Một số tác giả căn cứ vào cuốn Khâm Ðịnh Việt Sử Tổng Giám Cương Mục để cho rằng đạo Công Giáo bị bách hại từ năm 1533 là điều không trúng với sự kiện lịch sử.
Trước hết cuốn này được quốc sử quán triều Nguyễn biên soạn theo lệnh của vua Tự Ðức (1856-1884). Theo đó thì từ năm Nguyên Hòa nguyên niên đời vua Trang Tông nhà Lê (1533) có người Tây tên là I-nê-khu đi đường biển vào giảng đạo Thiên Chúa ở làng Ninh Cường và làng Quần Anh thuộc huyện Giao Thủy. Cha Phan Phát Huồn và những người sau này theo tài liệu Việt Nam Giáo Sử của người đã gọi ngay niên hiệu đó là cuộc bách hại đạo đầu tiên.
Thực ra đạo Công Giáo chỉ được rao giảng chính thức từ thời Trịnh Tráng vào năm 1627 do Cha Ðắc Lộ và Cha Marquez, Dòng Tên. Năm 1626 Trịnh Tráng có gửi thơ sang cho Ðức Thánh Cha Urbano VIII và nói về việc xếp đặt chỗ ở cho hai giáo sĩ. Năm 1786 Nguyễn Huệ ra Bắc chấm dứt dòng họ Trịnh.
Vào ngày lễ Thánh Giuse, 19-3 năm 1627, Cha Ðắc Lộ tới cửa Bạng bắt đầu cuộc truyền giáo có qui mô tại Bắc Việt (Ðàng Ngoài). Ban đầu cha thu hút được sự chú ý của vua chúa cũng như quan và dân. Tuy nhiên sự thành công, uy tín và khác biệt trong việc thực hành đạo đã gây ra nhiều ghen tương và đố kị. Chỉ trong vòng ba năm sau sự thân thiện đã đổi sang bắt bớ.
Cha Ðắc Lộ cho biết là sau một năm, các tì thiếp của người có đạo bị từ bỏ--vì luật nhất phu nhất phụ của đạo Công Giáo--đã kêu ca với Trịnh Tráng. Các vương phi cũng e ngại cho số phận của mình khi họ thấy Cha Ðắc Lộ đi lại nhiều với vua và các quan triều đình. Một bà vương phi đã ra lệnh cho quan đến nhà Cha Ðắc Lộ đe dọa như sau: “Hỡi các Tây Giang Ðạo Trưởng, sao các ngươi lại đến giảng trong nước ta một đạo lý trái với tục đa thê trong nước ta? Các ngươi chỉ cho phép thần dân của ta được có một vợ một chồng khi mà ta muốn có thêm nhiều tôi trung. Từ nay ta cấm các ngươi không được truyền bá đạo sai trái ấy nữa. Nếu bất tuân lệnh ta thì các ngươi phải biết rằng mất đầu thì cái chân không thể đứng vững nữa, nghĩa là ta sẽ trừ diệt nguyên nhân sâu xa ra khỏi nước ta”.
Một thử thách khác nữa do các thầy cúng và sư sãi gây ra cho việc truyền giáo. Những người này, vì thấy dân chúng trở lại đạo bỏ bê chùa chiền, thì vu cáo cho lễ nghi bên đạo là một phù phép giết người. Vì các cha thường khuyên nhủ những người sắp chết theo đạo để cứu linh hồn họ. Vin vào đó, họ xin chúa Trịnh đề phòng vì các cha là những người được sai đến dùng phép phù thủy để giết hại các nhân tài, tướng giỏi, một khi không còn ai, cuộc nổi loạn sẽ dễ dàng. Cũng năm ấy, Chúa Trịnh cấm tầu buôn không được đến, và ra lệnh cấm không ai được theo đạo Giatô, vì người theo đạo đã cả gan đập phá các tượng bụt thần. Cũng từ đó Chúa Trịnh và các quan xa tránh Cha Ðắc Lộ vì tin thật cha là phù thủy cao tay.
