Những sắc lệnh và các cuộc lùng bắt tận diệt đạo Công Giáo trong những năm cuối cùng của Minh Mệnh 1838-1840 tưởng chừng như giáo hội Việt Nam không còn cơ đứng vững. Tuy nhiên lời nói của Tertulian ngày xưa hoàn toàn đúng với hoàn cảnh giáo hội đẫm máu và trổ sinh của Việt Nam: “Máu của các anh hùng tử đạo là hột giống phát sinh các tín hữu”. Quả thực người tín hữu cũng như lương dân thi nhau thấm máu các đấng và tự nhiên đức tin càng được nuôi dưỡng mạnh như dầu đổ vào lửa đến nỗi giáo hội hoàn cầu phải thán phục và Ðức Thánh Cha, vị chủ chăn giáo hội, phải tức tốc thành lập thêm nhiều giáo phận mới.
Từ năm 1659 địa phận Ðàng Trong chạy dài từ sông Gianh đến Mũi Cà Mâu, bao gồm cả Cao Mên và phần đất Ai Lao, nhưng thực tế đạo Kitô chỉ được nẩy nở trong tâm hồn dân Việt vốn có lòng thành khẩn với Trời và yêu thương đồng loại. Năm 1833 Minh Mệnh bắt đầu chương trình tiêu diệt đạo bằng việc lùng bắt các thừa sai và linh mục. Ðức Cha Taberd đã phải lẩn trốn sang Cao Mên cùng với một số thừa sai. Những thừa sai còn lại đã trở thành dường cột và đuốc sáng làm rạng danh đạo Kitô bằng cái chết tử đạo như của Cha Gagelin năm 1833, Cha Marchand năm 1835, Cha Jaccard năm 1838 và một vài thừa sai khác chết trên rừng núi khi ẩn trốn để hướng dẫn giáo hội trong âm thầm.
Trong hoàn cảnh khó khăn, Ðức Cha Taberd đã truyền chức Giám Mục cho Cha Cuénot Thể ngày 3-5-1835 để lẻn về Qui Nhơn tổ chức giáo hội. Ngày 21-6-1835 người thành công lẻn về được tới Phú Yên. Tình hình giáo hội lúc này gồm có 80.000 giáo dân, 6 thừa sai, 26 linh mục. Ðức Cha Cuénot Thể tức tốc xin phép tòa thánh phong chức linh mục cho những thầy giảng đã lão luyện trong cơn thử thách mặc dù không biết tiếng Latinh, cùng với phép làm lễ lúc ba giờ sáng, được đọc thầm và chuẩn ăn chay kiêng thịt. Ðức Cha lập ngay hai chủng viện ở An Ninh (gần Huế) và ở Lái Thiêu. Các nhà dòng nữ cũng được củng cố lại trong 18 nhà gồm có 250 nữ tu. Ngoài ra Ðức Cha cũng xin tòa thánh cho phép chọn giám mục phó khi hay tin đức cha chính là Taberd qua đời (17-7-1840), và người chính thức lên kế vị. Năm 1841 Ðức cha tổ chức hội nghị toàn thể địa phận để phát động chiến dịch truyền giáo mới, phong Cha Lefebvre làm đức cha phó và khởi sự hồ sơ điều tra phong thánh cho những anh hùng tử đạo.
Việc hệ trọng đến tương lai là chia địa phận, như là một điều kiện để bành trướng đức tin và giảng đạo hữu hiệu, cũng như an toàn trong thời kỳ cấm cách. Ngày 11-3-1844 tòa thánh ký sắc lệnh thành lập hai địa phận Conchinchine Oriental (Qui Nhơn) và Occidental (Sài Gòn). Khi sắc lệnh tới Việt Nam thì Ðức Cha phó Lefebvre bị bắt và giam tù ở Huế.
