Theo đề nghị năm 1678 của Ðức Cha Pallu, đại diện tông tòa địa phận Ðàng Ngoài, tòa thánh chia hai địa phận mới là Ðông Ký và Tây Ký. Sắc lệnh ký ngày 27-11-1679 giao cho Ðức Cha Deydier, Giám Mục Ascalon, coi địa phận Ðông Ký, gồm các tỉnh phía Ðông sông Hồng, tức là Xứ Bắc, Xứ Ðông, một nửa Xứ Tây và một nửa Xứ Nam; Ðức Cha Bourges, Giám Mục Auren, coi địa phận Tây Ký, gồm các tỉnh phía Tây sông Hồng, tức là một nửa xứ Tây, nửa Xứ Nam, Xứ Thanh Hóa, Xứ Nghệ An và Bố Chính giáp sông Ranh.
Trong cả hai địa phận có các cha và thầy giảng Dòng Tên. Ngoài ra địa phận Ðông Ký còn có các cha Dòng Ða Minh và sau này thêm các cha Dòng Augustinô đi chân không. Dần dà các xứ đạo cũ chia ra và thêm số tại mỗi nơi. Tại địa phận Tây Ký, các cha Việt Nam coi các xứ, còn các vị thừa sai người Pháp chỉ mở chủng viện huấn luyện linh mục và thầy giảng.
Từ năm 1680 có nhiều cuộc bắt bớ tại các địa phương: Kẻ Voi năm 1680, Kẻ Hẹ năm 1684, Trại Chùa, Kiên Lao, Giao Thủy năm 1685, Vang Va năm 1686, Trại Dâu, Cát Vang... Nguyên nhân của những vụ sách nhiễu này cũng vì lương dân bắt người Công Giáo góp tiền xây Chùa hoặc cúng thần phật. Cũng có khi vì người Công Giáo không tham dự việc thề trung thành lấy tên thần làng. Một lý do khác nữa là người Công Giáo họp nhau đông, nhất là khi có đám tang, làm cho người lương ghen tức. Nạn nhân của những vụ bắt bớ này là các cha Việt Nam hay thầy giảng, có khi cả những chức việc trong họ đạo.
Riêng tại Kiên Lao có đông Công Giáo nhất tại Bắc Việt, khoảng 4.000 người, gần như toàn tòng, giáo dân hội họp đông đảo. Một hôm cha sở bị lính bắt, có hơn 200 bà về nhà lấy dao, gậy túm vào đánh quân lính để giải thoát cho cha sở. Quan sở tại liền cử 30 chục lính cừ khôi với đầy đủ khí giới để bắt lại cha và ba hòm đồ đạo. Một trong 30 người lính là người có đạo đã ngầm báo cho các cha. Các bà Công Giáo biết vậy liền mang các đồ đạo gửi tại các nhà người bạn bên lương. Lính giận dữ đánh túi bụi cả lương lẫn giáo. Thấy vậy ông Emmanuel đứng ra can, họ liền bị đè xuống đất đánh mười hai roi. Nhưng ông vẫn can đảm không cung khai nơi cha xứ ẩn trốn cũng như chỗ dấu các đồ đạo. Quan trấn ra lệnh bắt giải tám người chức việc đến. Vừa thấy họ, ông nói với các quan án: “Ðó là những người Công Giáo. Họ là những người khó sửa trị hơn hết mọi người khác. Họ không sợ hãi mà nói rằng mình là người Kitô. Không muốn sống mà muốn chết là người Kitô”.
Quay qua các tù nhân, ông hất hàm hỏi: “Trong nước này các ngươi nghe lệnh ai?” Một ngài, tên là Jerome Ðang, đứng ra thưa thay mọi ngài: “Thưa ngài, tôi và phần đông những người đang đứng trước mặt ngài đã phục vụ từ đời vua ông, vua cha của vua đương nhiệm. Hết thời hạn phục vụ lúc năm chục tuổi, chúng tôi để dành trọn thời giờ để phục vụ Chúa Trời đất mà chúng tôi nguyện sẽ phục vụ cho đến chết.”