Lý do thứ ba Chúa Trịnh ra sắc chỉ triệt để cấm đạo là vì lời vu cáo cho rằng các cha liên lạc với nhà Mạc và chúa Nguyễn trong Nam. Sắc chỉ viết như sau: “Hoàng Thượng sắc dụ cho nhân dân biết: từ trước đến nay như Trẫm biết, các Tây Giang Ðạo Trưởng ở trong triều Trẫm không có dậy nhân dân những đạo lý sai lầm hại dân hại nước, nhưng để đề phòng những điều có thể xẩy ra sau này, hoặc những âm mưu hiện đang ngấm ngầm xếp đặt mà Trẫm chưa điều tra ra, Trẫm cấm ngặt từ đây các thần dân của Trẫm không được đi lại với các Ðạo Trưởng và tin theo đạo đó nữa”. Sắc chỉ của vua được viết trên mảnh gỗ lớn cắm ngay trước cửa nhà các cha. Từ đó, cả bốn tháng trời các cha không dám ra khỏi nhà. Ngày Chủ Nhật các cha gửi thư để đọc tại các nhà thờ, sáu phường được phân chia làm sáu xóm do các thầy giảng trông coi. Tiếng đồn về đạo mới do lệnh cấm lại càng được lan rộng ra những vùng xa xôi. Năm 1629, chúa Trịnh ra lệnh trục xuất hai cha xuống miền Nam để về Áo Môn (Ma Cao).
Một người tân tòng tên là Phanxicô có lòng bác ái ngay từ thuở bé, nhất là chôn cất người nghèo, có khi ông vác trên vai cho đến huyệt. Vì ông là lính trong ngự lâm, nên một hôm hoàng thân, anh vua, hay tin mới triệu ông đến và bảo: “Bàn tay ngươi đụng đến xác chết sao ngươi dám cầm đến thức ăn, đồ dùng của ta? Ta muốn ngươi tức khắc chấm dứt việc làm đó và từ bỏ đạo đã dậy ngươi làm như vậy”.
Rầu rĩ ông thưa với hoàng thân: “Tôi thật là một người Công Giáo và đức tin dậy tôi thực hành việc bác ái để được hưởng phúc trên trời. Không có quyền lực nào dưới thế có thể ép buộc tôi chối bỏ đức tin của tôi được. Còn về việc hầu cận hoàng thân, tôi không hề sao nhãng cũng như sự cứu rỗi đời đời của tôi. Hoàng thân hãy tin tưởng vào lòng trung thành của tôi. Nhưng đừng nghĩ việc tôi phụng sự Thiên Chúa và đồng bào trong những giờ rảnh rang là xấu”.
Vị hoàng thân là người rất ghét đạo nên tức giận đuổi người lính hầu cận ra và cấm không cho bao giờ được bước vào nhà ông nữa. Phanxicô sung sướng được thong dong hơn để phục vụ Chúa Giêsu là Vua các vua. Sau đó hoàng thân lại nghe tin lòng nhiệt thành của Phanxicô đã thu hút được nhiều người, liền cho đòi người lính hầu cũ đến và ra lệnh bắt ông từ bỏ Chúa Kitô. Phanxicô can đảm thưa lại: “Thưa hoàng thân, không bao giờ tôi dám làm điều tội lỗi ấy, dù tôi có phải chết trăm nghìn lần”.
Hoàng thân liền ra lệnh cho đem đi đánh đòn và tra tấn. Mặc dù roi đòn quật đánh tứ phía trên thân thể, Phanxicô vẫn khẳng khái tuyên xưng chỉ có Chúa Giêsu là Chúa của mình và sẽ thờ lạy Người cho đến hơi thở cuối cùng. Sau trận đòn thì có lệnh xử tử, và lý hình đem ông đi chém đầu. Phanxicô chính là vị tử đạo đầu tiên của giáo hội Bắc Việt và của lễ toàn thiêu này đã làm cho việc truyền giáo của các cha thêm kết quả đầy tràn.
Chúa đã thưởng công cho người và cho xảy ra nhiều phép lạ đến nỗi các cha không thể kể hết. Một người giáo dân đã trừ được ba mươi người khỏi quỉ ám. Tại Nghệ An, một bà già sống lại nhờ nước thánh do người con mang về. Một người khác trên đường vào rừng thấy một người sắp chết liền xuống suối lấy nước, làm dấu thánh giá trên nước, rồi cho kẻ sắp chết uống và đọc kinh ngày Chúa Nhật, ngay lúc đó người ấy hồi sinh và lấy lại sức lực.
Nếu Ông Phanxicô đã nêu gương và chết vì lòng bác ái thương người thì nữ giới cũng nêu cao về đức trinh khiết. Tại một làng có sáu chục người Công Giáo, trong đó có gia đình Cô Daria sinh sống. Một ông quan trong vùng muốn bắt ép Cô Daria làm vợ lẽ, trái với luật một vợ một chồng của đạo Công Giáo, cô liền bỏ làng trốn sang làng khác. Quan cho lính đến bắt cha mẹ và họ hàng để tìm ra nơi ở của cô. Những người này đã bị tra tấn và đánh đập tàn nhẫn nhưng họ một mực không cung khai nơi ở của người trinh nữ đạo hạnh. Họ trả lời: “Phản bội một người đồng đạo đã tín nhiệm nơi họ là điều bất nhẫn, giao người ấy cho quan để làm hại nhân đức cao quí lại là một tội ác nữa”.
