Trong lịch sử truyền đạo Kitô ở Việt Nam không phải chỉ có những sắc lệnh bắt đạo, nhưng cũng có những sắc lệnh cho phép tự do giảng đạo nữa.
Thật vậy trong Nam, dưới thời Chúa Sãi năm 1619, các cha dòng Tên đã được giấy phép tự do đi lại truyền giáo trong khắp xứ Nam do chính nhà chúa phê với con dấu bằng son đỏ. Các cha còn được phép làm hai nhà thờ tại Hội An và Quảng Nam. Quan trấn thủ Bình Ðịnh cũng mời Cha Buzomi xuống truyền đạo và chính ông làm cho các cha một nhà thờ trong vòng một ngày khiến các cha ngạc nhiên. Chính việc trọng đãi các cha của triều đình đã tạo ra từ ghen tương đến hận thù vu cáo cho các cha những chuyện động trời khiến triều đình phải cấm đạo. Sau này Minh Vương đã nhận Cha Antoine de Arnedo làm nhà toán học của triều đình, và Cha Langlois được tự do làm thuốc miễn phí giúp các người nghèo. Dưới thời Ninh Vương một số các cha dòng Tên vẫn được trọng dụng. Chúa Võ Vương còn dùng Cha Jean Siebert làm y sĩ lo cho triều đình. Khi anh em Tây Sơn khởi nghĩa cũng đã dùng một cha dòng Phanxicô làm y sĩ của triều đình.
Tại Bắc Hà, nhà Mạc cũng như công chúa người Chàm đã viết thư sang Macao để xin các thừa sai ngoại quốc đến truyền đạo. Chúa Trịnh Tráng năm 1626 đã gửi thư sang Ðức Thánh Cha Urbano VIII và gửi lễ vật cũng như hứa xếp chỗ cho hai thừa sai. Trịnh Tráng đã ân cần tiếp đón Cha Ðắc Lộ nhưng vì những lời vu cáo độc hại, coi các thành công của Cha Ðắc Lộ là do phép phù thủy khiến nhà chúa e sợ trục xuất. Năm 1647 vua Lê Chân Tông đã ban sắc phong cha bề trên dòng Tên là Cha Felix Morelli làm dưỡng tử. Tuy nhiên khi hai thừa sai Pháp đến, Trịnh Tạc ban đầu đã cho đất để các cha làm nhà thờ. Năm 1748 Trịnh Doanh đã mời sáu cha dòng Tên đến làm nhà toán học, nhưng ông đổi ý khi các đấng tới nơi.
Khi vua Gia Long thống nhất giang sơn, mặc dù biết ơn đức Cha Bá Ða Lộc giúp đỡ, vua vẫn không ra sắc lệnh tha đạo như các thừa sai hy vọng, trái lại còn để quan khâm sai Bắc Kỳ ra lệnh hạn chế tôn giáo nói chung và chế diễu đạo Công Giáo là tà đạo, cũng như cấm làm thêm nhà thờ mới. Tuy nhiên khi có những vụ lương dân hà hiếp người Công Giáo thì vua đã bênh vực. Ngoài ra vua còn ký giấy cho các giám mục được phép tự do đi lại và mang theo 50 người giúp việc. Các linh mục cũng được giấy phép tương tự.
Những thái độ của vua quan trọng kính các cha đã làm cho nhiều người tin vào lời các cha giảng. Cũng chính vì những thành công vượt bức của các cha đã gây nên những ghen tương và nghi kỵ đưa đến những cuộc bắt đạo triền miên và cản trở lương dân không dám theo đạo nữa. Thế nhưng đạo Công Giáo bành trướng và tồn tại trong suốt 261 năm bắt bớ (1625-1886) là do chính sức mạnh siêu nhiên và chứng tá can đảm của trăm ngàn tín hữu can đảm xưng đức tin, và vui sướng được chịu khổ vì Chúa Kitô. Ðức tin kiên cường của tín hữu đã làm cho lương dân và chính những người bắt bớ cảm phục. Nhiều người xin tòng giáo giữa lúc đạo bị cấm đoán và các thừa sai bị lùng bắt.
Cuộc bắt đạo khủng khiếp và toàn diện của triều đình Tự Ðức đã đưa đến việc can thiệp của Pháp và Tây Ban Nha năm 1858. Sự can thiệp này đã đưa giáo hội Việt Nam lên Núi Sọ và sống lại với quyền tự do tôn giáo và phong trào trở lại đạo ồ ạt như mùa gặt phong phú của cánh đồng được tưới gội bằng máu tử đạo. Việc người Pháp xâm lăng và bảo hộ Việt Nam là do dã tâm của họ chứ không phải người Công Giáo đưa đường đón họ vào. Người Công Giáo sẵn sàng và sung sướng được chết vì đạo, và đạo Công Giáo tồn tại không phải vì sự ủng hộ của một quyền lực chính trị.
