Ngày 19-3-1648, Thượng Vương băng hà sau một thời gian sống sa hoa trụy lạc với bà Tống Thị, vợ của anh mình, và đã đổ bao nhiêu máu người Công Giáo. Nguyễn Phúc Tần là người lên kế vị, lấy hiệu là Hiền Vương. Ông là một người có óc chinh phục, kiêu kỳ và nhiều tham vọng. Ông lên ngôi lúc 29 tuổi và trị vì được 39 năm. Không những lấn đất Chiêm Thành, Hiền Vương còn gây chiến với Họ Trịnh phía Bắc. Vừa cần người Bồ Ðào Nha mang súng đạn tới nhưng lại vừa nghi ngờ người Công Giáo. Dưới thời Hiền Vương, giáo hội Nam Việt trải qua những thay đổi cực kỳ quan trọng: vô số người tử đạo, hội thừa sai Ba Lê bắt đầu truyền giáo tại đây, linh mục Việt Nam đầu tiên, Giám Mục đại diện Tòa Thánh sang thăm viếng để ủy lạo và ban phép Thêm Sức, Dòng Mến Thánh Giá được chính thức thành lập....
Từ cuối đời Thượng Vương đã có sự nghi kị người Bồ nên Cha Saccano người Ý, không biết tiếng Việt, được phép ở lại “vì không thể truyền giáo cho người Việt Nam được”. Tuy nhiên vì nhiều công việc, bề trên ở Macao sai thêm Cha Rocca sang để phụ giúp. Giáo đoàn Xứ Nam bấy giờ đã có trên 50.000 người và 10 thầy giảng. Những cuộc bắt bớ đạo vẫn tiếp tục. Ngày 7-1-1650, Ðavít, một thương gia người At-mê-ni (Armenian), và Thầy Antôn đã bị trảm quyết, Bà Isave bị voi dầy. Các cha chỉ được phép ở Hội An. Tuy nhiên với sự khéo léo đút lót tiền bạc, các cha vẫn có thể đi kinh lý các giáo đoàn.
Từ năm 1655, Cha Saccano được gọi về làm quản lý ở Roma, Cha Rocca sang truyền giáo ở Cam-Bốt, hai cha mới là Marquez và Rivas được gửi đến Nam Việt. Cha Marquez trước đây đã từng đi với Cha Ðắc Lộ truyền giáo ở Bắc Việt, lại là người gốc Nhật nên có thể len lỏi trong xứ dễ dàng. Trong thời kỳ này, Hiền Vương tiếp đãi các cha niềm nở và để các đấng tự do, vì Hiền Vương mới chiến thắng Chiêm Thành và chiếm được bắc Bố Chính với 7 huyện ở Nghệ An.
Sau đó ba năm không có tầu buôn trở lại, hai cỗ đại bác Hiền Vương đặt mua cũng không thấy mang đến, thêm vào đó là những lời vu cáo của sư sãi, Hiền Vương tức giận ra lệnh cấm các bề tôi không được làm thầy dậy giáo lý hay làm môn đệ các cha, mọi người khác không ai được đổi đạo cũ mà nhập đạo mới, người nào còn bất tuân lệnh sẽ không được tha nữa. Lệnh trên không làm cho giáo dân khiếp sợ nhưng chỉ khiến họ phải cẩn mật hơn. Ban đêm, các thầy giảng thường đi thuyền làm nơi gặp gỡ giáo dân. Ðâu có cha đó chính là nhà thờ, nơi họ nhận các bí tích, cầu nguyện và nghe giảng. Năm 1657 triều đình của Hiền Vương bắt đầu có thái độ thù nghịch với đạo, và nạn nhân đầu tiên là ông Phêrô Văn Nết.
Ông Phêrô Nết sinh năm 1606 tại Dinh Cát ngay trong triều đình. Năm 35 tuổi, ông được phúc đón nhận đức tin và rửa tội. Vì là người thông biết và giỏi tính toán nên ông được làm quản gia cho bà Maria Minh Ðức Thái Phi. Khi bà vương này qua đời, ông Phêrô trở thành cột trụ cho họ đạo tại Kinh Ðô và nhà ông trở thành nơi hội họp. Ông thường đi thăm viếng và khích lệ các giáo dân. Một hôm thấy một giáo dân bị tước đoạt hết tài sản, ông cho mượn tiền để làm ăn. Vài năm sau người đó khá giả, vợ ông Phêrô đến xin lại số tiền cũ, nhưng thay vì trả lại, người giáo hữu này đã không tiếc lời thóa mạ, còn làm đơn kiện với quan và tố cáo ông Phêrô là người Kitô hữu. Bị bắt ra trước toà, ông Phêrô một mực xưng mình là người Kitô hữu và nói không có gì trên thế gian này có thể làm ông thay đổi, dù là hứa hẹn hay đe dọa. Quan lại hỏi: “Ngươi không biết là Hiền Vương đã ra lệnh cấm những ai theo đạo này sao? Vả lại ngươi là bề tôi sao không tuân lệnh ấy?”
Ông Phêrô thưa lại: “Trước hết tôi là bề tôi của Chúa Trời đất. Người là Chúa tể của cả nhà vương mà nhà vương phải tuân phục. Nếu Thượng Vương truyền lệnh gì không trái với luật đạo của Chúa Trời mà quí quan biết thì tôi rắp tâm mộ mến, tôi sẵn sàng tuân theo và nếu phải đổ máu vì lẽ phải tôi cũng sẵn sàng”.
Thấy quyết tâm của ông, các quan tuyên án xử tử. Trong thời gian bị giam tù chờ ngày hành quyết, ông Phêrô không ngừng rao giảng đạo chân thật.
