Khi Trịnh Tạc lên nối ngôi chúa, miền Bắc đã có sáu cha Dòng Tên đang truyền đạo trong sáu giáo đoàn khác nhau: Kinh Ðô, Nam Ðịnh, Thanh Hóa, Nghệ An, Xứ Ðoài và Xứ Bắc, Xứ Ðông. Tổng cộng các nơi có khoảng 300.000 giáo dân, 414 nhà thờ, 30 thầy giảng. Tại Kinh Ðô giáo dân đến nhà thờ đọc kinh mỗi ngày hai lần. Cha Tissanier gọi giáo hội Bắc Việt lúc ấy như một thiên đàng.
Trong năm đầu phải để tang cha nên Trịnh Tạc chưa làm gì để cấm đạo. Qua năm sau, vì Trịnh Tạc là người sùng nho học muốn chấn chỉnh Nho Giáo nên ra lệnh cấm hút thuốc, cấm đánh nhau và cấm luôn cả đạo Công Giáo. Về thái độ thù ghét đạo Công Giáo của Trịnh Tạc, Cha Tissanier cho biết là Trịnh Tạc rất thắc mắc không hiểu tại sao đạo Công Giáo lôi cuốn người dân quá đáng và vì thế phải cấm hẳn. Ngoài ra, gương nước Nhật và Trung Hoa bắt đạo và nghi ngờ các người Âu Châu, cũng làm cho chúa Trịnh nghi ngờ rằng: không lẽ các cha vượt biển xa xôi trăm ngàn nguy khó đến đây chỉ để giảng đạo cứu rỗi người ta không thôi. Thêm vào đó các quan xúi xiểm với Chúa Trịnh là người Công Giáo bỏ bê việc cúng thần và tổ tiên. Ðầu năm 1658, các quan cố vấn thỉnh cầu Chúa Trịnh chấn chỉnh quốc gia và nghiêm cấm đạo Công Giáo. Tháng 4 năm đó, tầu Bồ Ðào Nha đến mà không mang nhiều hàng quí, và đồ tặng phẩm lại quá xoàng khiến Trịnh Tạc tức giận ra lệnh cho các cha phải rời khỏi nước. Trước tin này, các bà đạo đức trong triều xin với Trịnh Tạc cho phép hai cha vừa theo tầu Bồ Ðào Nha đến được ở lại, vì các cha này không biết tiếng Việt, không giảng đạo được. Trịnh Tạc cho phép hai cha ở lại nhưng cấm không được đi các làng thăm giáo dân. Ngày 17-7 các cha khác xuống tầu về Macao. Ngày 17-9 cũng năm đó, hai cha còn lại phải ở hai nhà khác nhau có lính canh chừng. Trịnh Tạc còn ra mật lệnh cho các quan trấn nếu gặp thấy các cha ở các làng thì phải bắt ngay, và xử như người phạm tội. Trước tình trạng này các cha phải ra lệnh cho các thầy không được hội họp giáo dân nữa. Tuy có thái độ thù ghét, nhưng Trịnh Tạc cũng phải công nhận là các kinh đọc rất hay và lời cầu nguyện giúp được nhiều bệnh nhân khỏi bệnh. Số tân tòng trở lại vẫn đông, nguyên năm 1660 có 8.000 ngườị
Kiên Lao là một làng cách xa Kinh Ðô lối 40 dặm và nổi tiếng không những vì các chiến sĩ dũng cảm mà còn vì số đông những người tín hữu nhiệt thành. Chúa Trịnh tuyển chọn lính tại đây, vì thế cho họ đặc ân được chia nhau các hoa mầu ruộng đất. Làng này có khoảng 2.000 người Công Giáo đã nêu gương cho các người khác trở lại. Sau đó ít lâu con số lên tới 5.000, kể cả vùng lân cận. Một tông đồ giáo dân của làng này là ông Bênoit.
Ông chịu phép rửa tội năm 33 tuổi, do Cha Amaral vào năm 1635. Ngay từ đó ông được nhiều ơn của Chúa Thánh Linh, nhiệt thành làm việc tông đồ. Ông đã xin được giúp các cha trong việc rao giảng Phúc Âm, nhưng Cha Amaral thấy ông có gia đình và muốn lòng nhiệt thành của ông mang hoa trái cho vùng này, nên cha khuyên ông làm tông đồ giữa đời, bằng lời nói và gương sáng giữa mọi người. Ông từ bỏ các thú vui trần tục và sốt sắng giữ chay tịnh, cầu nguyện. Khi lương dân lấy các đồ đạc trong nhà, ông còn ngợi khen Chúa vì được chịu khổ.
