Từ năm 1851 Vua Tự Ðức đã ra lệnh cho các quan tự do trình bầy một giải pháp để đối phó với đạo Công Giáo. Ngày 26 tháng 7 năm Tự Ðức thứ bẩy (3-9-1854), hội đồng nội các gồm Vũ Duy Ninh, Trần Tiến Thành và Nguyễn Tư Giản đã đệ trình lên vua Tự Ðức bản kiến nghị đúc kết, và đề nghị bốn điểm chính để tiêu diệt đạo, và xin chấm dứt mọi cuộc bàn cãi. Kiến nghị đã được vua Tự Ðức phê chuẩn. Sau đó Bộ Hình sao lại gửi cho các tỉnh. Sắc lệnh tới tỉnh Nam Ðịnh ngày 26-12 âm lịch và được sao lại do ký lục Lê Hiến rồi gửi sang cho quan án sát và một lệnh khác cho quan lãnh binh do ký lục Nguyễn Chính Nghi sao lại. Toàn bộ kiến nghị đã được Ðức Cha José Diaz in lại trong các bản tường trình ở Manila năm 1858.
Bản kiến nghị gồm các phần:
1. Lập lại khẩu lệnh của vua Tự Ðức tháng 10, năm thứ bốn Tự Ðức (1851) về đạo Gia Tô. Và đặc biệt hai bản tâu trình của quan Nguyễn Ðăng Giai và Ngụy Khắc Tuần.
2. Các đề nghị của các quan Phạm Quĩ, tổng đốc Quảng Trị và Quảng Bình, đề nghị của Tòa Tam Pháp, đề nghị của Nội Các Thừa (Cơ Mật Viện), đề nghị của quan án Can.
3. Duyệt lại các sắc dụ cấm đạo đã ra từ đời Gia Long cho đến Tự Ðức năm 1848.
4. Kiến nghị của các quan hội đồng nội các gồm bốn điểm chính:
- Ðối với các quan có đạo, cho hạn một tháng ở kinh đô và ba tháng tại các tỉnh, phải bỏ đạo để giữ nguyên chức, nếu không sẽ bị truất và phải làm mọi phu dịch. Ðối với lính và dân, cho hạn 6 tháng để đạp ảnh trước mặt quan sở tại. Hết thời hạn, những ai không đạp ảnh hoặc còn giữ đạo lén lút, phải bắt để tra xét. Như thế vừa áp dụng sự nhân từ vừa chứng tỏ sự nghiêm khắc của luật lệ.
- Lệnh bắt các đạo trưởng và xử chém đạo trưởng Tây, bêu đầu ba ngày, linh mục Việt cũng bị xử chém, còn các thầy giảng bị khắc chữ và bị lưu đầy. Cho phép lính canh đánh chết tại chỗ nếu có sự kháng cự hoặc tổ chức đánh tháo, đặc biệt là tại các làng đánh cá thường lén lút chở các đạo trưởng. Nếu tầu ngoại quốc đến, các quan phải canh chừng kỹ lưỡng như các lệnh của vua Minh Mệnh đã rạ Những người có công tố giác hoặc bắt được đạo trưởng sẽ được thưởng 300 lạng bạc.
- Bổn phận của các quan tại tỉnh, huyện, và xã là tai mắt của dân, các quan lý trưởng là đầu của dân, tất cả biết rõ các người theo tà đạo nhưng thường làm ngơ để cho người lành phải sống giữa người lầm lạc. Vậy các quan phải năng tuần tiễu để tìm các người Kitô và dậy dỗ họ về đàng lành. Ðối với các nhà thờ, nhà xứ và kho lúa, phải tịch thu hoặc đốt, phải phá các hầm trú ẩn và trừng phạt những tín đồ còn tụ họp nghe giảng. Nếu các làng xã chống lại lệnh trên, các quan tỉnh phải đem quân về mà bình định.
- Sau cùng, nếu các linh mục Âu còn lén lút mà bị bắt được thì quan cai tổng và lý trưởng sẽ bị trừng phạt vào tội loạn nghịch, các quan cấp huyện và phủ sẽ bị khép tội biếng nhác, phạt hạ ba cấp và phạt 80 trượng. Quan đầu tỉnh phải giáng một cấp và phạt bẩy chục trượng. Nếu một linh mục Việt bị bắt thì lý trưởng và cai tổng sẽ bị phạt một trăm trượng và mất chức, quan huyện và phủ bị phạt 80 trượng nhưng không bị giáng cấp, các quan lớn khác thì phải giáng xuống một cấp.
5. Sau đó lại có đề nghị của quan tổng đốc Bình Ðịnh Vương Hữu Quang, gồm sáu điểm: hạn chế đất của người Công Giáo, cấm người ngoại cho người Công Giáo vay tiền, cấm người Công Giáo đi lại buôn bán, phải đóng các cửa tiệm đã có, phải sai một thầy giáo về mỗi làng để dậy việc cúng tế và cấm giao ước.
Vua Tự Ðức bắt các quan bàn cãi từng điều một. Sau đó các quan đề nghị theo kiến nghị đã ra và không bàn gì thêm.