Tới ngày hành quyết, rất đông dân chúng tới pháp trường. Nơi đó có gắn sẵn bản án viết như sau: “Người này phải chết vì đã theo đạo Kitô và truyền bá đạo ấy trái với lệnh cấm của nhà vương”. Chính ông Phêrô tự tay cắt đám tóc ở gáy trước đám đông và tuyên bố: “Tôi sẵn sàng chịu chết, không phải như một người phạm pháp, nhưng là người Kitô đã rao giảng đức tin chân thật, một phương thế duy nhất để được cứu rỗi đời sau. Không những tôi đã giảng bằng miệng lưỡi, bây giờ không tiếp tục được nữa tôi xin đổ máu ra để làm chứng lời giảng của tôi”. Nói rồi ông vươn cổ ra cho lý hình chém với tâm hồn bình thản tín thác vào Chúa. Hai lưỡi gươm đã kết thúc cuộc đời anh dũng của tôi tớ trung tín.
Sau vụ hành quyết ông Phêrô, cha bề trên Rivas kiếm cách nói với quan là đi xuống Chiêm Thành để lấy tầu về Macao gọi người Bồ Ðào Nha sang buôn bán. Kế của cha đã được tán thưởng, cha bắt đầu chính thức đi về Kinh để bái chào Hiền Vương, đồng thời có dịp thăm các giáo đoàn mà có nơi đã ba năm cha không được gặp. Tại Kinh lúc bấy giờ có một vị quan rất có thế giá và được Hiền Vương trọng đãi bị bệnh nặng. Hiền Vương yêu cầu cha chữa trị giúp. Cha Rivas đã gọi Cha Marquez từ Hội An lên để lo cho vị quan lớn, còn mình vẫn theo chương trình đi xuôi xuống ba tỉnh phía Nam, có nơi đã 20 năm chưa được gặp cha nào đi qua. Nhưng Cha Rivas bị bệnh không thể về Macao, và sau khi vị quan lớn trong triều đã chết vì thuốc làm độc, Cha Marquez xin về Macao. Hiền Vương vì nóng lòng chờ súng đạn đã đặt tiền mua trước mà vẫn chưa thấy tới nên ông trút cơn giận trên người Công Giáo, ra lệnh triệt hạ nhà thờ của bà Maria Minh Ðức Vương Thái Phi. Nhưng chính lúc đó tầu buôn Bồ Ðào Nha bắn ba phát súng báo tin cập bến đã cứu gỡ được cơn phong ba. Sau đó, các cha được tự do giảng đạo, được ban đất cho làm nhà.
Có nhiều nguyên nhân đưa đến cuộc bách hại đẫm máu này. Trước hết vào cuối năm 1661, Trịnh Tạc lên ngôi, cầm quân chinh phạt miền Nam, đã đại thắng chiếm lại đất đai vì hai tướng nhà Nguyễn ghen nhau mà thua. Sang năm 1662, trong nước lại bị bão lớn phá hại mùa màng và nhà cửa. Người dân gặp cơn túng quẫn đổ tội cho người Công Giáo bỏ bê việc cúng tế làm các thần giận để cho thiên tai giáng họa. Hiền Vương lợi dụng ngay cơ hội để khỏa lấp thất bại chiến trường và để trấn an lòng dân, đã ra lệnh bắt đạo triệt để. Bốn năm đội quân đi lùng các cơ sở Công Giáo tại Kinh, nhưng may lúc đó Cha Inhaxiô Baudet không có mặt ở nhà. Lệnh vua còn được thi hành triệt để tại các trấn. Ngày 2-4-1663 đang khi giáo dân mừng lễ Phục Sinh thì lệnh bắt đạo đến trấn Quảng Nam. Ba quan lớn thi hành lệnh, triệt hạ nhà thờ của bà Maria, vợ quan trấn Phú Yên cũ, và bắt bà cùng với nhiều giáo dân khác.
Ba ngày sau, các tù nhân được đưa ra trước tòa án. Trước hết các quan tra hỏi ông Gioan Vương người Kết Lâm(?) đã làm những gì. Ông trả lời, ông là người Kitô hữu và dậy đạo cho các trẻ em. Quan truyền lệnh giam biệt ông một nơi. Kế đó quan hỏi đến ông Tôma Nhuê sao dám bất tuân lệnh nhà vương mà xây nhà thờ. Ông thưa: “Thưa các quan, mấy năm vừa rồi tôi bị ốm gần chết, không thuốc men nào chữa khỏi, tôi khấn với Ðức Chúa Trời nếu Người cho tôi khỏe lại tôi sẽ xây nhà thờ kính Người. Ðức Chúa Trời đã ban sức khỏe lại cho tôi nên tôi đã xây nhà thờ để làm trọn lời hứa”.
Người thứ ba bị các quan tra vấn là ông Alexi Ðậu. Ông đã mạnh mẽ xưng mình là người Công Giáo từ nhỏ. Quan ra lệnh đóng gông và canh chừng ba vị anh hùng trên, và ra lệnh đánh đòn các người khác trước khi thả họ về.
Ngày hôm sau, các quan truyền lệnh thiêu hủy các đồ đạo đã tịch thu được. Cha Fuciti bấy giờ đang ở Hội An, xin các quan trả lại các đồ đạo thuộc về các cha chứ không phải của giáo dân. Hai quan muốn trả, nhưng quan thứ ba không trả lại mà còn ra lệnh đánh đòn các người theo Cha Fuciti. Trong lúc ngọn lửa đang quấn trên những ảnh đạo, ông Gioan Nghiêm và một người bạn thấy các ảnh bị thiêu hủy thì quì gối tôn kính và cầu nguyện trước mặt mọi người. Ông liền bị bắt giam với các người khác.