Việc phân chia các địa phận được ấn định như sau: Qui Nhơn do Ðức Cha Thể phụ trách và Sài Gòn do Ðức Cha Lefebvre. Tại Qui Nhơn Ðức Cha Thể chọn Thừa Sai Pellerin làm đức cha phó và phụ trách vùng bắc ở Huế. Tại Sài Gòn, Ðức Cha Lefebvre chỉ định Thừa Sai Miche. Ðịa phận Sài Gòn lúc ấy gồm 6 tỉnh: Ðồng Nai (Biên Hoà), Gia Ðịnh (Sài Gòn), Ðịnh Tường (Mỹ Tho), Long Hồ (Vĩnh Long), An Giang (Châu Ðốc), và Hà Tiên, cộng với toàn nước Cao Mên và phần đất Ai Lao giáp tiếp. Dân số Sài Gòn là 3.600.000 người, trong đó có 23.000 người là Công Giáo. Về nhân sự gồm có Ðức Cha Lefebvre, Ðức Cha Miche, Thừa Sai Duclos, Fontaine, 16 linh mục Việt và 10 chủng sinh ở Penang, 20 chủng sinh tại học viện.
Không bao lâu Ðức Cha Thể lại đề nghị tòa thánh chia địa phận nhỏ hơn nữa. Ngày 27-8-1850, tòa thánh ký sắc lệnh Postulat Apostolici thành lập địa phận Huế và sắc lệnh Quoties Benedicente ngày 30-8-1850 thành lập địa phận Nam Vang. Ðức Cha Pellerin coi địa phận Huế và Ðức Cha Miche coi địa phận Nam Vang (Cao Mên). Tại địa phận Huế Ðức Cha Sohier làm phụ tá Ðức Cha Pellerin năm 1852. Ngoài ra địa phận gồm có thừa sai Galy và 10 linh mục coi các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên.
Phương pháp truyền giáo của Ðức Cha Cuénot Thể là tụ tập từ 10 đến 15 hay 30 tân tòng trong một nhà để dậy giáo lý. Ðàn bà dậy cho đàn bà và đàn ông cho đàn ông. Mỗi tuần thầy giảng đến hai ba lần cắt nghĩa giáo lý và biện bác những sai lầm dị đoan. Các tân tòng ăn chung và nghe sách trong các lần họp. Ngày rửa tội địa phận tặng cho một bộ áo trắng kỉ niệm. Ðức Cha chia các thầy giảng thành ba bậc. Bậc nhất có khoảng 21 thầy là những người có khả năng và kinh nghiệm dậy giáo lý. Bậc nhì gồm 35 thầy, thường theo các cha đi các họ đạo làm phúc và giúp giáo dân lãnh nhận các bí tích, mỗi cha có khoảng 4 thầy. Bậc thứ ba gồm một số trưởng gia đình, lo trật tự, sửa soạn việc rửa tội và cưới xin, săn sóc người ốm.
Cuộc lùng bắt các thừa sai năm 1833 bắt buộc Ðức Cha Havard phải trốn tránh lên miền rừng núi Bạch Bát ở Ninh Bình. Khi biết sức mình đã kiệt, đức cha để lại di chúc ngày 02-7-1836 chọn Cha Borie làm phụ tá với quyền kế vị, nếu không được thì đến lượt Cha Retord. Nhưng Cha Borie bị bắt và tử đạo ngày 24-11-1838 nên Cha Retord đã phải gánh trách nhiệm điều khiển địa phận. Vì hoàn cảnh khó khăn di chuyển, mãi đến năm 1840 Cha Retord mới có thể sang Macao để chịu chức giám mục, nhưng tại đây không có giám mục, cha lại phải đi Manila, Phi Luật Tân, để thụ phong giám mục ngày 31-5-1840. Tình trạng truyền giáo lúc này như sau: Có 170.000 giáo dân trong 1.300 họ đạo (47 xứ), 8 thừa sai trong đó hai cha bị bắt, 80 linh mục Việt, 40 thầy lý đoán, 137 thầy giảng, 28 tu viện gồm 648 nữ tu. Ðức Cha Retord chọn Cha Gauthier làm Giám Mục phó ở vùng Nghệ An.
