Minh Mệnh và các quan triều Nguyễn rất khó chịu về sự có mặt của các thừa sai, mặc dù ngay dưới đời vua Gia Long, các thừa sai hầu như không có lui tới triều đình, ngoài việc hằng năm đến lạy tạ vua và dâng lễ vật đầu năm. Minh Mệnh chỉ biết rõ Ðức Cha Larbartette, và đặt cho người biệt danh là “Lão Ông làng Cổ Vưu”. Dưới triều Minh Mệnh còn một vấn đề khó khăn lớn là sự nghi kị giữa quan ta và quan tây, quan tân và quan cựu. Thực ra những người Pháp giúp vua Gia Long phục quốc đã dần dà chết hoặc về nước, chỉ còn lại hai ông là Vannier và Chaigneau. Các ông được phong tước nhị phẩm và được coi trọng như các quan khác không hơn không kém. Tuy nhiên các quan tây còn có sứ mệnh đại diện cho nước Pháp, điều này mới gây rắc rối khiến chính các ông chán nản xin rút lui.
Từ trước, Minh Mệnh đã ra lệnh cấm các tầu buôn ngoại quốc không được mang thừa sai đến. Năm 1822 vua cho phép tầu Anh cập bến với điều kiện không được mang thuốc phiện và thừa sai. Vì thế khi tầu Pháp La Thétis đến Cửa Hàn ngày 12-1-1825, các quan kiểm soát rất nghiêm và tra hỏi các thủy thủ xem trên tầu có thừa sai không. Lúc này ông Vannier và Chaigneau đã bỏ Huế, từ quan để sửa soạn về nước. Thương gia Pháp được thuyền chở về Huế để thương lượng, ông đã báo cho hai thừa sai Taberd và Gagelin biết trên tầu có Cha Regéreau. Ban đêm, hai thầy giảng đã lén đưa Cha Regéreau xuống đất liền. Vì mới tới, Cha Regéreau thiếu cẩn trọng, công khai làm phép tro và xức tro trong mùa Chay khiến tên tuổi cha bị phát giác, Minh Mệnh liền ra lệnh bắt cha. Cha phải công khai lên tầu trở về nước, nhưng định xuống Ðồng Nai sẽ lén ở lại.
Lệnh cho quan trấn Quảng Nam như sau: “Quan Biện Hiệp vâng lệnh Hoàng Thượng truyền rằng: Tà đạo của người Âu Châu làm hư hỏng lòng người. Từ lâu các thuyền Âu Châu khi đến buôn bán đã để lại nhiều thừa sai trong nước. Những đạo trưởng này dụ dỗ và làm hư hỏng nhân dân đồng thời sửa đổi và phá đổ các tập tục tốt lành trong nước. Như thế không phải là một cái họa cho quốc gia chúng ta sao? Chính vì vậy chúng ta cần phải chống lại tệ nạn này để dẫn đưa nhân dân trở về chính đạo. Vì lẽ đó, chúng tôi, các quan hằng tuân giữ các lệnh truyền của Hoàng Ðế, gửi cho quan trấn Quảng Nam chỉ dụ của vua để khi có tầu Pháp đến thì phải chú tâm xem xét cẩn thận. Hơn nữa cũng phải canh chừng cẩn thận các quan ải trên núi, dưới đất hay cửa biển hầu ngăn chận bất cứ đạo trưởng Âu Châu nào lén lút xâm nhập để họ không thể trà trộn trong dân chúng và gieo rắc tà đạo trong đất nước. Các đạo trưởng này kế tiếp nhau không gián đoạn và coi đó như là một việc thông thường. Minh Mệnh năm thứ 6, ngày mùng 1 tuần trăng thứ nhất (12-2-1825)”.
Quan trấn muốn chiều lòng Minh Mệnh, ra một lệnh khác cho các huyện, xã và làng phải lục xét kỹ lưỡng tìm bắt các đạo trưởng Âu Châu. Ông còn cấm các giáo dân hội họp cầu kinh hay thực hành bất cứ việc đạo nào. Nếu ở bất cứ nơi nào bắt được người vi phạm lệnh cấm này thì phải coi như họ đã phạm lỗi nặng.
Vào dịp đầu năm, Minh Mệnh cho gọi một quan Công Giáo đến và truyền lệnh phải trồng cây nêu trong dịp đầu năm. Quan này thưa: “Thưa Hoàng Thượng, dưới thời tiên đế thần chưa bao giờ bị ép buộc làm điều này. Nếu Hoàng Thượng muốn đánh đòn thì thần xin chịu, nhưng trồng cây nêu thì thần không làm.”