Ba quan lớn cùng nhau đi về Kinh để lĩnh ý Hiền Vương, giao tù nhân cho quân lính canh chừng. Giáo dân được tự do đến thăm viếng, và chính các đấng đến Hội An để gặp các cha và lĩnh nhận các bí tích.
Vào dịp lễ Thăng Thiên, án xử trảm được đưa về Quảng Nam, trong đó ý Hiền Vương muốn xử tử tất cả những người điên khùng như thế. Ðể làm cho giáo dân sợ hãi, các quan dự định hành quyết mỗi người mỗi nơi. Tám giờ sáng ngày 11-5, các tù nhân được dẫn ra trước mặt các quan để nghe đọc án, trước khi giao cho quan cai đội hình đem đi hành quyết. Các quan đã chấp thuận lời xin của giáo dân cũng như tử tù là chém tất cả tại một nơi. Bốn anh hùng xưng đạo mặc áo gấm, hân hoan tiến ra pháp trường, đặc biệt hai ông Gioan Vương và Alexi Ðậu không ngớt đề cao phúc tử đạo. Cha Fuciti cũng được phép tới gần để giúp các lính chiến của Chúa dọn mình. Quan giám sát vụ hành quyết cấm giáo dân không ai được hôn kính xác các tử tù, cũng như không được thấm máu. Nhưng ai ngăn nổi lòng thành của họ? Ngay khi xác các anh hùng ngã xuống họ đã ùa vào để hôn kính, thấm máu và lấy các kỉ vật của các đấng, ngay cả nấm đất thấm máu đào cũng được lấy đi. Hôm ấy là ngày thứ sáu trước lễ Chúa Thánh Thần Hiện Xuống, 11-5-1663.
Ông Tôma Nhuê, người làng Phi Rang Trung, 41 tuổi, có vợ rất đạo đức là bà Phanxicô. Ông là người giầu có và sớm nhận biết đạo thật mà tin theo. Ông bị bắt đi lính, nhưng vì lo lắng về việc sống đạo trong binh nghiệp nên ông cầu nguyện xin Chúa giải thoát cho. Sau đó bị ốm và được trở về nhà, ông liền bỏ tiền làm một nhà thờ để tạ ơn Chúa. Khi hay tin thân phụ ốm nặng ông liền đến dậy đạo và rửa tội cho cha trước khi chết. Vì ảnh hưởng của ông rất lớn, nên khi vừa có lệnh bắt đạo ông đã bị bắt ngay. Vì phải xa vợ và đứa con mới hai tuổi, ông tỏ vẻ buồn bã. Các bạn khuyên ông, và chính người vợ can đảm đã chuẩn bị tinh thần cho ông chịu tử đạo. Người đàn bà can đảm ấy còn xin các cha và giáo dân cầu nguyện cho chồng mình được vững vàng xưng đạo. Chúa thấu suốt lòng đạo đức của ông đã cho in vào lòng bàn tay một dấu thánh giá mầu tím to bằng nửa ngón tay. Từ đó ông vui vẻ đầy tin tưởng. Trong ngày hành quyết, vợ và các thân nhân đã theo ra tới pháp trường. Sau khi Cha Fuciti nhắn nhủ ông, người vợ hiền một lần nữa nhắc nhở chồng mình kêu thánh danh Giêsu và Maria, rồi lạy ba lạy từ biệt chồng và lui ra sau bốn bước. Lý hình chém đầu và tung lên cho mọi người thấy. Vợ và gia đình đem xác ông về nhà khâm liệm thì sáng hôm sau thấy đầu ông đã gắn liền vào thân như không hề bị chém vậy.
Ông Alexi Ðậu là con một người lái buôn Nhật, mẹ là người Công Giáo bị voi dầy chết vì đạo. Ông thường tự nhủ mình là phải sống sao cho xứng đáng là con của anh hùng tử đạo. Ông bỏ công việc đang làm ở triều đình để đến ở chung với các cha, vì ông nghĩ rằng đó là nơi duy nhất để làm thánh. Ông được các cha cho làm ông từ coi nhà thờ. Mỗi ngày hai lần ông xướng kinh cho giáo dân và ngày lễ ông giảng cho họ. Trong tuần thánh, ông có tài làm cho giáo dân xúc cảm về cuộc tử nạn của Chúa. Vào dịp lễ Giáng Sinh, ông là người đứng đầu tổ chức ca kịch giúp giáo dân hiểu mầu nhiệm Chúa xuống thế làm người. Ông đã liệu cho vợ và người con gái một số tiền để bảo đảm tương lai và phần ông được thong dong phục vụ Chúa. Vừa khi có lệnh bắt đạo, ông đã bị bắt ngay và mạnh mẽ xưng mình là người có đạo từ khi còn nhỏ và khuyến khích các người khác can đảm xưng đạo. Ðược lính cho về thăm nhà, ông đi thẳng đến nhà các cha để lãnh nhận các bí tích. Ông nói với các cha là Thiên Chúa đã đổ tràn niềm vui khiến ông mạnh dạn xưng đạo. Còn các cha khuyên ông: “Ông mạnh dạn xưng đạo và vui vẻ sẵn lòng chết vì Chúa như thế sẽ gieo mầm mống đức tin nơi dân ngoại”.