Quan cho lệnh dân chúng đánh đập họ, nhưng binh lính thấy gương hào hùng của họ thì chỉ đập phá nhà cửa và đồ đạc rồi để họ trốn đi. Cả sáu chục người trên đã trốn khỏi làng, cùng thề với nhau trung thành với Chúa. Họ đã lên kinh đô tìm gặp các cha và được một bà lớn trong thành bảo trợ, cho đất lập nghiệp.
Ngoài ra một cô khác tên là Pia cũng bị chính cha mẹ ép làm thiếp cho người bố nuôi, nhưng cô đã trốn lên kinh đô nương nhờ những người Công Giáo. Một tấm gương khác của cậu Phanxicô, 14 tuổi, bị cha mẹ bắt ép ăn thịt trong mùa chay. Cậu đã nhất mực từ chối nên bị cha mẹ ruồng bỏ, cậu lên kinh đô xin ở với các cha.
Những cuộc bách hại trên trong những năm đầu của Trịnh Tráng không làm hoảng sợ các tín hữu. Hơn nữa Chúa Trịnh còn cần đến sự có mặt của các cha để các tầu buôn Bồ Ðào Nha mang súng đạn bán để có thể thôn tính miền Nam của Chúa Nguyễn. Suốt trong 34 năm dưới thời Trịnh Tráng, tức là từ năm 1623 đến 1657, giáo hội tại Bắc Việt trải qua thời kỳ hoàng kim. Những cuộc bắt bớ lẻ tẻ, các cha chỉ coi đó như những vết đốt của đàn muỗi và chỉ một vài món quà là làm nguôi cơn giận dữ.
Năm 1630, Cha Ðắc Lộ bị trục xuất khỏi xứ Bắc Kỳ. Nhân dịp này giáo dân tại đây đã viết một lá thư bằng chữ Hán gửi đến Ðức Thánh Cha Urbanô VIII và Cha Bề Trên Cả Dòng Tên. Nội dung của hai bức thư giống nhau. Sau đây là nguyên văn bản dịch bức thư gửi Ðức Thánh Cha Urbanô VIII:
“Tất cả các bổn đạo nước Annam, cúi đầu lạy tạ Chúa thật trời đất, cúi mình dâng thư này lên Ðức Thánh Cha, đấng đại diện Chúa Giêsu Kitô dưới trái đất. Ðức Thánh Cha đã sốt sắng làm vinh danh Thiên Chúa bằng việc sai các linh mục đi khắp thế gian để dẫn đưa mọi người về đàng chân thật. Tuy nhiên cho đến nay, ánh sáng của đức tin chân thật chưa được chiếu tỏa trên đất nước Bắc Kỳ. Bây giờ chúng con được phúc trọng gặp hai cha Dòng Tên, từ phương Tây, chẳng nề những nguy hiểm bão táp ngoài khơi, đã đến nước chúng con và đã công bố đạo thật. Nhờ việc giảng dậy và khuyên bảo, các đấng đã khuyến dụ được nhiều người tôn thờ Chúa thật trời đất, con số lên tới 5.000 người và còn nhiều người khác nữa đang sẵn sàng tin theo. Mặc dù vua chúa cầm quyền nước này không nhận biết chân lý đã chống lại các cha, tuy nhiên vẫn chưa bao giờ lên án đạo thật do các cha rao giảng. Còn bổn đạo chúng con, không bao giờ nghi ngờ, vẫn một mực trung thành theo đạo thật đã nhận lãnh. Vì vậy để củng cố mạnh mẽ thêm ý chí của chúng con, chúng con dâng thư này lên Ðức Thánh Cha, là cha chung của mọi giáo dân, cúi xin Ðức Thánh Cha trợ giúp và nâng đỡ. Kính xin Ðức Thánh Cha thương tình trông đến sự khốn khó của chúng con và tỏ lòng phụ tử trên chúng con, các con cái xứ Bắc Kỳ còn ít ỏi và chưa được học hỏi kỹ lưỡng đang đợi trông các đấng thông thái đạo thật đến để giảng dậy đạo Thiên Chúa cho mọi người dân nước, cao sang cũng như hèn mọn, để họ tu bổ sai lầm, tránh được hình phạt muôn đời và được hưởng hạnh phúc viên mãn.