Nghe vậy quan trấn nói ngay với quan án điều mà ông đã nói trước, là người Công Giáo không hổ thẹn tỏ mình ra là Công Giáo. Quan trấn lại khuyên họ hãy theo mệnh vua mà sửa đổi nếp sống, từ bỏ đạo đã bị cấm đoán. Jerome Ðang thưa lại: “Thưa ngài, mạng sống của chúng tôi trong tay ngài, ngài có thể tước đoạt nếu ngài muốn, nhưng không thể lấy mất niềm tin vào Chúa chân thật, và chúng tôi hy vọng là ngài cho phép chúng tôi tiếp tục giữ đạo cho đến giờ phút cuối đời”.
Quan lại hỏi: “Nếu ta tha cho các ngươi, các ngươi sẽ tin rằng Giêsu giải thoát các ngươi, có đúng vậy không?” -“Vâng, đúng là niềm tin của chúng tôi”.
Sau đó quan trấn nói với quan án: “Nói với hạng người như thế chỉ có mất thời giờ vô ích, người dư giờ thì cứ tự nhiên gạn hỏi họ”. Thế rồi ông ra lệnh giáo dân nộp tiền phạt, và đánh đòn theo luật định.
Vào năm 1687, tại Vang Va có một người chối đạo, nhân dịp quan mới về coi sóc liền làm một tờ đơn tố cáo những người Công giáo. Mới đầu quan không tin, nói rằng nếu không đúng sẽ phạt ngươi cáo bậy. Lúc ấy có một thiếu niên Công giáo, 18 tuổi, đi ngang qua bị bắt đưa ra trước mặt quan. Cậu đơn sơ thành thật trả lời rằng cậu là người Công Giáo và trong làng có nhiều người Công Giáo khác, có cả nhà thờ nữa. Nghe vậy quan cho lính đến bắt 32 trưởng gia đình Công giáo. Cả 32 người đều quả quyết mình là người Công Giáo. Quan hỏi họ làm những gì tại nhà thờ. Họ trả lời là đọc kinh cầu nguyện với Chúa Trời cho được mọi sự lành đời này và đời sau. Quan bắt họ làm mọi việc như họ vẫn làm tại nhà thờ. Cả 32 người quì gối xuống, hướng mặt về phía không có nhà cửa, ngước mắt lên trời, làm dấu Thánh Giá rồi đọc kinh Lạy Cha, kinh Kính Mừng, kinh Tin Kính, kinh Mười Ðiều Răn và kinh Mười Bốn Mối Thương Người. Cuối cùng quan nói với các người chung quanh: “Tôi thấy tất cả những điều này đều tốt cả, dù vậy vì có lệnh vua cấm, chúng ta không thong dong”.
Quay về phía người Công Giáo ông nói: “Các ngươi biết có lệnh vua cấm đạo này, vì vậy các ngươi không được tỏ lộ ra ngoài. Lần này ta tha không đánh đòn, nhưng nếu bị bắt lần thứ hai ta sẽ không tha nữa đâu. Tại sao các ngươi không hài lòng chỉ giữ đạo trong lòng thôi, có ai tố cáo, có ai cấm cản các ngươi được?” Quan bắt mọi người nộp chút tiền án phí rồi tha cho về.
Ngày 20-1-1694 tại Kẻ Ðe thuộc xứ Nam, là một làng đông Công Giáo, có đám tang. Một người, có họ hàng với người quá cố, vì đã bỏ đạo nên ông không được đứng hàng đầu trong lễ an táng, ông tức giận thưa quan đến bắt. Khi lính đến làng thấy giáo dân đang dự nghi lễ an táng liền đánh đập, bắt mọi người quì gối xuống. Họ đánh cả thầy giảng chủ sự lễ nghi an táng. Thầy lên tiếng phản đối họ: “Những người này không phải là giặc sao lại đánh đập họ, nếu có ai phạm lỗi lầm thì họ sẵn sàng theo lệnh”.
