Từ khi người Pháp giúp Nguyễn Ánh khôi phục và thống nhất giang sơn qua trung gian của Ðức Cha Bá Ða Lộc, người Pháp vẫn muốn bành trướng công việc buôn bán, nhưng bị chính quyền Việt Nam ngăn cản. Hiệp ước 1787 cả hai bên thi hành không đúng mức. Tuy nhiên việc làm chấn động dư luận nước Pháp là việc bắt bớ người Công Giáo, xử tử các thừa sai người Pháp khiến mọi tầng lớp phẫn nộ. Trong vòng hai mươi bốn năm từ 1833 đến 1857 đã có chín mươi lăm người Công Giáo bị xử tử, trong đó có mười bốn thừa sai Pháp và Tây Ban Nha. Việc bắt đạo là nguyên nhân chính của việc người Pháp can thiệp vào Việt Nam.
Người Pháp có ý định chiếm Việt Nam ngay từ đầu không? Theo các tài liệu lịch sử thì người Pháp chỉ muốn sự tự do buôn bán và tự do tôn giáo. Ðiều này tùy thuộc thái độ của triều đình Việt Nam. Chính sách bế quan tỏa cảng và bắt đạo quyết liệt đã đưa đến việc người Pháp thiết lập căn cứ, và sự dễ dàng chiến thắng đã đưa đến việc chiếm trọn miền Nam và đặt quyền đô hộ ở Trung và Bắc. Sau đây là diễn tiến trung thực của thảm kịch Việt Nam mất chủ quyền và cơn hấp hối của Giáo Hội Việt Nam.
Tự Ðức lên ngôi năm 1847 mới có 18 tuổi và tính tình ôn hòa khiến các thừa sai tin rằng sẽ có sự tự do hành đạo. Thế nhưng các quan đại thần, nhất là Trương Ðăng Quế có rất nhiều quyền hành, theo như tài liệu thì ông quan này là bố vợ của Tự Ðức, là người quyết tâm tiêu diệt đạo Công Giáo và bài xích người Pháp.
Sau lệnh cấm đạo tháng 8-1848, Ðức Cha Retord và Jeantet đã viết thư về Pháp xin Hoàng Ðế Louis Philip can thiệp nhưng thư đến nơi thì Pháp Hoàng không còn. Napoleon đã thay thế. Mộng của Napoleon là bành trướng thế lực. Napoleon phải chờ cuộc chiến với Ý chấm dứt và cuộc liên kết với Anh Quốc vững chắc hơn ông mới nghĩ đến việc thương mại và giúp các tín hữu ở Viễn Ðông được tự do. Ðề nghị của các thừa sai là Hoàng Ðế Pháp cử một đại sứ toàn quyền đến thương thuyết và ký hiệp ước, và các đấng lên án mọi việc can thiệp quân sự nửa vời chỉ đem lại nhiều tổn hại và gia tăng cuộc bắt đạo.
Ngày 30-12-1855 Montigny, đại sứ toàn quyền Pháp, rời Paris sang Viễn đông với sứ mệnh thương thuyết tại Thái Lan, Cao Mên và Việt Nam. Ông tới Bangkok ngày 9-7-1856 và hoàn toàn thành công, vì Thái Lan cử đại sứ sang Pháp để nói chuyện. Riêng tại Cao Mên vì ông cho rằng Cao Mên chịu ảnh hưởng Thái Lan nên chỉ cử một người đem thư đến xin giao dịch, nên thất bại. Cũng thế, sứ mệnh của Montigny thất bại ở Việt Nam, phần vì vụng về của Montigny, phần khác vì thái độ trịch thượng của triều đình Huế. Các quan cho rằng muốn giao dịch với vua Việt Nam thì phải có quốc thư của vua Pháp chứ không phải chỉ có thư của đại sứ toàn quyền.