Chúng con tất cả giáo dân xứ Bắc Kỳ cúi đầu dâng thư mọn này lên Ðức Thánh Cha. Từ Con Thiên Chúa xuống làm người đến nay là 1630 năm”.
Theo Cha Marini thì lúc đầu Thiên Chúa chưa cho phép, hoặc các sư sãi chưa có mạnh đủ, hoặc Chúa Trịnh chưa có ghen ghét như các vua chúa Nhật Bản nên các cuộc bắt đạo chưa đến nỗi tàn khốc. Tuy nhiên cũng có nhiều lộn xộn xẩy ra vì sự bất cẩn của anh chị em tân tòng.
Vào cuối năm 1632 có cuộc cấm đạo và bắt hai cha ở Thanh Hóa. Lý do là ở gần khu Kẻ Chợ là trại Kẻ Sét, là đất Chúa Trịnh cho một Vương Phi sùng Phật, ghét đạo Công Giáo. Bà có xây một ngôi đền. Ban đêm có người điên vào đền bẻ gẫy pho tượng rất được sùng bái. Ðược tin báo, bà liền đến than vãn với Chúa Trịnh và vu cáo cho người Công Giáo ở đó đã phạm đến thần phật. Không cần điều tra, Chúa Trịnh ra chỉ cấm đạo ngày 17-10 Âm Lịch, tức ngày 28-11-1632. Bà Vương Phi cho lính đến phá phách nhà thờ mới cất. Lính lấy gỗ đem về nơi dân ngoại làm một đền mới. Tại Kẻ Chợ, nhiều dân ngoại quá khích đã bắt trói hai Cha Amaral và Reggio, lôi qua các phố. Chúa Trịnh đã phải xin lỗi các cha và ra lệnh cấm không được quấy nhiễu các cha và các người theo đạo.
Hai năm 1635 và 1636 xứ Bắc gặp nhiều tai ương. Trịnh Tráng lại ra lệnh cấm đạo. Ðể đề phòng, các nhà thờ đã được xây làm nhiều gian và cửa, mỗi khi báo có quân lính tới thì dân chúng ngăn ra làm nhà ở nên lính không có cớ gì để bắt triệt hạ cả. Sang năm 1637 thêm nhiều vị thừa sai và mở thêm nhiều địa điểm truyền giáo. Năm 1638 tại Nghệ An và Thanh Hóa, Cha Majorica và làng Kẻ Rùm bị bách hại. Tại đây số người Công Giáo khá đông và nhiều người trở lại nên dân ngoại hiềm khích, xúi dục bọn cướp tầu đến phá rối. Cuộc xung đột làm cho một tên trong bọn cướp bị tử thương nên cả làng bên lương cho tuần tráng đến phá phách, bắt giam Cha Majorica và đưa lên kinh. Cha và giáo dân được thả về, còn bọn cướp chạy trốn. Quan phủ theo lệnh trên kinh đô bắt làng bên lương cất nhà thờ lại cho giáo dân.
Năm 1643 bất thình lình Trịnh Tráng ra lệnh cấm đạo. Ông cấm dân chúng không được giao tiếp với các vị thừa sai, “những người đã cả gan dậy dân chúng tà đạo và những điều mê tín dối trá” , lại truyền thiêu hủy tất cả các ảnh tượng, sách vở và đồ đạo. Lệnh được niêm yết trước nhà các cha. Lý do có lẽ vì Chúa Trịnh muốn bắt tay với người Hòa Lan. Thương gia Hòa Lan bị Chúa Nguyễn cấm nên hứa giúp Chúa Trịnh đánh Nguyễn với điều kiện cấm người Bồ Ðào Nha tại Bắc. Nhưng cuộc chiến thất bại, nên chúa Trịnh thay đổi thái độ, cho mời Cha Majorica vào phủ phân bua vì đã quá nghe lời những người chống đạo. Chúa Trịnh lại cho phép các cha được tự do truyền đạo. Năm 1644, một tầu buôn Bồ Ðào Nha đến, chúa Trịnh ra lệnh khám xét kỹ lưỡng. Các quan bắt được nhiều đồ đạo và xin chúa Trịnh ra lệnh cấm đạo và cấm đeo ảnh tượng. Nhưng cuộc cấm đạo cũng chỉ kéo dài 3 tháng.
Chúa Trịnh chỉ muốn theo chính sách có lợi cho mình, khi có tai ương hoặc dân ngoại ca thán thì ra lệnh cấm đạo, rồi khi cần súng đạn của người Bồ Ðào Nha thì lại cho phép giữ đạo.