Ngay từ đầu thế kỷ thứ chín dường như đã có nhiều triển vọng cho Kitô Giáo Tây Phương. Charlemagne áp đặt đức tin trên các người bị đô hộ ở miền bắc và miền trung Âu Châu, dần dà dân chúng yêu quý Kitô Giáo và từ bỏ những hủ tục của quá khứ ngoại giáo. Các giáo hoàng cũng gia tăng ảnh hưởng, và sau khi Charlemagne từ trần, con của ông là Louis de Pious, công bố rằng quyền bính của vua thì tùy thuộc đức giáo hoàng. Con của Louis là Lothar được tấn phong ở Rôma năm 823, và sau đó tất cả các nhà cầm quyền của Ðế Quốc La Mã Thánh Thiện đều được tấn phong ở Rôma. Ðức Giáo Hoàng Nicôla I (858-67), vị giáo hoàng thế lực nhất thế kỷ, tuyên bố rằng nhiệm vụ của hoàng đế là bảo vệ Giáo Hội Công Giáo Rôma chứ không phải cai trị giáo hội. Không may, thế lực của hoàng đế suy yếu dần vì các khó khăn nội bộ và vì sự xâm lăng của người Viking từ phương bắc, người Hungari từ phương đông, và người Hồi Giáo Saracen từ phương nam. Sự hiệp nhất và nền hòa bình của đế quốc rộng lớn mà Ðại Ðế Charles khổ công xây dựng đã bắt đầu tan rã, và Âu Châu đắm chìm trong thời kỳ phong kiến -- lục địa bị phân chia thành các nước nhỏ bé tranh giành nhau để sống còn và chém giết lẫn nhau.
Sự suy tàn của Ðế Quốc Tây Phương kéo theo sự tàn tạ của Giáo Hội Tây Phương. Sau Ðức Nicôla I, không còn giáo hoàng nào đủ mạnh để dẫn dắt Giáo Hội trong tình thế này. Trong khoảng thời gian từ 858 đến 879, cuộc ly giáo, hay cắt đứt quan hệ, đã xảy ra giữa các giáo hoàng và các thượng phụ của Constantinople. Lý do là vì một tham vọng đất đai của Ðức Giáo Hoàng Nicôla I và sau đó Ðức Thượng Phụ Photius cáo buộc rằng Giáo Hội Công Giáo Rôma không phải là giáo hội chính thống vì dùng chữ filioque trong kinh Tin Kính, vì duy trì tín điều về luyện ngục, và các cáo buộc sai lầm khác. May mắn thay, Ðức Photius đã rút lại các cáo buộc này; người đã hòa giải với vị tân giáo hoàng, và trong thế kỷ thứ mười, đã có sự bình an tương đối giữa hai Giáo Hội Tây Phương và Ðông Phương. Tuy nhiên, các vấn đề căn bản không bao giờ được giải quyết, và cuộc đại ly giáo giữa Ðông và Tây bắt đầu vào năm 1054 là hậu quả buồn thảm của thế kỷ này.
Vào cuối thế kỷ thứ chín, Hồi Giáo bắt đầu đàn áp Giáo Hội Ðông Phương, và sự bất ổn chính trị cũng như sự nhu nhược của các giáo hoàng đã bóp nghẹt Giáo Hội Tây Phương. Giáo sĩ bị kiểm soát bởi nhà cầm quyền thế tục và rơi vào tình trạng thất học cũng như không trung thành với lời thề sống độc thân. Hầu hết các đan viện cũng mất tinh thần đạo đức, trở nên thối nát và xu thời. Sự suy sụp của xã hội Tây Phương và sự tàn tạ của Giáo Hội xảy ra song song, vì cả hai liên hệ với nhau trong quá nhiều lãnh vực.