Trước hết, ngay tại các tỉnh kế cận kinh đô Huế, Ðức Cha Pellerin trong thơ viết cuối năm 1855 cho biết diễn tiến đưa đến sắc lệnh 1854 là do vụ Hoàng Bảo đã chấm dứt, quan thượng Giai thuộc phe nhân từ đã chết và các tầu Pháp không còn lảng vảng ở bờ biển Việt Nam nữa. Khi sắc lệnh được tiết lộ, chủng viện ở Tho Sen (Kẻ Sen) phải giải tán, Ðức Cha phó Sohier phải trốn ẩn trong một nhà dòng Mến Thánh Giá, Ðức Cha Pellerin và Thừa Sai Choulex trốn ở Di Loan. Tuy nhiên Ðức Cha Pellerin nói thêm rằng cho đến ngày 16-12-1855, các quan tại tỉnh, huyện, tổng và xã vẫn chưa hay biết gì. Có tin đồn rằng sắc lệnh được ngưng lại vì lời yêu cầu của quan là Bắc Kỳ đang có cuộc nổi loạn. Người khác cho rằng vì vua Tự Ðức nằm mộng thấy lưỡi gươm từ trời rơi xuống đầu, dân chúng thì coi việc bắt đạo là một tội ác khiến trời phạt dân chúng phải chịu thiên tai, dịch tễ và đói kém.
Ðức Cha Cuénot ở Bình Ðịnh, là nơi quan tổng đốc Vương Hữu Quang đề nghị rất nghiêm ngặt với người Công Giáo, viết trong thư ngày 24-2-1855 như sau: “Những cuộc khám xét tại nhà rất thường xuyên nay lại càng gắt gao hơn đến nỗi không ai còn dám chứa đồ đạo. Tôi đã phải trốn dưới hầm trong khi dân chúng các tổng bị bao vây không đi được đến đâu. Tôi có thể nói rằng trong hai mươi hai năm bắt đạo, thì năm 1854 là năm tôi gặp nguy hiểm và khổ cực nhiều nhất. Có chín giáo dân bị bắt và xưng đạo, trong đó có năm người bị kết án phải lưu đầy Nam Kỳ (Mỹ Tho). Ông trùm Anrê Năm Thuông, thầy giảng 70 tuổi, đã chết khi vừa tới nơi lưu đầy ngày 15-7-1855. Ông quan này bị tố cáo là buôn bán với tầu nên bị giáng chức vào cuối năm 1855”. Thừa Sai Harengt cùng trốn với Ðức Cha Cuénot ở Gia Hựu cũng nói rằng giáo dân sợ hãi và các linh mục Việt cũng phải đề phòng kỹ lưỡng.
Ngoài Bắc Kỳ, Thừa Sai Galy cho biết có nội loạn ở Kẻ Non nơi Ðức Cha phó Jeantet ở, khiến Ðức Cha phải trốn vào hang. Một linh mục Việt, một thầy Sáu và nhiều chức việc bị bắt, cả thảy mười chín người. Sau này nhờ chuộc tiền nên họ được tự do. Chủng viện hoàn toàn bị phá. Trong khi đó quan tổng đốc Nam Ðịnh đã công khai tuyên bố rằng trong tỉnh được bình yên không có loạn là vì có đông người Công Giáo. Chính quan đã xin vua trợ cấp cho nhà tế bần nuôi người cùi của Ðức Cha Retord tại Kẻ Vĩnh. Tuy nhiên, cái tai hại của sắc lệnh là phải đút tiền cho các quan. Các quan ở huyện với xã ít thay đổi thì đỡ, chứ còn các quan lớn hay phải đổi thì tiền đút lót tốn gấp nhiều lần mà còn khó khăn nữa. Người ta gọi đó là mùa gặt của các quan.
Ðầu năm 1856, Cha Laurent Hưởng bị bắt và mặc dù quan đã tìm mọi cách cho nhẹ tội nhưng lệnh triều đình bắt phải chém đầu ngày 13-2-1856 tại Ninh Bình. Tại Bầu Nọ thuộc tỉnh Ninh Sơn, các nhà trường, nhà xứ và nhà dòng phải giải tán. Chỉ có Kẻ Vĩnh được quan thượng bảo trợ mới yên và các thừa sai tụ tập về làm việc cấm phòng.
Trong địa phận Bùi Chu, Ðức Cha Diaz cho biết rằng lợi dụng dịp lễ Thánh Ðaminh, địa phận đã họp công đồng để bàn về đường lối chung trong địa phận. Tham dự công nghị gồm có năm thừa sai Tây Ban Nha và hai mươi lăm linh mục Việt. Dân chúng các nơi nghe biết cũng kéo đến tấp nập như ngày lễ dưới thời Gia Long. Ðức cha còn tổ chức được một cuộc thi giữa các người trí thức, một nửa là người lương, về các vấn đề tôn giáo. Nhưng khoảng tháng 10, 1854, có loạn ở các tỉnh giáp Trung Hoa và Hưng Yên, trong đó có hai quan rất ủng hộ đạo phải thiệt mạng, và một linh mục Việt phải chết vì công việc bác ái. Nhưng từ tháng 3-1855 sắc lệnh được công bố nên bị thiệt hại lớn lao. Trong vòng sáu tháng từ khi có lệnh của vua, lệnh nghiêm ngặt nhất từ xưa đến nay, khiến giáo dân hoảng sợ tự động tháo gỡ các nhà thờ và nhà dòng. Có tám nhà đã phải tháo gỡ như thế. Riêng Ðức Cha Diaz đã gửi một lá thư luân lưu khuyến khích giáo dân can trường, tin tưởng vào Thiên Chúa là Cha không hề bỏ rơi những người cậy trông và sốt sắng cầu nguyện để cơn bão táp chóng qua. Trong một lá thơ khác, đức cha cho biết là ngày 21-7-1855 Cha Tôma Khuông bị bắt với bốn thầy và chú. Vị linh mục 74 tuổi được quan kính trọng nên quan khiển trách cấp dưới và truyền lệnh trả tự do cho các người bị bắt.