Nguyễn Ánh có tư chất một người quân tử biết phục thiện, đã làm cho Ðức Cha Bá Ða Lộc quí mến và giao tiếp khi ở Biên Hòa. Hoàn cảnh đưa đẩy, hai người gặp nhau trong cảnh chạy trốn vì quân Tây Sơn đã chiếm trọn giang san. Ðức Cha Bá Ða Lộc chia xẻ gạo nước cho tàn quân của Nguyễn Ánh, và đã sẵn sàng giúp ông khôi phục nước với hy vọng một người có tư chất thông minh biết chấp nhận lẽ phải sẽ là ông vua ủng hộ đạo Công Giáo. Từ đó Nguyễn Ánh giao Hoàng Tử Cảnh cho đức cha làm con tin và đồng thời dậy dỗ hoàng tử. Sự tận tâm của đức cha đã thuyết phục được những người hảo tâm và một nhóm người Pháp giúp Nguyễn Ánh khôi phục dần các phần đất. Trong những dịp sát cánh khi chiến đấu hoặc dự các buổi lễ, hai người đã có nhiều xung đột về tôn giáo.
Có một vị quan tố cáo là các thừa sai lấy mắt người chết làm hạt ngọc, rồi nhét bông vào mắt thay thế, vị quan còn nói thấy trong nhà thờ có nhiều hạt ngọc như thế. Nguyễn Ánh nói: “Nếu quả thực có như vậy, người Công Giáo sẽ bị trừng phạt, ngược lại ngươi sẽ phải chém đầu”.
Ông quan thú nhận là chỉ nghe nói thế. Nguyễn Ánh ra lệnh chém đầu vị quan vu cáo này, song Ðức Cha Bá Ða Lộc đã phải can thiệp xin khoan hồng.
Ðiểm khó khăn then chốt khiến Nguyễn Ánh, dù có cảm tình với đạo, cũng không theo đạo vì đạo cấm lạy tổ tiên. Nguyễn Ánh nói: “Thật là tốt đẹp nếu tập tục này có thể dung hòa với Kitô giáo, vì theo lối nhìn của ta, thực sự không có cái gì cản trở dân chúng theo đạo. Như ta đã nói trước đây, tập tục này chỉ có tính cách dân sự và chính trị, còn niềm tin tưởng gán cho nó là một lầm lạc của dân chúng. Thái độ của ta như thế không tố cáo các tín hữu và cho phép họ làm theo phong tục.... Nếu ta bãi bỏ đi thì càng làm cho người khác nghĩ rằng ta đã thay đổi đạo và không còn theo ta nữa. Ta đã cấm tà thuật, bói toán. Ta coi việc thờ kính các thần là giả dối đáng buồn cười. Nhưng ta coi việc tôn kính tổ tiên là một căn bản của nền giáo dục. Ta muốn mọi người chú ý và để cho người Kitô có thể gần với chúng ta hơn”.
Trên thực tế, ông lại nói với các quan Công Giáo: “Ta đã nuôi nấng các ngươi, đã ban bao nhiêu ơn huệ, tại sao lại từ chối không lạy các tổ tiên của ta? Ta không bắt các ngươi bỏ đạo, cũng không ép các ngươi thờ lạy các thần phật, ta chỉ muốn một điều là các ngươi tôn kính tổ tiên ta một cách công khai. Ðó là dấu chỉ biết ơn của ta với các đấng trước mặt mọi người”.
Thờ cúng ông bà đã trở thành bức tường ngăn cách Công Giáo và lương dân, hai bên không thể hiểu được nhau. Hoàng Tử Cảnh lại chết sớm ngày 21-3-1801, càng làm cho nhịp cầu thông cảm tiêu tan. Tuy nhiên khi Nguyễn Ánh tiến quân tới đâu đều cho phép người Công Giáo được tự do giữ đạo và khuyên nhủ người Công Giáo cầu nguyện cho quân đội. Khi vào thành Phú Xuân, Nguyễn Ánh đã cho lệnh tìm các thừa sai đang ẩn trốn, vì Tây Sơn bắt đạo. Nguyễn Ánh cũng hứa ra sắc lệnh ủng hộ đạo Công Giáo. nhưng ông chẳng bao giờ thi hành. Tháng 2 năm 1803, Ðức Cha Labartette và Ðức Cha La Mothe xin với Nguyễn Ánh ra sắc lệnh miễn cho người Công Giáo khỏi phải tham dự vào việc cúng tế thần làng. Một năm sau ông mới giao cho các quan cứu xét, và lẽ dĩ nhiên các quan bác bỏ, viện lẽ rằng nếu các hương chức trong làng muốn chuẩn cho người Công Giáo khỏi nộp tiền cúng tế thì tùy các ông, nếu các ông muốn bắt phải nộp thì các ông có quyền vì đó là một tục lệ quốc gia.