Vua rất quí ông quan này vì lòng trung tín và khôn ngoan của ông nên nói thêm: “Ta mến khanh và không bao giờ muốn đánh đòn, nhưng từ nay về sau đừng rước đạo trưởng Âu Châu vào trong nước nữa. Những vị đã có mặt thì thôi. Nước chúng ta không phải là một quốc gia lớn sao? Khanh làm mất mặt ta khi đi tìm những đạo trưởng Âu Châu đến dậy dỗ nhân dân”.
Sự kiện thứ hai là vụ Công Tử Ưng Hòa tự ý bỏ hoàng cung trốn đi và các quan vu cáo cho các thừa sai là người chứa chấp đưa lên tầu Pháp. Vua ra lệnh sai lính truy lùng cho bằng được. Các quan còn nói với giáo dân rằng nếu không tìm ra được vị công tử này thì người Công Giáo sẽ phải chịu nhiều khốn khổ. Kết cục vị công tử trên không trốn mà chỉ dọn ra một nhà khác ở ngoài thành thôi, nên các cha thoát được nạn vu khống này.
Cha Gagelin, vị thừa sai có mặt ở Huế từ năm 1821, trong thư đề ngày 5-7-1825 kể lại hậu quả của những vụ rắc rối trên: Ngay sau đó người ta đe dọa sẽ có một cuộc bách hại không thể tránh được. Tuy nhiên, trong hội nghị của hội đồng nội các về vấn đề bách hại đạo, các quan không đồng ý với nhau và mẹ vua cũng thuyết phục rằng tất cả các vua bách hại đạo đều làm mất nước. Vì thế việc bách hại đạo được gác lại.
Một năm sau vụ Công Tử Ưng Hòa, quan Lễ Bộ trình lên Minh Mệnh một bản kiến nghị trong một buổi đại triều. Ngay sau đó các thừa sai hoang mang giải tán tất cả các nhà trường, nhà dòng, cất giấu tất cả các đồ đạo và chờ sắc lệnh cấm đạo ban hành.
Kiến nghị tháng 8-1826 của quan Lễ Bộ xin cấm đạo để tái lập tập tục cũ: “Hết lòng kính sợ, chúng thần khấu đầu dâng kiến nghị này. Dám xin Hoàng Thượng để tâm đến việc tái lập chính đạo để dân chúng lớn bé được nhờ, bởi vì tà đạo lợi dụng và lừa dối dân chúng, làm sai lạc chân đạo tự nhiên. Thật vậy sách có viết: phải trấn áp tà đạo vừa sai trái vừa nghịch lại với trật tự. Nhân dân phải noi theo điều ngay lẽ phải phù hợp với đạo tự nhiên. Nhưng trên hết phải cấm tuyệt đối đạo nào ngược lại với đạo thờ ông bà và phải củng cố nhân tâm, vạch ra sai lầm của tà đạo đang khuyến dụ và lừa dối dân chúng. Ðạo Ðường, đạo Mạc và đạo Lão Quân trước hết chỉ dậy yêu và săn sóc chính mình, thứ đến dậy yêu mến tất cả mọi người và sau cùng coi việc khinh chê sự đời là một nhân đức thanh cao. Tuy nhiên các đạo này không dựa trên luật tự nhiên nhưng cũng không trái nghịch luật tự nhiên và không hư hỏng, cũng không làm tổn hại đến phong tục và tập quán như đạo Gia Tô. Ðạo GiaTô là đạo giả dối và nghịch lại với đạo thật vì đạo khuyến dụ dân chúng, lừa dối và lạm dụng lòng đơn thành của người dân, dùng những hình phạt hỏa ngục để làm kinh sợ người yếu đuối, dùng niềm vui nước trời để thu hút người khác. Ðạo còn xử dụng lịch riêng, toà án riêng xét xử các vụ rắc rối. Những người theo đạo này hội họp nhau cúng tế và thờ lạy, hàng ngàn người nối tiếp nhau vào tôn thờ như là tôn thờ chủ tể của quốc gia vậy. Họ công bố con đường họ theo là thánh và tôn vinh những người bước theo đường ấy. Từ khi đạo này xâm nhập vào đất nước, trong khắp các tỉnh có hàng ngàn người tin theo. Những người đã tin theo thì cuồng nhiệt như là mất trí, chạy đi đó đi đây như là người điên.
