Những bản văn hay lệnh dụ cấm đạo từ thời Minh Mạng, qua thời Thiệu Trị và thời Tự Đức vẫn lặp đi lặp lại những luận điệu như người Tây dương mê hoặc ngu dân, thi hành tà đạo, bất kính tiên tổ, móc mắt người chết, gian dâm phụ nữ. Văn bản bách hại nổi tiếng nhất dưới thời vua Tự Đức thường được những tài liệu giáo sử gọi là chiếu chỉ phân tháp, nhưng bộ ĐNTL cung cấp cho chúng ta những đoạn văn không thực sự mang hình thức chiếu chỉ đúng nghĩa. Vào tháng 9 năm Tự Đức thứ 12 1, 1859, bộ ĐNTL ghi lại một bản dụ dưới đây:
Vua cho là người Tây dương đến lần này, vì có dân đạo 2 dắt đưa về. Gần đây dân đạo các địa phương nhiều kẻ giao thông ngầm với Tây dương, phải nên kiềm chế trước để dứt mối gian. Bèn dụ suốt cả các tỉnh thần ở Nam, Bắc Kỳ đều phải xét xem những kẻ hào mục dân đạo, tên nào làm đầu têu cho dân thì tìm cách giam giữ, không để tên nào lọt đi nơi khác. Những con đạo đàn ông khỏe mạnh yên phận thì thôi, nếu kẻ nào còn lừng chừng trông ngóng thì lập tức chia ghép ở vào xã thôn không có người đi đạo. Nếu kẻ nào có mưu toan khác, thì sức cho binh dân ra sức bắt nộp. Kẻ phạm tội thì tài sản đem quân phân. Ai bắt được tên đạo trưởng hay người đầu mục gian ác, người đạo thì chiếu theo sự trạng khen thưởng, hoặc bổ cho quan tước để khuyến khích. Dụ này đến nơi thì thi hành lập tức như tiếng sét nhanh không kịp bịt tai. Nếu tỉnh nào chậm trễ trái dụ, để lỡ việc, thì theo quân luật trị tội 3.
Bản văn trên đây được áp dụng trên phạm vi toàn quốc. Trước đó ít lâu, khoảng tháng 8 năm Tự Đức thứ 12, 1859, những điều căn bản về dụ phân sáp này đã được thực hiện ở các tỉnh phía nam:
Cho án sát sứ Vĩnh Long là Lê Đình Đức coi việc đành áp dân theo đạo Gia tô ở Gia Định. Từ khi thành Gia Định không giữ được, dân theo đạo có nhiều người cậy thế, dọa nạt dân lương, hoặc có kẻ làm Gia tô ở Gia Định. Từ khi thành Gia Định không giữ được, dân theo đạo có nhiều người cậy thế, dọa nạt dân lương, hoặc có kẻ làm tay sai và mật thám cho Tây dương. Vua cho là bọn dân theo đạo hạt ấy cần phải khu xử cho nghiêm. Nhưng chỉ chuyên ủy cho các quan ở quân thứ, sợ khó trông coi cho xiết. Bèn sai Đình Đức lấy nguyên hàm án sát, chuyên coi việc đàn áp khu xử dân theo đạo, mà lấy những viên khoa đạo, phái đi quân thứ là bọn Vũ Phạm Châu, Phạm Hoằng Đạt, Nguyễn ích Khiêm (đều người Thổ trước) theo đi để giúp việc. Lại dụ bảo các điều khoản nên làm : (Người nào đã đi theo Tây dương thì bắt giam cha mẹ vợ con, bắt phải gọi về ; người nào chưa đi theo Tây dương thì tìm nhiều cách ngăn giữ không cho chúng được đi lại với Tây dương. Người nào là hào cường đầu mục đi theo đạo thì ngầm giam giữ lại không cho đi đâu. Người già, trẻ con cùng phụ nữ, nếu yên phận giữ phép thì thôi ; nếu còn vớ vẩn trông ngóng, thì lập tức đem sáp nhập vào xã thôn không có đạo Gia tô để tiện quản thúc). Giao cho viên khâm phái châm chước mà làm. Còn 5 tỉnh thì dân theo đạo còn biết giữ phép, chưa dám sinh lòng khác : Sai quan tỉnh đều chiểu theo địa hạt phòng bị, khiến cho Gia Định được tiện việc thi hành. (Rồi thì bọn dân theo đạo ra thú rất nhiều. Những người nào ở xa đồn Tây dương thì cho xã dân sở tại kết nhận về quản thúc ; người ở gần đồn Tây dương đều chia ghép vào xã thôn khác : Viên khâm phái đều phân biệt tâu lên mà thi hành) 4.