Tuy nhiên, ngay cả lúc đầy khuyết điểm, Thiên Chúa vẫn tiếp tục hoạt động trong Giáo Hội. Vào cuối thế kỷ thứ chín, hai đan sĩ, Methodius và Cyril, bắt đầu công cuộc truyền giáo cho người Khazar và người Slav ở Ðông Âu. Không những các người đem lại đức tin Kitô Giáo cho người dân mà Thánh Cyril còn sáng tác mẫu tự Slavonic để đem lại cho dân tộc này một ngôn ngữ mới và là một phương tiện mới cho nền văn hóa của họ.
Một sự thật đáng tiếc là đôi khi tình trạng tinh thần của Giáo Hội cũng không khác gì hơn tình trạng tinh thần của xã hội nói chung. Ðiều này rất đúng với thế kỷ thứ mười. Trong sáu mươi năm đầu, chức giáo hoàng bị kiểm soát bởi các nhà quý tộc Rôma, là những người không xứng đáng với chức vụ cao trọng này. Tệ hại nhất trong tất cả, Ðức Giáo Hoàng Gioan XII (955-64) quá thối nát đến độ Thiên Chúa phải giải thoát Giáo Hội Công Giáo của Người qua tay nhà cầm quyền thế tục, là Otto I (Ðại Ðế), là Thánh Ðế Rôma đầu tiên của nước Ðức. Otto và các người kế vị muốn dùng Giáo Hội Công Giáo như một công cụ giúp phục hồi trật tự trong đế quốc.
Phương cách “giáo dân tấn phong giáo sĩ” -- các hoàng đế lựa chọn các giám mục và ngay cả các giáo hoàng -- là một trong những phương cách chính để kiểm soát Giáo Hội. Nhờ lòng thương xót của Thiên Chúa, các giáo hoàng được tuyển chọn bởi các hoàng đế Ðức lại là những người có phẩm hạnh cao, nhất là Ðức Giáo Hoàng Sylvester II (999-1003). Kết quả là Giáo Hội Tây Phương bắt đầu hồi sinh.
Yếu tố then chốt trong sự canh tân Giáo Hội vào thời điểm này là sự canh tân đời sống đan viện, được khởi sự bằng việc sáng lập một đan viện mới, tên Cluny ở Pháp vào năm 910. Ðan viện này thuộc dòng Bênêđíctô đặt riêng một số đan sĩ chỉ để cầu nguyện, và mọi người phải giữ im lặng, ngoại trừ khi đọc kinh Nhật Tụng. Các đan sĩ tự bầu lấy đan viện trưởng và chỉ chịu trách nhiệm với đức giáo hoàng, bởi đó không có sự kiểm soát của giáo dân. Tổ chức đan viện này quá hữu hiệu đến độ nhiều giám mục và thái tử đã mời đan viện Cluny thành lập các chi nhánh trong các giáo phận của họ (ở Hòa Lan, Ý, Tây Ban Nha, Anh và Ðức). Hệ thống dòng tu đầu tiên được bắt đầu, và vào năm 1100 đã có đến 1,500 chi nhánh. Sự canh tân của đan viện Cluny đưa đến sự cải tổ của các đan viện khác cũng như việc thành lập các hệ thống đan viện mới, tỉ như Dòng Camaldolese của Thánh Rômuanđô và Dòng Carthusian của Thánh Brunô. Ngọn lửa thánh thiện này đã canh tân Giáo Hội Công Giáo trong thế kỷ mười một khi các đan sĩ được mời làm giám mục trông coi các địa phận đang sẵn sàng cải tổ. Các chi nhánh của Cluny, do chính đức giáo hoàng điều khiển, trở nên một phương cách để đức giáo hoàng phục hồi tinh thần và quyền bính. Các vị giáo hoàng vĩ đại của hai thế kỷ tới -- Ðức Grêgôriô VII, Ðức Urbanô II, và Ðức Paschal II -- trước đây đều là các đan sĩ của Cluny.