Nhờ thời kỳ nhân nhượng dưới triều vua Thiệu Trị, đức cha đã họp các cha quyết định dấn thân mở các chuyến kinh lý các họ đạo, lập hội trí thức Công Giáo, một thứ hàn lâm viện có đủ sách, và khuyến khích giới trí thức nghiên cứu viết luận đề. Một hội đạo đức khác cũng được thành lập là hội Trái Tim. Phương pháp truyền giáo của Ðức Cha Retord là mở chiến dịch thi đua khuyên nhủ người lương trở lại. Các linh mục mỗi năm phải rửa tội được ít nhất 10 người lớn trở lại, giáo dân có công dẫn dụ được người nào theo đạo thì được thưởng các ảnh đeo và bằng khen. Các họ đạo mỗi khi họp nhau cầu nguyện đều đọc kinh cầu nguyện cho lương dân được ơn trở lại đạo Công Giáo. Ðức cha cũng nghiên cứu những làng nào có hy vọng khuyên bảo được thì sai các thầy giảng đến thăm viếng và khuyên nhủ.
Từ năm 1678 Bắc Việt có hai địa phận là địa phận Tây, do các cha thừa sai Pháp coi, và địa phận Ðông, do các cha dòng Ða Minh Tây Ban Nha. Ngày 17-3-1846, Ðức Thánh Cha Gregorio XVI ký sắc lệnh “Ex Debito Pastoralis” thành lập hai địa phận mới, chia từ địa phận Tây thành địa phận Vinh (Tonkin Meriodinale) và địa phận Hà Nội (Tonkin Occidentale). Số giáo dân lúc này đã lên tới 184.200, tức là tăng được 14.000 giáo dân trong 6 năm. Số linh mục cũng gia tăng lên đến 93, số chủng sinh được 323, các thầy 282, các chú 972, nữ tu 673. Sắc lệnh tòa thánh tới Việt Nam đầu năm 1847. Việc phân chia được ấn định như sau:
Ðịa phận Vinh gồm các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh và phần Bố Chính. Nhân sự gồm: Ðức Cha chính Gauthier, Ðức Cha phó Masson, ba thừa sai, 35 linh mục Việt, 69 chủng sinh, 75 thầy, 290 chú nhỏ, 270 nữ tu, làm việc trong 345 họ (19 xứ), gồm 66.350 giáo dân.
Ðịa phận Hà Nội gồm các tỉnh Thanh Hóa, một phần Nam Ðịnh, Ninh Bình, Hà Nội, Sơn Tây, Hưng Hóa và Tuyên Quang. Nhân sự gồm: Ðức Cha chính Retord, Ðức Cha phó Jeantet, hai thừa sai, 58 linh mục Việt, 207 thầy, 254 chủng sinh, 682 chú nhỏ, 453 nữ tu, coi sóc 831 họ đạo (29 xứ) gồm 117.870 giáo dân.
Trong ba năm cuối triều Minh Mệnh 1838-1840, địa phận Ðông, Bắc Việt, chịu rất nhiều thiệt hại: Cả hai Ðức Cha Delgado và Henares bị bắt và tử đạo cùng với Cha chính Fernandez và 25 người bản xứ gồm các linh mục, thầy giảng và giáo dân. Trong những năm bắt đạo, số thừa sai Tây Ban Nha ít ỏi nên Cha Hermosilla đến Việt Nam năm 1829, được đặt tên là Vọng, và năm 1838 Cha Marti đến Việt Nam, được đặt tên là Gia.
Khi Minh Mệnh chết, địa phận Ðông chỉ còn lại hai thừa sai trên. Năm 1840 Cha Retord đi Manila chịu chức Giám Mục đưa theo về được một thừa sai cho địa phận Ðông, đồng thời sắc phong Cha Hermosilla làm Giám Mục coi sóc địa phận Ðông. Ngày 2-5-1841 người được thụ phong giám mục do Ðức Cha Retord tại chủng viện Vĩnh Trị bên địa phận Tây. Sau đó Ðức Cha Hermosilla xin Cha Jimeno làm giám mục phụ tá, tấn phong ngày 29-6-1841. Nhân dịp này các thừa sai hoạch định chiến lược truyền giáo trong giai đoạn mới: củng cố nhà Ðức Chúa Trời hay cũng là một thứ chủng viện tại các giáo xứ và nhà dòng.
