May mắn thay, họ đã nhập cảng Goa một cách bình yên (Hãy xem Hình 10). Goa là một thủ đô chính thức của Đế Quốc Bồ ở Á Châu nằm sát biển Ả Rập về hướng tây. Vào thời ấy, nó thật là mỹ lệ, thường được gọi là “Hạt trân châu của Á Đông” và hay được so sánh với Lisbon. Goa được chia làm hai miền: Goa Cũ và Goa Mới – Goa Mới còn được gọi là Salcete. Vào năm 1510, Afonso Alburquerque mang quân chiếm đóng Goa, đuổi dân quân người Hồi Giáo ra khỏi Ấn Độ. Từ đó, người Bồ chiếm độc quyền thị trường mua bán gia vị. Ở nơi đây, tất cả tàu buôn gia vị đều tụ tập nơi đây trước khi trở về Lisbon. Hàng năm vào cuối tháng ba hay đầu tháng tư, vua Bồ đều mang tiền đến Goa mua gia vị và bán ra lại thị trường Âu Châu.
Ngoài khơi, không có một dấu hiệu nào là có sự tập kích của hải quân Hòa Lan. Tuy nhập cảng vào ngày 26 tháng 5, họ phải chờ đến sáng hôm sau mới thật sự rời khỏi tàu. Có lẽ đây là tập quán ở Goa vì nhà cầm quyền sẽ cần một thời gian để loan báo cho dân chúng về chuyến hải hành bình an của hạm đội trong năm nay. Có lẽ đến bây giờ, dân tình cũng có cảm thấy điềm không lành về hạm đội năm nay; đáng lẽ ra họ phải đáp bến vào tháng 9 hay tháng 10 năm ngoái. Nhưng trong năm nay mãi cuối tháng 5 mới thấy sự hiện diện của họ. Cũng như những năm trước, dân chúng trong thành phố ùa về bến tàu. Bình thường họ mong chờ để nhận diện được gương mặt của vị thống đốc mới trong nhiệm kỳ ba năm sắp đến. Ngay bây giờ, không biết họ đã nghe tin ông đã từ trần trong chuyến đi vừa qua chưa. Trên những dòng sông Goa, thuyền bè tứ phương đổ về hướng các con thuyền buôn đang từ từ đuổi sóng tiến đến bến đáp mà nơi dinh thự của ngài Thống Đốc đang ngự trị. Họ nổi trống kèn rền rĩ khắp nơi. Đến gần những con tàu buôn này, họ còn chuyền lên thức ăn, thức uống và trái cây cho những người trên tàu. Có lẽ giờ này, nhìn vẻ mặt của những người trên tàu rất tiều tụy và thương tâm lắm. Sau hơn một năm, có lẽ gương mặt của họ ốm và xạm đen đi nhiều. Khi tàu đáp bến, nhà thám hiểm Pyrard, người đã nhập cảnh ở Goa trong tháng 6 năm ngoái, cho biết rằng mỗi chiếc tàu chỉ loe ngoe có khoảng 300 người bước xuống. Có lẽ trông bộ dạng của họ, là một nhà thám hiểm đầy kinh nghiệm ông không khỏi bùi ngùi.
Sau khi lên bờ, bốn vị tu sĩ Dòng Tên được chuyển qua một chiếc xe ngựa không mui. Lúc này, họ đã thay đổi y phục màu đen với chiếc nón vải cùng màu trên đầu. Ngồi trên chiếc xe đàng trước có ba đứa trẻ, tay cầm kèn thổi léo lách thánh ca như, thay mặt họ, vừa loan báo vừa chào mừng mọi người ở Goa. Càng đến gần trường đại học St. Paul nổi tiếng vào thời ấy, hàng ngàn thường dân, học sinh và sinh viên chen lấn với dân tình xếp hàng hai bên lề đường vỗ tay đáp lễ.
Trong thế kỷ 16, trường đại học St Paul ở Goa rất nổi tiếng; nó tương đương với tất cả trường đạo ở Coimbra và cả Âu Châu. Vào năm 1568, St. Paul có hơn 3.000 sinh viên và học sinh 2; trong số này có sinh viên địa phương và nhiều quốc gia Phi Châu và Á Châu đến học hỏi như Ấn Độ, Sri Lanka, Iran, Nhật Bản, Trung Hoa, Pegu, 3 Malacca, v.v… Nhưng tại đây, vào năm 1596, con số giáo sư chỉ có vỏn vẹn 20 giáo sĩ cộng với 47 tu sĩ thực tập và 16 người tu huynh. 4 Chương trình học gồm có các lớp văn phạm, sử ký, thơ văn, biện luận, triết lý và thần học. Ngôi trường này được bắt đầu từ năm 1542, khi Thánh Francisco Xavier qua giảng đạo tại Goa. Sau khi cập bến tại Goa, ngài đã dừng chân tại đây và nhận lại nó từ các tu sĩ dòng Phanxítcô khi họ chuyển giao nó lại cho Dòng Tên. Đến năm 1560, trường đại học này được xây mới lại từ đầu. Nhưng vài năm sau, vì chung quanh tường có dấu hiệu rạn nứt, nhà Dòng cho xây một dãy cầu vòm chặn đứng sự nứt mẻ của cửa trường (Hãy xem Hình 11) 5. Vào năm 1570, bệnh dịch lan tràn mọi nơi khiến cho hơn 58 người trong nhà Dòng đang cư ngụ tại St. Paul ngã bệnh. 6 Vì thế, vào năm 1578, Dòng Tên mới mua một miếng đất trên một ngọn đồi có tên là Holy Mount nằm phía tây bắc của Goa, đối diện với chủng viện của dòng Augustô. Từ đó, Dòng Tên xây thêm một trường học mới và đặt tên là St. Paul Mới (São Paulo Novo). Vào năm 1610, trường St. Paul Mới được chính thức bắt đầu khai trương, trong khi trường St. Paul Cũ dần dần bị bỏ phế. Khi Pina vừa mới đến Goa vào cuối tháng 5 năm 1609, anh rất có khả năng đã đến trụ ngụ ở Chủng Viện và bắt đầu ghi danh vào học lớp triết lý học ở St. Paul Cũ. Nhưng sang năm sau, anh được chuyển qua trường St. Paul Mới. Nếu theo đúng chương trình, anh sẽ hoàn tất lớp triết học trong vòng 3 năm ở Goa. Sau đó, anh sẽ theo đuổi 4 năm thần học ở trường St. Paul tại Macao.
