(bị bắt 29-10-1861, chết rũ tù 14-11-1861 tại Bình Ðịnh)
Trước cảnh nước nhà bị ngoại xâm, một số người trí thức có lòng ái quốc quá khích, không hiểu thời thế đã tự động khởi xướng một phong trào chống ngoại và chống người Công Giáo, trước khi nghĩ đến cuộc phục hưng quốc gia. Ðó là Phong Trào Văn Thân.
Về cuộc nổi loạn của Phong Trào Văn Thân năm 1874 ở Nghệ An, sử gia Trần Trọng Kim đã hạ bút phê bình: “Nước ta mà không chịu khai hóa ra như các nước khác là cũng bởi bọn sĩ phu cứ giữ thói cũ, không chịu theo thời thế mà thay đổi. Nay sự suy nhược của mình sờ sờ ra đấy, thế mà vẫn cứ không chịu mở mắt ra mà nhìn, lại vì sự tức giận một lúc mà việc nông nổi càn dở, để cho thiệt hại thêm, như thế thì cái tội trạng của bọn sĩ phu đối với nước nhà chẳng to lắm ru?”
Sau khi triều đình phải ký hòa ước năm 1862 nhường ba tỉnh cho Pháp và chấp nhận điều kiện tự do thương mại và buôn bán, một số người bảo thủ không bằng lòng, coi hòa ước là một việc bán đứng quốc gia và không còn tin phục vua Tự Ðức nữa. Người khởi xướng âm mưu nổi loạn là Hồng Tập, hẹn ngày 3-8-1864 sẽ đồng loạt khởi nghĩa giết Phan Thanh Giản và các người theo đạo Thiên Chúa. Họ chiêu dụ những người trộm cắp và các thí sinh dự khóa thi để làm lực lượng. Trước hết họ đưa kiến nghị qui trách nhiệm việc mất nước vào các người theo đạo Giatô và ba sứ giả đi Pháp thương thuyết là những người bán nước. Họ yêu cầu triều đình thay đổi chính sách, nếu không, họ không thi vì có nhiều việc đáng làm hơn.
Mặt khác để xách động dân chúng, họ vu cáo các họ đạo có võ trang súng đạn, nhà đức cha có nhiều vàng bạc, và những người Công Giáo đã làm sẵn gông để bắt những người lương không chịu theo đạo phải đeo vào v.v...
Trước tình thế này vua Tự Ðức ra lệnh khám xét các nhà Công Giáo, các tỉnh phải động viên báo động. Các cuộc khám xét không bắt được bằng chứng nào người Công Giáo có súng đạn. Một bầu khí sợ hãi bao trùm các họ đạo. Sau cùng triều đình bắt được bẩy người thuộc phe Hồng Tập và mọi âm mưu được cung khai. Có bẩy người trong hoàng tộc chủ trương, một số khác bị án lăng trì. Liên đới trong vụ này có hai người con của tổng đốc Nam Ðịnh Nguyễn Ðình Tân, người ra tay sát hại không biết bao nhiêu là người Công Giáo, nên ông bị truất chức.
Trong cuộc nổi loạn này, người Công Giáo ở Huế đã chịu nhiều thiệt hại. Sau đó, vào tháng 7-1864, vua Tự Ðức ra sắc lệnh phủ dụ dân chúng và ca ngợi lòng trung thành của người Công Giáo.
Trong khi triều đình Việt Nam mưu chuộc lại ba tỉnh đã mất vì đó là mồ mả của dòng họ Nguyễn và là vựa thóc nuôi quân, thì Pháp lại có dã tâm chiếm ba tỉnh phía Tây năm 1867 khiến phong trào sĩ phu Việt Nam phẫn uất gia tăng lên ngùn ngụt. Với khẩu hiệu “Bình Tây, Sát Tả” , họ sách động nhân dân và vu cáo cho người Công Giáo nhiều chuyện động trời.
