Từ thời Ninh Vương, đạo Công Giáo được tự do giảng đạo, nhiều nhà thờ được xây cất, nhiều vị thừa sai đến hoạt động. Ðặc biệt Ninh Vương còn viết thư yêu cầu những vị thừa sai giỏi toán học và chiêm tinh đến làm việc trong triều ngoài các cha Dòng Tên đang làm thầy thuốc. Sau 13 năm trị vì, Ninh Vương chết lúc 43 tuổi, công tử Nguyễn Phước Khoát lên nối ngôi. Tân vương là người thông minh, cương nghị, tham lam, tàn nhẫn, việc gì muốn làm thì nhất quyết làm cho bằng được. Ông đã chiếm trọn miền Nam và đúc ấn riêng tự xưng là Thiên Vương với các nước láng giềng chư hầu, nhưng ông được gọi là Võ Vương. Ông cũng rất chuộng nghệ thuật và khoa học. Năm 1741 Cha Jean Siebert chính thức làm nhà toán học trong triều và sau khi cha chết, Cha Koefler tiếp tục.
Khi việc giảng đạo được tự do thì lại sinh ra nhiều tranh chấp giữa các vị thừa sai thuộc nhiều hội dòng khác nhau. Tại Nam Việt, đầu tiên có các cha Dòng Tên, từ năm 1664 có các cha hội truyền giáo Paris, và từ năm 1700 có các cha Dòng Phanxicô gốc Tây Ban Nha và một số thừa sai do bộ truyền giáo trực tiếp gửi đến. Suốt trong thế kỷ thứ 18 là cuộc tranh chấp về quyền bính triền miên giữa các hội dòng, đưa đến việc tòa thánh cử hai Ðức Cha đặc sứ đến giải quyết năm 1740 và năm 1744.
Có nhiều nguyên nhân đưa đến việc cấm đạo này. Trước hết, những cuộc cấm đạo bên Trung Hoa và Bắc Việt đã làm triều đình Nam Việt nghi ngờ các vị thừa sai ngoại quốc. Khi hay tin hoàng đế Trung Hoa bắt đạo, Võ Vương đã nói: “Hoàng đế nước Trung Hoa làm theo điều ông ta suy nghĩ, còn trẫm làm theo điều trẫm nghĩ”.
Thứ đến, các thương gia ngoại quốc đến buôn bán có những hành động ngạo ngược chọc giận các quan. Một thương gia người Pháp tên là Le Poivre, đến thương lượng không được như ý đã bắt giữ Michael Khương, người thông ngôn của triều đình. Vì vụ bắt cóc này mà ba vị thừa sai người Pháp đã bị bắt giam cho đến khi trả người thông ngôn lại.
Sự việc đang bất lợi thì xảy ra vụ thư từ của các cha Dòng Tên từ Macao gửi sang bị bắt được và nộp cho các quan. Có thư viết bằng tiếng Việt, có thư viết bằng tiếng Latinh hoặc Bồ Ðào Nha. Ban đầu Võ Vương cho tìm người Việt để dịch các lá thư, nhưng người Việt không đủ khả năng, các quan phải mời các cha Dòng Phanxicô gốc Tây Ban Nha và các cha người Pháp. các đấng xem qua rồi chối là không hiểu tiếng Bồ Ðào Nha. Sau cùng họ phải mời các cha Dòng Tên đến dịch, nhưng bắt mỗi người ở một phòng riêng có lính gác để không thể bàn hỏi với nhau được, vì các quan nghi ngờ những lá thư này xúi dục dân chúng nổi loạn, vả lại lúc ấy các cường quốc Tây Phương đã chiếm đất và lập pháo đài tại Ấn Ðộ khiến triều đình sợ.
Ngày 24-4-1750, hội đồng cố vấn họp bàn xem có nên để các cha tự do nữa hay phải trục xuất. Ý kiến trục xuất chiếm đa số vì những lý do sau đây:
Với những lý do đó Võ Vương quyết định giao cho quan Cai An Tin viết lệnh trục xuất các vị thừa sai. Trước tiên ông gọi tất cả các cha Dòng Tên về, trừ Cha Kofler, để dịch lại các lá thư. Qua các chi tiết trong thư, ông Cai An Tin càng tin chắc là các vị thừa sai có âm mưu gì đây. Trong lúc đó người Trung Hoa gây rối loạn, tố cáo các vị thừa sai chứa võ khí trong nhà. Mặc dù không có bằng chứng, ông Cai An Tin vẫn ghi vào và trình lên Võ Vương lệnh trục xuất các thừa sai, cấm đạo Công Giáo, triệt hạ nhà thờ và tịch thu các tài sản chung. Ngày 27-4, các thừa sai được tin mật báo nên đã giải tán các học sinh.