Trước hết ông Montigny sai Le Lieur đem chiếc Catinat đến Tourane (tức Cửa Hàn). Le Lieur tới trình thư nhưng không được quan địa phương tiếp nhận. Người Pháp cho bỏ thư trên bãi biển cửa Thuận An ngày 19-9, rồi ngày 26-9-1856 bắn phá vào pháo đài của Việt Nam. Ngày 24-10, một tầu chiến khác là Capricieuse do Collier chỉ huy đến Tourane. Tổng đốc Quảng Nam đã trả lời thư của Collier. Sau cùng ngày 23-1-1857 Montigny mới tới Tourane, lúc này tầu chiến Catinat đã đi Hồng Kông. Triều đình Việt Nam nghĩ rằng người Pháp ở xa không dám chiếm đất đai, có đến chỉ bắn phá rồi bỏ đi như hồi tháng 4-1847 và tháng 9-1856 nên có thái độ cứng rắn với Montigny. Sau mười lăm ngày thương thuyết, Montigny đưa ra 28 điều khoản cho hiệp ước và trao cho chính phủ Việt Nam rồi bỏ đi ngày 7-2. Sự thất bại của Montigny khiến Ðức Cha Pellerin mạo hiểm trốn lên tầu Capricieuse về Pháp với ý định vận động ở Paris.
Các lãnh sự của Pháp ở Trung Hoa đã gửi nhiều tin tức về tình hình Việt Nam. Những người chủ trương can thiệp vào Việt Nam có Cécile, Courcy và các thừa sai. Sau khi thu thập tin tức, bộ trưởng ngoại giao Waleski gửi một tập hồ sơ cho Napoleon. Ngày 7-4-1857 Napoleon thiết lập ủy ban nghiên cứu các khía cạnh pháp lý chính trị và thương mại của việc can thiệp dựa trên căn bản hòa ước Versailles 1787. Ủy ban đã nghe ông Goreaux, tháp tùng Montigny, cha Huc và Ðức Cha Pellerin, Giám Mục Huế, thuyết trình về tình hình Việt Nam.
Ðức Cha Pellerin rời Hồng Kông ngày 10-3-1857 với bốn hài cốt tử đạo, và tới Paris tháng 5-1857 khi ủy ban Cochinchine đang họp. Ðức Cha Pellerin và Thừa Sai Chamaison đã hoạt động ở Việt Nam tham dự phiên họp thứ sáu của ủy ban và đã cung cấp những tin tức xác thực. Ðức Cha Pellerin đã lên án việc can thiệp nửa vời của người Pháp làm cho chính phủ Việt Nam không sợ hãi, trái lại càng gia tăng việc bắt người Công Giáo. Ðức Cha cho rằng chỉ cần một đại sứ mang thơ của hoàng đế Pháp đến triều đình Huế là có thể ký kết hiệp ước. Ðó chỉ là ý kiến riêng của mình người. Các cuộc nổi loạn không có hy vọng thành công, vì nguyên gia đình của vua có tới ba ngàn người nắm vững guồng máy cai trị.
Ngoài ra Ðức Cha Pellerin còn vận động với bộ trưởng ngoại giao và viết thư riêng cho Hoàng Ðế Napoleon, kể các cuộc bắt đạo ở Việt Nam và dân chúng chán ghét chế độ hiện tại. Ðức Cha gửi hai thỉnh nguyện ngày 1-7-1857 và ngày 30-8-1857. Ðức Cha cũng đã được Hoàng Ðế tiếp kiến riêng.
Số phận Việt Nam được quyết định ngày 15-7-1857, Hoàng Ðế cử Rigault de Genouilly với toàn quyền quyết định vấn đề Cochinchine. Tuy nhiên ý của Hoàng Ðế là chỉ mở tự do buôn bán và tự do đạo cho người Công Giáo. Bộ trưởng ngoại giao và hải quân đã chỉ thị ngày 25-11-1857 cho Rigault phải mềm dẻo.
Trước cuộc bắt bớ các thừa sai người Tây Ban Nha và người Pháp, hoàng đế hai nước đã cử quân đội từ Trung Hoa và Philippines đến Việt Nam để can thiệp, yêu cầu chấm dứt các cuộc bắt đạo. Tuy nhiên, đối với người Pháp cuộc can thiệp này nằm trong kế hoạch chung với sự can thiệp tại Trung Hoa, và có mộng ước muốn đặt căn cứ quân sự tại Tourane vì vị trí của hải cảng này được so sánh với Gibraltar ở Châu Âu, rất quan trọng cho chiến lược kiểm soát tầu bè ở biển Nam Hải.
