Nguyễn Phúc Chú nối nghiệp cha lúc 17 tuổi, nổi tiếng văn võ kiêm toàn, chiêu hiền đãi sĩ và sùng mộ đạo Phật. Ông đã mời một vị cao tăng bên Tầu sang để truyền bá đạo Phật, và chính ông đã qui y. Cũng vì thế mà ông có thái độ ghét đạo Công Giáo, nhất là khi thấy giáo dân tụ họp đông thì ghen tức.
Năm 1692 Cha Langlois bị bắt một tháng vì một vị quan đại thần tâu là tại nhà cha có rất đông giáo dân tụ họp. Minh Vương đã nói ngay: “Ta sẽ chém Cha Pierre Langlois ra từng mảnh xem ông ta còn giảng đạo được nữa không và giáo dân còn chỗ nào mà đến”.
Nhờ có bà mẹ cản ngăn, nói rằng chính vì vua cha bắt đạo mà phải chết sớm, Minh Vương mới thôi. Tại Kinh Ðô, hai Cha Pierre Langlois và Barthelemy Acosta chính thức làm nghề thầy thuốc nên được đi lại dễ dàng.
Vào tháng 4-1698, nhân dịp tuần thánh, giáo dân đến nhà thờ Cha Langlois để tham dự các lễ nghi, các thầy phù thủy nhân cơ hội đó xúi dân làng Thương Lo làm đơn kiện rằng người Công Giáo đã bẻ gẫy tượng và lấy các đồ trong chùa. Minh Vương sai một ủy ban điều tra, bắt giáo dân phải chịu mọi phí tổn. Ngày 14-5-1698, quan phúc trình là chùa không hề bị hư hại, còn tượng bị bẻ gẫy tay từ 16 năm nay, chỉ có vài nén hương bị mất mà không biết ai là thủ phạm, chỉ biết là mất trong dịp tuần lễ có đông người Công Giáo hội họp. Minh Vương tức giận nói rằng chỉ có người Công Giáo mới dám làm như vậy. Ông liền ra lệnh triệt hạ các nhà thờ để họ không còn đến đó được nữa, và xử tử những người dân nào còn cố chấp, các sĩ quan thì phải giáng xuống làm binh sĩ, các quan thì phải nộp phạt. Cũng hôm ấy Minh Vương ra lệnh triệt hạ hai nhà thờ ở Kinh Ðô, giao cho ông Hưu Cam và ông Ta Kang thi hành lệnh.
Ông Ta Kang dẫn 14 đội lính với đầy đủ khí giới và súng ống rầm rộ đến nhà cha Langlois, theo sau có đông dân chúng đi xem. Cha Langlois ra trước nhà để nhận lệnh của Minh Vương, nhưng chưa kịp nói gì thì lính đã vật cha ngã xuống, nắm tóc và trói tay lại dẫn đến trước mặt quan. Người Công Giáo và lương dân đứng nhìn xem thì động lòng thương chảy nước mắt. Lính túm vào xé áo của người ra. Cha Langlois lặng thinh để mặc họ làm gì thì làm và dẫn đi đâu thì dẫn, và họ đã dẫn người đến trước mặt quan, quan liền nói: “Tôi có lệnh của Minh Vương phá hủy nhà thờ của cha, thiêu hủy các ảnh tượng, thông báo lệnh cấm mọi cuộc hội họp và cấm cha không bao giờ được giảng đạo cho người Việt Nam nữa. Cha đáng chết nhưng Minh Vương đã rộng lượng tha mạng sống và không phá hủy nhà của cha. Minh Vương cho phép cha giữ đạo kín đáo và tiếp tục làm nghề thuốc cứu chữa những người nghèo khó và ốm yếu như cha vẫn làm từ trước tới nay. Cha phải biết đó là đặc ân của Minh Vương và liệu đó mà xử sự cho khôn khéo”.
Cha Langlois khiêm tốn đáp lại: “Tôi rất biết ơn Minh Vương đã rộng lượng đối với tôi, song tôi ước ao được chịu khổ và chết vì Chúa Giêsu. Tôi nhìn nhận rằng chính vì ước muốn rao truyền đạo chân thật mà tôi đã không nề quản những gian lao để đến Nam Việt này. Trong mọi việc, tôi không bao giờ bỏ qua việc làm cho mọi người nhận biết Chúa thật trời đất và tìm kiếm ơn cứu rỗi linh hồn. Tôi không thể không rao giảng cho những người muốn nghe tôi. Nếu Minh Vương và các quan trong triều hiểu biết về đạo Kitô và những lợi ích do đạo mang lại thì tôi dám chắc các vị sẽ có thái độ khác đối với các vị thừa sai giảng đạo. Các vị đã nghe biết đạo dậy người ta thờ phượng yêu mến Chúa tể trời đất và mọi người mọi vật, đạo cũng dậy phải vâng phục các đấng bề trên, hết sức làm lành tránh dữ. Từ khi tôi đến xứ này, tôi đã hoàn toàn sống theo như đạo dậy và các vị biết rõ như thế. Tôi đã tận tụy làm việc vất vả, hết lòng làm việc bác ái với mọi người không kể lớn bé sang hèn. Tôi mở rộng cửa ngày cũng như đêm cứu giúp người khác. Cho tới nay không có ai kiện cáo tôi điều gì trước mặt triều đình, trái lại họ còn ca ngợi những công việc tôi đã làm. Thế mà hôm nay tôi bị đối xử như một tên trộm cướp”.