Tại Quảng Nam, quan đã bắt Ðức Cha Charbonnier, Thừa Sai Vancamelbeke, ba linh mục Việt và nhiều thầy giảng. Họ đánh đập và giam giữ nhiều ngày. Tại Nghệ An, Vũ Trọng Bình, Nguyễn Tri Phương và Phan Huy Vịnh tỏ ra thù nghịch với Công Giáo để cho nhóm Văn Thân đốt phá bốn chục họ đạo. Tại Nam Ðịnh nhóm Văn Thân đã tấn công làng Công Giáo thuộc địa phận Tây từ ngày 14-1-1868. Sau đó lần lượt mười hai họ đạo bị đốt phá khiến 4.000 người Công Giáo phải chạy về nhà chung tị nạn.
Chiến dịch tuyên truyền chống thừa sai Pháp và Công Giáo được tung ra bằng những lời vu cáo như sau: “Ðức Cha Sohier đã mang về 400 cân thuốc độc để hủy diệt vua và các quan, sau đó sẽ đem người Công Giáo lên làm vua, những người không Công Giáo nếu không trở lại sẽ bị giết chết”. Ngoài ra Ðức Cha Theurel ở địa phận Tây Bắc Việt cũng cho biết nhóm Văn Thân vu cáo người Công Giáo bỏ thuốc độc vào các giếng nước. Họ bắt một thầy thuốc Công Giáo phải uống tất cả mọi thứ thuốc ông bán, khiến ông phải chết oan. Ðức Cha Cezon ở địa phận Trung cũng cho biết nhiều người lương được thuê đi bỏ thuốc độc vào các ao và nếu bị bắt thì khai là các thừa sai thuê. Có 100 người bị bắt đang khi làm việc tàn ác này và họ đã thú nhận âm mưu của nhóm Văn Thân. Ðức Cha Gauthier thuộc địa phận Vinh cũng cho biết họ giả mạo một lá thư mang tên người, ra lệnh cho hai làng Hội Yên và Phủ Lý phải cử năm người đi đốt và bỏ thuốc độc các làng bên cạnh vì Văn Thân đã đốt làng Công Giáo. Rồi cử năm người khác đến làng Thuận Ngãi lấy súng đem về Thọ Kỳ để phòng vệ.
Trước vụ mất ba tỉnh miền Tây và rối loạn của Văn Thân, Tự Ðức làm bản cáo tội với trời đất ngày 9-10-1867, kể nỗi buồn phiền và kêu gọi dân chúng hiệp nhất góp tài góp sức bảo vệ quốc gia. Triều đình cũng đề cử quan xét xử các vụ lộn xộn ở Quảng Nam, Nghệ An và Nam Ðịnh do nhóm Văn Thân gây ra. Thượng thư bộ lễ gửi thư cho Ðức Cha thông báo triều đình đã ra lệnh cho các quan tỉnh phải xét xử nghiêm minh các người gây rắc rối cho người Công Giáo. Ðồng thời cũng xin các Giám Mục và linh mục đi tới đâu thì báo cho quan sở tại biết.
Ðến năm 1869 vua Tự Ðức ra sắc lệnh cho phép người Công Giáo được trở về làng cũ và lập những làng riêng biệt để tự lo các việc riêng đồng thời cấm lương dân không được sách nhiễu người Công Giáo về các việc cúng tế dị đoan.
Người Pháp đến Viễn đông là vì quyền lợi thương mại của họ, nhất là việc buôn bán với Trung Hoa. Sau khi chiếm miền Nam, họ tưởng có thể ngược dòng sông Mêkông lên Vân Nam nhưng họ đã thất bại và nghĩ đến việc dùng sông Hồng Hà ở Bắc Việt.