Liên quân Pháp-Tây tấn công Ðà Nẵng ngày 1-9-1858 bắt được hơn một trăm tù binh. Chiếm được căn cứ quân sự này là người Pháp không có cách nào liên lạc được với Việt Nam. Theo Ðức Cha Pellerin thì phải tấn công thành Huế và ép buộc Vua phải ký hòa ước. Tuy nhiên không ai có thể hướng dẫn tầu chiến tiến vào cửa Thuận An để đến thành Huế, một pháo đài được xây cất phòng thủ theo kiểu Châu Âu rất khó thành công. Hơn nữa sông nhỏ, tầu chiến không thể vào được. Tư lệnh Rigault sau hai lần thất bại ngày 6-10 và 21-12 đã quyết định đem quân vào lấy Sàigòn, vì sông vào Sàigòn lớn nên tầu chiến có thể vô được. Hơn nữa Sàigòn là vựa lúa nuôi quân của Việt Nam, lại gần Cao Mên nên có nhiều thuận lợi. Trong khi đó Tây Ban Nha muốn đánh Bắc Việt vì các thừa sai của họ ở đây. Việc đánh Bắc Việt có nhiều khó khăn vì trái mùa gió và không đủ quân để phân tán. Việc chiếm Sàigòn sẽ là một cảnh tỉnh cho triều đình Việt Nam.
Ngày 2-2-1859 Rigault để lại một ít quân giữ đồn Tourane, đem đại binh vào Sàigòn. Việt Nam thấy vậy mở cuộc tấn công ngày 6-2 nhưng không đánh bại được quân Pháp. Trong khi đó quân Pháp dễ dàng lấy Sàigòn và tại đây Ðức Cha Pellerin đã trốn được đến với trại quân của Pháp.
Ngày 31-3-1859 Rigault lại đem một số quân trở lại Tourane, và Sàigòn bị bao vây do quân triều đình Việt Nam từ ngày 21-4. Rigault tới Tourane ngày 15-4 và ngày 8-5 cho đánh chiếm mấy đồn bên cạnh. Một số lính chết vì bệnh thổ tả. Ngày 20-6, Rigault thương thuyết với đại diện Việt Nam nhưng hai bên không nhượng bộ nhau, nên ngày 7-9 Rigault bỏ thương thuyết, và ngày 21-9 tấn công một số căn cứ quân sự của Việt Nam ở duyên hải.
Vì mệt mỏi Rigault xin từ chức và đô đốc Page được đề cử thay thế ngày 12-8. Ðô đốc Page đến Cửa Hàn ngày 19-10 và nhận quyền ngày 1-11. Ông được lệnh của chính phủ Pháp bỏ Tourane và củng cố cơ sở đã chiếm ở Sàigòn. Tuy nhiên ngày 18-11 đô đốc Page vẫn cho lệnh tấn công hai chiến lũy. Ngày 21-11 đô đốc Page đem quân xuống Sàigòn giải vây. Ngày 2-12 đô đốc Page tới Sàigòn cho chiếm hai chùa, sau đó, ngày 15-12, bắt đầu thương thuyết với phái đoàn Việt Nam. Về phía Pháp chỉ đòi tự do buôn bán và tự do giảng đạo. Trái lại Việt Nam yêu cầu Pháp rút các tầu chiến khỏi Sàigòn cũng như đã rút khỏi Tourane. Ngày 29-1-1860, cuộc thương thuyết bị hủy bỏ và đô đốc Page bị thay thế ngày 27-2, vì tính cứng cỏi của ông. Trong thời kỳ đô đốc Page ở Sàigòn ông đã ra lệnh mở cửa sông Sàigòn tự do cho mọi tầu buôn. Trong thời kỳ này chiến cuộc tại Trung Quốc đến hồi gay cấn, Pháp phải đem lực lượng sang Trung Hoa, chỉ để lại đại úy Aries chỉ huy. Ông này cho mở rộng các vùng lân cận Sàigòn.
Tháng 2-1861, đại quân của Pháp gồm 68 tầu chiến với 474 đại bác tiến xuống Sàigòn. Ðô đốc Charner cũng được lệnh phải củng cố Sàigòn. Ngày 24-2-1861 cuộc đại chiến bùng nổ. Phía Việt Nam có hai chục ngàn lính chính quy và mười ngàn lính trừ bị do Nguyễn Tri Phương chỉ huy. Nguyễn Tri Phương bị thương, và Pháp chiếm được đồn Chí Hòa ngày 25-2. Tháng 3, đô đốc Charner cho quân thám hiểm Mỹ Tho và chiếm ngày 12-3.
