Nước Việt Nam vào thế kỷ thứ 17 do các vị lãnh chúa thuộc hai họ Trịnh và Nguyễn chia đôi đất nước để cai trị. Họ Trịnh hùng cứ Bắc Việt, còn được gọi là xứ Ðàng Ngoài; Họ Nguyễn làm chúa Nam Việt, gọi là xứ Ðàng Trong. Người Âu Châu khi đến buôn bán với chúa Nguyễn Hoàng đã khám phá ra rằng có hai chính quyền khác nhau, họ gọi miền Bắc là Tonkin và miền Nam là Cochin-china.
Cha Ðắc Lộ giải thích như sau: “Người Trung Hoa gọi Việt Nam là Ðông-Kinh để phân biệt với Nam Kinh và Bắc Kinh của họ, nhưng họ đọc vần “đ” không được nên mới đọc là Ton-kin, còn xứ Nam được gọi là Cochin-china vì người Nhật Bản hay gọi người Việt là Giao Chỉ hoặc Chiaoci, và người Bồ Ðào Nha sợ lẫn với thành phố Co-chi bên Ấn Ðộ nên họ gọi Nam Việt là Cochin-china (Co-chi bên Trung Hoa).
Nguyễn Hoàng (1558-1613) cũng gọi là Chúa Tiên, được Trịnh Kiểm cho coi Thuận Hóa từ năm 1558 và mười năm sau xin coi thêm Quảng Nam. Tại Quảng Nam ngoài Dinh Chiêm còn có hai đô thị buôn bán quan trọng là Hội An (Faifo) và Cửa Hàn (Y Turan). Hai nơi có sông thông với nhau làm thành một khu thương mại phồn thịnh. Tại Hội An có hai phố, một dành cho người Trung Hoa Minh Hương trốn nhà Thanh sang lập nghiệp, và một dành cho người Nhật trốn tránh cuộc bắt đạo ở Nhật. Mỗi khu phố có quan và tổ chức riêng theo phong tục của họ, đồng thời nộp thuế cho chính phủ.
Từ năm 1604 Nguyễn Hoàng phân chia lại các huyện trong lãnh thổ của mình như sau: Trấn Thuận Hóa có hai phủ là Ðiện Bàn và Quảng Bình; Trấn Quảng Nam có ba phủ là Thăng Hoa, Quảng Nghĩa và Hoài Nhân. Các vị thừa sai thường viết Thuận Hóa là Sinoa và Quảng Nam là Cacham. Năm 1613 Nguyễn Phước Nguyên cầm quyền thay cha, rất mộ mến Phật Giáo nên còn được gọi là Chúa Sãi, bỏ lệ triều cống và tự xưng vương.
Tại khu phố Nhật, các cha Dòng Tên đã mở giáo đoàn đầu tiên với đoàn thừa sai gồm hai cha và hai người Nhật đến từ Macao ngày 18-1-1615. Cha Cavarnho làm việc cho người Nhật một năm rồi sang Nhật. Cha Francesco Buzomi người Ý hoạt động truyền giáo tại Nam Việt 20 năm. Người đúng thực là tông đồ tiên khởi của giáo đoàn xứ Ðàng Trong.
Tại cửa Hàn, Cha Buzomi khám phá ra rằng quan niệm theo đạo của người dân có nghĩa là trở thành người “Hoa Lang” (danh từ của người bình dân để chỉ người Bồ Ðào Nha vì họ thường bán vải có hình hoa khoai lang). Lý do là vì các cha tuyên úy trước đây theo các người lái buôn Bồ Ðào Nha thường dùng câu ám hiệu để hỏi: “Con nhỏ muốn vào bụng hoa lang chăng?” Hễ ai đồng ý là các cha rửa tội và đặt tên thánh cho họ. Danh từ “đạo Hoa Lang” phát xuất từ đó. Công việc truyền đạo của Cha Buzomi không được thành công lúc đầu, mãi đến lễ Phục Sinh cha mới rửa tội được mười người đầu tiên, trong đó có cậu Augustinô về sau là thầy giảng giúp cha. Tháng 7 năm 1615 cha đến giảng đạo tại Quảng Nam và gặt hái được nhiều thành công. Nguyên năm ấy cha rửa tội được 300 người. Bề trên sai thêm Cha Pina sang giúp. Tuy nhiên năm 1617 có đại hạn tại Nam Việt, các thầy sư coi các chùa miếu đổ tội cho hai cha đã làm các thần giận không cho mưa. Họ đòi giết hai cha để tế thần nhưng Chúa Sãi mộ mến các cha nên chỉ xin các cha tạm rút lui vài năm. Các cha công khai lên tầu để đi Macao, nhưng lúc ấy gió không thuận nên các cha lén ở lại. Nước biển và trời nóng làm cho Cha Buzomi sinh bệnh, giáo dân phải đưa các cha vào thành để chữa trị. Nhóm thầy sư tức giận đốt nhà các cha và cầu mưa. Lúc ấy có ít mưa xuống làm cho nhà sư huênh hoang, sau vì tư thông với cung phi đã bị Chúa Sãi giết đi. Về phần hai cha được quan phủ Qui Nhơn nhận đem về săn sóc. Tại đây các cha lập thêm họ đạo mới ở Nước Mặn. Tin các cha bị trục xuất làm Macao tức tốc gửi tầu buôn với nhiều hàng hóa và hai thừa sai khác là Marquez và Borri. Nhờ thế các cha lại được giấy phép tự do giảng đạo.