Về nhân sự, địa phận Ðông có hai Giám Mục, hai thừa sai Marti và Rivas, 39 linh mục Việt. Ngày 23-11 địa phận như được mùa lại có thêm ba thừa sai mới là Barcelo, Alcanzar và Achurra để làm việc cho cánh đồng truyền giáo đến thời kỳ gặt hái. Các thừa sai bắt tay vào việc huấn luyện linh mục và thầy giảng trong ba chủng viện: tại Nam Am do Cha Marti, tại Liêm Hạ do Cha Rivas và tại Cao Xá do Ðức Cha Jimeno. Số thừa sai tăng thêm trong các năm kế tiếp.
Từ khi Minh Mệnh ra lệnh lùng bắt danh Trùm Vọng (Ðức Cha Hermosilla), người phải đổi tên là Liêm để tiếp tục đi kinh lý các họ đạo, củng cố tinh thần của giáo dân vì họ vừa trải qua cơn thử thách mà phần đông vì yếu lòng đã làm tờ xuất giáo. Năm 1845 Ðức Cha phó Jimeno được gọi về Manila, Ðức Cha Hermosilla liền chọn Cha Marti làm Giám Mục phụ tá, tấn phong ngày 29-6-1847, trong dịp này có 6 thừa sai và 53 linh mục hiện diện.
Trước sức bành trướng của giáo dân Công Giáo, tòa thánh đã ký sắc lệnh Apostolatio Officium ngày 05-9-1848 thành lập thêm địa phận Tonkin Orientale (Hải Phòng) và Tonkin Centrale (Bùi Chu). Sắc lệnh tới Việt Nam ngày 28-02-1849, Ðức Cha Hermosilla liền ấn định ngày 23-3 họp công hội toàn địa phận để chia địa phận mới. Buổi họp diễn ra tại Ðông Xuyên, nơi Ðức Cha Hermosilla trú ẩn thường xuyên.
Ðịa phận Hải Phòng gồm các tỉnh Hải Dương, Quảng Yên, Bắc Ninh, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Cao Bằng và Lạng Sơn. Về nhân sự địa phận có Ðức Cha Hermosilla, Ðức Cha phó Alcanza, Cha chính Masso và Munoz, 45.000 giáo dân trong 327 họ đạo.
Ðịa phận Bùi Chu gồm Hưng Yên và hai phần ba tỉnh Nam Ðịnh.
Về nhân sự, địa phận mới có Ðức Cha Marti, Ðức Cha phó Sanjurjo, Cha chính Checa, Achurra, Sampedro, 139.000 giáo dân trong 624 họ đạo. Hai Ðức Cha mới là Alcanzar và Sanjurjo được tấn phong ngày lễ Chúa Nhật Phục Sinh, 05-4-1849.
Nhìn lại tình hình đạo Công Giáo trong mấy năm sau cuộc tiêu diệt đạo của Minh Mệnh, ta có thể nói người thất bại chính là vua Minh Mệnh, chết trong tức giận năm 1841, trong khi giáo hội Công Giáo Việt Nam hiên ngang bành trướng một cách lạ lùng, vừa tăng số giáo dân, vừa tăng số thừa sai và vừa tăng số địa phận. Thật máu tử đạo đã tưới gội cánh đồng đức tin làm cho sinh sôi thêm đông số giáo dân (450.000 giáo dân kể cả hai miền Bắc Nam). Nhưng lịch sử oai hùng của người Công Giáo Việt Nam mới chỉ là mở đầu và được củng cố để chờ một cơn cuồng phong dữ tợn và khốc liệt hơn dưới thời Tự Ðức và đồng thời một mùa gặt hái mới.