Nhưng khi mới đến Goa không bao lâu, cũng có thể anh cũng được gửi đến trường đại học Rochol ở thành phố Rachol trong tỉnh Salcete (Hãy xem Hình 10) cho một thời gian ngắn để học tiếng Konkani vì nơi đây có mở lớp dạy ngôn ngữ này cho các tu sĩ với mục đích dạy gíáo lý cho dân bản xứ mà không cần thông dịch viên. Nếu thế, cũng giống như Cha Alexandre de Rhodes (1593-1660), 7 Pina đã có nhiều khả năng học lớp đàm thoại tiếng Konkani ở Rachol. Ngôi trường này hầu như được khánh thành trong khoảng thời gian với St. Paul Mới vào ngày 31 tháng 10 năm 1609 8 Nhưng đặc biệt ở Rachol có hai vị tu sĩ đương thời rất nổi tiếng về ngôn ngữ Ấn Độ, đó là Cha Thomas Stephens (1547-1619) 9 và Cha Étienne de la Croix (1579-1643) 10. Đối với các tu sĩ nhà Dòng Tên, việc học tiếng Konkani là một điều rất cần thiết trong một thời gian ngắn. Sau những giờ học triết lý là những giờ ngoại khóa, khoảng tháng 12 năm 1609, có thể Pina phải theo một nhóm tu sĩ Giê Su cùng với dân bản xứ đi tìm kiếm trẻ con bản xứ mồ côi 11với mục đích là cải đạo chúng từ Ấn Độ Giáo ra Thiên Chúa Giáo. Không những thế, vài tháng sau khi đến Goa, Pina, vào ngày 25 tháng Giêng năm 1610, anh phải tham dự buổi lễ Cải Đạo (Feast of Conversion) 12 rất long trọng hàng năm tại trường St. Paul mà nhà thám hiểm Pyrard cho biết trong mùa lễ năm ngoái, có hơn 1.500 người Ấn Độ ngoại đạo đã được rửa tội tập thể 13. Sau đó, có thể anh sẽ được chỉ định làm thầy dạy dỗ (tutor) cho một số trẻ con người Ấn Độ. Vì thế, anh phải học tiếng Konkani nhanh chóng nhất trong một thời gian ngắn, vì theo lời dạy dỗ của Thánh Ignatius Loyola (1491-1556) vẫn còn văng vẳng bên tai, các tu sĩ phải học tiếng nói địa phương để có khả năng giảng đạo cho họ. Dựa theo Cha Alexandre de Rhodes, tiếng Konkani rất dễ học. Khi đáp thuyền đến Goa năm 1619, trong vòng 3 tháng, ngài đã học ngôn ngữ này, có thể đàm thoại và dạy giáo lý cho trẻ con Ấn Độ ở Goa. 14
Nếu đúng như những dữ kiện xảy ra ở trên, anh Pina đã có cơ hội tiếp xúc nhiều với người Ấn Độ, sống tại Goa khi anh tham gia vào tổ tìm kiếm trẻ mồ côi, dạy dỗ tiếng Bồ hay La Tinh cho chúng hay học tiếng địa phương từ chúng. Hơn nữa, anh cũng đã nghe và thấy những công trình chuyển ngữ từ các nhà ngôn ngữ nổi tiếng thời ấy qua những cuộc đàm thoại hay đọc qua sách vở ngữ vựng hay văn phạm mà họ đã soạn ra trong thư viện của trường đại học St. Paul. Tuy anh cũng không ngờ rằng sau này, khi bước chân vào Đàng Trong, anh sẽ cần đến những sự học hỏi quí báu này.
Khi tạm trú ở Goa, Pina cũng có thể ghi danh học lớp ngoại ngữ Nhật Bản. Khi anh ở Macao, vào năm 1614, anh cũng có nhiều cơ hội đàm thoại trong tiếng Nhật vì lúc ấy, những cơ sở truyền giáo ở Nagasaki, Nhật Bản đều bị đóng cửa và di chuyển về Macao. Trong những năm sau đó, dân tị nạn Nhật định cư tại Macao rất đông đảo. Lúc ấy, ngoài Macao, ở Á Châu, có hàng chục ngàn người thương mại Nhật không thể về nước vì bị cấm đoán. Vì thế, họ phải sống tha phương đến các thành phố Á Châu khác như Manila ở Phi Luật Tân, ở Ayutthaya, Siêm La hay Hội An ở Đàng Trong.