Sau đó ông xin người nhà đến cám ơn lính canh và thưởng tiền cho lý hình sau khi ông bị hành quyết. Trong ngày hành quyết, ông mặc áo lụa mới để vào tiệc cưới với Chúa Giêsu. Như lúc trong tù, ông vẫn can đảm giảng đạo và ca hát những bài thánh ca đạo đức, thì lúc này cũng vậy, ông không sợ sệt mà quay sang chứng kiến lý hình vung gươm chém ông Tôma, dường như quên rằng mình cũng sắp phải chém. Khi đầu người bạn rơi xuống, ông còn nói: “Bạn tôi đã đi hết đoạn đường và đoạt chiến thắng, bây giờ đến lượt tôi đi theo”.
Rồi ông đưa đầu cho lý hình, còn hỏi xem đã đúng cách chưa. Sau khi lý hình tung đầu lên rồi, người ta còn nhìn thấy vẻ mặt tươi vui suốt hai ngày. Sau khi chết, ông còn hiện ra với người lính đã chém đầu mình, trong đoàn ngũ các thánh hân hoan, và cám ơn người lính đã giúp mình đạt được ước nguyện.
Ông Gioan Nghiêm, 72 tuổi, sinh quán tại Phương Tây, tỉnh Quảng Nam. Ông là một y sĩ nhiệt thành, rất sùng Phật trước khi trở thành người Công Giáo. Không ai dám trình bầy đạo Công Giáo vì sợ tính ông nóng nẩy. Thế mà ông Manuel, một giáo dân rất nhiệt thành, bị bệnh mời ông đến chữa, và trong khi thầy thuốc chữa bệnh thì bệnh nhân nói về đạo thánh Chúa. Sau ba bốn bận nói về Chúa, người giáo dân này đã chinh phục được một người nhiệt thành về cho Chúa. Dĩ nhiên cuộc trở lại đạo của y sĩ Gioan đã làm chấn động giới Phật Giáo. Ông đã trở thành người cộng tác đắc lực của các cha trong việc chinh phục người khác về với Chúa. Ông thường nói: “Có ai mộ mến Phật hơn tôi? Có ai làm những điều dị đoan hơn tôi? Thế mà nhờ ơn Chúa, từ khi tôi nhận phép rửa tội, tôi hoàn toàn đổi mới”.
Tại làng Phục có một người bị quỉ ám làm khổ cha mẹ nhiều, nên cha mẹ người đó đã mời ông Gioan đến để cầu nguyện. Ban đầu ông hỏi về đạo Phật, người bị quỉ ám đã nói lên nhiều điều làm cho lương dân hổ thẹn. Người bị quỉ ám thú nhận là Ðức Trinh Nữ Maria đã bắt nói lên như vậy. Ðông đảo lương dân ở đây đã góp tiền xây chùa, nay họ biến thành nhà thờ kính Ðức Trinh Nữ.
Khi hay tin có lệnh bắt đạo, ông Gioan đã mạnh mẽ nói với các tín hữu khác: “Chúng ta còn làm gì ở đây nữa? Hãy đi để cùng chết với các cha vì Chúa Giêsu”.
Từ đó ông đi tìm nơi bắt đạo để xưng mình có đạo và ông đã bị bắt. Khi ông bị bắt, một người con của ông, là một nhà sư, tìm mọi cách cứu mạng cho cha, đến gặp cha, dụ dỗ cha chỉ cần nói một lời chối đạo thôi, nhưng ông đã bịt tai lại và nói rằng mình là người Kitô hữu và muốn chết như một tín hữu Kitô. Người lính gác rất cảm phục ông đã xúi ông trốn đi, và xin chịu hình phạt thay, nhưng ông đã trả lời: “Tôi muốn chết vì Chúa hơn là muốn sống và xin Chúa trả công cho anh”.
Trước lúc hành quyết ông đã hát lên kinh Tin Kính rồi xiết chặt tay Cha Fuciti trước khi đưa cổ cho lý hình chém. Gương mặt ông sau khi chém vẫn còn tươi nở nụ cười, như muốn nói lên rằng chết vì Chúa là một điều êm ái. Người tín hữu cầu nguyện cạnh xác ông làm chứng là đã thấy ánh sáng chiếu rực lên từ thân xác thánh thiện ấy.
Cụ già Gioan Vương, 75 tuổi, người làng Kết Lâm(?), sinh năm 1588 tại làng Thanh Minh, quận Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi. Cha ông là một quan lớn thứ nhì trong tỉnh. Từ 15 tuổi ông đã học triết lý thánh hiền và rất thông minh. Năm 25 tuổi ông đã có địa vị trong tỉnh và là một thi sĩ nổi tiếng. Năm 1622, lúc ấy ông đã 34 tuổi, ông được đọc một cuốn sách giáo lý và nhiều sách khác bằng chữ nho nói về đạo Thiên Chúa. Ông đã được Cha Fernandez dậy thêm và rửa tội cùng với vợ ông. Nhà ông đã thành nơi ở của các cha, và khi các cha đi ông xin đi theo làm người dậy giáo lý. Nhiều người đã trở lại vì uy tín của ông. Ông chép truyện các thánh bằng thơ văn 15 cuốn. Có lần ông đã hát những vần thơ cho Hiền Vương nghe và được khen là hay. Năm 1629 khi các cha bị trục xuất ông trở về làng Ket Lam làm người thu thuế. Lòng đạo của ông cũng giảm xút và sinh ra nghiện ngập. Giáo dân phái 9 người đến khuyên nhủ và đưa ông về Hội An để tiếp tục làm thầy giảng và viết sách. Từ khi vợ ông chết ông đã theo lời mời của giáo dân đến trấn Quảng Nam để dậy dỗ con cái họ. Từ đó ông có lòng mộ mến suy ngắm cuộc tử nạn của Chúa và nhiều lần đã rơi lệ. Ông sung sướng được tử đạo trong ngày thứ Sáu kính Chúa chịu nạn. Khi tới nơi hành quyết, ông đưa mắt nhìn ba người bạn đồng hành, khuyên nhủ họ can đảm. Sau cùng một bà Công Giáo trao cho ông một áo lụa để mặc lúc chết. Bà này đã hôn chân ông và làm chứng rằng hương thơm kỳ diệu đã phát ra từ người ông. Sau khi ông bị chém rồi người ta phát giác ra dưới lòng bàn chân ông ghi những dòng chữ này: Chúa Giêsu là Vua tất cả mọi sự.