Vị quan trông coi Kiên Lao là người ghét đạo nên lúc ban đầu giáo dân không thể dùng nhà thờ được, các ngày Chủ Nhật họ phải họp nhau tại nhà ông Bênoit. Một hôm quan vào nhà bất thình lình, đánh đập tất cả những người có mặt. Một số đông chạy trốn thoát được. Ông Bênoit vẫn ở nguyên tại chỗ và cầu nguyện. Quan càng tức giận, chửi bới và dọa nạt sẽ trừng trị. Ông vẫn thản nhiên trả lời: “Tôi không hề quan tâm những chuyện nhỏ nhặt khi tôi đang cầu nguyện, và hơn nữa tôi còn sung sướng được chịu khổ cực vì Chúa”.
Từ đó Cha Morelli giao cho ông coi sóc giáo dân ở Kiên Lao. Ông lại càng nhiệt thành hơn. Ông đến thẳng Kinh Ðô để biện hộ cho đạo Công Giáo và tố cáo quan hà nhiễu nhân dân, và xin được phép làm nhà thờ tại Kiên Lao. Cha Borges đã đến làm phép nhà thờ và chứng kiến lòng đạo của dân chúng. Có lần cha phải rửa tội một lúc ba bốn trăm người và vì thế họ phải làm ba nhà thờ.
Lòng nhiệt thành của ông Bênoit đã thôi thúc mọi tín hữu, khi đi nhà thờ mỗi Chủ Nhật, họ mang theo gạo để phân phát cho người nghèo. Mỗi ngày Chủ Nhật người ta thấy trước cửa nhà thờ một đống gạo lớn. Một hôm ông đến với bọn trộm cướp nói thẳng: “Tôi sẵn sàng chia sẻ số gạo thóc cho, nhưng phải bỏ nghề bất lương cướp đoạt của người khác.”
Lời nói chân thành thẳng thắn đã cảm hoá được năm sáu tên trộm, và chúng đã tình nguyện theo ông Bênoit. Trong 14 năm trời hoạt động, ông đã sửa đổi được nhiều thói xấu địa phương. Một hôm có tin vua tuyển chọn 13 người lính, và họ muốn tụ tập tại chùa để lãnh sắc, ông đã đề nghị họ đến nhà thờ để nghe sắc, vì trong số đó có 8 người Công Giáo, và họ đã làm theo. Sau khi nghe lời truyền, họ cúi mình 4 lạy để tạ ơn Chúa. Một dịp khác, vào ba ngày đầu năm, những người lính Kiên Lao được vinh dự tập dượt tại chùa và vì vậy họ sẽ phải lạy Phật. Ông liền bỏ tiền và treo giải thưởng cho họ để họ đến khu nhà thờ thao diễn. Trước khi bắt đầu họ đã kính lạy Thiên Chúa.
Mùa chay năm 1660 ông đến Kinh Ðô gặp Cha Borges và nói mình không còn sống bao lâu nữa. Ông trở về làng tiếp tục thăm viếng các bệnh nhân rồi chính ông cũng mang bệnh. Tháng 5, ông từ giã vợ con, nhà cửa, và một người cáng ông lên Kinh Ðô gặp các cha để lãnh nhận các bí tích. Các cha nhờ một danh y săn sóc, nhưng ông nói: “Thuốc mà con tìm kiếm là các bí tích, thầy thuốc là các cha”.
Và từ đó ông chờ đợi sự cứu giúp của ơn cứu chuộc linh hồn. Người ta hỏi ông có muốn về nhà để chết không. Ông thưa lại: “Nhà tôi chính là nơi gần các cha nhất, và vinh dự cho tôi là được chôn cất gần nhà thờ”.
Trong năm ngày cuối cùng đời ông, lúc nào tay ông cũng ôm chặt tượng chuộc tội. Nhìn Chúa chịu đóng đanh và chết trên thánh giá đã giúp ông chuẩn bị dâng chính cuộc đời ông và chết lành thánh trước mặt Thiên Chúa. Ông tắt hơi trong tay Cha Borges ngày 8-6-1660. Xác ông được đưa về làng Kiên Lao, chôn cất tại nhà thờ. Ông giữ đạo 25 năm.