Quan vội ngắt lời nói: “Ðủ rồi, người ta không phiền trách cha về những việc tốt cha làm cho người nước Nam, người ta chỉ trách là có nhiều người đến hội họp ban đêm và cha quá hăng say làm cho họ trở thành Công Giáo. Minh Vương không muốn các thần dân bỏ đạo của cha ông để theo đạo cha giảng dậy. Minh Vương là chủ, mọi người phải vâng phục”. Nói rồi ông ra hiệu cho binh sĩ rút lui và trả tự do cho cha.
Trong khi quan nói với cha thì binh sĩ đã phá phách nhà thờ và nhà xứ, đem đi tất cả mọi đồ đạc không để lại một thứ gì. Cha Langlois bình thản trước những gì xảy ra, nhưng khi thấy lính châm lửa đốt ảnh tượng và đồ đạo, cha liền nói với họ: “Tại sao các anh lại bất nhân làm như thế đối với các đồ đạo? Nếu các anh không thích đạo thì ít nhất cũng phải coi chừng sự trừng phạt của Thiên Chúa vì những tội đại ác đó”.
Cha Langlois thuật lại rằng ông cai đội lấy các đồ nhà thờ về nhà đã bị cơn sốt hành đến chết sau 15 ngày, chính ông Takang cũng chết 21 ngày sau, ông Cai Vạch Cam là hương trưởng làng đứng tên tố cáo, cũng chết một ít ngày sau. Một số lính hung dữ khác thì kẻ bị mù, người bị tàn tật. Ông Hưu Cam phá nhà thờ các cha Dòng Tên cũng bị phạt chết. Ông nghè bộ Diêm là người đứng đầu phá hủy nhà thờ của Ðức Cha Perez cũng bị một cơn ốm nặng đã phải trả lại các đồ nhà thờ.
Hầu hết các nhà thờ tại các tỉnh đều bị phá hủy ngay trong những ngày đầu. Sau những vụ trừng phạt đối với những người ra tay thì xảy ra một cơn bão lớn trên toàn cõi Nam Việt ngày 2-11-1698, làm tốc các cung điện, chùa chiền và nhiều nhà khác, nhận chìm rất nhiều tầu bè làm thiệt mạng hàng ngàn người. Trước thiên tai, Minh Vương úy sợ Thiên Chúa nên cho phép làm nhà thờ lại.
Ngày 13-3-1700, Minh Vương bất thình lình ra lệnh bắt đạo toàn diện Nam Việt: Tại các tỉnh như Kinh Ðô, Hội An, Nha Trang, Nha Ru, Ðồng Nai, Quảng Nam, Quảng Bình, Dinh Cát, Van Cui đều có nhiều người bị bắt. Vì lý do gì không biết, nhưng có người cho rằng khi được tự do xây nhà thờ trở lại, giáo dân phấn khởi tụ họp đông đúc trong khi chùa miếu lại vắng tanh, vì thế các sư sãi làm đơn kiện cáo với Minh Vương. Ngoài ra các quan cũng hay đem gương Nhật Bản ra bàn với Minh Vương. Riêng tại Kinh Ðô có 4 đạo quân đi bắt các cha, nói dối là quan muốn mời các đấng đến chữa bệnh. Lần lượt các cha và những người giúp việc bị bắt dẫn giải về Kinh Ðô và bị giam trong các nhà tù khác nhau. Tất cả là 22 người bị bắt ngay trong đợt đầu. Trong số đó có ba cha Dòng Tên là Cha Antôn Arnedo, Giuse Candone, Phêrô Belmonte, và hai cha người Pháp là Cha Langlois và Cha Cappony bị bắt. Tại Hội An cũng có hai cha người Pháp bị bắt là Cha Nicolas de Fonseca và Cha Sennemand. Thỉnh thoảng họ lại bị đem ra nhà hội hạch sách và tra hỏi mà không có phiên tòa. Sau đó lính còn đến tra hỏi họ chỗ ở của các thầy giảng nữa. Có một bà đã nói nơi trốn của cha Maurô. Chính vì vậy mà cha đã bị bắt với hai thầy già. Số người bị bắt tại đây lên tới 42 người nhưng chỉ có 10 người bền vững xưng đạo tới cùng.
Ngày 22-4, các tù nhân gồm 4 linh mục và 37 giáo dân được dẫn ra trước mặt Minh Vương. Thấy các linh mục đeo gông bằng tre quá nhẹ ông liền ra lệnh làm gông bằng gỗ nặng cho họ đeo và bắt họ phải trả tiền gông. Những người chối đạo bị chặt ngón tay, gọt trọc đầu và đánh đòn rồi mới được thả tự do. Còn lại 16 người bị Minh Vương kết án bỏ đói cho chết. Nhưng ngày hôm sau Cha Maurô không chịu nổi đã đạp ảnh chối đạo nhiều lần trong suốt ba ngày và còn cả gan nói: “Tôi đã giảng đạo Chúa Giêsu và đánh lừa nhiều người, tôi cam quyết sẽ không làm như vậy nữa”. Dù chối đạo, cha vẫn bị giam tù một tháng và sau đó Minh Vương đổi thành án chặt hai ngón tay và cạo trọc đầu rồi mới thả về. Riêng Cha Arnedo vì là thầy thuốc của Minh Vương nên chỉ bị giam có một ngày rồi được trả tự do. Một số các vị thừa sai muốn làm đơn xin Minh Vương cho về nước, số còn lại nhất định ở lại dù bị giam tù để nâng đỡ giáo đoàn đang gặp cơn thử thách. Chính Minh Vương không muốn trục xuất các cha vì còn muốn tầu buôn ghé đến, đồng thời không muốn tha vì sợ các cha lại tiếp tục giảng đạo, cuối cùng ông quyết định cứ giam các cha cho đến khi chết trong tù. Trong số giáo dân thì đa số đã chối đạo, cũng bị chặt ngón tay và cạo trọc đầu rồi mới được thả về, ngoại trừ 4 người là Thadeô Van, Phaolô So, Vinh Sơn Luc và Antôn Ki đã kiên gan bền vững chịu đói khát tới chết vì đạo. Họ bị giam tại một nhà giam tối tăm, ở ngoài cù lao giữa sông, có lính canh chừng. Cứ mỗi ngày lính canh đến 5, 6 lần làm bộ ăn uống om sòm và dụ dỗ họ: “Nếu tụi bay chịu bỏ đạo thì chúng tao cũng sẽ cho ăn uống và tụi bay cũng sẽ được tự do, tại sao lại phải chịu chết làm chi”.