Tháng 9-1664 các quan họp bàn, quan phò mã đứng lên nói: “Ðạo 'Hoa Lang' là một đạo hủy hoại quốc gia. Chúng tôi nghe nói bên Nhật, hoàng đế đã tận lực bắt đạo. Chúng ta cũng cần phải làm một lần để tận diệt, phải trục xuất các vị thừa sai và giết những người Việt ngoan cố giảng đạo như bên Trung Hoa đã làm”. Sau phiên họp, Hiền Vương sai 22 vị quan đi tra xét các nơi. Ðầu tháng 12 có sao chổi xuất hiện và theo sự tin tưởng của người bình dân thì đó là một điềm xấu báo hiệu chiến tranh và dịch tễ. Quả nhiên vào ngày 13-12, ngày lễ Thánh Luxia, một số tù nhân Công Giáo bị dẫn từ Dinh Cát về triều đình. Hiền Vương ra lệnh không cho họ ăn và giao cho ba quan lớn xét xử cùng thi hành việc diệt trừ đạo. Ngày 22-12, ba người vệ binh và hai người kỵ binh bị điệu ra trước tòa. Một người yếu đuối đã xin tha mạng, hai người đứng im, thấy vậy Phêrô Ðang mạnh mẽ thưa: “Tâu chúa thượng, hạ thần là công dân số một, là tôi trung của Chúa Trời đất trên hết, sau là bề tôi của chúa công”.
Hiền Vương giận giữ thét: “Chính ta là chủ tế đất nước này, ta cai trị như ta muốn, không tùy thuộc Chúa Trời đất nào cả”. Nói rồi ông ra lệnh chém đầu Phêrô Ðang ngay lập tức.
Phêrô Ðang là con của một vị quan ở Quảng Nghĩa, nhưng cha mẹ chết khi người còn nhỏ, sau được xung vào đội lính ngự lâm. Ở đây một năm thì được nghe nói về đạo và xin rửa tội. Người tử đạo ngày 22-12-1664 lúc 40 tuổi.
Ngày 5-1-1665, có một cuộc bắt đạo dữ dội tại Hội An, khoảng 100 người bị bắt, nhưng hầu hết đã chối đạo, trừ bốn người là Michele Mien, Giuse, Inhaxiô Vang và Caio. Sau đó bà Maria vợ quan trấn cũ và Giovanna cũng bị bắt. Ngày 27-1 ông Phêrô Ki, làm ông Trùm của hai họ Dinh Cát và Quảng Bình, bị xử tử, xác bị băm nát và vất xuống sông. Cùng ngày đó, Inhaxiô Vang và Michele Mien là hai binh sĩ cũng bị xử ở chợ, xác bị đánh bằng roi rồi buông sông.
Ông Phêrô Ki sinh tại Quảng Nghĩa và làm quan tại đây nhưng bị bạn đồng liêu ghét nên vu cáo ông gian lận. Hiền Vương sai quan về điều tra, ông phải trốn dưới giếng để thoát rồi lẻn về triều đình trình bầy với Hiền Vương và xin làm trong triều đình. Trong thời kỳ này, một người anh của ông là Stêphanô, có đạo, đã đưa sách giáo lý cho ông đọc. Sau đó vợ chồng ông đã đến Hội An để xin các cha rửa tội. Trước lòng nhiệt thành của ông, các cha đã đặt ông làm trùm coi hai họ triều đình. Là quan riêng của nhà vương, ông không dám công khai đến các họ đạo nhưng ông đã hoạt động giữa những người lương và nhất là đám binh lính. Ông có lòng thương người nghèo và chôn cất người chết. Nhà ông đã trở thành như nhà thương săn sóc các bệnh nhân, và lợi dụng cơ hội ông giảng đạo cho họ. Khi bị bắt, ông đã mạnh mẽ xưng đạo. Quan hỏi ông có biết toán học hay sao chổi không. Vì ông không biết những thứ đó mà chỉ rành về đạo nên ông đã bị khép án tử.
Ngày 29-1, một số giáo dân tại Quảng Nam do ông trùm Michele đứng đầu cùng với ông Simêon, Vincenzô và Gioan bị chém đầu, bà Monica và Agatha bị voi giầy. Còn bà Maria, vợ quan trấn cũ của Phú Yên, bị kết án giam đói trong một nhà tối nhưng đã không chịu nổi, bà xin chối đạo. Marta, Damasô và một người khác cũng đã bị xử tử.
Ngày 31-1, một nhóm 12 người bị xử tử tại Quảng Nam (xin xem tường thuật ở dưới). Ngày 3-2, tất cả các cha bị quản thúc trong nhà các cha Dòng Tên ở Hội An, gồm có: Cha Fuciti, Baudet, Marquez, Chevreuil và hai cha Dòng Phanxicô.