Các tín đồ của đạo này không tôn kính các thần minh, cũng không cúng tế tổ tiên. Họ giảng đạo, học hỏi và hội họp như là một thói quen. Càng ngày tín đồ đạo này càng đông, họ xây thêm nhiều nhà thờ mới, những cái gai chướng này lan tràn khắp mọi nơi, không có xó xỉnh nào mà không bị tiêm nhiễm. Chính vì lẽ đó chúng thần ngước trông lên hoàng thượng khẩn xin ngài chữa trị các tệ nạn này. Lời của ngài như ngọn cờ triệu tập hằng hà sa số nhân dân về một mối, từ đó các phong tục và luật lệ quốc gia sẽ thống nhất, các lời nói và hành động sẽ hòa hợp với nhau, tất cả những cái hay cái phải sẽ được tuân theo, và thế hệ hiện tại cũng như mai sau tuân giữ các lề luật. Như thế những con đường sai trái được uốn nắn, sự dữ được thay thế bằng điều lành. Tất cả sẽ được thu họp về một mối đó là đạo của vua, của thuần phong mỹ tục và khắp mọi nơi đều khuôn mình theo. Nhưng đạo Gia Tô là một cản trở cho tất cả những canh tân hoàn thiện, mặc dù đã cấm nhưng không tiêu diệt được. Ðạo Khổng đã có từ lâu đời thế mà có nhiều người đang tâm bỏ để theo đạo Gia Tô là đạo cấm dân chúng giữ đạo Khổng.
Chúng thần cũng đã nghiên cứu luật lệ cấm đoán của Trung Hoa viết như sau: Tất cả những người Âu Châu ở trong nước đứng đầu giáo phái lừa dối dân chúng thì phạm tội đại nghịch đáng xử giảo. Còn những người không có chức vị hay chức vị thấp thì phải giam tù để xét sau. Những người để mình bị lừa dối và tuyên xưng đạo này thì phải đầy đi làm nô dịch giữa dân mọi rợ. Những người rao giảng khuyến dụ dân theo đường hư hỏng, những người đàn bà bất trị không biết xấu hổ cũng như những người móc mắt người ốm nếu bị bắt sẽ phải phạt theo trọng tội. Trên hết, các quan văn cũng như võ nếu không trông chừng các quan cấp dưới sẽ bị đưa ra tòa xét xử.
Tất cả những nghiêm cấm trên đây rất đúng và rất đáng khen để ngăn chặn thứ tà đạo. Ðưa nhân dân về phía thuần phong là một điều phải lẽ vì thế khi nghiên cứu sự việc, chúng thần xin hoàng thượng ban lệnh cấm đạo tại khắp các làng, tỉnh, và huyện trong nước để mọi người biết rằng các đạo trưởng và Kitô hữu Âu Châu đang ở bất kỳ nơi nào đều phải trở về nước của họ. Thời hạn là ba tháng, khi đáo hạn họ không được phép ở lại nữa. Còn về các nhà thờ phải triệt hạ, phải đốt các sách đạo, từ rầy về sau cấm dân chúng không được học hỏi tà đạo này nữa. Sau ba tháng, nếu phát giác được người Âu Châu nào còn trốn tránh trong nước thì: người có công tố giác sẽ được hưởng tất cả tài sản của người chứa chấp đạo trưởng Âu Châu trong nhà. Ngoài ra người chứa chấp cũng như lý trưởng sẽ bị khép vào tội đại nghịch. Nếu người Âu Châu vẫn còn lén lút giữa dân chúng và khuyến dụ họ theo tà đạo thì sẽ áp dụng luật của người Trung Hoa. Hơn nữa, nếu các quan có lỗi vì biếng nhác sẽ bị đưa ra tòa xét xử như các tội phạm để sự việc được phân minh và mọi việc được tiến hành đồng đều. Vì nếu áp dụng luật nghiêm khắc thì có hy vọng đưa được dân chúng về đàng lành và chân đạo được tồn tại. Phần chúng tôi là những người kém cỏi đã xét như thế không biết có đúng hay sai, dám xin hoàng thượng cứu xét.”
Khi nhận được kiến nghị trên Minh Mệnh không nói gì, chỉ biết vào khoảng cuối năm 1826 Minh Mệnh lấy cớ cần nhiều người thông dịch, ra lệnh triệu tập tất cả các thừa sai về kinh đô, nhưng thực sự là để kiểm soát và giam lỏng các đấng.
