Hiền Vương bị bệnh chết ngày 8-3-1687. Trước khi chết, ông căn dặn công tử nối nghiệp phải sửa sang nhân chính để giữ bờ cõi do ông đã gian lao chinh chiến. Nguyễn Phúc Trăn lên kế nghiệp lúc 39 tuổi, là người có tính tình khoan hòa và yêu kẻ sĩ nên ông được gọi là Ngãi Vương. Ông rất quen thân với Cha Acosta Dòng Tên và Cha Vachet thuộc hội thừa sai Balê.
Một vài sự kiện không hay xảy ra đã làm bất lợi cho người Công Giáo. Trước hết, có một người viết thơ nói rằng đức cha ở Siam là đầu mối các lộn xộn xảy ra tại Siam. Sự kiện thứ hai là năm 1690 có 4 linh mục mới thụ phong trở về nước, bị tố cáo là đã giấu nhiều hòm đồ đạo mà không chịu qua quan thuế. Sự kiện thứ ba là có một bà Công Giáo người Nhật, nhưng rất xấu nết và rất quyền thế tại nhà thờ các cha Dòng Tên ở Hội An, người bấy giờ đặt cho bà biệt danh “thầy nữ” , đã vu cáo Cha Labbé làm gián điệp cho Bắc Việt với một vị quan, vì bà giận Cha Labbé đã dám đuổi bà ra khỏi nhà thờ. Tuy nhiên, quan là người công bằng đã điều tra sự thật nên khuyên bà rằng mỗi người có sự tự do theo đạo hay bỏ đạo, nhưng nếu đã theo đạo thì phải tuân giữ luật đạo và nghe lời các cha dậy. Cuối cùng, sự kiện chính gây ra lệnh cấm đạo năm 1690 là tuồng hát bội về ông vua hủi. Tuồng này được diễn từ dịp lễ Giáng Sinh tại nhà thờ các cha Dòng Tên ở Hội An rồi sau đó tại nhà thờ ở Kinh Ðô. Vở hài kịch bị dư luận cho là một xúc phạm nặng nề đến nhà vương, không những ám chỉ là vua hủi mà trong lời văn cũng không kiêng tên húy theo tục lệ quốc gia. Ngoài ra còn có hài kịch chế diễu các thần phật như cắt mũi, chặt chân vất xuống đất. Một số quan lớn yêu cầu Ngãi Vương ra lệnh cấm đạo Công Giáo, vu cáo là nhiều giáo dân tụ họp dễ sinh loạn, và các vị thừa sai dụ dỗ dân với chiêu bài tôn giáo để sửa soạn xâm chiếm lãnh thổ. Ngãi Vương không tin lời họ, nhưng họ nói thêm vào là trong nước hiện nay có vô số giáo sĩ, phân nửa dân chúng và binh sĩ đã theo đạo. Sau đó Ngãi Vương thấy một số bằng chứng rõ ràng nên ông đã nói với các quan: “Các ngươi đừng có lo lắng, đầu năm mới ta sẽ ra lệnh cấm đạo và trục xuất tất cả các cha. Nếu sau lệnh cấm còn thấy cha nào khác ngoài hai Cha Pierre (Langlois) và Barthelemy (Acosta) là thầy thuốc ta đã cho phép, thì ta sẽ đầy họ cho chết khốn nạn trong hoang đảo”.
Ngãi Vương đã ra lệnh cấm đạo trên toàn quốc ngày 18-1-1690. Trong sắc lệnh, Ngãi Vương cho đạo Công Giáo là đạo 'Hoa Lang' truyền dậy những điều dối trá và nguy hại, ra lệnh giáng chức các quan lớn cũng như bé nếu còn giữ đạo, và bắt các giáo dân phải thề từ bỏ đạo. Sắc lệnh cũng truyền phải tố giác nơi nào có ba bốn người tụ họp nhau để hành đạo và bắt nộp cho quan tòa xét xử, người tố giác sẽ được thưởng. Nếu quan chức sở tại biếng trễ sẽ bị trừng phạt. Sắc lệnh chưa được công bố ngay vì sắp đến ngày Tết. Tuy nhiên các nơi đông giáo dân đã được lệnh của các cha ngưng mọi cuộc họp và tháo rỡ các nhà thờ. Nơi ít dân chúng có đạo thì biến đổi nhà thờ thành nhà ở. Mừng Tết xong, Ngãi Vương công bố lệnh cấm đạo và không hỏi han các cha một câu. Số đông nhà giáo dân đặt bàn thờ ông bà lên. Tại hai tỉnh Dinh Cát và Quảng Bình, hoặc vì đông Công Giáo hoặc vì quan trấn tốt, giáo dân được để yên. Tại Quảng Nam, số lớn các nhà thờ còn được giữ lại như ở Bau Nghe có tới 13 nhà thờ. Tại Phương Tây và Quảng Nghĩa, giáo dân bị quấy nhiễu và phải triệt hạ nhà thờ. Tại Nước Mặn, giáo dân khiếp sợ đã đặt bàn thờ ông bà ngay khi vừa nghe tin cấm đạo. Cha Ausies phải trốn lên rừng. Có một bà đạo đức thấy giáo dân khiếp sợ thì trách họ, và cho lệnh đi tìm Cha Ausies về ở tại nhà bà, và khi thấy giáo dân bán nhà thờ và vườn, bà bỏ tiền ra mua lại. Có làng khi nghe tin quan đến đã vội vã chạy trốn trong lúc thời tiết cực kỳ nóng bức, hai em bé đã bị chết trên tay mẹ đang khi chạy trốn.
Tại Dinh Cát, một giảng viên giáo lý đã can đảm xưng đạo trước mặt quan ba lần. Ông bị bắt đeo gông và phơi nắng chín ngày rồi nộp một số tiền phạt. Tại Quảng Bình có bà Marta Mac bị bắt và hành hạ treo ngược đầu xuống, nhưng vẫn một lòng tuyên xưng đạo Chúa, bà nói: “Các quan cứ làm nữa đi để tôi được chết, tôi vẫn hài lòng vì nhờ thế tôi được đến với Chúa Giêsu, Ðấng đã chịu chết vì tôi”.
Tại Mươi Dinh, bản doanh của thống tướng, các binh sĩ bị triệu tập và tra hỏi về đức tin của họ. Hai sĩ quan cai đội, cũng là giảng viên giáo lý, đã xưng đạo rất anh hùng. Thống tướng chỉ trách rồi tha họ. Tại Nha Ru, quan cho lính đến một làng nọ để bắt giáo dân nộp ảnh. Ông Carlô đã mạnh dạn tuyên xưng đạo. Ông bị đánh đập và tra khảo về các người Công Giáo trong làng nhưng ông vẫn im lặng. Tại một nơi khác, ông Sách và các vị đầu mục bị bắt đeo gông. Tháng 7-1690, quan còn ra lệnh nghiêm ngặt hơn nữa.
Nhờ Cha Barthelemy Acosta chữa lành bệnh cho quan lớn Hữu Nội Hầu, Ngãi Vương rất hài lòng, cho đất làm nhà thờ và từ đó các quan thôi không hành hạ giáo dân nữa. Tuy nhiên, ngày 12-1-1691, Ngãi Vương qua đời, nắm ngôi được 4 năm và thọ 43 tuổi. Dư luận đồn thổi rằng vì Ngãi Vương bắt đạo mà bị phạt chết yểu.