Từ năm 1663 nước Trung Hoa cấm tầu bè Bồ Ðào Nha đến Macao, khiến không còn tầu buôn nào đến hải cảng Bắc Việt nữa. Trong một phiên họp hội đồng tại phủ Chúa Trịnh, một vị hoạn quan đã đề nghị chấn chỉnh đạo giáo, vì có nhiều giáo phái bành trướng trong dân gian. Hội đồng đi đến kết luận là muốn ngăn ngừa các điều tệ hại cần phải trục xuất các đạo trưởng và cấm giáo dân theo đạo Công Giáo. Sau đó hai cha được lệnh phải lên tầu Hòa Lan đi Jarkata ngay lập tức. Sau khi các cha đi khỏi ba bốn ngày thì có lệnh cấm đạo Công Giáo và phái thầy cúng, bà cốt. Nhưng ngay sau khi lệnh được công bố, có sao chổi xuất hiện làm mọi người nghĩ ngay đó là vì lệnh cấm các đạo. Trịnh Tạc phải thâu hồi lệnh cấm. Nhưng các nhà thờ đã bị tháo gỡ, giáo dân không còn hội họp nữa. Chỉ có mười thầy lớn đi lại thăm giáo dân và nâng đỡ đức tin của họ.
Cha Marini tóm tắt những nguyên nhân đưa đến thái độ thù nghịch và cấm đạo Công Giáo như sau: Vì trong đạo có nhiều thực hành và tập tục khác biệt, vì các sư sãi vu cáo người Công Giáo phá chùa bẻ tượng, vì các thầy cúng tuyên truyền là sự có mặt của Công Giáo gây ra các tai ương, và sau cùng là luật nhất phu nhất phụ của đạo. Ngoài ra còn một lý do nữa là nhờ cấm đạo các quan có thể làm tiền các người Công Giáo.
Trong hoàn cảnh bắt đạo trong Nam cũng như ngoài Bắc, các vị thừa sai không thể đi lại được, còn các thầy giảng lại không thể cử hành các bí tích. Cha Ðắc Lộ được bề trên cử về Rôma để vận động tòa thánh sai giám mục đến Việt Nam để truyền chức linh mục cho các thầy giảng có đủ khả năng. Năm 1658 Tòa Thánh đã xếp đặt cho hai đức cha đến Việt Nam, Ðức Cha Pallu coi Bắc Việt và Ðức Cha Lambert de la Motte coi Nam Việt. Năm 1666 Cha Deydier đại diện Ðức Cha Pallu lén vào được Bắc Việt, tổ chức lại giáo đoàn và đặc biệt gửi hai thầy đi Thái Lan chịu chức, đồng thời chuẩn bị các thầy khác. Sự có mặt của các vị thừa sai người Pháp không làm cho Trịnh Tạc bất bình, trái lại ông còn mong muốn có thương gia người Pháp tới.
Tuy nhiên năm 1669 Trịnh Tạc thất bại trong việc đánh dẹp nhà Mạc ở Cao Bằng, và có vụ hoả hoạn xảy ra tại Chùa Tháp khiến ông tìm một con vật hy sinh để trấn an lòng dân. Trong lúc đó tầu buôn Bồ Ðào Nha đến Bắc Kỳ chở ba cha Dòng Tên, một thầy, và nhiều đồ đạo trong khi hàng hóa lại không có gì, lễ vật dâng Chúa Trịnh quá thường. Ngày 13-5, Chúa Trịnh ra lệnh cấm đạo Công Giáo. Lệnh được quan Tiêu Bút giao cho viên trấn thủ Nam Ðịnh là ông Gia Thước để thi hành. Lệnh viết: Ðối với những người giữ đạo Hoa Lang từ lâu đã có lệnh cấm, phải canh giữ nghiêm ngặt để không ai trong thần dân theo đạo này. Xét kỹ các tầu buôn của Bồ Ðào Nha để tịch thu các đồ dùng và các sách đạo. Ðối với những ai còn tiếp tục đi lại với họ thì phải giáo dục họ, đưa về đàng chánh, nếu không thì phải trừng trị họ theo luật lệ. Tại Thanh Hoá ngày 13-5.