Dù sao người Pháp đã lợi dụng việc cấm đạo để can thiệp vào Việt Nam và che đậy tham vọng làm giầu. Hiệp ước Nhâm Tuất năm 1862 có 12 khoản, chỉ có khoản hai nói vắn tắt về tự do giảng đạo Thiên Chúa như sau: “Người Pháp và Tây Ban Nha được tự do đến giảng đạo Thiên Chúa tại Ðại Nam. Dân muốn theo đạo nào tùy ý, không có sự cấm đoán và cũng không có sự gì ép buộc”. Tuy nhiên việc áp dụng điều khoản này gặp nhiều khó khăn và hạn chế về phía vua cũng như lương dân.
Sau khi ký hoà ước Nhâm Tuất 1862 trong đó có khoản hai nhìn nhận tự do tôn giáo, Vua Tự Ðức nhân cơ hội mừng ngày sinh nhật của mình để ra sắc lệnh ân xá cho một số người Công Giáo. Sắc lệnh ân xá ký ngày 13-7-1862 có đoạn viết: “Trước đây trẫm ra lệnh cho các quan tỉnh trưởng phải giam tù những người cứng đầu của giáo phái này. Trẫm cũng đã ra lệnh phân tán các tín đồ trong các làng bên lương để cải hóa họ khỏi đường lầm lạc. Giờ đây họ đã sửa đổi phần nào và xứng đáng được ơn khoan hồng. Vì thế nhân dịp sinh nhật của trẫm, và do lòng nhân từ của trẫm, trẫm muốn rằng tại kinh đô cũng như tại các tỉnh, những người già, đàn bà và trẻ em dù không đạp ảnh cũng được trả tự do. Những trùm trưởng đã chối đạo cũng được tự dọ Họ được phép trở về nguyên quán nếu là làng ngoại đạo, nhưng nếu là làng Công Giáo hoàn toàn thì họ phải ở lại nơi bị lưu đầy. Nhà cửa và ruộng vườn cũng được trả lại cho họ và cho tới khi có lệnh mớị Họ cũng được miễn thuế thân. Còn những trùm trưởng và những đàn ông không chịu chối đạo vẫn bị giam tù cho tới khi họ chối đạo”.
Cũng trong năm 1862 Tự Ðức ra nhiều sắc lệnh hạn chế đạo Thiên Chúa. Lệnh thứ nhất bắt các quan phải triệu tập người Công Giáo mỗi năm hai lần để khuyên họ bỏ đạo. Lệnh thứ hai cấm tất cả các người ngoại giáo không được theo đạo Thiên Chúa, những người không có khắc chữ “Tả Ðạo” ở má cũng không được giữ đạo. Lệnh thứ ba cấm đọc kinh to tiếng trong nhà thờ, cấm cử hành lễ nghi thờ phượng công khai, cấm tụ họp quá 100 người trong nhà thờ, cấm dựng thêm nhà thờ nếu không có phép, cấm người Công Giáo dự các cuộc thi và không được giữ các chức vụ công. Lệnh thứ bốn cấm hai thừa sai Châu Âu ở trong cùng một tỉnh. Chỉ một thừa sai được phép ở tại nhà do quan đầu tỉnh chỉ và không được tự ý vắng mặt từ bốn đến năm ngày nếu không có phép của quan tỉnh.
Phản ứng của người lương trước lệnh tự do giảng đạo Thiên Chúa có thể chia làm hai khuynh hướng: khuynh hướng ôn hòa như vua Tự Ðức và khuynh hướng bạo động như nhóm người tự nhận là có học gọi là Văn Thân. Nhóm này quyết tâm tiêu diệt đạo Công Giáo như là việc đầu tiên trong công cuộc chống lại ngoại xâm. Họ âm mưu nổi loạn và đưa Hồng Tập lên thay Vua Tự Ðức. Người Công Giáo đã giúp vua lật tẩy âm mưu phế nghịch này. Nhân vụ này Vua Tự Ðức ra một sắc lệnh rất dài công bố vào tháng 7-1864, nói lai lịch cuộc cấm đạo và biện pháp phân sáp người Công Giáo vào các làng bên lương. Vua kể ra các lời vu cáo và lý do đưa đến sự nghi ngờ người Công Giáo đem Pháp đến gây chiến tranh. Vua ca ngợi người Công Giáo: “Các người Công Giáo đã trải qua tình thế khốn khổ nhất tuy nhiên vẫn trung thành với đạo và cũng trung thành với triều đình. Triều đình không thể không khen ngợi và ghi nhận điều đó.Vì thế sau khi được tự do, triều đình coi người Công Giáo cũng như lương dân và các ngươi phải biết rõ điều đó. Các ngươi không được để trong lòng những oán thù, vì như thế là không vâng mệnh vua, không vâng mệnh vua tức là phản nghịch, và nếu là kẻ phản nghịch thì làm sao nói được là người Công Giáo nữa. Hãy làm việc để đạt tới mức hoàn thiện và lời cầu nguyện của các ngươi được dễ chấp nhận...” Sau khi bênh vực người Công Giáo, Tự Ðức cũng khuyên nhủ các quan và giới trí thức cởi bỏ những nghi oan không bằng cớ và những hận thù đối với người Công Giáo...