Hằng ngày cũng có những người Công Giáo do các cha sai đến để khích lệ những người lính chiến của Chúa Kitô. Cả Kinh Ðô dân chúng bàn tán về 4 người bị bỏ đói này. Khổ vì đói còn đỡ chứ khổ vì khát mới dễ sợ. Thế mà họ phải chịu khổ cả hai thứ. Hai mắt khô tối đen lại và sâu hoắm vào trong, thân hình chỉ còn da bọc xương. Họ mất hết nghị lực, không còn ngồi được nữa mà cũng không còn nói được nữa. Khắp châu thân họ cảm thấy như lửa đốt. Sau 12 ngày nhịn đói khát, một chú đã tả lại là trong bụng đói cồn cào như bị xé bị đâm, máu ứ trào ra. Ðến ngày thứ 15 thì chú không còn biết gì nữa. Người già nhất chết sau 15 ngày, người giúp việc của Cha Langlois chết ngày thứ 16, một người chết ngày thứ 17 và thầy già chết ngày thứ 18. Họ thật là những vị thánh anh hùng cao cả.
Còn số phận các cha bị giam thì ba cha đã chết rũ tù: Cha Belmonte 50 tuổi, làm việc tại Nam Việt được 8 năm, chết trong tù ngày 28-5-1700; Cha Langlois giảng đạo ở Nam Việt được 21 năm, chết trong tù ngày 30-7-1700; Cha Candone 64 tuổi, tù được một năm thì chết ngày 28-5-1701. Còn lại các Cha Sennemand, Cappony và Nicolas Fonseca bị giam cho tới cuối năm 1704 thì được trả tự do.
Sau khi bắt bớ một thời gian, Minh Vương còn bắt các quan kiểm kê con số giáo dân Công Giáo. Một số giảng viên giáo lý đã chối đạo trước kia lại bị bắt trở lại để kê khai số giáo dân. Một số đông giáo dân đã phải trốn lên rừng.
Ngày 28-3-1700, Cha Feret, Cha D'Estréchy và Thầy Gouge đến Phan Rí để kiếm thuyền sửa soạn đi Siam. Trong khi đó lính ập đến lúc 7:00 giờ sáng ngày 13-4 bắt các vị thừa sai, cướp bóc và phá hủy nhà thờ. Ngày 7-5 các đấng bị dẫn giải về Nha Ru, quan phủ ra lệnh tháo gông cho các đấng và bắt canh gác vừa phải thôi. Tại Nha Ru lúc bấy giờ đã có hai giáo dân đang bị giam tù là ông Laurent Hanh bị bắt ở Nha Trang và ông Antoine An bị bắt ở Koong. Ngày 13-5, các vị thừa sai được dẫn đến trước mặt các quan án và giao cho lính đem vào ngục. Cha Feret vì đau yếu từ trước nên đã qua đời trong tù ngày 12-6. Từ cuối tháng 8, quan trấn phải đi Ðồng Nai nên các tù nhân được phép đi lại tự do hơn và có khi được phép về làng thăm gia đình. Ngày 22-10, Cha Forget lâm bệnh nặng và qua đời trong cảnh tù đầy. Ngày 1-11, các tù nhân lại phải đeo gông về lại nhà giam và ra trước mặt quan phủ. Ngày 8-11, lính áp giải Cha D'Estréchy, Thầy Gouge, ông Laurent Hanh và ông Antoine An đến nghe đọc án, và trên đường đi có thêm ba tù nhân nhập bọn là ông Dominic Ben, bà Agnes Bưởi, em của Cha Laurent, và chú bé Anrê. Mỗi người có một tên lính cầm giáo mác đi kèm ra sân phủ đường trước mặt quan trấn, ông Thuang. Sau khi các tù nhân ngồi xuống đất, quan cho gọi từng người ra nghe án: “Những người không chịu đạp ảnh chối đạo phải giam tại nhà giam và bỏ đói cho chết”.
Một lần nữa quan lại hỏi họ có muốn đạp ảnh không, nhưng họ đều đáp lại là không hề sợ chết vì đạo. Lính liền giam các đấng vào nhà lao, đóng chặt cửa lại và đặt chà gai chung quanh. Lúc đó một cha cất tiếng đọc sách nguyện cho các người khác nghe rồi họ cùng nhau đọc kinh và khuyên bảo nhau trung thành. Hằng ngày có người đến nhiều lần dụ dỗ bỏ đạo. Những người đến thăm vứt vào nhà lao ít gạo và lương thực, trong khi các đấng lên tiếng giảng đạo cho họ. Một bà Công Giáo đã mạnh dạn đến nói với quan trấn ông Thuang rằng thói tục trong nước không bao giờ cho phép bỏ đói người ngoại quốc, ngay ở Kinh Ðô Minh Vương cũng không làm vậy. Thế là hôm lễ Thánh Martin, quan đến đem hai vị thừa sai giam tại nhà tù khác.