Ngày 1-5-1750, lính mang lệnh đến nhà Ðức Cha Lefebvre đòi các thừa sai đến. Ðức cha vì ốm không đi được, chỉ có hai vị thừa sai là Rivoal và Lidur đi. Tới nhà ông Cai An Tin thì các đấng đã thấy các Cha Mathias, Maccioni và Antoine ở đó. Ngày 6-5, lệnh bắt tất cả các thừa sai được loan báo khắp nước: “Các thừa sai Âu Châu đã giảng dậy một thứ đạo làm cho các tín hữu thành điên dại tin vào lời họ. Nhà Vương ra lệnh cấm đạo này và không muốn các tín hữu tụ họp nữa. Các trấn thủ phải bắt các thừa sai giải về Kinh Ðô hoặc Quảng Nam. Nhà Vương cũng muốn rằng tất cả các nhà thờ phải triệt hạ, vật dụng giao cho làng sở tại để xây chùa hoặc nhà hội. Lệnh cũng truyền cho các tín hữu phải nộp các ảnh tượng, tràng hạt và sách đạo. Bắt tất cả các thầy giảng đang ở các cơ sở truyền giáo, tịch thu các tài sản của các thừa sai Âu Châu, nếu có gì đáng giá thì đưa về Kinh Ðô, còn lại phải lưu giữ cho đến khi có lệnh. Còn đất đai, theo lệnh của nhà Vương, sẽ làm của chung trong làng”.
Lính đến nhà Ðức Cha Lefebvre đọc sắc lệnh và thi hành từng khoản. Ðức cha, Cha Bourgeries và hai thầy bị bắt giao cho hương chức trong làng canh giữ. Nhiều lương dân lợi dụng lệnh cấm đạo quấy nhiễu giáo dân và lấy đồ đạc. Quan Cai An Tin phải ra thêm lệnh xét xử các vụ người Công Giáo khiếu nại. Một viên cai đã phải cắt nghĩa với lương dân là Võ Vương không ra lệnh bắt giáo hữu phải chối đạo. Tại Kinh Ðô có hai nhà thờ không bị phá hủy, đó là nhà thờ của Ðức Cha, vì dân chúng muốn để vậy bán hơn là phá hủy, và nhà thờ của Cha Kofler, nhà toán học của triều đình. Nhờ đút lót, các vị thừa sai tại Kinh Ðô được đưa về giam tại ba nhà khác nhau có lính canh. Các cha Dòng Tên ở tại nhà Cha Kofler, đức cha và hai thừa sai người Pháp ở tại nhà đức cha, ba cha Dòng Phanxicô ở tại nhà Cha Maccioni. Một tháng sau các thừa sai lại được lệnh trở lại nhà giam đã chỉ định. Vào đầu tháng 7 các thừa sai được biết rõ ý định của Võ Vương là sẽ trục xuất các cha ra khỏi nước, đồng thời các tài sản sẽ được trả lại. Nhưng trên thực tế chỉ ít đồ đạo được trả lại, còn các thứ khác được cho biết là đã đem thưởng cho lính canh gác. Cai An Tin giao cho hai cai đội và 10 binh lính đưa các thừa sai về Hội An. Mặc dù nhiều cố gắng vận động giữa các quan để thu hồi lệnh trục xuất cũng chẳng đi đến đâu, các thừa sai vẫn phải xuống tầu Bồ Ðào Nha đi Macao vào cuối tháng 8. Tất cả gồm 27 người: hai đức cha, 7 thừa sai người Pháp, hai thừa sai người Ý, 8 thừa sai Dòng Tên và 8 thừa sai Dòng Phanxicô. Ðó là ngày buồn thảm nhất cho giáo hội Nam Việt, các giáo dân chỉ đứng xa xa mà khóc chứ không được ra tiễn biệt.
Nha Ru và Nha Trang có bốn nhà thờ do các thầy giảng trông coi. Khi có lệnh bắt các thừa sai ngày 6-5, Ðức Cha Phụ Tá Bennetat đang kinh lý tại Nha Ru với Cha Tchang người Trung Hoa. Ðức cha căn dặn giáo dân rồi trở về Nha Trang sửa soạn đi Cao Mên ẩn trốn. Ðức cha đi thuyền nhưng gặp gió ngược phải trở lại, và gặp được hai chiếc thuyền từ Quảng Nam thuật lại chuyện đã xảy ra, đức cha quyết định ra nộp mình cho các quan. Ðội lính từ Kinh Ðô về tới Nha Ru giao lệnh hôm 20-5, và tới Nha Trang sáng hôm sau. Quan sai lính đến phá hủy các nhà thờ và bắt giữ thầy giảng. Cha Tchang bị bắt trước tiên và bị tra hỏi nơi ở của đức cha và 5 người khác. Ðức cha trở về nhà thờ với một thầy và một chú, còn các người khác cho về nhà. Một người lính trông thấy đức cha liền bắt người đem về nộp cho quan ở Nha Ru. Tất cả là 11 người bị bắt: Ðức Cha Bennetat, Cha Tchang, bốn thầy giảng, bốn chú và một người giúp việc. Ngoài ra còn 12 thầy giảng tại các nhà thờ khác trong tỉnh đều bị bắt. Các thừa sai phải làm tờ khai trả lời các câu hỏi như đến từ khi nào, đã chiêu dụ được bao nhiêu người theo đạo, v.v.