Ngày 4-2, bốn giáo dân Quảng Nghĩa bị dẫn về Hội An và giao cho quan trấn thủ Quảng Nam xử (xin xem tường thuật riêng ở dưới).
Ngày 9-2, các cha Dòng Tên bị trục xuất, hai cha Dòng Phanxicô và Cha Chevreuil nhờ đút tiền cho quan với lý do mới đến triều đình chưa biết, nên được ở lại. Trong khi đó các cha Dòng Tên bắt đầu xuống tầu ra đi, một số giáo dân đứng xa xa đưa mắt từ biệt. Vì thuyền gặp gió ngược, các cha phải ghé vào Quảng Nghĩa sau bốn ngày chèo chống. Giáo dân ở đây mừng rỡ vì được dịp lãnh nhận các bí tích, người chối đạo làm hòa với Chúa. Sau đó các cha đi Qui Nhơn rồi xuống Chiêm Thành. Cha Chevreuil và hai cha Dòng Phanxicô ở lại không được bao lâu cũng bị trục xuất ngày 7-3-1665.
Từ khi có lệnh của Hiền Vương, quan trông coi người Nhật ở Hội An đã bắt các gia đình làm tờ xuất giáo, hầu hết họ đã tuân theo. Thấy vậy quan trấn thủ tỉnh Quảng Nam cũng muốn người Việt theo gương ấy. Một số giáo dân bị bắt đã phải chịu nhiều cảnh hành hạ dã man. Trong số những anh hùng xưng đạo phải kể đến các ông Michele, Giuse, Caiô, và Inhaxiô, bị bắt ngày 5-1-1665. Cô Giovanna cũng đã mạnh bạo xưng đạo trước mặt các quan. Các quan cho là điên, đuổi ra khỏi tòa hai lần, nhưng cô vẫn trở lại xưng đạo và bị bắt giam. Trong số các anh hùng, còn có hai anh em Raphae và Stêphanô, mới 12 tuổi, cũng rất can đảm. Trong khi các quan đang xử thì hai anh em Raphae bước vào lạy các quan rồi thưa: “Chúng tôi là hai đứa trẻ mồ côi từ Thuận Hóa đến đây để xin quan tòa cho chúng tôi về thiên đường nơi Cha chúng tôi đang ở”.
Một vị quan hỏi: “Cha chúng bay là ai?”
Raphae liền thưa: “Là chính Thiên Chúa, chủ tể và là Ðấng tạo dựng trời đất”.
“Chúng bay là những đứa trẻ bần cùng mồ côi, vậy ai đã cho chúng bay ở và nuôi chúng bay?”
“Chúng tôi ở nhà thí dành cho những người nghèo như chúng tôi”.
Trước thái độ dũng cảm của các em, quan ra lệnh cho lính xiềng xích lại, nhưng Raphae thản nhiên nói: “Ðiều lo xa của quan thật vô ích. Có cần gì phải xích những người đã tự nộp mình chịu chết vì đạo?” Quan giận giữ ra lệnh xử tử luôn cả hai anh em cùng với các giáo dân khác.
Ngày 9-1, Hiền Vương ra lệnh xử tử tất cả các giáo dân kiên gan xưng đạo: 7 người bị chém đầu và 5 người bị voi giầy. Án được thi hành ngày 31-1-1665. Pháp trường là bãi cát mới bồi giữa Dinh Chiêm và Hội An. Trước khi ra pháp trường, các vị anh hùng đã được gặp các cha để lãnh nhận các bí tích. Sau đó các đấng được dẫn ra trước mặt các quan để nghe đọc án, tất cả đã mặc áo lụa như là để đi dự tiệc vậy. Một lần nữa các quan ra lệnh đạp ảnh, mọi người can đảm xưng đạo: Chúng tôi không bao giờ thay đổi quyết tâm. Nếu chúng tôi có ngàn vạn mạng sống để chịu chết, chúng tôi cũng vui sướng mà dâng cho Thiên Chúa chúng tôi tôn thờ.
Tới pháp trường, các đấng được chia thành ba nhóm. Nhóm một gồm có các ông Michael, Giuse, Inhaxiô và Bênoit; nhóm hai gồm có ông trùm Stêphanô, Phêrô, Simon và Bênoit; nhóm ba gồm có ông Caiô, cô Giovanna và hai anh em Raphae và Stêphanô. Nét mặt ai nấy đều hân hoan, biểu lộ một sức dũng mãnh thu hút lòng người một cách khác thường. Một số đông dân chúng đã tuốn về coi cảnh tượng hết sức hi hữu này. Nhất là ba người trẻ đã làm nhiều người mủi lòng rơi lệ. Trong khi mọi người hồi hộp chờ đợi giờ hành quyết bi thảm này thì một cô bé tên là Luxia, như bị thôi thúc đã chạy ra hôn chân cậu Raphae. Raphae biết cô ta và nghĩ là cô bé muốn cản mình nên tức tốc nâng cô dậy và nói: “Này cô em, cô đừng có buồn phiền, chúng ta sẽ gặp lại nhau trên nước Trời”.
Trong khi ấy cậu em Stêphanô nói với đám đông: “Tất cả quí vị có mặt ở đây nên biết rằng chúng tôi vui lòng chết vì đức tin chân thật thánh thiện, và vì chúng tôi muốn đi gặp mặt Cha chúng ta ở trên trời”.