Sau các thất bại liên tiếp, triều đình Việt Nam áp dụng chính sách vừa cầu hòa vừa chuẩn bị phản công. Cuối tháng 3-1861 cuộc thương thuyết bắt đầu. Lần này chính phủ Pháp yêu cầu tự do tôn giáo và nhường Sàigòn, Mỹ Tho, Thủ Dầu Một và bồi thường chiến phí bốn triệu đồng. Cuộc thương thuyết với Pháp và Tây Ban Nha kéo dài cho đến tháng 8. Trong khi đó quân Việt Nam củng cố pháo đài Biên Hòa. Quân Pháp bắt được mật thư của triều đình và thấy rõ Việt Nam hai lòng, nên ngày 4-8 đô đốc Charner hủy bỏ thương thuyết. Theo lời xin của Charner, triều đình Pháp chỉ định đô đốc Bonard thay thế ngày 8-8 và chính thức nhậm quyền ngày 29-11-1861.
Bonard là người quyết liệt không chờ đợi, đã đem quân đánh Biên Hòa. Việt Nam bỏ đồn sau khi tàn sát người Công Giáo, thiêu sống 300 người. Ngày 22-3-1862 đến lượt Vĩnh Long. Tháng 4-1862 quân Pháp bắt được các tầu vận tải lúa của Việt Nam chở về Huế, và ra tối hậu thư cho triều đình Việt Nam. Triều đình Việt Nam tức tốc nộp 100.000 quan tiền chiến phí và cử hai đại sứ toàn quyền là Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp thương thuyết trong các ngày 28-5 đến 3-6, và ngày 5-6-1862 ký hiệp ước Nhâm Tuất. Hòa ước gồm mười hai khoản cam kết tình hữu nghị và Việt Nam nhường ba tỉnh phía đông cho Pháp. Ngoài các điều khoản về thương mại, quyền tự do đến các cửa biển, khoản số hai qui định quyền tự do giảng đạo và tự do tôn giáo, không phân biệt và cũng không được ép buộc theo đạo.
Thái độ của triều đình Tự Ðức dứt khoát tiêu diệt đạo Công Giáo bắt đầu từ năm 1854, nhưng khi người Pháp khởi sự gây hấn năm 1856 thì cuộc bắt đạo trở thành toàn diện, các quan cũng như lương dân lùng bắt người Công Giáo vì họ có liên hệ với người Pháp. Bấy giờ theo đạo Kitô tức là theo người Pháp, chống lại quốc gia.
Khi tầu Pháp đến Cửa Hàn thì triều đình phát giác được quan thái bộc Hồ Ðình Hy là người Công Giáo. Một bầu khí nặng nề bao trùm kinh đô Huế. Sau khi tầu Pháp rút lui, và triều đình đã xử tử quan thái bộc Hồ Ðình Hy. Quan đại thần Nguyễn Ðức Trụ dâng một kiến nghị lên vua ngày 25-5-1857. Trong bản kiến nghị ông hết sức đề cao đức độ của vua Tự Ðức và nêu ra mối nguy hiểm cùng với kế sách chế ngự ba mối nguy: là người Công Giáo, người Cam Bốt và người Tây Phương.
Riêng về người Công Giáo, bản kiến nghị xin gia tăng các biện pháp nặng nề và theo sát sắc lệnh năm 1854: Phải tìm bắt các linh mục đang lén lút trong các làng, cũng phải xử tử các thầy giảng vì nếu chỉ lưu đầy không thôi, họ lại phổ biến những nơi khác. Còn giáo dân rất đông số không thể xử tử hết nên cần phải giáo hóa. Những điều giáo hóa của Vua Minh Mệnh cần phải dịch ra tiếng bình dân và làm thành văn thơ cho dễ học. Về việc tưởng thưởng cần phải lưu ý đến hai yếu tố là tiền và tước vị tùy theo người có công tố giác chọn.
Bản kiến nghị đưa ra một lập trường cứng rắn, không nhân từ với người Công Giáo cố chấp và cũng không sợ hãi người mọi rợ Tây Phương. Ðể phòng ngừa người Tây Phương, cần phải gia tăng các hiểm nghèo để họ không dám bén mảng tới gần. Họ đến với tầu chiến ở ngoài Cửa Hàn lấy chiêu bài xin tự do buôn bán, nhưng thực sự bên trong là để quảng bá những lầm lạc, lung lạc luật pháp quốc gia. Vì vậy không thể để họ đến gần các cửa bể. Một khi họ đã vào được thì khó lòng trục xuất họ ra khỏi nước. Bản kiến nghị xin lập các đồn ở duyên hải như Hải Ðại và ở các đảo Duyên Tùy, Ðảo Ma...