Từ ngày 20-11 quan ra lệnh tháo hàng rào cũ để làm hàng rào mới hai vòng, không ai đến gần được nữa. Ðến ngày thứ 10, cậu Anrê không chịu nổi đói khát đã xin ra đạp ảnh chối đạo. Ngày 18-12, ông Laurent Hanh trút hơi thở cuối cùng. Ngày 22 đến lượt ông An, và ngày lễ Giáng Sinh bà Agnes về với Chúa. Ngày 29 ông Ben trốn ra được nhưng vì kiệt sức nên bị bắt lại ngay buổi chiều hôm đó và ông đã đạp ảnh chối đạo.
Ông Hanh là con ông Ki Lục ở Nha Trang, đã cưới vợ nhưng vợ bỏ, ông ở một mình và sinh ra bê tha. Ba năm trước khi bị bắt, ông đã ăn năn hối hận sống đời đạo hạnh. Ông cởi bỏ áo đẹp, ăn chay mỗi ngày và tối ngủ dưới đất bên cạnh nhà thờ. Gặp ai ông cũng nói chỉ có sự cứu rỗi linh hồn là điều quan trọng nhất. Ông đã chết vì đạo lúc 38 tuổi, ngày 18-12-1700. Xác ông được người em gái là bà Xa Liêu đem về chôn cất. Còn xác ông Antoine An được giáo dân Nha Ru mang về an táng và coi giữ như một báu vật. Ông từng là một giảng viên giáo lý rất nhiệt thành. Ông chết vì đạo lúc 76 tuổi, ngày 22-12-1700.
Bà Agnes là em của Cha Laurent, bị bắt trong khi mấy anh em và bà con đang đưa xác cha của mình từ Ðồng Nai về quê là Nha Trang để an táng. Cha Laurent vì quen thân với quan ở Dinh Cát nên không bị bắt. Bà Agnes có hai người con, 7 tuổi và 10 tuổi. Trong khi chồng đi công tác xa, hai đứa con theo bà cho tới nhà tù. Bà đưa tiền cho chúng ra chợ mua thức ăn, trong khi ấy lính giam bà vào ngục. Hai đứa trở lại không thấy mẹ thì khóc và trở về nhà. Chồng bà ở xa về thấy con khóc liền đem con đến nhà tù dụ dỗ bà bỏ đạo để về với chồng con. Bà Agnes can đảm nói với chồng: “Này anh, em xin anh đừng khóc lóc buồn phiền. Chính Chúa thương cho em được ơn trọng như thế này. Ðó là một vinh dự cho cả anh và các con, sao anh lại khóc ầm ĩ. Em xin anh một lần nữa đem hai con về nhà chăm sóc chúng nó, dậy chúng biết kính sợ Thiên Chúa và nhắc chúng rằng em vẫn nhớ đến anh và các con trong nước Thiên Ðàng. Em hy vọng sẽ được phúc tử đạo sớm”.
Bà Agnes đã được như ước nguyện, chết vì đạo đúng vào ngày lễ Giáng Sinh, 25-12-1700. Xác bà được Cha Laurent đem về nhà một người Công Giáo để an táng. Trong khi giáo dân và lương dân đông đảo đến đọc kinh và viếng xác người chết thì quan sai lính đến bắt. Một số đông chạy thoát, một số bị bắt nhưng hầu hết đã chối mình là người Công Giáo, chỉ có bà Elizabeth và người con gái là nhất quyết không chối đạo. Ra trước mặt quan, bà anh dũng thưa lại: “Xin quan cho tôi được nói. Làm sao tôi có thể chà đạp dưới chân hình ảnh Chúa mà tôi hằng tôn kính từ lâu? Thưa quan, tôi không bao giờ biết chà đạp ảnh thánh Chúa, tôi thà chịu chết”.
Hai mẹ con bị giam vào ngục, cổ mang gông nặng nề, cho tới tháng 12 năm 1701 mới được thả về, khi quan trấn mới về là người có thiện cảm với đạo. Cha D'Estréchy và Thầy Gouge cũng được trả tự do vào dịp này, nhưng họ phải giữ gìn kín đáo
Các tín hữu Quảng Nam tỏ ra rất can trường. Ðức Cha Labbé thuật lại là có 10 người bị giam tù vẫn một mực trung thành, thà chết không chối đạo. Ðó là hai ông bà Benoit và Anna Ven người làng Bat Nhi, ông Bartholomeo Miêu cũng người làng Bat Nhi, ông bà Phêrô và Maria Thanh người làng Ki Lam, ông Tôma Vinh người làng Phước Lộc, bà Monica Sum người làng An Trạch và ba người khác không rõ tên. Ông Benoit Ven, ông Phêrô Thanh và bà Monica Sum đã chết vì đạo trong tù. Riêng bà Sum thật là một người đàn bà can đảm, đã làm vững lòng nhiều người. Ban đầu khi hay tin có bắt đạo, bà đã sai con về Kinh Ðô để dò la. Ðược biết chắc chắn có bắt đạo, bà liền chôn giấu các đồ đạo và đem các con trốn lên núi. Nhưng đang lúc ấy thì lính đuổi theo nên bà vào một làng bên cạnh để trốn tránh, chỉ để lại một đứa con 7 tuổi giữ nhà và cũng là nhà thờ. Chú bé thấy lính tới thì trèo lên cây nhưng cũng bị lính bắt. Buổi chiều người ta đưa tin cho bà hay các sự việc, bà liền trở về nhà, không còn sợ hãi nữa, đến nộp mạng thay cho con mình. Bị giam trong tù, bà bí mật nhắn đứa con cả mới 14 tuổi đến và căn dặn: “Con ạ, con đừng ở lại đây nữa, mà hãy đến Kinh Ðô trà trộn giữa người ta mà sống kẻo ở lại người ta cũng bắt con. Mẹ sợ khi bị bắt, con còn trẻ không biết có đủ can đảm xưng danh Chúa Giêsu không, hay là trông thấy quan quân cầm gươm giáo rồi sợ hãi mà chối đạo. Còn em con nó nhỏ tuổi đem gởi chú con. Ðừng lo lắng cho me”.