Chính quan trấn thủ tỉnh Quảng Nam giám sát cuộc hành quyết, vì nghĩ rằng dù những thiếu niên này mạnh bạo nhưng có lẽ chưa hề thấy đầu rơi máu chảy nên không biết sợ, ông liền ra lệnh ném ông Caiô, 30 tuổi, và cho voi giầy xéo trước. Trong khoảnh khắc voi đã xé ông ra nhiều mảnh máu me bắn ra tung tóe trông dễ sợ. Lính liền mang chi thể còn động đậy và vấy máu đặt trước mặt cô Giovanna và hai cậu thiếu niên. Gương dũng cảm của người tử đạo đã chuyền vào trái tim mềm mỏng các người trẻ một dòng nghị lực kiên cường nên không ai tỏ vẻ sợ hãi. Quan liền ra lệnh bỏ cô Giovanna vào cho voi giầy, nhưng cô rất thản nhiên, tay phải làm dấu thánh giá, tay trái cầm quạt theo tục lệ trong xứ, vẻ mặt phát tiết niềm hân hoan trong tâm hồn. Con voi đưa bàn chân khổng lồ dẵm lên người cô, và tức khắc cô đã được chết vì Chúa. Quan trấn thủ vì cảm phục lòng dũng cảm của hai anh em Raphae nên có ý để đến bây giờ, với hy vọng rằng khi hai anh em thấy những cực hình ghê gớm thì sợ mà chối đạo, và ông có thể cứu họ sống. Trái lại, hai anh em vẫn can đảm và bình tĩnh làm dấu thánh giá khi bị tung vào cho đám voi giầy. Cả hai bị bàn chân voi đè bẹp chết một cách anh dũng. Dân chúng đứng im lặng như tờ, những giọt nước mắt nóng dần dần chảy xuống. Càng xúc cảm họ càng giận các quan là những người độc dữ. Còn các tín hữu được đức tin soi sáng và tăng cường, họ cũng ước muốn được ngàn lần chết vì đạo Chúa.
Màn đêm buông xuống, giáo dân vội vã chôn cất 12 vị tử đạo trong một cánh đồng cách xa Hội An, để chờ dịp thuận tiện sẽ rước hài cốt các vị về nơi xứng hợp.
Ngày 4-2, lính dẫn bốn giáo dân từ Quảng Nghĩa về Hội An để quan trấn thủ Quảng Nam xét xử. Bốn người đó là ông Trùm Tômasô Tin, Tômasô Nghe, Benoit và Ðominicô. Cả bốn ông đã mua chuộc lính canh để được đến gặp các cha, lãnh nhận các bí tích nhằm tăng cường sức mạnh tinh thần. Ngày 6-2, các ông được đưa đến phủ đường, Tôma Tin đã lợi dụng lúc phải dừng chân trước cửa vì phải chờ các quan vào trước, để giảng giải đạo thánh với dân chúng. Lúc ấy cô Luxia, người đã hôn chân cậu Raphae, chạy tới hôn kính cụ Trùm. Các quan vào phủ đường liền ra lệnh điệu tù nhân vào đứng trước mặt. Một vị quan có ác cảm với đạo hỏi trước: “Tại sao các ngươi là những người nước Nam lại bỏ đạo của quốc gia mà đi theo đạo Bồ Ðào Nha?”
Cụ Tôma Tin liền thưa: “Nhà vương đã đặt các quan coi bốn tỉnh để xét xử những người bị bắt, phạt kẻ có tội và tha kẻ vô tội. Vậy thưa các quan, các quan nói chúng tôi theo đạo người Bồ thì thật là bất công, xúc phạm đến Ðức Chúa Trời và chúng tôi, vì chúng tôi theo đạo Công Giáo là đạo dành cho mọi người. Thật là sai lầm nếu cho rằng mặt trời ở nước Nam khác với mặt trời ở nước Bồ. Cũng như mặt trời và mặt trăng soi sáng chung, làm cho muôn vật Ðông Tây được triển nở, đạo Công Giáo cũng vậy. Ðạo Công Giáo đã có từ hơn 1665 năm. Con Thiên Chúa đến làm người chuộc tội cho tất cả mọi người. Người Bồ đã tin nhận đạo trước, còn tại nước Nam từ 55 năm nay đã có các cha từ các nước Ý, Pháp, Bồ và Nhật đến rao giảng. Vậy sao gọi đạo Công Giáo là đạo của người Bồ được? Hơn nữa tôi không chút nghi ngờ rằng đạo Ðức Chúa Trời là đạo chân thật, đạo mang lại hạnh phúc”.
Cụ Tôma còn dùng nhiều lời trong sách để làm chứng về đạo. Quan ra lệnh lột áo tím cụ đang mặc và bắt các người khác đạp ảnh. Tất cả đều thưa lại là sẽ chẳng bao giờ phạm tội đại nghịch ấy. Ngay khi đó Luxia rẽ đám đông vào lạy các quan rồi nói: “Thưa các quan, tôi là con gái ông Phêrô Ki mà nhà vương đã ra lệnh giết vì là người Kitô hữu. Từ ngày ấy, tôi những ước muốn được vinh dự ấy. Nhưng vì các quan cứ cho tôi là còn trẻ không để gươm làm đổ máu tôi. Bây giờ tôi tự ý đến đây xưng đạo trước mặt quí quan cùng với bà này (bà Maria). Chúng tôi dâng thân xác cho voi giầy để làm vinh danh Chúa Trời đất”.