Năm 1872 Jean Dupuis mang súng đạn vượt sông lên Vân Nam và lại mang muối là thứ luật nước Nam cấm đưa lên Vân Nam. Năm 1873, thống đốc Dupré nhân cơ hội này sai Francis Garnier ra Hà Nội với mật lệnh khai thương sông Hồng. Cả Dupré và Garnier đã hành động ngang nhiên không theo lệnh của ai khiến chiến sự bùng lên ở Bắc Việt. Với 120 lính, Garner tới Hà Nội ngày 11-11-1873 rồi tuyên bố khai thông sông Hồng và ngày 20-11 chiếm thành Hà Nội, tướng Nguyễn Tri Phương bị thương, sau đó ông nhịn đói tự vẫn. Thừa thắng đoàn quân viễn chinh Pháp chiếm Hưng Yên ngày 23-11, Phủ Lý ngày 26-11, Hải Dương ngày 4-12, Ninh Bình ngày 5-12 và Nam Ðịnh ngày 10-12.
Trước thái độ ngang ngược của lính Pháp, Ðức Cha Puginier, Giám Mục Hà Nội, Ðức Cha Colomber và Ðức Cha Riano đều phản đối và đứng về phía các quan Việt Nam, ra lệnh người Công Giáo trung thành với triều đình hợp pháp. Trước tình thế bi đát, triều đình Huế nhờ Ðức Cha Sohier, Giám Mục Huế, ra Hà Nội giúp thương thuyết với toàn quyền Philastre. Quân triều đình và cờ đen phục kích bắn chết Garnier hôm 21-12 và đồng thời đốt cháy hai họ đạo Kẻ Hối và Phùng Khoang. Thư của tổng đốc Nam Ðịnh viết về triều đình xin giết hết người Công Giáo trong tỉnh bị bắt được khiến Ðức Cha Puginier phải xin với lực lượng Pháp ở lại duy trì an ninh tạm thời. Tuy nhiên Philastre đã thỏa thuận với phái đoàn triều đình trao trả các thành lại, và sẽ ký hiệp ước sau. Thế là quân Pháp rút khỏi Hải Dương ngày 1-1-1874, khỏi Ninh Bình ngày 8-1, và khỏi Nam Ðịnh ngày 11-1.
Ngay khi người Pháp rút khỏi Nam Ðịnh thì mười bốn làng Công Giáo bị đốt phá, một linh mục và các thầy giảng bị giết. Suốt trong mười ngày ngọn lửa tiếp tục thiêu rụi các làng Công Giáo, gieo chết chóc và làm tán loạn dân chúng. Tại Kẻ Sở ở Hà Nội có Giám Mục, tám thừa sai, bốn mươi ba linh mục, đông đảo học sinh và giáo dân về trú tạm. Nhưng rồi ngày 31-1, lính Pháp cũng rút lui để mặc người Công Giáo hứng chịu sự trả thù. Nhờ thái độ ngay thẳng của Ðức Cha và sự khấn dâng địa phận cho Thánh Tâm Chúa, nên đa số đã được an toàn. Tuy nhiên tổng kết thiệt hại của địa phận Tây Bắc Việt rất lớn: 3 linh mục, 25 thầy giảng và mấy trăm giáo dân, 107 họ đạo bị tàn phá.
Sau vụ Hà Nội đến lượt Nghệ An. Ðể cứu vãn tình trạng hỗn loạn, triều đình đã ký hòa ước mới năm 1874 nhận cho Pháp quyền bảo hộ. Chính hiệp ước mới này thúc đẩy ông tú Trần Tấn và Ðặng Như Mai huy động 3.000 Văn Thân nổi loạn ở Nghệ An và Hà Tĩnh. Một số làng Công Giáo đông đủ sức tự vệ, số khác đã bị đốt phá, thây chết ngổn ngang. Tổng kết địa phận Vinh, theo lời Ðức Cha Gauthier, có 4.500 giáo dân bị giết chết và 300 họ đạo bị phá hủy, trong đó có tám làng giáo dân hoàn toàn bị giết chết hoặc bị chết đói vì giao tranh tự vệ. Số người không nhà cửa mà địa phận Vinh và Hà Nội phải cấp dưỡng là 30.000 giáo dân. Cuộc nổi loạn của Văn Thân đến tháng 5-1874 mới chấm dứt khi triều đình được Pháp viện trợ năm tầu chiến và khí giới đã dẹp yên được. Hai địa phận dòng Ða Minh ít bị thiệt hại.