Ngoài vấn đề thờ kính tổ tiên, còn một vấn đề khác nữa làm cho Nguyễn Ánh không chấp nhận đạo Công Giáo, là luật một vợ một chồng. Có lần Nguyễn Ánh nói với Ðức Cha Bá Ða Lộc: “Ðạo của đức cha là một đạo tốt lành nhưng nghiêm khắc quá, ai mà có thể giữ được? Tôi không thể nào chỉ cưới có một vợ”.
Sau khi thống nhất đất nước vua Gia Long cũng như các quan không còn tha thiết đến vấn đề đạo Công Giáo. Trái lại các quan đã nhen nhúm lòng ghen tương và đố kị đối với Công Giáo. Ngày 19-2-1804, các quan họp nhau xin vua hạn chế các tôn giáo, và lẽ dĩ nhiên đặc biệt nhắm đến Công Giáo. Ðức Cha Labartette đã phải dùng đến kiểu nói: “Các quan xấu xa chưa từng có và thù ghét đạo”.
Lúc ấy Vua Gia Long đang ở Thăng Long để đón sắc phong của vua Trung Hoa. Ngay sau khi được đại sứ Trung Hoa tấn phong, ông để cho khâm sai Bắc Việt ra một sắc lệnh về các ngày lễ và sửa chùa chiền và nhà thờ. Sắc lệnh công bố ngày 9-3-1804, trước hết xác định những ngày quốc khánh trong năm mà mỗi làng phải tổ chức trọng thể và phận sự của mỗi người dân phải đóng góp trong những dịp ấy. Phần sau nói về tôn giáo, có các quyết định: cấm không được xây chùa chiền để thờ Phật Thích Ca, cấm không được xây dựng chùa mới. Những điều cấm này cũng triệt để áp dụng cả với đạo Công Giáo, vì đạo này là một đạo ngoại lai và có tính cách ngu dân, đã đem chuyện hỏa ngục và thiên đàng ra mê hoặc dân chúng. Riêng phần này, sắc lệnh viết như sau: “Còn về đạo Bồ Ðào Nha là một đạo ngoại lai đã được truyền bá cách lén lút khắp trong nước và hiện nay vẫn còn, mặc dù chính phủ đã cố gắng hủy bỏ cái đạo dị đoan này. Hỏa ngục là một chỗ ghê gớm đạo này dùng để làm cho kẻ ngu xuẩn khiếp sợ, còn thiên đàng mà đạo hứa sẽ ban cho những người ngay lành là một thành ngữ rất kêu để quyến rũ những người khờ khạo. Một số khá lớn dân chúng trong nước bị thấm nhiễm tà đạo và đã quen giữ lề luật một cách mù quáng thiếu suy nghĩ nên không sao mở mắt họ được. Do đó từ rầy về sau trong các tổng và các làng đã có nhà thờ thì cấm sửa chữa hoặc xây dựng lại những nhà thờ đã bị hư nát, còn cất nhà thờ mới ở những nơi chưa có thì tuyệt đối cấm hẳn”.
Trên thực tế, vua Gia Long đã bênh vực Công Giáo mỗi khi có những rắc rối hay bị làng bên lương ức hiếp. Do thái độ này mà các quan vẫn còn kiêng nể người Công Giáo. Hơn nữa vua còn ban cho các đức cha và các linh mục giấy phép tự do truyền đạo, có quyền mang theo 15 người nhà giúp việc. Những giấy phép này các đấng còn giữ cho tới khi vua Minh Mệnh bắt đạo. Ðức Cha Delgado đã trình giấy phép này khi người bị các quan tỉnh Nam Ðịnh bắt năm 1838 và hạch sách người tại sao lại lén lút giảng đạo bất tuân lệnh vua.