Trước những khó dễ do vua quan Việt Nam áp đặt trên việc tự do giảng đạo, sau khi đã chiếm sáu tỉnh miền Nam và gây rối tại Bắc, Pháp ép buộc triều đình Việt Nam ký hòa ước Giáp Tuất 1874 gồm 22 khoản, trong đó chỉ có khoản chín qui định chi tiết hơn về quyền tự do tôn giáo.
Khoản 9: Hoàng đế Ðại Nam phải để các giáo sĩ tự do giảng đạo Giatô và cho các thần dân theo đạo cũng được như vậy. Giáo dân nước Nam được tụ họp trong các giáo đường để hành lễ không bị hạn chế về nhân số. Nay bãi bỏ mọi việc kiểm soát các giáo dân và bắt buộc họ làm những việc phỉ báng tôn giáo. Giáo dân được dự các kỳ thi và bổ nhiệm vào các cơ quan chánh quyền trong nước như các tín đồ của mọi tôn giáo khác. Hoàng đế Ðại Nam chịu hủy bỏ mọi luật về phân sáp giáo dân đã ra từ 15 năm nay, về duyệt tuyển và thuế má cũng phải đối xử giáo dân như mọi người khác. Các giám mục, linh mục được đi lại tự do trong nước miễn là họ có giấy thông hành do súy phủ Nam Kỳ cấp và quan thượng thư bộ lễ hay quan tỉnh trưởng chiếu khán là đủ. Khi ở và khi đi họ không phải khai báo gì với quan Ðại Nam. Linh mục Ðại Nam cũng có quyền giảng đạo như các linh mục Châu Âu. Nếu họ vi phạm luật pháp, tội phạt trượng hay phạt xuy được đổi sang một hình phạt tương đương. Các giám mục, linh mục người Nam, được quyền mua bán, thuê mướn nhà cửa ruộng đất để dựng giáo đường, bệnh viện, trường học, cô nhi v.v.... Của cải giáo dân đã bị tịch thu trước đây sẽ được trả lạị Giáo sĩ Tây Ban Nha cũng được hưởng các điều trên đây như các giáo sĩ Pháp.
Dù có các hiệp ước và sắc lệnh nhìn nhận tự do tôn giáo, người Công Giáo vẫn còn phải chịu nhiều cuộc tàn sát ghê sợ hơn trong thời kỳ cấm đạo như trong bài đã viết về phong trào Văn Thân. Thực sự tại miền Trung và Bắc mãi tới năm 1887 mới được tự do hoàn toàn.
Giáo đoàn Việt Nam đã nổi tiếng là một giáo đoàn phát triển nhanh so với các giáo đoàn khác ở Viễn đông. Ngày 2-8-1650, Cha Ðắc Lộ đã tường trình về tòa thánh sự thành công rực rỡ của ngót 50 năm truyền đạo các cha dòng Tên, đã rửa tội được 300.000 người và hằng năm con số tăng thêm 15.000 người nữa. Giáo đoàn này đang bị bách hại và cần 300 linh mục. Tòa thánh cần phải gửi giám mục đến để truyền chức linh mục cho một số thầy giảng đã được huấn luyện kỹ lưỡng và có đủ tư cách.
Ngày 9-9-1659 tòa thánh chỉ hai Ðức Cha Lambert de Lamotte và Francois Pallu làm đại diện tông tòa coi sóc hai địa phận đầu tiên là Ðàng Trong và Ðàng Ngoài. Từ đây giáo hội Việt Nam có những giáo sĩ bản quốc dấn thân mở mang nước Chúa. Ðức Cha De Lamotte còn thành lập dòng Mến Thánh Giá năm 1670 và kiện toàn tổ chức Nhà Ðức Chúa Trời. Chính nhờ các linh mục, các thầy giảng và các nữ tu bản quốc mà số giáo dân cứ mỗi ngày tăng thêm và kiên cường giữ đức tin trong cơn bách hại đạo.
