Những biến chuyển chính trị và tôn giáo tại Việt Nam trong thời kỳ này không phải là những biến cố riêng rẽ nhưng là hậu quả của trào lưu thực dân do tây phương chủ trương, những cuộc nổi loạn trong nước và ảnh hưởng thái độ của các nước lân bang như Trung Hoa, Thái Lan, Tân Gia Ba (Nam Dương) trước sức bành trướng tây phương trong vùng Ðông Nam Á.
Nhưng dù thế nào đi nữa, người Công Giáo vẫn là những nạn nhân vô tội của một chính sách sai lầm đầy nghi kỵ của nhà cầm quyền họ Nguyễn trước mưu đồ xâm lăng của tây phương cũng như những cuộc nổi loạn. Không có đời nào lắm giặc cho bằng đời Tự Ðức làm vua (260 vụ). Sử gia Trần Trọng Kim sau khi đã đề cao đức độ của Vua Tự Ðức đã phải nhận xét về thời cuộc như sau: “Xem cái chân tướng của vua Dực Tông như thế thì người không phải là người to béo vạm vỡ, mà cũng không phải là ông vua tàn ác bạo ngược như người ta thường nói. Chỉ vì người làm vua về một thời đại khó khăn, trong nước lắm việc mà những người phò tá thì tuy có người thanh liêm như ông Trương Ðăng Quế, ông Vũ Trọng Bình, trung liệt như ông Phan Thanh Giản, ông Nguyễn Tri Phương, ông Hoàng Diệu... nhưng mà các ông ấy đều là người cũ không am hiểu thời thế mới. Vả lại cái thế lực lúc bấy giờ kém hèn quá, dầu có muốn cải cách duy tân cũng không kịp nữa cho nên mọi việc đều hỏng cả”.
Cho dù Việt Nam không cấm đạo thì tây phương vẫn xâm lăng Việt Nam vì yêu sách họ đặt ra cho triều đình trước tiên là việc buôn bán. Người Pháp để mặc cho triều đình bắt đạo, giết chết người có đạo Kitô, thản nhiên chiếm đất đai miền Nam. Vấn đề tự do tôn giáo chỉ là phụ thuộc mà họ nêu ra với dụng ý làm cho triều đình chia rẽ và lúng túng. Nếu thực sự họ chỉ muốn bênh vực người Công Giáo thì người Công Giáo đâu có phải trải qua cơn hấp hối triền miên và đâu có xảy ra cuộc chiến tranh. Trước đây tầu Pháp đã đến can thiệp để trả tự do cho các thừa sai, triều đình đã làm theo. Triều đình Việt Nam đã sai rất nhiều người đi dò thám tin tức các chiến thuyền và hành động của các nước tây phương như Pháp, Anh, Hoà Lan, nên mới đi đến một chính sách bế quan tỏa cảng, với ý nghĩ rằng người tây phương ở xa không có tiếp tế lâu ngày tức khắc phải rút, ta không đánh họ cũng phải thua. Vì thế triều đình cấm ngặt mọi liên lạc với người tây phương, và lẽ đương nhiên cấm người Công Giáo vì có liên lạc tôn giáo với tây phương, dần dà triều đình đi đến chỗ áp dụng chính sách tru diệt người Công Giáo và coi họ là kẻ nội thù.
Chúng tôi xin tổng hợp các bài tường thuật khác nhau và sắp xếp lại những biến cố xẩy ra theo thứ tự để có thể nhìn nhận một cách đứng đắn và trung thực những động cơ của các phản ứng của triều đình Việt Nam cũng như của người Pháp. Các bản tường trình của thừa sai là cuốn sổ tử đạo ghi danh những anh hùng đức tin. Ðiểm vàng son của thời kỳ này là không có một linh mục nào chối đạo.
Cha Achurara đã lên tầu ngày 13-12. Trong khi đó Cha Estevez và Masso đi thuyền đến Cửa Hàn và lên tầu Saone đi Macao. Hai tầu gặp nhau ở Cửa Hàn và chuyển các thừa sai sang chiếc Scoland.
Thật khó mà kiểm kê chính xác nạn nhân của thời kỳ này, vừa phần thừa sai còn lại rất ít, vừa phần giáo dân tản mác không có tin tức chính xác. Theo Cha Estevez ước lượng năm 1864 thì nạn nhân của năm năm bắt đạo khủng khiếp này tại miền Bắc là 40.000, nguyên địa phận Bùi Chu là 16.000 người, ba chục linh mục. Người gọi Bắc Việt là nghĩa địa chôn các vị tử đạo. Theo thơ của Ðức Cha Jeantet địa phận Hà Nội thì số tử đạo trong thời kỳ này tại giáo phận là 1.500 giáo dân và ba chục linh mục. Ðịa phận Vinh không được biết rõ, ít ra có mười chín linh mục và thầy giảng bị chém đầu. Sử gia Louvet tổng kết số linh mục chết tử đạo trong thời kỳ này là 115 người: Hải Phòng 9, Bùi Chu 38, Hà Nội 31, Vinh 20, Huế 3, Qui Nhơn 11, Sàigòn 3. Về nữ tu, Cha Louvet cho biết 2.000 người trong 80 tu viện bị phân tán, trong đó khoảng hơn 100 chết vì đạo. Số các vụ cấm đạo trên toàn nước: Hơn 2.000 họ đạo bị hủy diệt và 300.000 giáo dân bị phân tán trong các làng bên lương. Theo một tài liệu khá chính xác thì 40.000 người thiệt mạng trong thời kỳ phân sáp. Không kể ruộng vườn nhà cửa và tài sản của giáo dân bị tịch thu và phá hủy. Phải diễn tả thế nào cho đúng được một hoàn cảnh hết sức bi thảm này trong lịch sử?