Hôm sau ngày bị bắt, bà và các giáo dân được dẫn ra trước mặt quan, bà được đi hàng đầu và bị hỏi đầu tiên. Thấy có nhiều người đã khiếp sợ mà chối đạo, bà quyết tâm trả lời mạnh bạo để củng cố người khác bền gan. Quan dọa bà hoặc phải chết hoặc bỏ đạo như lệnh vua đã ra. Nhưng bà hiên ngang trả lời: “Các quan vâng lệnh vua như ý các quan muốn, nhưng phần tôi, tôi không bao giờ bỏ đạo Chúa Trời Ðất”.
Quan giận dữ ra lệnh: “Ngươi hãy dẫm chân lên ảnh tượng”.
Quan nói tới hai ba lần mà bà vẫn không sợ hãi thưa lại: “Ðạp ảnh tượng là chối đạo và xúc phạm đến Chúa Giêsu, tôi nhất định không làm”.
Quan lại hạch: “Tại sao ngươi không làm?” - “Vì nếu làm như vậy tôi sẽ phạm đến Chúa toàn năng đã dựng nên tôi và tôi sẽ phải phạt đời đời”.
Quan lại dụ dỗ: “Ngươi cứ đạp đi! Nếu Chúa có phạt thì ta sẽ chịu hình phạt đó thay cho”. - “Sự xét xử của Thiên Chúa không như người thế gian, mỗi người phải chịu trách nhiệm cho chính mình. Hình phạt quan chịu không thay thế được tội ác tôi chà đạp ảnh tượng đâu”. Sau đó quan ra lệnh đánh bà thật dữ tợn. Dù đang bị đánh, bà vẫn nói to lên: “Tôi không bao giờ làm điều đó, tôi không bao giờ chối đạo”.
Quan lại ra lệnh giam bà nhịn đói ba ngày. Nhờ gương can đảm của bà Monica Sum nên chỉ có một người đạp ảnh chối đạo, còn tất cả đã anh dũng xưng đạo và chịu đánh đòn. Thấy còn đông giáo dân can đảm đứng trước mặt, các quan nói với nhau: “Chúng ta làm gì với cái đám đông này bây giờ, không lẽ giết họ chết cả sao? Tôi biết chắc họ không chối đạo. Nếu mình theo lệnh vua lên án chém họ hoặc bỏ đói họ cho chết thì chỉ gây thêm rối loạn cho tỉnh này thôi”.
Các quan bàn luận rồi ra lệnh cho lính thẳng tay đánh các giáo dân và thả về. Quân lính cũng mỏi mệt mà người ta vẫn còn dẫn thêm các giáo dân từ các làng đến.
Một tháng sau các quan cho giải 8 người về Kinh Ðô để vua xét xử. Tám người đó là ông bà Ven, ông bà Thanh, ông Miêu, ông Vinh, bà Sum, và ông Khiết người làng Chu Mê. Vừa tới Kinh Ðô họ bị đem giam vào một chuồng voi. Họ không ngớt lời an ủi nhau. Khi hay tin có giáo dân đến, một bà hầu của Minh Vương lẻn đến chúc mừng họ và khuyến khích họ can đảm: “Tôi mừng cho anh chị em được ơn riêng của Chúa đến Kinh Ðô xưng đạo và làm tăng số những tín hữu anh hùng. Tôi thấy anh chị em đã chịu nhiều khốn khó và đánh đập, hãy can đảm lên! Những khốn khó đời này dù có lâu dài cũng sẽ qua đi, trong khi phần thưởng của Chúa dành cho những người trung thành đến cùng sẽ không bao giờ hết. Anh chị em hãy chắc chắn về sự thật này để có sức chịu đựng mọi hình phạt kẻ thù gây nên”.
Bà Sum ngắt lời hỏi bà là ai, bà hầu thưa: “Tôi là người tôi tớ của Minh Vương nhưng thực sự là con Thiên Chúa, rất vui mừng thấy anh chị em can đảm xưng đạo như tôi đã chịu một phần vì Chúa lúc bắt đạo mới xảy ra”.
