Ba anh em Tây Sơn chiếm được Qui Nhơn tháng 9-1773, đúc tiền và xưng vương. Khi quân chúa Trịnh tràn xuống thì Tây Sơn xin hòa với họ Trịnh để chiếm Gia Ðịnh năm 1776. Mười năm sau, 1786, quân Tây Sơn thừa thắng tiến chiếm luôn cả Bắc Việt. Thế nhưng ba anh em chia rẽ nhau: Nguyễn Huệ tự xưng vương là Quang Trung đóng đô tại Huế và cai quản cả Bắc Việt; Nguyễn Nhạc cũng tự xưng là vua Thái Ðức đóng đô tại Qui Nhơn và cai trị cả Gia Ðịnh với Nguyễn Lữ. Trong khi đó với sự giúp đỡ của người Pháp, Nguyễn Ánh chiếm được Gia Ðịnh năm 1789, chiếm Qui Nhơn năm 1799 và Huế năm 1801, chấm dứt nhà Tây Sơn.
Ngoài Bắc Việt các cha được một thời gian khá lâu dài để củng cố lại các cơ sở. Trung Việt hay có chiến tranh và đói kém, các cha không được tự do nhưng cũng nỗ lực lập chủng viện riêng. Nam Việt là bãi chiến trường tranh chấp trong nhiều năm, các thừa sai tán loạn, một số giáo dân trốn chạy sang Cam Bốt. Trước những cuộc nổi dậy, các thừa sai không biết phải theo chính quyền nào. Ðức Cha Pigneaux, cũng được gọi là Ðức Cha Bá Ða Lộc, coi địa phận Ðàng Trong và lúc bấy giờ vì có liên lạc với Nguyễn Ánh nên coi Nguyễn Ánh là chính quyền hợp pháp và giúp đỡ. Ðây là một biến cố lịch sử ảnh hưởng rất nhiều đến những cuộc bách hại trong thời kỳ Tây Sơn.
Có vị thừa sai người Pháp cho rằng bố mẹ của ba anh em Tây Sơn có chịu phép rửa tội nhưng sau đó bỏ đạo. Năm 1778, Thừa Sai Liot tới Qui Nhơn được bà dì của anh em Tây Sơn là người Công Giáo sốt sắng tiếp đón. Theo Cha Diego de Jumilla, người Tây Ban Nha thuộc Dòng Phanxicô, anh em Tây Sơn tuyên bố làm các việc công bằng, thẳng thắn, chỉ trừ khử bọn tham quan, những kẻ trọc phú lưu manh và trộm cướp. Họ lấy của người giầu phân phát cho kẻ nghèo, chỉ dành lại cho họ một phần nào thóc gạo mà thôi. Ai chống lại thì họ giết, biết điều thì thôi.
Ngày 17-5-1779 Âm Lịch, Nguyễn Nhạc gửi một lệnh cho Cha D'Ars, có tên Việt là Thầy Thiện, một thẻ bài được phép tự do giảng đạo. Ðồng thời còn khen ngợi các giáo đoàn Công Giáo có sự hoà thuận và nếu có tranh chấp, các giáo dân thuộc ba tỉnh Quảng Ngãi, Thăng Hoa và Diên Ban, cũng thảo luận với nhau.
Năm 1782 khi quân Tây Sơn chiếm đất ở trong Nam Việt đã bắt theo cha Ferdinand Odemilla, Dòng Phanxicô, vì già yếu không chạy trốn được. Trên đường đi thuyền bị bão dạt vào bờ, và đêm hôm ấy cha và một thầy giảng đã bị quan quân giết. Vào tháng 3-1783, khi quân Tây Sơn rượt theo Nguyễn Ánh đã bắt hai cha Dòng Phanxicô vì nghi là các đấng đi theo giặc. Các cha bị cướp lột hết đồ đạc, sau được trả tự do vào tháng 12-1783 theo sắc lệnh sau đây: “Dân chúng theo đạo Âu Châu hơi khác thường và tự nhận là đạo chân thật. Ðạo Công Giáo đáng ca ngợi nếu xét cho kỹ. Họ đúc tượng một người chịu đóng đinh và tuyên xưng rằng người đó đã chịu khổ để chuộc tội loài người. Khi họ phạm tội thì thành tâm xưng tội. Họ rất gắn bó với nước phép, rất đoàn kết với nhau hầu như không bao giờ chia rẽ. Còn các cha hay thầy ở một chỗ thuận tiện yên ắng để tiếp đón các tín hữu muốn trở lại đạo hay thay đổi đời sống từ khắp các nơi đến.... Sau khi đã xem xét hai đạo trưởng bị bắt, thấy họ hoàn toàn không có gì đáng nghi ngờ là phản loạn. Còn giáo dân, hãy tôn kính và giữ đạo vì đó là đạo thật. Vì nếu là đạo gì lừa dối thì chúng tôi sẽ không dung thứ”.