Từ khi vua Gia Long thống nhất đất nước, giáo hội Công Giáo tại Việt Nam được hưởng một phần tư thế kỷ bình an để củng cố và phát triển. Trong cả 3 địa phận Tây Bắc Việt, Ðông Bắc Việt và Nam Việt, các đức cha sống lâu dài đủ để phác họa những kế hoạch mục vụ và truyền giáo, như mở các chủng viện, các nhà dòng và những cuộc kinh lý. Trong thời gian này số thừa sai không gia tăng nhưng số linh mục, thầy giảng và giáo dân Việt Nam gia tăng một cách đáng kể.
1. Ðịa phận Tây Bắc Việt:
Ðịa phận này được giao cho các cha thừa sai Pháp, do Ðức Cha Longer coi sóc từ năm 1792 đến năm 1831. Người có tất cả 4 Giám Mục phụ tá lần lượt: La Mothe 1796, Guerard 1816, Ollivier 1825, Havard 1829.
Theo phúc trình năm 1795, địa phận gồm có 2 Giám Mục, 9 thừa sai, 44 linh mục Việt, 130 thầy giảng và 25 nhà dòng Mến Thánh Giá, số giáo dân trên 100.000. Ðến năm 1825, tức 30 năm sau, địa phận có 2 Giám Mục, 3 thừa sai Pháp, 83 linh mục và khoảng 200.000 giáo dân. Như thế chỉ trong một năm mà con số linh mục và giáo dân tăng gần gấp đôi. Số học sinh tại chủng viện khoảng 200 và số nữ tu khoảng 700.
2. Ðịa phận Ðông Bắc Việt:
Ðịa phận này do các cha dòng Ða Minh phụ trách, dưới quyền Ðức Cha Delgado từ năm 1797 đến khi người tử đạo năm 1838. Năm 1803 người có một Giám Mục phụ tá là Ðức Cha Henares. Cả hai cùng bị bắt và tử đạo năm 1838.
Năm 1808 địa phận có 2 Giám Mục, 54 linh mục, và khoảng 100.000 giáo dân. Ðầu thế kỷ thứ 19, địa phận còn lại một số cha Dòng Tên Việt Nam và Dòng Augustinô coi một phần. Từ năm 1808 trở đi mới hoàn toàn do các cha Dòng Ða Minh, và mở đầu một giai đoạn mới tại địa phận này.
Ðến năm 1825 địa phận có 2 Giám Mục, 18 linh mục triều, 40 linh mục Dòng Ða Minh, hai chủng viện tại Ninh Cường và Lục Thủy Hạ có 89 học sinh, 3 nhà dòng Ða Minh nữ và 18 chi dòng, mỗi chi dòng khoảng 25 chị, 3 nhà dòng Mến Thánh Giá. Số giáo dân năm 1804 là 133.751, và năm 1825 là 163.101. Như vậy trong 20 năm số giáo dân gia tăng 22%.
3. Ðịa phận Nam Việt:
Ðịa phận này do các vị thừa sai Pháp phụ trách dưới quyền Ðức Cha Labartette từ năm 1793 đến năm 1823. Người có hai Giám Mục phụ tá lần lượt là Doussain 1808 và Audemar 1817. Cả hai vị Giám Mục phụ tá đều chết sớm, nên khi Ðức Cha Labartette chết, toàn địa phận không có giám mục và năm 1825 chỉ còn có hai vị thừa sai là Gagelin và Taberd (làm Giám Mục năm 1827).
Theo phúc trình năm 1795 tại vùng Nam Hạ (Sài Gòn, Vĩnh Long) có Ðức Cha Bá Ða Lộc, 3 thừa sai, một cha Dòng Phanxicô và 6 linh mục Việt. Tại Nam Thượng (Huế) có Ðức Cha Labartette (phụ tá), 4 thừa sai Pháp và 3 linh mục Việt. Tổng số giáo dân là 47.000. Ðến năm 1821, Thừa Sai Taberd cho biết tất cả có 20 linh mục Việt, 60.000 giáo dân và 15 nhà Dòng Mến Thánh Giá. Có hai học viện khoảng 55 học sinh.
Ðịa phận Nam Việt trải qua một cơn khủng hoảng vì thiếu thừa sai cũng như linh mục nên số giáo dân không có tăng triển là bao nhiêu.