Các giáo dân liền xích lại gần bà, và xin bà kể cho nghe những gian lao đã phải chịu thế nào mà vết sẹo còn hiện rõ trên thân thể bà. Bà liền kể: “Tôi sinh ra đã là nô lệ trong hoàng cung, chuyên làm nghề may vá. Một hôm Minh Vương đi qua hỏi tôi nhiều câu rồi sau đó hỏi tôi có phải là tín hữu không, tôi nhận ngay tôi là người Công Giáo. Minh Vương lại hỏi là từ khi có lệnh cấm rồi tôi có còn theo đạo nữa không. Tôi vội đáp tôi vẫn còn là Kitô hữu. Ông ta mới dọa tôi: 'Ngươi không biết là ta đã giết rất nhiều người theo đạo này sao? Hãy hối cải đi, ta sẽ tha cho. Lúc đó tôi đáp lời: 'Tâu chúa thượng, tôi biết chúa thượng đã giết nhiều người Kitô, nhưng tôi không thể bỏ đạo được'. Minh Vương lại hỏi: 'Tại sao ngươi không bỏ được? Ai trong hoàng cung này đã bắt buộc ngươi? Tôi đáp là chính tôi bắt buộc tôi, chỉ vì tôi muốn được rỗi linh hồn. Minh Vương hỏi tiếp: 'Rỗi linh hồn là cái gì?' Tôi đáp: 'Tức là khi chết đi tôi được đi thẳng lên trời, nơi mà tôi biết rằng kẻ không trung thành giữ đạo Ðức Chúa Trời không thể đến được. Ðó là đạo các cha giảng dậy trong nước này. Minh Vương giận dữ nói: 'Ngươi thật điên rồ, chỉ biết có bằng đó'. Tôi trả lời ông: 'Tâu chúa thượng, ít nhất tôi biết kính sợ Chúa Trời Ðất và những hình phạt dành cho những người không giữ các điều răn dậy của Ngàí. Minh Vương hỏi lại: 'Vậy ngươi chẳng sợ gì ta?' Tôi đáp: 'Thật vậy. Minh Vương lúc bấy giờ giận dữ, giang tay tát tôi, rồi gọi những hoạn quan đến tra tấn bằng cách cắm những kim khâu vào 10 đầu ngón tay tôi. Trong khi ấy tôi vẫn không ngớt kêu thánh danh Chúa Giêsu. Minh Vương còn độc ác hơn nữa, ra lệnh truyền tẩm dầu vào vải cuốn các ngón tay và đốt sống tay tôi. Ông ta làm thế để mong được nghe lấy một lần tôi thốt ra những lời chối đạo cho hả cơn tức giận của ông. Nhưng Thiên Chúa đã tăng sức mạnh cho tôi tớ Người để làm rối lòng những người quyền thế. Sau cùng Minh Vương ra lệnh đem tôi ra cho voi giầy xéo. Khi quan mang tôi đi thi hành lệnh thì ông ta hồi tâm nghĩ lại sự trung thành và cần mẫn của tôi, nên sai một hoạn quan đến bảo ngưng lại lệnh cũ”.
Sau khi kể lể các khổ cực đã chịu, người đàn bà dũng cảm này đã khuyên họ: “Tôi xin anh chị em hãy sẵn sàng và can đảm đón nhận giờ phút kết thúc vinh quang của những lao nhọc đời này”.
Gương can đảm của người hầu trong hoàng cung đã làm cho họ phấn khởi tinh thần. Vừa trông thấy các tù nhân vào tới sân đình Minh Vương hỏi ngay họ là những người nào. Quan trấn Quảng Nam thưa: “Chúa thượng vạn tuế! Ðây là những người Công Giáo ở trấn Quảng Nam đã khẳng khái không chịu bỏ đạo. Các quan cố vấn đã có kinh nghiệm về những người này, họ không bao giờ sợ chết hay cực hình. Các quan không biết phải làm gì để bắt họ vâng lệnh chúa thượng được, nên đã quyết định áp giải về đây để xin mệnh lệnh của chúa thượng”.
Minh Vương đã từng thấy quả báo Chúa phạt những người ra tay đổ máu các tín hữu Kitô nên muốn trốn tránh: “Việc này đã lâu rồi, ngươi đến trễ quá. Những người này thuộc trấn Quảng Nam vậy ngươi hãy mang về làm theo ý ngươi”.
Minh Vương giải quyết như thế vì đã từng thấy ông chú chết bất tử sau khi phá hủy nhà thờ và đốt ảnh tượng. Phần quan trấn Quảng Nam vì không có lệnh rõ ràng nên không dám tha họ mà cũng không dám xử tử họ, ông ra lệnh giam họ trong tù. Tấc cả có 5 người đàn ông và ba người đàn bà. Ba bà lần lượt chết trong tù, năm người đàn ông cũng vậy. Họ chết khoảng năm 1700 đến năm 1713.
Ngay từ đầu cuộc bắt đạo, các tín hữu đã mạnh bạo xưng đạo, nhưng chính quan trấn thủ đã khuyên Minh Vương là nếu xử chém đầu thì quá dễ dàng cho người Công Giáo được tôn vinh, phải giam đói họ cho đến khi họ bỏ đạo, chà đạp ảnh tượng. Chính hình phạt tàn bạo này đã làm cho nhiều người mất phúc tử vì đạo. Có một số giáo dân can trường là sĩ quan Phaolô Kiên, Micae Van, Bênađô Gan và chú bé Anrê đã hiên ngang xưng đạo trước mặt các quan. Ông Kiên là sĩ quan đóng đồn ở biên giới giáp Bắc Việt, còn Van là con của một ông quan nhỏ, Gan là thầy giảng mới bắt đầu, chú bé Anrê làm nghề chăn voi. Tất cả được dẫn ra, Minh Vương nói với ông cai Phaolô Kiên trước tiên: “Ông cai, ta không muốn các thần dân theo đạo Kitô. Ta đã ra sắc lệnh cấm đạo trong toàn quốc. Ông đã biết lệnh sao không tuân theo? Ngươi thật đáng chết. Ngươi hãy chọn ngay bây giờ một là bỏ đạo ngoại lai đó hoặc phải chết”.
Ông Kiên vững vàng thưa lại: “Thưa chúa thượng, thần sẵn sàng tuân lệnh trong mọi sự miễn là lương tâm thần không trách cứ. Chỉ có đạo Kitô mới bắt buộc được thần không tuân lệnh, bởi vì nếu theo lệnh chúa thượng thì thần phải bỏ đạo và làm ngược lại Chúa Trời Ðất, và như thế thần đánh mất cả mạng sống, cả linh hồn. Thần theo đạo ngay từ còn bé do cha mẹ truyền dạy và được một ơn lạ rất đặc biệt của Chúa Trời ban cho. Thần quí trọng đạo hơn cả mạng sống để không bất xứng với hạnh phúc đời đời mà Chúa Trời thưởng cho những người trung thành đến cùng”.