Nguyên nhân của sắc lệnh cấm đạo bắt nguồn từ vụ rắc rối giữa cha và một vị quan trong triều Nguyễn Nhạc. Có một bà Công Giáo, đã có chồng nhưng bỏ chồng để lấy vị quan trong triều, bị ốm nặng mời một cha đến giải tội và xức dầu, nhưng trước khi ban phép giải tội cha bắt bà phải ra ở riêng. Vị quan này nổi giận vì cho đó là một điều vô lý: vợ chồng phải ở chung với nhau lúc khỏe mạnh cũng như ốm đau hay giờ lâm chung. Nhưng bà này nhất định bỏ ông để về với chồng cũ, bà đã được lãnh bí tích trong giờ chết, và an táng theo lễ nghi Công Giáo. Vị quan có tới tham dự, thấy an táng bà sơ sài, không ai lạy người chết, thì tức giận tố cáo rằng đạo Công Giáo đã giết chết bà vợ của ông. Chính vì thế mà Nguyễn Nhạc đã ra lệnh bắt đạo, nội dung như sau: “Trẫm muốn tiêu diệt đạo Âu châu vì nó đã lan rộng trong nước. Ðó là một giáo phái không có tôn kính cha mẹ hay vua quan, đã phân phát một thứ thuốc độc để người ta tin theo. Ðạo này không tôn trọng các lệnh vua cũng chẳng tôn kính thần làng. Họ họp nhau suốt đêm cầu nguyện và nghe sách mà không hổ thẹn vì nam nữ ở chung với nhau như thế. Họ không tha thiết gì tài sản của cải. Bị trừng phạt mà họ cũng không hổ thẹn. Trẫm biết rõ một trường hợp chứng tỏ đạo này đáng chê cười và có nguy hại. Một bà đã có hai con mà vì nghe theo mấy người lừa dối đã bỏ chồng. Vì vậy không thể nhân nhượng giáo phái kỳ dị ấy được nữa. Vì nhiều lẽ khác nhau, Trẫm ra lệnh phá hủy tất cả các nhà hội họp và kiểm kê những người theo đạo này. Người nào tới tuổi nhập ngũ phải xung vào lính, còn các người khác phải trừng trị nghiêm khắc để xoá tên đạo khả ố ấy ra khỏi quốc gia. Lệnh cho các quan phải kỹ lưỡng xem xét điều tra để bắt và dẫn giải tất cả các đạo trưởng Âu châu về Kinh Ðô trừng phạt. Năm thứ chín triều đại của ta, ngày 4-10” (2-11-1785 Dương Lịch).
Lệnh trên được áp dụng khắp Trung Việt và Nam Việt. Hai cha Dòng Phanxicô Tây Ban Nha, một là thầy thuốc và một là nhà toán học trong triều Tây Sơn, bị bắt nhưng sau được trả tự do. Tại Quảng Nam, một số giáo dân trong bốn làng bị bắt nhưng họ vẫn trung thành với đức tin. Một số giáo dân phải nộp 10 quan tiền. Một số ít đã đạp ảnh, chối đạo. Ðồ đạo bị tịch thu được lính mang đi diễu ngoài đường.
Riêng tại Phú Yên, 400 giáo dân đã xưng đạo tập thể. Quan hỏi họ có muốn chối đạo không, tất cả đã thưa: “Chúng tôi không chối bỏ đức tin của cha ông chúng tôi. Mặc vua muốn làm gì chúng tôi thì làm”.
Sau đó hai người trong nhóm bị tra vấn kỹ hơn. Quan hỏi một người Công Giáo cũng làm quan: “Vua đã ban tước quan cho ngươi, ngươi sẽ không bị tội gì nếu ngươi chịu bỏ đạo”.
Ông ta đáp: “Cha mẹ tôi để lại không có cái gì cao quí hơn là đạo thánh mà tôi tuyên xưng. Ðó là điều duy nhất tôi quí chuộng và không bao giờ tôi chối bỏ cả. Các của cải khác tôi sẵn sàng để vua tước đoạt như người muốn”.
Quan phạt 200 quan tiền và dọa nhiều thứ, nhưng người lính của Chúa không chút sợ hãi. Ít lâu sau quan lại bắt ông ra tra hỏi: “Ngươi vẫn còn là người Công Giáo ư?”
Ông trả lời: “Là người Công Giáo đơn sơ, chất phác, tôi không bao giờ chịu đánh mất tư cách cao quí đoù”.
Quan lại hỏi những người lính: “Chủ các ngươi có cúng tế đầu năm không?”
Chính quan có đạo trả lời: “Tôi đã làm tiệc đãi mọi người nghèo trong làng nhưng không làm điều dị đoan”.
Nghe vậy quan ra lệnh tịch thu các tài sản để cho vị quan Công Giáo phải đi ăn xin, nhưng ông nói: “Cha tôi ngày trước cũng đã bị bắt buộc phải đi ăn xin, tôi rất sung sướng được theo bước chân cha tôi”.