Ðược tự do giảng đạo, bốn cha và ba thầy chia nhau hoạt động tại Hội An và Nước Mặn. Tại Hội An, các cha nhằm củng cố tinh thần giáo dân Nhật, còn tại Nước Mặn mới thực sự là khu vực truyền giáo do Cha Buzomi, Pina và Borri đảm nhiệm. Các cha đã cho in cuốn sách giáo lý và hoạt động giữa giới trí thức. Nhưng nhận thấy không kết quả, các cha bắt đầu nhắm tới dân chúng tại các làng, lập những họ đạo nhỏ. Năm 1621 tại Nước Mặn các cha đã rửa tội được 172 người. Trong năm này các cha đã rửa tội một ông sãi rất thành tâm được dân chúng gọi là “sãi hiền,” đồng thời cũng có những cuộc tranh luận công khai với các giáo phái Tư Bình. Cũng năm 1621 Cha Pina mở khu vực truyền giáo mới tại Quảng Nam. Cha đã chinh phục được nhiều người thông thái trong giới quan lại và lập nhà thờ, rửa tội 50 người. Trong số những người thông thái có gia đình ông Giuse, gia đình cụ Phêrô, Manuelle, bà Minh Ðức Vương Thái Phi, quan cố vấn Paolô. Tại Qui Nhơn phe sư sãi và thầy cúng bắt đầu chiến dịch vu cáo các cha là nhũng phù thủy chiêu mộ các nô lệ cho Vua Bồ Ðào Nha. Họ còn bẻ tượng rồi làm đơn tố cáo các cha với quan trấn, yêu cầu trục xuất các cha ra khỏi Nước Mặn, nếu không Trời sẽ giáng phạt. Quan Trấn đã trình lên Chúa Sãi nhưng nhà chúa đã ngăn cấm bọn thầy cúng và công khai cho phép các cha được tự do giảng đạo.
Năm 1624 giáo khu Nước Mặn, gồm ba tỉnh phía Nam là Quảng Nghĩa, Qui Nhơn và Phú Yên, phát triển nên Cha Buzomi xin thêm thừa sai. Phái đoàn thừa sai mới gồm 5 cha đã đến vào tháng 12-1624. Lúc này đã có hai thầy giảng làm việc tông đồ như các tu sĩ, đó là Thầy Phêrô và Manuelô, đồng thời có những vấn đề mới được đặt ra như việc tôn kính tổ tiên và danh từ để chỉ Thiên Chúa. Các cha đã họp công đồng tại Hội An để ấn định các việc phải làm chung. Ðặc biệt các cha nghĩ đến việc thích nghi, thay vì lễ cầu hồn vào mùng 2-11 các cha ấn định vào mùng 2-9 cho hợp với mùa kính nhớ tổ tiên của Việt Nam.