Các hoàng đế Ðức của Ðế Quốc Otto tiếp tục kiểm soát Giáo Hội Tây Phương trong thế kỷ mười một, nhưng việc đề cử các giáo hoàng tương lai cũng như sự hỗ trợ của họ đã có một ảnh hưởng bất ngờ. Các giáo hoàng và các hồng y bắt đầu nhận thức rằng, chủ quyền đất đai cũng như việc tuyển chọn các giáo hoàng và giám mục của các hoàng đế và nhà cầm quyền thế tục là một vi phạm đến sự tự do của Giáo Hội. Các đấng ấy tin rằng ngay cả các hoàng đế cũng phải phục tùng quyền bính thiêng liêng của phẩm trật Công Giáo.
Ðiều này rất đúng trên lý thuyết, nhưng không một giáo hoàng nào đủ mạnh và can đảm để đem ra thực hành, mãi cho đến năm 1073, khi Ðức Hồng Y Hildebrand được chọn làm giáo hoàng, lấy tên là Grêgôriô VII. Với tính khí nóng nẩy và niềm tin của một ngôn sứ thời Cựu Ước, trong sắc lệnh nổi tiếng của người (Dictatus papae, 1075), Ðức Grêgôriô tuyên bố: đức giáo hoàng đã được Ðức Kitô ban cho quyền tối cao qua Thánh Phêrô. Ðức giáo hoàng có quyền tổng quát trong Giáo Hội và cũng có quyền truất phế các hoàng đế, hoặc thay đổi các luật lệ nào mâu thuẫn với luật lệ của Thiên Chúa hay quyền bính của Giáo Hội. Nhất là, Ðức Grêgôriô đã dùng thẩm quyền của người để cải tổ Giáo Hội Công Giáo, mà lúc bấy giờ rất cần canh tân ở mọi tầng lớp. Ðức Grêgôriô VII chứng tỏ rằng, với sự trợ giúp của Thiên Chúa, một giáo hoàng có thể canh tân Giáo Hội Công Giáo. Người nhấn mạnh rằng các linh mục phải trung thành với lời khấn độc thân và tẩy chay mọi hình thức buôn thần bán thánh, nhận tiền bạc để thi hành mục vụ. Khi các nhà cầm quyền và các giám mục, vì quyền lợi riêng tư, do dự thi hành sắc lệnh này, Ðức Grêgôriô đã gửi các đại diện của người đến tận nơi, sẵn sàng ra vạ tuyệt thông những ai từ chối không chịu cải tổ. Quyền bính của Ðức Grêgôriô VII được tỏ rõ khi người ra vạ tuyệt thông Thánh Ðế Rômalà Henry IV vì không tán thành sự canh tân của Giáo Hội. Henry đã phải quỳ trên tuyết ở Canossa để xin đức giáo hoàng tha thứ, và đã được ban cho. Thật trớ trêu, việc tha thứ Henry IV đã làm các thái tử Ðức xa lánh, và dẫn đến việc lưu đầy của Ðức Grêgôriô và cái chết của người năm 1085. Từ nơi lưu đầy, Ðức Grêgôriô viết:
Công việc của Ðức Grêgôriô VII, được sự hỗ trợ của các đan viện, đã đẩy mạnh sự canh tân chính đáng của Giáo Hội Công Giáo và duy trì sự tự do của Giáo Hội khỏi sự kiểm soát của các nhà cầm quyền thế tục, là những người muốn lợi dụng Giáo Hội cho mục đích riêng tư của họ. Lý thuyết về quyền bính của đức giáo hoàng không có gì mới mẻ, nhưng lý thuyết ấy đã bênh vực và thi hành điều mà Giáo Hội Công Giáo tin tưởng từ bao thế kỷ về vai trò và quyền bính của đức giáo hoàng trong Giáo Hội và trong thế giới.