Ngày 1-1-1827, vua sai một quan đến nơi ở của Thừa Sai Taberd để đem về kinh đô dịch các thư từ. Lúc ấy người đang ốm không sao trốn được nên phải đi theo về kinh đô ngày 21 tháng 2. Sau đó vua gửi lệnh đến các tỉnh bắt tìm các thừa sai Âu Châu đem về kinh đô để làm thông dịch viên cho triều đình. Lệnh trên tới tỉnh Nghệ An, quan đề nghị cho ba lạng bạc làm phí tổn lên đường và ra hẹn trong 5 ngày các thừa sai có mặt trong tỉnh phải trình diện. Các thừa sai miền Bắc cho đó là một mưu chước của vua nên không ai ra trình diện, trái lại triệu tập các trùm trưởng để dặn dò và tìm phương thế ẩn trốn. Trong lúc đó tại Nam Ðịnh có giặc Phan Bá Vành rất mạnh, nên các quan lo dẹp loạn không để tâm tới việc bắt các thừa sai. Nhưng sau khi dẹp loạn xong, triều đình cho ba mật lệnh chống lại các thừa sai, trong đó có lệnh nói rằng đã tịch thu được nhiều đồ đạo trong trại quân của giặc, trong số lính có nhiều người Công Giáo, và lời buộc tội Ðức Giám Mục phó Ðịa Phận Ðông với 10 linh mục bản xứ dính líu vào vụ nàỵ
Ban đầu Lê Văn Duyệt không muốn thi hành lệnh, nhưng sau vì sự thúc ép và thành thật nghĩ rằng triều đình cần người thông dịch nên mới lựa trong số ba vị thừa sai có mặt gửi về Huế. Hai vị thông thạo tiếng Việt là Gagelin và Odorico dòng Phanxicô, còn một vị mới tới là Regéreau chưa rành tiếng Việt được ở lại tại chủng viện Ðồng Nai. Một vị thừa sai khác là Jaccard ở Huế cũng mới tới và chưa bị lộ diện nên cũng được tự do ẩn tại chủng viện. Ngày 16-6-1827, hai Cha Gagelin và Odorico tới Huế.
Cha Taberd, Gagelin và Odorico được ở cung quán và khá tự do tiếp xúc gặp gỡ người khác. Mùa Sinh Nhật, các đấng đút tiền để cho lính canh đem các đấng đến các họ đạo làm lễ. Vua đã cho phép mỗi thừa sai có 6 người phục dịch và tước quan với danh hiệu thông ngôn của triều đình. Tuy nhiên Cha Gagelin muốn nêu rõ sứ mệnh truyền giáo của mình nên từ chối không nhận bằng và mũ áo.
Trước tình trạng này, các thừa sai nhờ nhiều người nói với Lê Văn Duyệt là vị quan lão thành nhất được mọi người kính nể. Chính Cha Taberd cũng viết thơ đến vị quan Thượng Công này. Lê Văn Duyệt nói với các người khác: “Tôi không hay biết gì về chuyện ấy. Người Công Giáo và các đạo trưởng Tây phạm tội gì mà lùng bắt họ? Vua ban nhiều lộc cho các sư sãi nhưng họ đã làm ích gì cho quốc gia? Vua không còn nhớ đến những sự giúp đỡ của các thừa sai đã cho gạo khi chúng ta đói, cho vải chúng ta mặc. Hoàng đế để trả ơn lại ra lệnh bắt họ sao? Thật bất nhân, tôi phải đi Huế để tâu người về việc này”. Lê Văn Duyệt đến Huế trong tháng 12. Cha Taberd đã gặp ông hai lần và được biết quan Thượng Công đang dò ý tứ của Minh Mệnh trước.
Lê Văn Duyệt trước khi gặp Minh Mệnh đã sao tất cả các thư từ giữa Ðức Cha Pignaux và Gia Long về các giúp đỡ của thừa sai. Sau đó Lê Văn Duyệt có cơ hội về kinh để mừng 60 tuổi của Quốc Mẫu. Nhân dịp này Minh Mệnh cũng kiếm vài chuyện trách cứ Lê Văn Duyệt để chặn họng ông. Vua tiếp ông hết sức đặc biệt và bênh vực ông trước lời tố cáo của Trần Văn Năng và Tống Phúc Lương. Không biết Lê Văn Duyệt đã trình bầy thế nào mà Minh Mệnh phải nhượng bộ trả tự do cho các thừa sai, nhưng bắt họ phải đi xuống miền Nam. Ngày 1-6-1828 Cha Taberd và Gagelin nhận được lệnh của vua trả tự do và phải đi xuống miền Nam bằng đường biển chứ không được đi đường bộ. Các thừa sai coi việc này như một phép lạ của Chúa quan phòng. Các thừa sai viết lại lời Lê Văn Duyệt như sau: “Làm sao chúng ta lại bắt bớ các đạo trưởng Tây khi cơm gạo họ cho chúng ta ăn còn ở chân răng? Ai đã giúp Tiên Ðế lấy lại quốc gia? Hoàng thượng hình như muốn mất nước thì phải. Tây Sơn đã bắt đạo và bị lật đổ, vua Pegu cũng vừa mất nước vì bắt đạo đuổi thừa sai. Không thể làm như thế ở nước này được. Nếu hoàng thượng quên không muốn nhớ những giúp đỡ của thừa sai thì cũng không thể làm như vậy được. Mộ của Ðức Thầy Bá Ða Lộc không còn ở giữa chúng ta sao? Không được. Bao lâu thần còn sống, hoàng thượng không thể làm điều đó. Khi hạ thần thác đi rồi, hoàng thượng muốn làm gì thì làm”.