Sự thành công của các cha đã làm cho nhiều người ghen ghét. Trước hết người Hòa Lan dèm pha, rồi tầu buôn Bồ Ðào Nha không thấy đến, và hai nhà sư thời danh tranh luận với các cha về việc cúng giỗ và tố cáo đạo Công giáo bỏ bê tổ tiên và các tục lệ quốc gia (thực ra các cha chỉ khuyên giáo dân thay vì làm cỗ để cúng thì lấy tiền cho người nghèo). Vì vậy năm 1625 Chúa Sãi đã ra lệnh cấm đạo như sau: “Trước hết tất cả các cha đang ở Quảng Nam, Qui Nhơn, hoặc bất cứ nơi nào phải tập trung về Hội An và không được ra khỏi khu phố dành cho người Nhật, không được xây nhà thờ hoặc nhà gì khác. Cũng không ai được lấy lẽ là Công Giáo để bỏ bê các lễ lạy trong làng. Còn các Kitô hữu thì không được đeo tràng hạt ở cổ hay treo ảnh đạo trong nhà, phải tháo cất các ảnh chuộc tội ngoài đường vào trong nhà (lý do của lệnh này là vì các sư sãi cho rằng hồn tổ tiên phải khiếp sợ hình người chịu khổ trên Thánh giá)”.
Sắc lệnh cấm đạo này tới tỉnh Quảng Nam vào tháng 12, đúng lúc giáo dân đang buồn khóc Cha Pina mới qua đời vì chết đuối khi người ra ngoài khơi lấy đồ tiếp tế. Giáo dân đưa xác người về chôn ở Hội An và xin với quan trấn triển hạn cho 100 ngày để tổ chức các lễ giỗ cho Cha Pina. Hết thời hạn, các cha sai Thầy Manuelô đi các nơi khuyên giáo dân đeo ảnh vào bên trong áo và cất dấu các ảnh đạo vào trong nhà sợ các sư sãi thấy được lại tố cáo là người Công Giáo không tuân lệnh.
Tại Qui Nhơn, họ đạo Nước Mặn bị quan trấn hành hạ hơn sắc lệnh cấm đạo của Chúa Sãi. Giáo dân không sợ hãi trước lời đe dọa, họ thách thức lại quan và tâu về triều đình. Triều đình sai một quan lớn về điều tra và công bố rõ ý định của Chúa Sãi là cấm đeo ảnh chứ không cấm đạo Kitô. Trái lại quan trấn Phú Yên không công bố sắc lệnh, cũng không thi hành nhưng còn về kinh để biện hộ cho đạo Kitô nữa.
Sau lệnh cấm đạo, con trưởng Chúa Sãi chết làm mọi người tin là trời phạt, vì thế rất đông người trở lại đạo, các cha lại được tự do đi truyền giáo khắp cả bốn tỉnh, nơi thì rửa tội được 602, nơi khác 816, có chỗ tới 1033 người.
Ðược tự do giảng đạo, thêm vào sự nhiệt thành của bà Maria Minh Ðức Vương Thái Phi và một số quan như cụ Paolô, Manuelô, năm 1627 Cha Buzomi đã lập một họ đạo mới và xây nhà thờ ngay tại kinh đô. Cũng trong năm này, Cha Alexandre de Rhodes (Ðắc Lộ) và Cha Marquez đi mở giáo đoàn mới tại Bắc Việt. Hằng năm vào hai dịp lễ lớn, Sinh Nhật và Phục Sinh, các giáo dân hội họp đông đảo và mừng lễ rất lớn vì suốt trong năm họ đã không được dự các hội hè đình đám trong làng.
Năm 1628, một quan tại Quảng Nam rất ghét đạo, sau khi từ phủ Chúa Nguyễn về đã công bố lệnh cấm xưng đạo ra bên ngoài, bắt các xã trưởng trừng phạt những người còn công khai giữ đạo, nếu không sẽ bị chính các quan khiển trách. Một số đông tín hữu đã bị hành hạ và vào tù.
Năm 1629, vì trời hạn hán và dịch tễ nên lương dân đổ tội cho các cha là căn cớ làm cho trời giận không cho mưa, và yêu cầu Chúa Sãi trục xuất các cha. Một nguyên nhân khác nữa là tầu Bồ Ðào Nha không đến được vì bị thương thuyền Hòa Lan cướp ngoài khơi, trong khi Chúa Sãi đang chờ những cỗ đại bác hữu dụng cho việc chiến tranh với họ Trịnh. Sau cùng, thêm vào lời vu cáo của các sư sãi và quan trông coi khu thương mại là An Mi, Chúa Sãi đã ra lệnh trục xuất các cha. Lệnh trục xuất đến Quảng Nam ngày 10-8-1929. Một quan lớn tại đây rất ghét đạo, đã bí mật bắt hai cha và hai thầy giảng.