Các vị giáo hoàng sau đây của thế kỷ, Ðức Urbanô II (1088-99) và Ðức Paschal II (1099-1118), là những người thánh thiện, cương quyết tiếp nối công việc cải tổ và canh tân. Ðức Urbanô II kiên cường vai trò lãnh đạo của đức giáo hoàng qua việc triệu tập Công Ðồng Clermont năm 1095 để thành lập Thập Tự Quân lần thứ nhất, nhằm giải thoát các linh địa của Ðông Phương khỏi sự kiểm soát của người Hồi Giáo. Chắc chắn Ðức Urbanô đã không nhìn thấy tương lai của các cuộc thập tự chinh, người chỉ coi đó là một phương tiện thực tế để Giáo Hội Tây Phương biểu lộ đức tin nơi uy quyền của Ðức Kitô, và cũng để hỗ trợ Kitô Hữu Ðông Phương đang chịu đau khổ dưới các chế độ Hồi Giáo.
Thế kỷ mười một đánh dấu giây phút buồn thảm nhất của lịch sử Giáo Hội, là sự tách biệt giữa Giáo Hội Ðông Phương và Giáo Hội Tây Phương vào năm 1054. Sự chia cách này chắc chắn đã đi ngược lại ý muốn của Thiên Chúa, là Người đã sai Ðức Giêsu hình thành một dân tộc, một giáo hội. Vào thời điểm này, Kitô Giáo bị chia cắt làm hai: Giáo Hội Công Giáo - công nhận đức giáo hoàng như vị thủ lãnh ở thế gian -- và Giáo Hội Chính Thống Giáo - do các thượng phụ lãnh đạo, tỉ như đức thượng phụ của Constantinople.
Ðiều gì đã gây nên cuộc ly giáo này? Các biến cố bề ngoài xảy ra ngay lúc đó chỉ là triệu chứng của các khó khăn đã âm ỉ trong nhiều thế kỷ. Hầu hết các sử gia đều cho rằng sự phân cách Ðông và Tây về cả hai phương diện, giáo hội (quyền tối thượng của đức giáo hoàng) và thần học (về vấn đề filioque). Trong các cuộc đối thoại đại kết ngày nay, vẫn còn hai trở ngại chính cho sự hợp nhất. Về quyền tối thượng của đức giáo hoàng, vấn đề được đặt ra là đức giáo hoàng có quyền cai quản và dạy bảo toàn thể Giáo Hội hay không. Tây Phương tin rằng đức giáo hoàng có thẩm quyền đó; Ðông Phương tin rằng mọi thượng phụ, kể cả vị giám mục Rôma, đều có quyền ngang nhau. Năm 1054, đức thượng phụ Constantinople, Micae Caerularius, chỉ trích một vài thông lệ của Giáo Hội Tây Phương, và xưng hô với đức giáo hoàng như một người anh em thay vì coi là vị cha chung, và đức thượng phụ từ chối không chịu tiếp đón các đại diện của đức giáo hoàng khi họ đến Constantinople trong ba tháng. Sau cùng, các vị đại diện đã để lại trên bàn thờ trong giáo đường của đức thượng phụ một Chỉ Dụ Tuyệt Thông và từ giã Constantinople sau khi “phủi bụi dưới chân các người .” Vài ngày sau, Ðức Micae Caerularius phản ứng lại bằng cách ra vạ tuyệt thông các đại diện và đức giáo hoàng. Vạ tuyệt thông đôi bên này được duy trì mãi cho đến năm 1965, khi Ðức Giáo Hoàng Phaolô VI gặp gỡ Ðức Thượng Phụ Athenagoras trong vòng tay thân ái và cả hai đã cùng hủy bỏ vạ tuyệt thông ấy. Nhờ ơn Chúa, công việc tái hợp Chính Thống Giáo và Công Giáo Rôma hiện đang được tiến hành cách tốt đẹp.
Bất kể những tì tích của Giáo Hội, phúc âm của Ðức Giêsu Kitô tiếp tục được loan truyền. Trong thế kỷ mười một, Ðan Mạch và Na Uy theo Kitô Giáo, sau đó không lâu là Thụy Ðiển (1164). Nước Nga tiếp đón các nhà thừa sai từ Ðông Phương và cả Tây Phương, cho đến khi thái tử Nga quyết định rửa tội theo Giáo Hội Byzantine, mà sau đó trở thành Giáo Hội Chính Thống Nga với vị thượng phụ ở Moscow.