Cách làm trên đây đã được coi là chừng mực khi so sánh với ý kiến của một số quan lại triều đình lúc đó:
Lại khi trước vâng theo lời Chỉ 5 xử trí dân đạo, chia ra để coi giữ và đem đi sáp nhập vào xã khác, cũng là có ý sâu xa muốn cho dân đạo biết sợ. Thế mà bọn tỉnh thần Hưng Yên là Hoàng Tá Viêm, Quốc tử giám Tư nghiệp là Trần Nguyên Hy tâu nói muốn giết hết đi 6. Sao ý kiến lại thiên về một bên như thế. Bây giờ muốn tiêu tai dị, thành thịnh trị, chỉ mong các nha lớn nhỏ trong ngoài, những người giữ chức đều theo đạo rất công, không yêu ghét riêng ai, thi hành chính lệnh, cốt được công bằng 7.
Chúng ta có thể nhận thấy rằng ĐNTL chỉ ghi lại nội dung chính yếu và bỏ qua nhiều chi tiết của lệnh phân sáp. Những ghi chép của các thừa sai có thể bổ sung thêm nhiều chi tiết về lệnh cấm đạo này. Bộ sách La Cochinchine religieuse cho biết rằng sau rất nhiều lần trì hoãn, vì lo ngại gây ra những đảo lộn khắp nơi trong nước, cuối năm 1860, vua Tự Đức ban hành lệnh cấm đạo được tóm lược lại dưới đây:
Điều 1 - Tất cả những ai mang danh dửu dân , dù là đàn ông hay đàn bà, giầu hay nghèo, già hay trẻ, sẽ bị phân tán vào những làng lương dân.
Điều 2 - Mọi làng lương dân có trách nhiệm canh giữ dửu dân mà họ sẽ nhận, theo số cứ một dửu dân có năm lương dân.
Điều 3 - Mọi làng dửu dân sẽ bị phá huỷ san bằng; đất đai, ruộng vườn, nhà cửa sẽ bị các làng lương dân xung quanh chia nhau, những làng lương dân này sẽ phần thuế của những làng ấy.
Điều 4 - Đàn ông sẽ bị cách li khỏi đàn bà; ta sẽ đưa đàn ông tới một tỉnh, đàn bà sang tỉnh khác, để chúng không thể hợp lại; trẻ nhỏ sẽ bị phân chia giữa những gia đình lương dân muốn nuôi chúng.
Điều 5 - Trước khi ra đi, mọi dửu dân, từ đàn ông, đàn bà, đến trẻ nhỏ, sẽ bị thích vào mặt: ta sẽ thích vào má bên trái hai chữ tà đạo (đạo gian ác tồi bại) và vào má bên phải tên tổng và huyện mà chúng bị đưa tới, để chúng không thể bỏ trốn 9.
Về căn bản, những tóm lược trong bản dịch từ bản văn tiếng Pháp trên đây khá gần với những ghi chép trong bộ ĐNTL vào năm Tự Đức thứ 14, 1861:
Sức nhắc lại các địa phương phải nghiêm ngặt chia ghép bọn dân đạo. Trước đây, chia ghép các dân đạo, còn nhiều sót lậu. Đến bây giờ, nghiêm bắt phủ huyện các địa phương : phàm những dân đạo trai gái già trẻ, không cứ đã bỏ đạo hay chưa, đều thích chữ vào mặt, chia ghép đến ở vào xã thôn không có đạo, mà phải quản thúc cho nghiêm. Những tên đầu mục hung ác vẫn nghiêm giam như cũ. Nếu người Tây dương đến nơi, thì đem bọn dân đạo ấy giết cho hết. Phủ huyện nào lại còn nhu nhơ dong kẻ gian, để đến nỗi sinh ra việc gì lo ngại, tất phải chiểu quân luật trị tội 10.
So sánh những ghi chép trên đây, chúng ta có thể nhận thấy rằng thực ra lệnh phân sáp dưới triều vua Tự Đức được ban hành từ khoảng giữa năm 1859 đến năm 1861. Lệnh này ban đầu chỉ có dạng mật dụ và được áp dụng ở các tỉnh phía nam. Đến tháng 10-1860, lệnh truyền này mới được công bố công khai và được áp dụng trên phạm vi toàn quốc, với mức độ ngày càng quyết liệt.