Trong phiên tòa, quan nói: - “Chúa thượng đã nhân từ cho các người được trở lại, nhưng các ngươi nên nhớ đó là để giúp người Bồ Ðào Nha chứ không phải người Việt. Dù có đống vàng các ngươi cũng không được đặt chân ở lại nước này đâu. Bởi vì lòng thảo kính đối với tổ tiên và cha mẹ quí giá hơn vàng bạc, trong khi đó các ngươi lại đến hủy diệt và cấm đoán. Hơn nữa các ngươi còn phạm đến các thần thánh khiến các đấng trừng phạt không cho mưa và dân chúng phải đói kém, dịch tễ. Các ngươi còn làm cho tín đồ khóc lóc trước một người chết ô nhục, đó là một việc man rợ và đáng khinh miệt, chứng tỏ các ngươi thích thú máu của dân ta và thích nhìn thấy dân ta phải hành hạ vì vâng lời các ngươi. Dù đúng hay không thì lễ phép của chúng ta là văn minh và thiêng liêng, còn lễ phép của các ngươi vẫn là mọi rợ, vì thế không thể chấp nhận được dù riêng tư ở nhà”.
Sau đó các cha được đem xuống thuyền đưa về Hội An. Trên đường đi họ còn nhạo báng đủ điều. Cũng ngày hôm đó, lệnh đến Qui Nhơn bắt Cha G. Luiz và Cha A. Fontes. Các cha bị bắt giam tại nhà riêng trên cù lao nhỏ để chờ thuyền đưa về Macao, không một giáo dân nào có thể đến gần thăm các đấng. Còn hai Cha Manuele Fernandez và Macchiada Mattia thì không bị bắt. Cha Mattia là người Nhật nên về sống giữa người Nhật ở Hội An, còn Cha Fernandez hoạt động trong hai tỉnh gần Quảng Nam.
Trước hết Cha Buzomi và ba cha khác lên thuyền nhưng vì ngược gió phải đi xuôi Nam xuống Chàm. Hai Cha Luiz và Fontes cùng với Thầy Ribero và các thầy giảng đi một thuyền khác và khi tới biên giới Chàm thì thay đổi y phục lẻn xuống để tìm đường lén lút trở lại giáo đoàn. Sau các đấng thành công vào được tỉnh Phú Yên. Nhưng chẳng may tới bãi biển Phú Yên các cha và các thầy bị bọn cướp tấn công, ba thầy bị giết chết còn các người khác bị đánh nhừ tử. Sau mười ngày các đấng được một người Công Giáo giúp đỡ. Khi quan trấn Phú Yên biết được liền sai người đến an ủi và giúp đỡ các cha. Quan trấn cũng làm tờ biểu cuối năm trình về Chúa Sãi và được lệnh phải trục xuất các cha. Quan trấn giả cách bảo người Công Giáo đi khắp nơi dò hỏi xem các cha trốn ở đâu để dẫn đến nghe quan đọc lệnh trục xuất, nhưng đồng thời nói riêng với họ giúp các cha trốn tránh chứ nếu ở trong rừng lại bị trộm cướp bắt lại.
Tháng 1-1630 tầu buôn Bồ Ðào Nha từ Macao cập bến, Chúa Sãi và các quan lại thay đổi thái độ, niềm nở tiếp đón như không có gì xảy ra. Ðại sứ Macao và các lái buôn về kinh yết kiến. Các cha đang trốn ở Phú Yên nghĩ rằng mọi sự tốt đẹp nên về lại Hội An. Thế nhưng nhà sư có thế lực cùng với quan trông coi khu người ngoại quốc thù ghét đạo đã vận động trục xuất các cha khi tầu buôn rời cửa Hàn. Chúa Sãi đã ưng thuận lập lại lệnh cấm năm trước. Một quan từ Thuận Hóa đến cửa Hàn để ra lệnh. Quan này cho gọi các cha đến trước tòa và nói: “Chúng tôi người phương đông, các ông người phương tây, xa cách nhau nửa bán cầu. Các ông về nước mà rao giảng đạo thì hợp lý hơn, còn chúng tôi quyết giữ truyền thống cha ông đã truyền lại. Ðiều này các ngươi không biết hay đúng hơn không muốn biết nên bị trục xuất mà không chịu đi khỏi, ra đi ngày hôm trước hôm sau lại trở lại. Các ngươi nên biết rõ ý định của Chúa Sãi là dù tầu buôn có đến hay có dâng nhiều lễ vật cao ngất như núi cũng không kiếm được một miếng đất để đặt chân”.