Các quan nghe những lời ấy thì giận dữ cho là xúc phạm đến chúa thượng nên xin Minh Vương ra lệnh phân thây từng mảnh. Minh Vương ra án cho ông cai Phaolô Kiên phải xử chém tại quê quán. Ðồng thời Minh Vương cũng ra án cho thầy giảng Gan phải giam đói trong một nhà giam biệt lập, còn người lính trẻ Micae Van bị xử chém ngay tại cánh đồng.
Thầy giảng Bênađô Gan chịu đựng đói khát đến ngày thứ 11 thì xin chối đạo. Tác giả bài tường thuật nói thêm về sự khủng khiếp của hình phạt bỏ đói khát như sau: Thân người bị bỏ đói khát xanh xao như một xác chết, hai mắt lõm vào gò má, da khô đét như vừa mới hơ trên lửa, trong bụng cồn cào như lửa đốt, máu phun ra miệng, lỗ mũi và lỗ tai. Tất cả các cơ quan tê liệt và bị câm. Thầy giảng sau này tỉnh lại đã thú nhận rằng khi ấy không còn lương tri gì nữa, không biết rằng mình đã chối đạo. Về phần ông Kiên, khi về tới nhà thấy vợ con khóc lóc thì mất can đảm mặc dù mọi người không dữ tợn với ông trước khi hành quyết. Họ dụ dỗ ông nào là phải tịch biên tài sản, mất hết danh tước, nào là không phải chối đạo mà chỉ nguyện giữ đạo trong lòng mà thôi, chỉ tạm nghe lời vua trong lúc này, chỉ bước qua ảnh chứ không đụng chân và như thế vừa giữ được hòa khí trong gia đình vừa không phải bỏ đạo. Ông Phaolô Kiên trước mặt Minh Vương vững vàng biết bao nhiêu mà nay đã mềm lòng trước những lời dụ dỗ chịu bước qua ảnh đạo. Người giám sát thi hành lệnh đã làm tờ phúc trình về Minh Vương là ông đã đạp ảnh và xin ân xá, nhưng Minh Vương không tha mạng, lệnh xử chém vẫn phải thi hành. Cả nhà ông Kiên sửng sốt. Lúc này ông Kiên lấy lại sức mạnh. Ông xin mọi người tha thứ gương xấu của ông và dõng dạc tuyên bố mình phải chết như một Kitô hữu.
Chú bé Anrê bị bắt khi đi cắt cỏ cho voi. Chú nhất định không chịu đạp lên ảnh đạo, quan mới hỏi chú có bao giờ ăn trộm không. Chú thưa lại: “Bẩm quan, tôi thú thực rằng đôi khi vì đói tôi có bẻ trái cây của người ta để ăn, nhưng không bao giờ lấy trộm về để bán.” Quan còn dùng lời ngon ngọt hoặc đe dọa để bắt chú bỏ đạo, nhưng chú nhất định từ chối và cám ơn lòng tốt của quan. Vì thế chú đã bị xử trảm, chết vì đạo một cách anh hùng.
Sau những vụ hành quyết dã man, nhiều quan động lòng trước những qủa báo, đã xin Minh Vương trả tự do cho các cha. Minh Vương đã nói ra mục đích chính ông giữ các vị thừa sai trong tù là để họ không còn giảng đạo được nữa. Trong số các quan xin tha cho các vị thừa sai có quan Tả Lộc đã tìm cách xin giam các đấng dưới sự giám sát của ông. Ngày 7-10-1702, Cha Cappony được gọi đến và cho biết là quan Tả Lộc đã xin được tự do cho cha, nhưng khuyên cha không nên giảng đạo nữa nếu không sẽ mất mạng, và nói cha đến tạ ơn quan. Khi cha đến nơi thì cũng thấy Cha Arnedo và Nicolas de Fonseca đang lạy tạ quan theo phong tục nước Nam. Quan nói với các cha: “Các cha đã biết là bao nhiêu rắc rối xảy ra vì đạo làm chết bao nhiêu người, nếu còn tiếp tục giảng đạo sẽ nguy đến tính mạng của các cha”.
Sau đó các cha được phép làm nhà trong trại lính nhưng không được phép ở trong các làng, không được làm nhà thờ và không được đi xa nếu không có phép của các quan tứ trụ đại thần. Các cha cũng được tự do làm nghề thuốc và buôn bán. Từ đó các cha không phải đeo gông nữa. Mãi tới cuối năm 1704 các cha mới được tự do hoàn toàn.