Ngày 3-6 Trịnh Tạc còn ra lệnh cho ông Gia Tai đến phủ nói các quan thảo một sắc lệnh chống đạo. Hoạn quan Cao Trao nói: “Tâu Hoàng Thượng, năm rồi hạ thần sang Nhật, thấy luật ở đấy rất nghiêm, không ai dám giữ đạo Hoa Lang. Hoàng Thượng phải ngặt để không ai dám nghĩ đến đạo ấy nữa. Ở đây xem ra dân chúng cười khinh lệnh vua Raphael còn tụ họp 3.000 người”.
Một quan khác là Cao Cát thưa: “Vài tháng trước hạ thần thấy họ an táng cho con, có ba linh mục và đông giáo dân tham dự...”
Ngày 14-6 sắc lệnh cấm đạo có tên là Phương Truyền được công bố. Sắc lệnh viết: Hội đồng cố vấn theo lệnh của Hoàng Thượng truyền cho các quan thuộc mọi trấn phải ngăn cấm đạo Hoa Lang, là thứ đạo đồi tệ lừa dối dân chúng. Những người ngu dốt không biết gì nên đã tin theo. Năm Canh Dần đã có lệnh vua cấm các người Bồ Ðào Nha lừa dối dân chúng, làm nhà thờ và hội họp nam nữ vô luân. Vậy các nhà thờ này phải triệt hạ trong toàn lãnh thổ và từ đây về sau nếu bắt gặp bất cứ ai hội họp theo thói cũ, hoặc mang những đồ đạo Hoa Lang thì phải tịch thu các ảnh đạo, đánh đòn 50 trượng rồi tha về. Lệnh truyền cho quan nha hiến tại các trấn phải sai lính đi các làng, huyện xem xét. Nếu bắt gặp người nào thì phải bắt họ từ bỏ hẳn thói xấu ấy và tuân giữ các tục lệ của quốc gia. Nếu các lính này không thi hành, hoặc xách nhiễu nhân dân để đòi tiền thì phải trừng phạt. Ban hành năm vua Cảnh Trị thứ 7, ngày 16-5-1669 (14-6 Dương Lịch).
Ngày 29-6 một lệnh mới nội dung cũng như trên nhưng được ủy thác cho quan Tiết Chế thi hành để nhổ tận gốc đạo mới này.
Với sắc lệnh thứ nhất quan trấn xứ Nam Ðịnh đã tịch thu nhiều ảnh tượng và sách đạo trên tầu Bồ Ðào Nha và tại các nhà Công Giáo. Tại Kinh Ðô, quân lính được sai đi khắp ba mươi sáu phố phường để lục xét. Có hơn 200 nhà thờ phải tháo gỡ. Sắc lệnh thứ ba kiểm kê tất cả nhà thờ và giáo dân tại các tỉnh khác. Cha Deydier không dám ra khỏi nhà, chỉ có các thầy giảng đi các nơi thăm viếng.
Tình trạng thay đổi khi Ðức Cha Lambert de la Motte sang kinh lý, họp công đồng, và phong chức cho 7 thầy làm linh mục. Ðồng thời đức cha còn lập Dòng Mến Thánh Giá tại Việt Nam. Dịp này đức cha được triều đình tiếp đón niềm nở, còn được tặng đất làm nhà và hai Cha Deydier và Bourges được nhận làm đại diện của công ty Ðông Ấn của Pháp. Với phép này, ban ngày thì hai cha lo cửa tiệm, ban đêm gặp giáo dân. Trong nhà là một chủng viện huấn luyện, các thầy là những người chính thức giúp việc cho các cha. Khách hàng thường xuyên là giáo dân đến lãnh nhận bí tích. Ðó chính là thứ hàng các cha mang lại cho dân chúng Việt Nam.