Sau một thời gian được yên ổn nhờ các khoản tự do tôn giáo trong các hiệp ước, người Công Giáo đã hồi sinh nhờ số nhân sự thừa sai đông đảo, nhiều cơ sở như nhà thờ, nhà trường và nhà dòng được xây cất. Ðặc biệt trong khoảng năm 1878, phong trào trở lại đạo rất rầm rộ, có cả từng làng theo đạo. Tuy nhiên cơn thử thách nặng nề khác đang âm ỉ. Lý do là vì người Pháp có dã tâm đặt quyền bảo hộ và chiếm đất nên họ đã tìm cách gây hấn với triều đình Việt Nam.
Ngày 26-3-1882 Riviere ra Hà Nội nói là để giải quyết vụ quân cờ đen cản trở thương gia Pháp nhưng sự thực ông ra mật lệnh đánh chiếm một số cơ sở thương mại. Ngày 25-4 ông chiếm thành Hà Nội khiến Hoàng Diệu tuẫn tiết. Năm sau, tháng 3-1883, chiếm Hòn Gai và 27-3 chiếm Nam Ðịnh. Trong thời gian này Courbet mang quân lính tăng cường Bắc Việt, đi qua Thuận An tháng 8-1883, bắn phá các làng và ép buộc triều đình chấp nhận thỏa ước Harmand. Ðồng thời chiến sự vẫn lan rộng vì triều đình hiệp với quân cờ đen. Riviere bị bắn chết 19-5-1883. Pháp chiếm Sơn Tây 16-12-1883, chiếm Bắc Ninh 12-3-1884, chiếm Hưng Hóa 13-3, và chiếm Thái Nguyên 19-3. Sau cùng triều đình phải ký hòa ước ngày 6-6-1884 công nhận quyền bảo hộ của Pháp và đồng thời nhường Hà Nội và Hải Phòng cho Pháp. Thế vẫn chưa xong, triều đình vẫn còn âm thầm xin quân Trung Hoa qua tiếp viện mong lấy lại. Sau cùng hòa ước Thiên Tân ngày 9-6-1885, Trung Hoa công nhận quyền bảo hộ của Pháp ở Việt Nam. Triều đình còn lúng túng vì vua Tự Ðức chết ngày 17-7-1883, hai quan phụ chính là Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường chuyên quyền phế vua Dục Ðức, lập Hiệp Hòa lên rồi ép Hiệp Hòa uống thuốc độc để lập Kiến Phúc (vua Hàm Nghi) lên ngôi, và ngày 2-8-1884 âm mưu đánh giết quân Pháp tại Huế nhưng bị thất bại, Tôn Thất Thuyết đem vua Hàm Nghi đi trốn và ra hịch Cần Vương.
Trần Trọng Kim đã viết về hai nhân vật gây sóng gió trong thời kỳ này như sau: “Tôn Thất Thuyết là người tính nóng nảy, dữ dội, ai cũng khiếp sợ. Nhưng tài năng thì kém, mà lại nhát gan, cho nên đa nghi và hay chém giết. Nguyễn Văn Tường là người ở Quảng Trị, thi đỗ cử nhân năm Tự Ðức thứ năm, thật là một người có tài trí, giỏi nghề giao thiệp, nhưng chỉ có tính tham lam và lại tàn nhẫn. Hai ông ấy chuyên giữ việc triều chính. Quan lại thì ở trong tay ông Tường, binh quyền thì ở trong tay ông Thuyết. Nhưng mà thường việc gì cũng do ở ông Thuyết xui khiến cả. Trong triều từ hoàng thân quốc thích cho đến các quan, ai có điều gì trái ý hai ông ấy là bị giam chết hay chém giết cả”.