Lính thôi không hành hạ giáo dân, chỉ tịch thu các vải vóc trang hoàng, các đồ đạc, và bắt các người Công giáo giải đến phủ. Quan chỉ bắt giam thầy giảng và một người đứng đầu, còn cho tất cả về nhà. Trong tù, thầy tiếp tục giảng đạo cho những người đến thăm. Nhà tù ở bên cạnh nhà một sĩ quan, ông tò mò muốn biết đạo mới này dậy những gì. Quan cho thầy một ngày để sửa soạn những điều sẽ nói. Tới ngày, thầy trình bầy trọn cả một ngày về việc Chúa tạo dựng trời đất, hình phạt cho những người không thờ lạy Người, về Chúa Giêsu Ðấng Cứu Thế, các việc lạ Người đã làm, cuộc thương khó và phục sinh của Người. Sau cùng, thầy trình bày về các bổn phận của người Kitô, giải thích các giới răn Thiên Chúa. Các quan lớn nhỏ chăm chú theo dõi và đưa ra một vấn nạn như sau: “Nếu Thiên Chúa quyền năng như thầy vừa nói, tại sao lại để thầy chịu khổ trong tù như vậy?”
Thầy giảng thưa lại: “Nếu Chúa muốn thì việc giải thoát các tín hữu bị tù rất dễ như Chúa đã làm trước đây, nhưng chịu đau khổ vì lòng yêu mến Thầy mình là một vinh dự lớn lao và niềm vui khôn tả. Bởi vì chính Chúa đã chịu chết vì yêu thương chúng ta”. Sau đó họ lại đem thầy về nhà giam.
Sau khi quan trấn đi lên kinh chúc tuổi vua trở về, ông cho gọi hai tù nhân Công Giáo đến hỏi họ có phải là đạo trưởng không, tại sao mặc áo tang và sao lại có nhiều vải vóc đẹp như thế. Quan ra lệnh đem vải cho người lương, ảnh tượng Chúa chịu nạn và các ảnh khác phải đem đốt giữa nơi công cộng. Ðang khi ngọn lửa thiêu rụi ảnh tượng thì hai người tù Công Giáo quì gối thờ lạy, lớn tiếng đọc các kinh. Còn về các đồ trang hoàng đạo, ông cai đội xin quan phát cho lính thay vì đem đi đốt, nhưng quan nhấn mạnh rằng phải đốt, nếu không các vải ấy lại được đem ra chợ bán, sẽ không trừ tuyệt được cái xấu. Hai tù nhân lại được đưa về nhà giam vì đức tin nơi Chúa Giêsu. Ít lâu sau mỗi người bị đánh đòn 15 roi và nộp một số tiền phạt rồi được tự do. Phần quan, quan hỏi mấy ông cai đội rằng bên lương có tôn kính các thần phật với những lễ nghi và đồ thờ sang trọng như vậy không. Họ đều trả lời là không. Quan lại nói: “Nếu người Công Giáo được tự do họ sẽ làm các lễ nghi long trọng, trang hoàng nhà thờ rực rỡ toàn bằng những thứ đắt tiền, trong khi các đạo khác chỉ dùng giấy vàng mỡ và các đồ rẻ tiền”.
Từ giữa tháng 8 năm 1694 quan trấn xứ Nam, nơi có cảng phố Hiến, công bố lệnh cấm đạo cũ, và ra lệnh bắt các người Công Giáo nào hội họp hay đeo ảnh ra ngoài. Các vị thừa sai phải lẩn trốn, giáo dân chỉ dám họp hai tháng một lần để nghe đọc bài giảng và đọc kinh chung. Ngoài ra quan trấn xứ Nam còn vận động tại triều đình để công bố lệnh cấm đạo mới. Tại kinh có nhiều hoạn quan ghen tức vì thấy giáo dân tự do họp đông đảo, nhất là trong dịp an táng, nên đe dọa rằng: “Trong ít ngày nữa các ngươi sẽ không có thể làm như vậy được nữa đâu”.
Trước tình thế này, Ðức Cha Bourges, đang ở Kinh Ðô, liền cậy nhờ một quan huyện đã về hưu, để can thiệp với con là một quan phủ nhằm ngăn chận âm mưu kiến nghị sắc lệnh cấm đạo mới. Nhờ đó đã không có lệnh cấm đạo mới, viện lẽ rằng các điều thỉnh cầu đã có trong các lệnh cũ rồi.