Một người khác là anh lính trẻ, cha anh vừa chối đạo và khuyên anh làm theo nhưng anh trả lời: “Tôi đã đến tuổi này, có thể hiểu biết đạo. Tôi đã suy nghĩ sâu xa và tôi thấy đạo không dậy tôi làm cái gì xấu cả, và tôi không có làm điều gì phải hổ thẹn. Trái lại đạo dậy những điều cao cả mà không có trường nào dậy. Như vậy làm sao tôi có thể chối bỏ đạo được? Cha tôi chối bỏ đạo chỉ vì ông đã cưới một người vợ khác mà luật đạo không cho phép. Phần tôi, tôi không bắt chước cha tôi như thế”.
Có một bà sang trọng trong triều đã đến gặp vua Thái Ðức xin tha bắt đạo và sẵn sàng góp vào quĩ quốc gia 5.000 quan tiền. Trên thực tế, chính những tai ương xảy ra sau khi lệnh bắt đạo được các quan thi hành đã làm cho vua thay đổi thái độ. Giống như tai họa Chúa phạt Pharaon thời xưa, sau lệnh cấm đạo đã có vô số chuột vào phá phách các kho lẫm và mùa màng. Nhờ thế mà các cuộc bắt bớ tạm ngưng. Ngoài ra trong cuộc bách hại đạo, sự nhiệt thành của giáo dân cũng làm cho vua quan phải thắc mắc. Người Công Giáo không bao giờ tham dự vào những buổi ca hát, trò chơi công cộng, hay những thú vui như các người ngoại giáo. Họ giống như ngững người khách lạ giữa đất nước của họ. Ngoài ra các quan muốn làm tiền nên đã ra sức bắt bớ, rồi sự có mặt của Cha Jacques trong triều cũng làm cho nhiều quan ghen tức.
Sau cơn bách hại đạo, người Công Giáo còn phải chịu nhiều khốn khó do cuộc chiến gây ra. Cha Labartette, lúc đó đang ở Huế, thuật lại rằng người Công Giáo phải nộp thuế gấp ba lần nguời khác, các nhà thờ bị cướp bóc làm vật dụng đánh nhau. Tình trạng còn đồi tệ hơn khi bắt đạo, vì trong thời bắt đạo giáo dân còn nghĩ đến Chúa nhiều, chứ giữa cảnh đói khổ, chết chóc và tàn phá của chiến tranh họ không còn giờ để nghĩ đến Chúa.
Tin Ðức Cha Bá Ða lộc đem người Pháp đến giúp Nguyễn Ánh làm vua Quang Trung nghi ngờ các vị thừa sai. Giữa năm 1790, nhiều tầu Âu Châu xuất hiện tại biển gần Qui Nhơn, các quan đề nghị với vua Quang Trung sai lính đến các làng Công Giáo bắt các vị thừa sai. Vua Quang Trung cho phép với hai điều kiện là phải bắt trong vòng 6 ngày và không được quấy nhiễu người Công Giáo. Lính đến Dinh Cát, nơi trú của cha Longer và Labartette. Nhờ có người báo trước nên hai cha trốn kịp. Không bắt được các cha, quan quân đi lùng soát các nhà giáo dân làm cho nhiều người phải khốn khổ vì bị bắt để tra khảo chỗ ở của các cha.
Một anh lính Công Giáo trong đám quân đi lùng bắt, tên là Chu Hai, bị họ đánh đập suốt trong 6 ngày gẫy cả xương. Anh rất can đảm, dù bị đánh đập anh vẫn tìm cách nhắn tin cho các cha, đồng thời anh dẫn đội lính đi lòng vòng để các cha có đủ thì giờ đi trốn. Ðám lính vào một họ đạo khác bắt chú bé chăn trâu để tra hỏi. Không đạt được mục đích, họ bắt người đứng đầu họ đạo để giải về Kinh Ðô. Họ còn đến hai họ đạo khác bắt hai ông trùm của các họ đạo ấy. Khi tầu bè Âu Châu bỏ đi rồi quân lính mới thôi không lục soát các nhà Công Giáo nữa.
Cha Longer cho biết trong thời kỳ bách hại, chiến tranh và dịch tễ, một nửa số người Công Giáo đã thiệt mạng. Tháng 7-1791 vua Quang Trung ra lệnh cho các làng Công Giáo từ Phú Xuân đến Bắc Việt phải nộp 10.000 quan tiền. Nhiều chỗ không đủ tiền phải trốn đi. Nạn đói kém thật dễ sợ.
Ngày 7-3-1791 bà vợ của vua Quang Trung ốm nặng nhưng các thầy thuốc không chữa khỏi, vua cho mời Cha Girard đến nhưng vừa đến nơi thì bà ta chết, vua Quang Trung không muốn tiếp cha nữa. Một dịp khác, các quan ủy thác cho Cha Girard sang Macao để mời các thương gia đến buôn bán. Cha Girard sang tới Macao ngày 3-7-1791, nhưng sau đó chúng ta không biết gì thêm.