Bắt đầu chiến cuộc ở Bắc Việt bùng nổ, người Công Giáo bị đe dọa. Tại các địa phận thuộc các cha dòng Ða Minh coi sóc, các giám mục và linh mục đã công khai tuyên bố người Công Giáo hiếu hòa không can dự vào các vụ bạo động nên được quân cờ đen tôn trọng không sát hại. Trái lại trong những vùng khác, các thừa sai Pháp là đối thủ duy nhất nên các làng Công Giáo là mục tiêu đốt phá đầu tiên.
Theo tường trình của Ðức Cha Puginier, Giám Mục Hà Nội, thì từ tháng 3-1883, Hà Nội, Nam Ðịnh và Hải Dương bị cướp phá. Nguyên tháng 12 ở Hà Nội có 300 làng, tức là 1/3 bị phá. Trong các làng toàn tòng Công Giáo thì có 4 làng bị hủy diệt, 15 làng khác bị cướp. Tại Thanh Hóa, hai trong sáu xứ bị hủy diệt, 242 nhà thờ và nhà nguyện bị đốt cháy, 6 thừa sai, 11 linh mục và 63 thầy giảng cùng với 288 giáo dân bị thảm sát.
Từ khi có hịch Cần Vương, tháng 7-1885, tại Thanh Hóa 40 họ đạo trong 2 xứ có tới 1.000 người bị thảm sát, 40.000 giáo dân chạy tán loạn. Tới tháng 9 thì đã có 4 xứ ở Thanh Hóa bị hoàn toàn phá hủy, 1.800 giáo dân bị giết. Tại Quảng Trị tháng 9-1885 một nửa số Công Giáo bị giết, 10 linh mục và 8.585 giáo dân bị giết trong các xứ Dinh Cát, Bãi Trôi, Ðất Ðổ và Thanh Hương. Thiệt hại nhất là tại Bình Ðịnh có 8 thừa sai, 7 linh mục, 270 nữ tu, 24.000 giáo dân trên tổng số 42.000 người bị giết. Tất cả các cơ sở nhà Giám Mục, 2 chủng viện, 10 tu viện, 17 nhà mồ côi đều bị đốt cháy, chỉ trừ có 2 họ đạo là thoát nạn. Chính trong cuộc tàn sát này mà Ðức Mẹ đã hiện ra cứu chữa dân làng Trà Kiệu.
Tổng cộng số giáo dân bị giết có tới 40.000 người, 20 thừa sai, 30 linh mục Việt, hàng ngàn họ đạo bị thiêu hủy.
Phong Trào Văn Thân đưa ra khẩu hiệu “Bình Tây, Sát Tả” nhưng họ chỉ chém giết người Công Giáo, đẩy người Công Giáo vào chỗ phải tự vệ. Rút cục Văn Thân không làm gì được người Pháp, trái lại người Pháp đã ngồi nhìn để xem người Việt xâu xé người Việt, như ngư ông thủ lợi bắt cả cò lẫn trai, dễ dàng đặt ách thống trị.
Tuy nhiên chí sĩ Phan Ðình Phùng sáng suốt đưa ra khẩu hiệu “Lương Giáo Thông Hành” , nhưng lời của ông bị chìm sâu trong lửa hận thù của đám Văn Thân cuồng dại.
Vì sự im lặng đồng lõa của quan quyền, giáo dân đã phải tự võ trang phòng vệ khiến những họ đạo lẻ loi bị tàn phá. Cuộc hỗn chiến gây tử vong cho cả lương lẫn giáo rất cao. Tuy nhiên hòa bình trở lại người Công Giáo không hề có thái độ trả thù. Trái lại còn có sự hàn gắn. Và số đông lương dân đã được thong dong tự nguyện theo đạo mà họ cảm phục. Phong trào trở lại đạo Công Giáo rất mạnh.