ tháng 4, thế giặc rất mạnh, chiếm hết các ngọn núi, và vũ khí cũng tương đương với lính của triều đình. Tuy nhiên họ chỉ chiếm được có một huyện, còn ngoài ra chia nhau đi cướp phá các làng xóm.
Ðáng kể nhất là cuộc nổi dậy của Lê Văn Khôi ở Gia Ðịnh vì uất ức trước thái độ của quan lớn đối với Lê Văn Duyệt. Cuộc nổi dậy xảy ra đêm 27-7-1833, thành Gia Ðịnh bị chiếm trọn. Nhưng về sau vì có người làm phản, lực lượng bị chia thành hai phe nên trở nên suy yếu và bị binh triều đình dẹp được. Nhân có giặc Lê Văn Khôi, quân Siam mang 5 đạo quân hơn 30.000 người sang nhưng đã bị đại bại.
Trước những thiên tai và giặc giã, Minh Mệnh tìm cách trấn an dân chúng bằng việc tổ chức lễ cầu an, nhận mọi tội lỗi làm cho trời đất nổi giận để cho dịch tễ hoành hành, thiên tai giáng xuống và khắp nơi giặc giã nổi lên khiến phải dấy binh dẹp loạn. Lễ cầu an không biết xảy ra vào ngày nào, nhưng theo thơ của thừa sai đề ngày 9-12-1833 thì có thể đoán là vào tháng 12. Trước hết vua nói đến tập tục các Hoàng Ðế Trung Hoa và các vua Bắc Kỳ khi có tai họa thường thú nhận lầm lỗi trước thần dân và làm một số việc thống hối công khai như kiêng cữ rượu, việc vợ chồng, ăn chay và nằm đất, mặc áo khổ chế. Tiếp đến Minh Mệnh kể ra có tới 17 bệnh dịch tả xảy ra vào đầu triều đại Minh Mệnh năm 1820 làm chết một phần mười dân số Bắc Việt, và vẫn còn kéo dài cho đến lúc này. Sau đó Minh Mệnh nói đến nạn lụt lội hầu như xảy ra hằng năm, nhiều trận bão giết hại dân lành và tàn phá mùa màng. Sau cùng là giặc giã, chiến tranh tàn phá nhiều tỉnh, biến nhiều nơi thành nghĩa địa hoang vu. Trước những sự dữ xảy ra, Minh Mệnh thành thực nhận lỗi lầm vì đứng đầu quốc gia đã làm cho trời đất giận dữ. Nhà vua cũng nhận rằng từ khi cai trị quốc gia đã chú tâm đến nhiều sắc dục và rượu chè, xây cất nhiều dinh thự làm dân chúng phải khổ sở sưu cao thuế nặng. Minh Mệnh thề hứa trước Trời Ðất sẽ sửa đổi cách sống và khuyên các quan cũng làm như vậy. Minh Mệnh ấn định chi tiêu ăn uống cho mình là 900 đồng, chối các thú vui, ân giảm thuế cho dân và chiêu mộ những người hiền đức làm việc cho quốc gia.