Thế nhưng ngày 20-7 năm 1696 một tầu Hòa Lan cập bến với hai vị thừa sai Dòng Tên người Bồ Ðào Nha và nhiều đồ đạo. Ông thuyền trưởng không đề phòng trước, nên khi bị khám xét các đồ đạo đã bị phát giác. Thế là nội vụ được phúc trình về triều đình kèm theo lời tố cáo là Cha Vite Tri và Thầy Văn Hội thường hội họp đông đảo giáo dân. Trịnh Căn nổi giận, trách mắng các quan tại Kinh và ra lệnh bắt hai vị tông đồ này. Ba toán lính được lệnh lục soát nhà Cha Vite Tri, Thầy Văn Hội và nhà Ðức Cha Bourges. Ban đầu Cha Tri trốn xuống thuyền, nhưng thấy các quan giận dữ làm hung hơn, cha đã ra nộp mình. Trong các đồ bị tịch thu có sách vở, và nhất là sổ sách các nhà thờ và tên các giáo hữu. Thế là 17 người bị bắt trói. Triều đình còn trách các quan lớn là để hai cha Dòng Tên lén lút mà không thông báo cho triều đình.
Ngày 4-8 các quan lớn đưa các đồ đạo đến Chùa Tháp để đốt, bắt Cha Vidal Dòng Tên đến chứng kiến, còn Cha Sequeira vì đau không đến được. Buổi đốt đồ đạo lâu đến 6 giờ. Sau đó quan trách mắng Cha Vidal đã dối vua, mang vào nhiều đồ đạo, và ra lệnh rằng lần này vua còn dung tha nhưng phải rời nước ngay. Cha Sequeira đã chết trên thuyền khi đi về biên giới Trung Hoa. Dồn dập trong những ngày này nhiều sự kiện bất lợi cho đạo. Ngày 8-8, một tầu từ Siam trở về với hai cha Dòng người Tây Ban Nha và bốn thầy từ chủng viện ở Thái Lan và nhiều đồ đạo khác. Các thầy đã khéo léo trốn xuống được với một ít đồ đạo, còn lại số lớn đã phải đốt trước khi quan xuống khám xét. Một tuần sau lại có tin là 7 giáo dân, xứ Tiên Chu gần Phố Hiến, bị lương dân tố cáo đã bị đánh đòn và nhà thờ bị đốt. Ngày 15-8 Ðức Cha Bourges và hai vị thừa sai bị triệu đến phủ và trách mắng 3 tiếng đồng hồ.
Ngay sau khi trục xuất hai cha Dòng Tên, Trịnh Căn cho công bố lệnh cấm đạo toàn diện. Ðại ý như sau: “Ðạo Hoa Lang là một thứ đạo đầy lầm lạc, nghịch lại với lý lẽ, dụ dỗ dân chúng và đã bị các tiên vương nghiêm cấm nhiều lần. Trẫm lấy làm ngạc nhiên vẫn còn nhiều người nam cũng như nữ dễ dàng bị lôi kéo theo. Vì vậy Trẫm cấm những cái xấu xa và nghịch lý sau đây. Từ rầy về sau nếu các đạo trưởng lén lút tập họp dân chúng để giảng đạo, và nếu có người nào đem lòng tin theo con đường lầm lạc này, thì các quan tại kinh đô phải xem xét cẩn mật, các quan trấn thủ và quan án tại các tỉnh phải trông chừng chu đáo trong địa hạt của mình. Nếu bắt được đạo trưởng thì phải xét xử theo luật, còn giáo dân khi bị bắt thì phải đánh, đàn ông 50 roi lớn, đàn bà 50 roi nhỏ, và cắt tóc đàng sau gáy. Nhà nào chứa chấp đạo trưởng, nếu đạo trưởng là người Âu Châu sẽ bị phạt nặng hơn là đạo trưởng và thầy giảng người Việt. Về các nhà thờ và đồ đạo phải thiêu hủy hết để tận diệt hoàn toàn giáo phái hư hỏng này. Lệnh này phải được triệt để thi hành, quan án nào chểnh mảng để cho giáo phái này còn tồn tại sẽ bị trừng phạt xứng đáng. Ngày 10 tháng 7 năm thứ 17 của Hoàng Ðế trị vì”. Sắc lệnh được niêm yết tại hoàng cung ngày 15-7 tức là ngày 12-8-1696 Dương Lịch.