Vua Tự Ðức đã chỉ định ba quan điều nghiên kiến nghị trên. Ngoài ra còn hai bản kiến nghị khác, trong đó có bản của người cháu Trịnh Quang Khanh là chủ tịch Hàn Lâm Viện, Sohier. Ngày 7-6-1857 vua Tự Ðức công bố sắc lệnh bách hại Công Giáo. Sắc lệnh viết: “Tà đạo GiaTô trước kia được truyền bá tại Trung Hoa dưới thời nhà Minh do Lợi Mã Dậu (Cha Mateo Ricci) rồi lan sang nước ta dưới triều Lê. Trước hết tà đạo truyền bá giữa những người dốt nát ở vùng duyên hải. Những người này bị các nhà truyền đạo lừa dối và mua chuộc bằng tiền bạc. Họ bỏ tiền mua những đất tốt, xây những kho lúa và lập nhà thờ giảng dậy ngụy thuyết. Dân chúng say mê và tùng phục dễ dàng. Từ đó ngụy thuyết bành trướng trong toàn quốc và hiện nay đã có hơn bốn phần mười dân chúng. Ðã có nhiều người trong giới quan lại và binh sĩ lén lút tin theo và nếu chúng ta không canh chừng thì dịch tễ này sẽ lan rộng khắp nước”. Sau đó Tự Ðức khiển trách các quan đã chểnh mảng hoặc bị mua chuộc coi thường các mệnh lệnh, khiến cho tà đạo Giatô đã tổ chức được một hệ thống trên toàn cõi đất nước. Các đạo trưởng lẩn trốn khắp nơi, trong hầm dưới đất hoặc trong kẽ vách. Khi quan quân đến bắt thì chúng có người thông báo để chạy trốn. Vậy đối với dân thường, lệnh cho các xã trưởng phải ra sức thuyết phục họ về đàng chính tuân giữ các lễ nghi trong việc cưới xin hoặc tang chế, tôn kính các thần làng và tổ tiên. Cho hạn trong một năm, để các người Công Giáo được bình yên sửa đổi lầm lạc. Sau đó những ai còn cố chấp thì phải khắc chữ vào má. Cho thêm một năm nữa nếu vẫn còn cố chấp thì đàn ông phải tòng ngũ, đàn bà phải làm tôi tớ trong nhà các quan. Trong năm này các xã trưởng có công sẽ được thưởng, nếu biếng trễ sẽ bị phạt và truất chức.
Từ khi người Pháp đến gây hấn, Giáo Hội Việt Nam bước vào con đường khổ nạn mà sử gia Louvet viết rằng, phải có tài than khóc của tiên tri Giêrêmia mới diễn tả nổi những khổ cực trong thời kỳ này. Sử gia Gispert, thuộc dòng Ða Minh, gọi năm năm bắt đạo này (1857-1862) là tàn khốc chưa từng có trong lịch sử, riêng tại địa phận trung Bùi Chu đã có ít nhất ba chục ngàn tín hữu bị giết.
Tại Huế quan Micae Hồ Ðình Hy bị xử tử và rất nhiều chức việc binh sĩ phải lưu đầỵ
Tại địa phận Tây có Cha Phaolô Tịnh, Thầy già Vân phải xử tử, nhiều thầy và các chú bị bắt, chủng viện Vĩnh Trị nhiều lần bị vây. Ðặc biệt là thái độ của quan tổng đốc Nguyễn Ðình Tân (Hưng) ở Nam Ðịnh, chuyển từ thiện cảm sang thù nghịch lùng bắt thừa sai dữ tợn nhất.
Riêng trong địa phận Bùi Chu, Ðức Cha Sanjurjo bị xử tử và bao nhiêu cuộc lùng bắt tại các họ đạo. Ðức Cha Sampedro trong thư đề ngày 22-2-1858 viết rằng, hai má tôi không lúc nào khô nước mắt vì cảnh tan hoang của các giáo xứ. Hận thù chồng chất, chính linh mục lại là thủ lãnh phản loạn.