Năm 1840 tức là sau cuộc bắt đạo của Minh Mệnh và Ðức Cha Retord Liêu bắt đầu coi sóc địa phận Tây, số giáo dân là l70.000 người ở trong 1.300 họ đạo và 47 xứ do 80 linh mục Việt và tám thừa sai. Sáu năm sau, khi chia địa phận Vinh số giáo dân tăng lên 184.000 và linh mục 93 vị. Ðịa phận Hà Nội có 831 họ 117.870 giáo dân và 58 linh mục Việt. Ðịa phận Vinh có 345 họ 66.350 giáo dân và 35 linh mục Việt.
Cũng trong khoảng thời gian này địa phận Ðông có 39 linh mục Việt và năm thừa sai người Âu Châu. Sau bẩy năm, 1848, khi chia địa phận Trung tức là Bùi Chu, số giáo dân tăng lên 183.000 ngườị Ðịa phận Hải Phòng có 327 họ 45.000 giáo dân. Ðịa phận Bùi Chu có 624 họ 139.000 giáo dân.
Ðịa phận Ðàng Trong trước khi chia năm 1835 có 80.000 giáo dân, 26 linh mục Việt trên dân số trong vùng là tám triệu người. Từ năm 1844 sau khi chia địa phận, số giáo dân không tăng mấy: Sàigòn có 23.000 tín hữu và 16 linh mục Việt trên tổng số ba triệu dân, Qui Nhơn có 55.000 tín hữu trên tổng số năm triệu.
Như vậy mặc dù bắt đạo khủng khiếp dưới thời Minh Mệnh, dân số Công Giáo toàn cõi Việt Nam là 530.000, người Bắc 450.000 và Nam 80.000.
Sau cuộc tàn sát do sắc lệnh phân sáp số giáo dân bị giảm sút ít nhất 40.000 người. Tuy nhiên với sắc lệnh tự do tôn giáo phong trào học đạo rất rầm rộ. Năm 1877, tại Qui Nhơn, Thừa Sai Geoffrey đã rửa tội 300 người. Tại Huế năm 1878 phong trào trở lại đạo đáng kể nhất là tại làng Phú Tài, Cơ Hiêm, Tri Lệ. Tại địa phận Tây nhiều làng học đạo như ở Kim Sơn có 367 người, Nam Ðịnh có tám làng, trong đó có một làng đông 4.000 người, năm sau đã có tới 30 làng Công Giáo mới, thật là một bằng chứng hùng hồn về đạo thật. Tại địa phận Vinh có rất nhiều người ở Xã Ðoài xin trở lại và tại La Nham quan huyện đã cùng với gia đình 15 người xin tòng giáo, tại Phương Lê cả làng đã tự động phá chùa để theo đạo. Lý do là vì họ cảm phục sự tận tụy hy sinh của các thừa sai trong việc lo lắng cho những giáo dân bị bắt bớ. Trong vòng năm tháng đã có bốn ngàn người xin học đạo và 3.000 người được rửa tội. Phong trào tòng giáo cũng rất mạnh trong các địa phận do các cha dòng Ðaminh coi sóc. Ðức Cha Onhate cho biết trong vòng 12 năm người đã chinh phục được 83 làng tòng giáo.
Vào năm 1888, tức là sau các cuộc thảm sát của nhóm Văn Thân, sáu địa phận của các cha thừa sai Pháp có số giáo dân là 388.982: Hà Nội 200.000, Vinh 71.846, Huế 19.932, Qui Nhơn 17.773 (nhóm Văn Thân tàn sát 24.000 người), Sàigòn 56.000 và Nam Vang 17.000 (giáo dân Việt ở Vĩnh Long, Cần Thơ, Hà Tiên). Tại ba địa phận của các cha dòng Ðaminh số giáo dân là 215.597 trên tổng số chín triệu rưỡi người lương: Bùi Chu 158.958 trên bốn triệu, Hải Phòng 37.682 trên ba triệu, Bắc Ninh 18.957 trên hai triệu rưỡi. Tổng số linh mục Việt dòng và triều là 98 vị.
Như thế vào năm 1888 dân số Công Giáo trên toàn lãnh thổ Việt Nam là 604.579 người. Sau cuộc bách hại của Minh Mệnh, số giáo dân đã tăng 70.000 người. Con số này không kể 40.000 người chết vì lệnh phân sáp và 60.000 người chết vì nhóm Văn Thân. Với những dữ kiện trên đây chúng ta có thể kết luận rằng dù trong thời kỳ bách hại đạo, số người Công Giáo vẫn gia tăng. Máu các vị tử đạo đã là hạt giống nẩy sinh các tín hữu. Mùa gặt còn phong phú hơn khi đạo Công Giáo hoàn toàn được tự do rao giảng trong những năm kế tiếp.