Các quan còn tâu là lệnh trừng phạt chưa đích đáng, hoặc phải ghi rõ là bị tù chung thân, hoặc bắt nộp phạt thật nhiều tiền. Các tù nhân tại kinh đô được trả tự do, chỉ có Cha Tri và Thầy Hội bị giữ lại. Còn các linh mục ở ngoài, người thì phải giả dạng làm kẻ ăn mày để gặp các giáo dân hay kẻ liệt, người khác làm nghề bán thuốc dạo, cha nào may mắn hơn quen thân với các quan lại thì xin làm thơ ký để được đến thăm viếng bổn đạo. Chỉ trừ các cha ngoại quốc là không có cách nào giả dạng được cả. Nhiều nhà thờ đã bị phá hủy hoặc đốt cháy, những nhà thờ còn lại được chuyển thành nhà ở. Linh mục hay thầy giảng nào tình cờ bị bắt, thì giáo dân phải đút lót số tiền khổng lồ. Tổn hại do sắc lệnh cấm đạo vừa công bố thật quá lớn, nhất là tại xứ Nam. Phần lớn các nhà thờ bị đốt, khá đông các cha bị bắt và phải chuộc tiền.
Tuy nhiên cũng chỉ một năm sau các quan quên đi, và các giáo dân không còn hội họp nữa, ngoại trừ các lần gặp nhau trong đám tang và đám cưới. Các cuộc bách hại địa phương vẫn tiếp tục. Năm 1705, một nguy cơ rất có hại cho đạo Công Giáo xẩy ra nhân vụ một cha Dòng Tên, người Việt Nam, bị treo chén và loại khỏi dòng, tên là Leon, đã thông đồng với người lương làm một tờ tố cáo. Trước khi trình quan, hai người mang đến gặp Ðức Cha Bourges để đòi một số tiền lớn, nếu không sẽ trình quan. Trong tờ đơn tố giác rằng hai giám mục ngoại quốc đã chia nhau lãnh thổ, giao cho các linh mục coi giữ như một thứ triều đình. Bản tố cáo còn kể tên các linh mục, các nhà thờ, và nhà ở của các đấng nữa. Vì chúng đòi hỏi một số tiền quá lớn, Ðức Cha Bourges không thể thỏa mãn, đơn tố cáo được trình quan. Ðức Cha Bourges đã phải đút tiền cho các quan để nội vụ được dàn xếp là đơn kiện cáo do sự xích mích giữa chủ và tớ, các quan không xét.
Các tù nhân Công Giáo đã chịu đựng những khổ hình rất can đảm và kiên quyết. Ðặc biệt phải kể đến gương của Luxia, một thiếu nữ tuy còn nhỏ tuổi nhưng lại rất anh hùng và gan dạ. Cô mới rửa tội được ba năm. Trong suốt thời gian ở trong nhà tù, cô đã giấu một tấm khăn trải bàn thờ bên trong mình. Cô bị tra tấn và đánh đòn như những người khác. Mặc dù cô phải đau đớn hơn vì thân thể còn non nớt và sức chịu đựng còn dòn mỏng, thế nhưng cô không ngớt khuyến khích các người tù khác nhẫn nại chịu đau đớn và khổ cực của cảnh tù đầy. Cô thường nói: “Chính vì Thiên Chúa mà chúng ta chịu khó, chính vì Chúa Giêsu, vì đạo thánh”.
Khi các tù nhân được giải đến trước mặt quan, với những vết thương và da thịt rách nát trên thân thể, quan sợ có thể làm chết người nên đã dậy thầy thuốc săn sóc. Chỉ có vết thương của cô bé là không thuyên giảm. Cô thường xuyên bị nhức nhối trong đầu. Sau được trả tự do, về nhà cô vẫn can đảm chịu đau đớn làm nhiều người khâm phục. Cô chết 13 ngày sau khi được trở về nhà. Những người quen biết và các tín hữu báo cáo là họ coi cô như một vị thánh trinh nữ tử đạo. Năm ấy cô mới 14 tuổi.