Ngày 1-6, tất cả được dẫn ra trước tòa án. Sau khi hỏi qua loa lý lịch, quan trấn nói với đức cha: “Các người đáng chết vì đã lôi kéo một số đông dân chúng theo đạo, nhưng nhà Vương khoan hồng tha mạng. Hãy chuẩn bị đi về Quảng Nam và chờ lệnh”.
Ðức cha đáp lại: “Tôi rất đội ơn nhà Vương, nhưng tôi cũng không hối hận nếu bị chém vì tội đã rao giảng đạo chân thật”.
Quan vừa cười vừa nói: “Tôi biết các ông thừa sai chỉ ước mong được tử đạo vì nếu người ta chém đầu các ông thì sẽ có nhiều Kitô hữu đến thấm máu”.
Ngày 7-6 hai cha xuống thuyền cùng với 6 người đi Quảng Nam. Trên lộ trình có các giáo dân ra tiễn biệt. Ngày 29-6 các đấng tới Quảng Nam. Tại Quảng Nam lính cũng bắt ba cha, Joseph d'Azema người Pháp, Domini La Magna người Tây Ban Nha Dòng Phanxicô, và Pierre Dòng Phanxicô. Tại Quảng Bình và Quảng Nghĩa, quan được lệnh bắt Cha Graff và Cha Neugbauer Dòng Tên. Tại Phan Rang Cha Moran bị bắt. Tại Phú Yên, có 9 nhà thờ do Cha Joseph Martiali coi, các thừa sai Bourgine, Lidur và một số thầy giảng bị bắt ngày 17-5, đồng thời các nhà thờ bị phá hủy và cướp bóc. Ngày 5-6, các đấng xuống thuyền đi Quảng Nam.
Sau khi các thừa sai đi rồi khoảng 200 nhà thờ bị phá hủy, các binh sĩ phải chà đạp ảnh. Tình trạng giáo hội tại Nam Việt thật bi thảm. Năm 1752 có ba cha Dòng Tên, Cha Kofler, Cha Loureiro và Cha Monteiro, trở lại Nam Việt và được phép ở lại với điều kiện không được giảng đạo. Võ Vương muốn dùng các cha Dòng Tên vào việc chế thuốc và xây một hệ thống bơm nước trong hoàng cung. Hay tin các cha Dòng Tên được ở lại, Ðức Cha Bennetat cùng với Cha Rivoal và người thông dịch Michael theo tầu Pháp trở lại Nam Việt vào tháng 12-1752. Võ Vương không cho phép đức cha lưu lại, nhưng nhờ thăm viếng tặng quà các quan lớn, đức cha được gặp Võ Vương trong bầu khí thân mật. Võ Vương ban mũ áo quan cho đức cha và hỏi han tại sao lại vất vả từ xa xôi đến giảng đạo, có thật các cha móc mắt trẻ con chết không, có dùng xương trẻ con làm nước thánh không... Ðức cha trả lời rằng vì muốn bày tỏ lòng trung thành với nhà Vương mà trở lại, còn hai câu hỏi khác chỉ là những lời vu cáo mà thôi. Võ Vương ra lệnh trả lại nhà thờ trước kia thuộc về Ðức Cha Lefebvre ở Kinh Ðô gần hoàng cung. Ðức cha cũng được phép đi thăm giáo đoàn Cửa Hàn, nhưng không dám ở lâu. Ngoài ra trong thời kỳ trục xuất, Cha J. B. Thang người Trung Hoa và Lidur người Ấn Ðộ vẫn lén lút giúp giáo dân.
Khoảng tháng 10 chính nhà Vương dẫn đầu quân lính đến nhà thờ bắt trói Ðức Cha lại và ra lệnh đưa nhà thờ về gần hoàng cung. Hai cha Dòng Tên chỉ bị bắt giữ ba bốn ngày. Ða số giáo dân tại Kinh Ðô và nhất là những người giầu, có địa vị đã đạp ảnh chối đạo. Ngày 20-11-1753, Võ Vương công bố lệnh trục xuất các cha. Cha Kofler xin được phép ở lại một năm với người Hoà Lan, Cha Loureiro cũng đút lót xin ở lại để mua đồng hồ cho nhà Vương với điều kiện không ra khỏi nhà. Thế là chỉ có Ðức Cha Bennetat và Cha Rivoal xuống thuyền từ giã giáo đoàn lần thứ hai. Nhưng từ năm 1754, các cha Dòng Phanxicô bắt đầu lén lút vào vùng Hà Tiên và dần dần trở lại những xứ cũ giúp đỡ giáo dân.