Thế là tầu buôn nhổ neo chính thức mang các cha ra đi. Nhưng khi bóng đêm xuống, một chiếc thuyền nhỏ đã rước hai cha vào bờ, một cha làm việc tại Quảng Nam và Quảng Nghĩa, còn cha khác làm việc tại Qui Nhơn và Phú Yên. Ngoài ra hai cha người Nhật đã trá hình ở lại ngay tại khu nhà dành cho thương gia Nhật ở Hội An. Riêng Cha Buzomi và hai vị thừa sai khác xuống Chàm và các đấng đã bị vua Chàm bắt giữ. Cha Buzomi phải hứa đem tiền đến chuộc các cha mới không bị giam tù, còn chính người lấy thuyền về lại Macao để liệu cách. Ra ngoài khơi người gặp tầu buôn Bồ Ðào Nha ghé vào cửa Hàn Nam Việt. Năm ấy có 7 chiếc tầu buôn Bồ Ðào Nha ghé qua Nam Việt trên đường về Macao. Cha Buzomi cho tìm hai cha trở về, mặc lại áo dòng để chính thức chào Chúa Sãi. Chúa Sãi nói với đại sứ Bồ như sau: “Trẫm đã không khéo nên nghe lời các quan. Trẫm luôn luôn là bạn của các người Bồ và vì thế cũng mộ mến Chúa của người Bồ nữa. Là bạn, các ông cũng nên kính trọng các thần của nước ta nữa, đừng bắt chước các cha giảng lời chống lại các thần, cấm thờ kính hay dẹp bỏ các tượng thần”.
Quay qua Cha Buzomi, đang cố trình bầy chỉ có một đạo thật, Chúa Sãi tỏ lời thân mật và tín nhiệm. Ðược thể các cha đi thăm và an ủi giáo dân. Lúc ấy xảy ra trận hỏa hoạn lớn và mưa xuống như trút khiến các người ghét đạo lại làm áp lực bắt Chúa Sãi trục xuất các cha. Lệnh đưa xuống cho thuyền trưởng tại Hội An là khi gió mùa đến phải đem các cha về Macao. Cha Buzomi chính thức lên tầu buôn để về Macao chữa bệnh còn các cha khác thay đổi áo lén trốn ở lại.
Sau 5 năm trục xuất, Cha Buzomi lại được gọi từ Cam Bốt theo lên kinh dâng lễ vật. Lúc ấy Chúa Sãi đã già, nói với cha là ông rất buồn vì đã triệt hạ các nhà thờ và trục xuất các cha không phải vì ghét các cha nhưng chỉ vì là người đứng đầu của quốc gia. Chúa Sãi nói: “Từ đây về sau các thần dân được tự do giữ đạo nào mà lương tâm họ thấy là phải, đạo Thiên Chúa hoặc đạo ông bà, nhưng đạo này không được chống đạo khác. Nếu người nào vi phạm Trẫm sẽ trừng phạt nặng nề. Với tự do Trẫm ban cho, mọi người phải hòa thuận. Các cha cứ việc đến nước của Trẫm, 100 người cũng được. Trẫm quí tất cả, nhưng trên hết là Cha Buzomi vì nhân đức và khôn ngoan của cha, Trẫm muốn gặp lại con người đức hạnh như thế”.
Ngoài ra Chúa Sãi còn cho đất người Bồ Ðào Nha làm nhà tại cửa Hàn, và bao nhiêu người đến ở cũng được. Họ theo phong tục riêng và có quan cai trị riêng. Các cha trở lại mặc áo dòng, công khai gặp gỡ giáo dân và làm nhà thờ tại cửa Hàn. Năm ấy các cha rửa tội được 880 người. Năm 1635 vì có hai vụ cháy nhà lớn, quan trấn Quảng Nam ra lệnh cho Cha Buzomi phải lấy thuyền mà đi ngay, đồng thời cấm giáo dân tụ họp và ra lệnh cho lính đi phá các nhà thờ cũng như thánh giá dựng bên đường. Không may tháng 11-1635, Chúa Sãi băng hà, Nguyễn Phúc Lan là người không ưa đạo Công Giáo lên kế vị.