Võ Vương chết không chỉ định người nối nghiệp nên quyền hành nằm trong tay Trương Phúc Loan. Ông tôn công tử thứ 16, Nguyễn Phúc Thuần mới có 12 tuổi lên ngôi.
Theo sự tường trình của Ðức Cha Piguel năm 1767 thì ba vị quan đại thần trong số bốn người rất có thiện cảm với đạo Công Giáo. Giáo dân bắt đầu tụ họp đông đảo, các vị thừa sai tận dụng thời giờ đi thăm các giáo đoàn. Các giáo dân bị bắt hồi xưa đã ở trong tù hơn 15 năm, nay có thể nộp một số tiền để được tự do. Những tín hữu này đã kiên tâm trong suốt thời gian phải làm nô dịch cắt cỏ cho voi, vẫn vui tươi hát kinh với nhau, bây giờ họ không mấy hài lòng khi thấy giáo dân bỏ tiền ra chuộc tự do cho họ.
Bỗng dưng cuối tháng 7-1767 có lệnh cấm đạo mới và lệnh trục xuất các thừa sai: “Lệnh vua truyền cho quan án Phan Than, chưởng cơ cai đội Dang, ký lục Phương và cai bộ Khinh. Từ trước việc cai trị vẫn theo đạo tự nhiên nhân bản nhưng ít lâu nay đạo Gia-Tô giống như giáo phái Dương Mac dùng lời hứa hẹn và hình phạt để lừa dối lòng người, vì thế Tiên Vương đã nghiêm ngặt cấm đoán mà dân chúng vẫn không chừa bỏ. Nay ta thấy cần phải lập lại lệnh cấm đạo Kitô và tra xét các nơi để loại trừ hẳn đạo này. Hiện nay dân chúng đang trở lại đạo cũ, hội họp tại các nhà thờ. Các quan phải cần mẫn điều tra trong địa hạt của mình, nếu có những người tụ họp và giữ đạo thì phải bắt và đem ra toà xét xử, bắt chối đạo bằng lời nói hoặc bằng việc đạp lên ảnh tượng. Người nào còn cố chấp tin theo đạo thì phải giam tù và thông báo về triều đình để duyệt án. Người có chức tước thì phải giáng trật, thường dân thì phải lưu đầy chăn voi suốt đời. Có như thế quốc gia mới hưng thịnh”.
Lệnh được các quan thi hành khiến giáo dân hoặc bỏ nhà cửa đi trốn hoặc đạp ảnh chối đạo, hoặc bị bắt và kết án cắt cỏ cho voi. Tại Phú Yên, Bà Trương đã anh dũng ra xưng đạo và dù bị tra tấn vẫn không khai chỗ ở của các thừa sai hay nơi cất giấu đồ đạo. Ngày 16-1-1767, quân lính đến Phú Yên lục soát nhưng hầu hết đã chạy thoát được, chỉ trừ một vài người đứng đầu họ đạo đã bị bắt. Quan còn ra lệnh thưởng cho ai bắt được Cha Halbout, nhưng sau hai tháng ẩn né cha đã trốn ra được Nha Trang. Trong các tỉnh phía bắc Nam Việt, giáo dân được Cha Marin người Việt nhiệt thành chăm nom, nhưng thường cha không dám ở đâu lâu hơn ba bốn ngày. Tại Kinh Ðô có hai cha Dòng Tên làm thuốc nhưng không ai dám đến gặp gỡ. Tại miền cực nam Sài Gòn, Ðồng Nai và Hà Tiên, ban đầu các quan che chở cho các thừa sai Dòng Phanxicô, Cha Nicolas và vài vị thừa sai người Pháp. Tuy nhiên khi có tin bắt đạo các cha lại trốn sang Cao Mên.
Ngày 10-2-1767, 5 vị thừa sai thuộc các hội dòng khác nhau, các vị chức việc và các thầy già đã họp tại Thợ Ðúc để bàn việc hoạt động. Một thầy, bị tố cáo là có gương xấu, đã tức giận đi báo cho làng bên lương biết về cuộc hội họp của các thừa sai. Có ba cha chạy trốn được, còn hai cha bị bắt. Ngày 2-4 các cha phải xuống thuyền trốn sang Cao Mên. Ðược tin này quan khâm sai tại Sài Gòn là bạn thân của Cha Diego de Xumilla đã báo cho các cha để bí mật trốn đi trong tháng 6. Tháng 12-1767 các cha được tin việc bắt đạo tạm yên ổn đã trở lại hoạt động. Tuy nhiên vì vụ lộn xộn ở Hà Tiên, ngày 9-1-1768 có lệnh chém đầu các thừa sai nếu bắt được, bốn nhà thờ bị tấn công và thiêu hủy, năm thừa sai bị bắt. Nhưng nhờ vị hoàng tử can thiệp các thừa sai được trả tự do.
Dù có cuộc bắt đạo, năm 1771 Ðức Cha Piguel và Cha Boiret đã lẻn về tổ chức lễ lạy trong tuần thánh cho giáo dân. Theo người, số giáo dân tại Nam Việt lúc bấy giờ có khoảng 100.000 người.