Thế nhưng cơn giông tố trở lại vì quan trấn xứ Nam Ðịnh là người ghét đạo, chỉ tìm cơ hội để kiếm chuyện. Ngày 2-4-1670 một thuyền buôn từ Nhật đến mang theo nhiều đồ đạo. Hai Thầy Barnaba và Phêrô xuống khiêng lên liền bị phát giác và bị bắt, còn đồ đạo bị tịch thu. Khi quan thẩm vấn, Thầy Barnaba theo thói quen người Công Giáo xưng tên thánh là Barnaba làm cho quan tức giận. Quan hạch sách làm gì tại nhà người Pháp và tại sao không làm ruộng. Thầy trả lời là giúp việc nhà vì không biết làm việc gì khác. Quan lại hỏi tại sao theo đạo ngoại lai, lại giữ những sách vở và ảnh tượng đạo, trái với lệnh cấm của vua? Thầy Barnaba đáp: “Những cuốn sách này là gia tài cha mẹ tôi để lại, nó rất quí và an ủi tôi, nuôi dưỡng đức tin tôi đã nhận lãnh. Còn thánh giá và những ảnh này là dấu chỉ đức tin Công Giáo mà tôi đã tuyên xưng từ nhỏ, ăn sâu vào tấm lòng tôi đến nỗi không lời hứa hẹn hay dọa nạt nào có thể làm tôi chối bỏ. Tôi biết có lệnh vua cấm, nhưng những đồ đạo này là tất cả gia sản tôi có và đã bị tước đoạt. Nếu quan trả lại, tôi hết lòng biết ơn. Tôi sẵn lòng chết để tỏ lòng trung thành với vua nếu điều đó không trái với lương tâm, không nghịch lại giới răn của Chúa Trời đất”.
Sau lời tuyên xưng đạo dũng cảm, Thầy Barnaba bị giam ngặt hơn, chân mang cùm và cổ đeo gông. Sau 19 ngày thì có án lệnh bắt thầy phải phơi nắng ba ngày giữa chợ, với bản án đeo trước ngực. Bản án viết: “Người này bị bắt và giam tù vì theo đạo Công Giáo nghịch với lệnh vua. Các quan trừng phạt xứng với tội và làm gương cho các người khác để không bị đạo của người ngoại quốc lừa dối nữa”. Dân chúng đi qua bàn tán rằng theo đạo Kitô là một tội ác sao? Thật là bất công.
Ngày 22-8-1670 một người chối đạo tố cáo với quan trấn là hai người Pháp chính là hai linh mục. Lính vây nhà thì bắt được Cha Deydier và Thầy Pio. Ngày 3-9, quan đem bản án tâu Chúa Trịnh. Nhưng Chúa Trịnh truyền lệnh trả tự do cho người Pháp. Quan trấn lại thưa: “Nhưng phải trừng phạt những người theo đạo, chém đầu họ để làm kinh sợ những người khác và chấm dứt được giáo phái mới này”.
Chúa Trịnh nói: “Trẫm không muốn họ phải chết, nếu khanh chắc chắn rằng họ gây lộn xộn trong trấn địa sở thì chặt tay họ hoặc giải họ về kinh”.
Sau đó những người Công Giáo bị bắt phải chịu đánh đòn 80 trượng, đồ đạo tịch thu được phải đem đốt. Ngày 10-9, năm người Công Giáo bị đưa ra trước mặt quan. Những người này nổi tiếng là đạo hạnh và lời cầu nguyện của họ đã chữa lành được nhiều bệnh nhân. Trong dịp này Cha Deydier đã hùng hồn biện hộ cho đạo như sau: “Tại sao quí vị phải sửa sai những người này? Trong tù có nhiều người trộm cướp giết người, có người nào là Công Giáo không? Ðạo Công Giáo không bao giờ cho phép làm thế. Ðã từ hai chục năm nay tại trấn này có vô số những người sát nhân, thế nhưng từ khi có nhiều người theo đạo Công Giáo thì không còn tình trạng bất an nữa. Nếu có người trộm cướp nào, thì chính là người không theo đạo Chúa Kitô. Ðạo Chúa dậy phải tôn kính vua chúa, cha mẹ, và yêu người hàng xóm như chính mình vậy. Ðạo còn dậy không được thề gian dối, không được trộm cắp, giết người hay ngoại tình. Quí vị muốn những người Công Giáo thôi không giữ những điều ngay chính nữa sao?”
Bài biện hộ còn dài nói về việc thờ Chúa Trời và tôn kính tổ tiên. Ngày 13-9 các tù nhân Công Giáo bị đánh đòn, hai người đàn bà bị 5 roi, hai người đàn ông già bị 30 roi, hai người khác bị 50 roi. Ngoài ra các tín hữu tại các nơi khác cũng hay bị sách nhiễu.