Làng Văn Cui thuộc Dinh Cát có khoảng 400 giáo dân. Vào tháng 3-1714, một tên lính đến tố giác với quan là trong làng có nhiều người Công Giáo không chịu vâng giữ lệnh cấm của nhà vương. Quan phái lính đến phá nhà thờ và cướp bóc, bắt trói tất cả 45 giáo dân lớn bé và giải về Kinh Ðô nhưng lúc đó Minh Vương đang bận chuyện khác nên không xét đến. Trong vòng một tháng, gia đình thân nhân đến thăm viếng đã làm 25 người mềm lòng chối đạo. Trong dịp này viên cai đội lính ngự lâm muốn truy xét trong hàng ngũ ngự lâm quân xem có người nào là Công Giáo không. Ông bắt tất cả phải làm lời thề trung thành với chúa thượng và nguyền rủa thánh danh Chúa Giêsu. Một số đông đã làm như vậy, kể cả lính Công Giáo, chỉ trừ có 8 người thề trung thành với Minh Vương nhưng không chịu nhạo báng đạo. Tám người lính liền bị tống vào ngục chung với mấy người làng Văn Cui. Họ được Cha Sennemand đến thăm viếng và ban bí tích. Tới ngày xử, tất cả 21 người đàn ông và 5 người đàn bà được đưa ra trước mặt Minh Vương. Ông liền hỏi: “Tại sao các ngươi nổi loạn không chịu vâng phục lệnh ta và chống lại đạo của tổ tiên? Các ngươi không biết rằng ta đã ra lệnh cấm mọi thần dân không được theo đạo ngoại quốc đó sao? Thế mà các ngươi còn cả gan theo đạo đó không sợ phạm tội khi quân. Hôm nay các ngươi phải công khai tuyên bố bỏ đạo và nguyền rủa Giêsu hoặc phải chết”.
Họ hiên ngang thưa lại: “Chúa thượng vạn tuế! Chúng tôi hiên ngang tuyên xưng rằng chúng tôi hết lòng vâng mệnh chúa công, chỉ trừ một điều về tôn giáo là chúng tôi trái lệnh. Chúng tôi thà chịu chết chứ không nguyền rủa thánh danh Chúa Giêsu là Chúa Trời Ðất mà chúng tôi thờ lạy”.
Minh Vương không quen nghe những lời nói nghịch ý nên tức giận ra lệnh chém đầu tất cả. Vị quan cận thần thưa lại: “Ðây là một số đông, chúa thượng xử như thế có nhiều thiệt hại cho quốc gia. Xin chúa thượng nhân từ như cha xử phạt con cái”.
Nghe như vậy Minh Vương mới đổi thành án khổ sai chung thân, mang gông xiềng và cắt cỏ cho voi. Còn 5 người đàn bà được trả tự do. Trong số binh sĩ xưng đạo có ông Phó là người mà Minh Vương biết rất rõ và muốn giữ ông lại nên mới dụ dỗ ông: “Này Phó, tại sao ngươi làm phiền lòng ta như thế? Hãy rủa thầm tên Giêsu trong lòng thôi rồi ta tha cho”.
Ông Phó anh dũng trả lời: “Chúa công sao lại truyền lệnh quái ác như vậy? Giả sử các quan trong triều có cho tôi tất cả vàng bạc trên thế gian hoặc đe dọa tôi phải chết để bắt tôi nguyền rủa chúa công tôi cũng không bao giờ làm bởi vì chúa công là người tôi phải tôn kính cho đến trọn đời Lòng tôn kính của thần đối với chúa công trung kiên cho đến chết, cũng thế làm sao thần có thể nguyền rủa Giêsu là Chúa Trời Ðất, Ðấng tạo dựng nên mọi người mọi vật và nắm trong tay quyền sinh sống của mọi người. Trước mặt Chúa, mọi người sau khi chết phải ra chịu phán xét để được thưởng hay bị phạt tùy theo công nghiệp. Chúa công muốn làm gì thần tùy lòng muốn, nhưng thần xin đừng bắt thần phạm tội ác chống lại Ðức Chúa Trời, thần sẽ chẳng bao giờ làm”.
Minh Vương ra lệnh tịch thu tài sản và phá hủy nhà cửa của ông. Hoàng tử kế nghiệp động lòng thương muốn cứu nhưng ông xin cứ thi hành án của Minh Vương.
Về cuối đời Minh Vương các quan đại thần rất ghen tị với các cha, nhất là với Cha Arnedo vì người được Minh Vương tin dùng trong việc thương thuyết với Macao để họ sang buôn bán. Năm 1720 thấy Cha Arnedo qua đời, lương dân các nơi bắt đầu quấy nhiễu Kitô hữu. Năm 1723 họ làm áp lực bắt Minh Vương công bố lệnh cấm đạo. Các giáo dân phải chạy trốn và cất giấu ảnh tượng không dám đeo như trước. Khi Minh Vương vừa chết, các quan thúc đẩy chúa Nguyễn mới là Ninh Vương (1725-1738), một người có nhiều thiện cảm với đạo Công Giáo và với các cha, công bố lệnh trục xuất các cha trong vòng hai tháng, trừng phạt nghiêm khắc những người trốn tránh ở lại và cả những người chứa chấp. Các quan còn so sánh các đạo và nói đạo Công Giáo là đạo sai lầm nhất, các tín đồ ngu xuẩn và bất bình thường. Các quan cũng bàn luận rằng thuật trị nước nằm trong việc duy trì tam cương ngũ thường, những người giữ mình độc thân bị coi khinh và có hại cho loài người. Vì thế họ bắt các nhà sư phải nhập quân đội và giảm bớt các chùa, chỉ để lại một chùa chính tại mỗi huyện.
Có tin đồn là sẽ có cuộc bách hại đạo toàn diện. Tất cả 19 cha đang có mặt trong nước bàn định kiếm tầu ra khỏi nước, nhưng vì các đấng thắc mắc vị tân vương hiền hậu và có thiện cảm như vậy sao lại có thể bắt đạo được nên các đấng làm tờ tâu trình và được biết đó chỉ là ý muốn của các quan đại thần. Trong lúc này nếu làm phật lòng họ thì có hại, họ sẽ lập đảng tôn phò người con khác lên nối ngôi. Dần dà Ninh Vương nắm vững quyền hành triệt hạ quan đại thần lộng quyền chủ mưu cuộc bắt hại đạo Công Giáo. Trong vòng 13 năm kế tiếp, đạo Công Giáo được bình an truyền bá.