Quan bỡ ngỡ giao cho lính bắt giữ và mang đi xử cùng với các người khác. Pháp trường cũng là bãi cát đã thấm máu các anh hùng giáo đoàn Quảng Nam. Ðội lính dàn hàng hai với gươm tuốt trần dẫn 6 người đến pháp trường. Khoảng 9 giờ, họ bắt đầu đi, thỉnh thoảng một người lính rao lệnh như sau: “Hiền Vương ra lệnh xử tử những người theo đạo Ðức Chúa Trời”. Quan giám sát bắt đổi lại lời rao, nhưng cụ Tôma Tin, dù răng chẳng còn, đã rao to hơn lời rao lúc ban đầu, sau đó cụ cất tiếng hát thánh ca.
Cô Luxia vui vẻ bước đi và khi trông thấy pháp trường đã chạy như bay lại đó. Một người ngoại giáo xỉ vả: “Hãy xem, đạo của người Bồ đã làm cho con bé ra điên, đến độ tự ý nộp mình chịu chết mà không tiếc gì những cái trên thế gian này”.
Cô Luxia đã nhìn ông bằng ánh mắt khinh thường và nói: “Tôi chưa bao giờ có sự xét đoán thong dong và lành mạnh bằng lúc này, bởi vì hôm nay tôi đã chọn phần hơn và được vinh dự lớn lao chưa từng được bao giờ. Nói cho cùng, nếu chết vì bảo vệ quốc gia và phục vụ nhà vương là một vinh dự cao quí mà chúng ta hết sức thán phục, vậy tại sao lại trách tôi dâng hiến mạng sống, chết anh hùng vì Chúa?”
Cô còn dí dỏm nói: “Cái chết của tôi không những được vinh dự đời sau mà còn ngay cả đời này nữa. Các vị không thấy cái vinh dự là tôi được các quan lớn với binh sĩ lớp lang hộ tống sao? Còn mười hai con voi dẫn đầu như thế không phải là một đoàn tùy tòng sang trọng cho tôi ư?”
Tới pháp trường, những người bị chém đầu được đem qua một bên, còn Luxia và bà Maria ở một bên trước mặt các con voi to lớn. Trước hết quan ra lệnh xử trảm trước. Cụ Tôma Tin quay về phía đám đông lớn tiếng nói: “Các vị coi đấy, tôi sắp sửa được chết để bảo vệ đức tin. Tôi chỉ có điều tiếc là không có cả ngàn mạng sống để dâng cho Thiên Chúa, Ðấng tạo dựng và Chủ Tế trời đất”.
Ðược lệnh, lý hình chém đầu cụ Tôma Tin rơi xuống trước, rồi kế tiếp đầu của ba người bạn đồng hành trong đức tin. Ðến lượt quan ra lệnh cho voi tiến tới hai vị liễu yếu đào tơ đang nóng lòng chờ đến lượt mình. Cô Luxia lúc thì giang tay ra, lúc thì vỗ tay hân hoan. Một con voi húc ngà vào người cô hai lần rồi lấy vòi tung lên cao cho rơi xuống. Cô đã chết khi vừa rơi xuống, còn bà Maria thì chết ngay khi con voi húc bà cú đầu vì sức bà đã yếu.
Tháng 8-1665, thừa sai Hainques người Pháp đã lén lút vào Nam Việt, từ Phú Yên đi ngược lên các tỉnh về phía Bắc. Tháng 6-1666, người tới Hội An gặp hai cha Dòng Tên cũng lén lút ở lại là Cha Rivas và Acosta. Trong thời gian này có ba giáo dân bị chém phân thây là Linus, Petrus và Andrea. Một bà cũng được phúc tử đạo là bà Monica. Cuối tháng 7-1668, ba cha con ông Simon Dat ở Quảng Nam bị bắt và hành hạ, nhưng vẫn một lòng trung thành với Chúa. Tháng 12, một số khác bị bắt và cũng anh dũng tuyên xưng đạo.
Tại Qui Nhơn có 6 người bị bắt và đánh đập vì đạo. Cha Hainques vì làm việc nhiều nên chết sớm vào năm 1670, hai cha Việt Nam là Cha Trang và Cha Bền sợ hãi bỏ chạy sang Thái Lan. Sau đó Ðức Cha Lambert de LaMotte cùng với ba vị thừa sai và hai cha Việt Nam sang Nam Việt. Lúc này không còn những cuộc bách hại dữ tợn nữa. Sau chín tháng lén lút thăm Việt Nam, đức cha đã lập Dòng Mến Thánh Giá và họp công hội các vị thừa sai để ấn định đường lối truyền giáo. Tháng 10-1673, đức cha sai Cha Vachet và Cha Bốn, mới chịu chức, sang Nam Việt cùng với thơ gửi cho Hiền Vương và nhiều lễ vật. Hiền Vương niềm nở tiếp đãi và hứa cho đất làm nhà ở Hội An, đồng thời cho các giáo dân được tự do giữ đạo. Hiền Vương còn nói Cha Vachet đem đoàn thuyền của hoàng gia đi đón đức cha sang. Tháng 7-1675, đức cha sang kinh lược lần thứ hai, nhưng Hiền Vương đang có tang người con thứ hai mới chết nên không tiếp đức cha được.
Tuy nhiên vì Hiền Vương không chính thức thâu hồi lệnh cấm đạo cũ nên tại một số nơi lương dân vẫn lấy cớ cấm đạo để sách nhiễu giáo dân. Thừa sai Vachet hoạt động ở kinh đô đã gây được cảm tình của triều đình, và đã có lần được Hiền Vương gọi vào chữa vết thương ở chân. Một quan có đạo tên là Dominic Thu Hap bị một quan khác ghen tương tố cáo là có đạo, đã bị chém đầu ngày 25-10-1674 mà không có tòa án nào xử. Ngày 9-2-1679, Thầy giảng Gioakim Lau cũng bị chém đầu vì đức tin.