Trong thế kỷ này có quá nhiều chủ đề riêng biệt nên được chia ra thành các đề tài sau:
1. Các tương giao giữa Giáo Hội và Nhà Nước ở Tây Phương: Ðức giáo hoàng và Thánh Ðế Rôma tiếp tục tranh giành quyền tuyển chọn các giám mục và tu viện trưởng, mãi cho đến khi có sự tương nhượng sau Thỏa Ước Worms năm 1122. Theo thỏa ước này, các giám mục và tu viện trưởng được tuyển chọn theo luật của Giáo Hội, với quyền bổ nhiệm của nhà cầm quyền dân sự nếu muốn, và trong nghi thức tấn phong Giáo Hội sẽ ban cho họ nhẫn và gậy giám mục. Như vậy, đức giáo hoàng, tu viện trưởng, và các giám mục bị kẹt giữa hai thế giới, thế giới quyền lực chính trị và thế giới lãnh đạo tinh thần.
Các giáo hoàng của thế kỷ mười hai và mười ba cố gắng sống hài hòa với các nhà cầm quyền và các quốc gia để duy trì sự tự do của Tòa Thánh, cũng như để giữ thế quân bình giữa các quốc gia Âu Châu nhằm ngăn ngừa bất cứ nhà cai trị nào muốn kiểm soát Giáo Hội. Nhiều khi các giáo hoàng thất bại. Hoàng đế Frederick I (Barbarossa), là người đầu tiên của dòng họ Hohenstaufen cai trị Thánh Ðế Rôma, đã xâm chiếm Rôma năm 1159 và buộc Ðức Giáo Hoàng Alexander III phải bỏ trốn. Sau đó, Ðức Alexander liên minh với lực lượng Lombard ở miền bắc nước Ý, đánh bại quân của Frederick ở Leghano năm 1176, và sau đó làm hòa với Frederick. Sau khi hoà giải với Giáo Hội, Frederick dẫn đầu Thập Tự Chinh III sau khi Giêrusalem bị thất thủ vào năm 1187.
Ở Anh, Ðức Tổng Giám Mục Tôma Becket ở Canterbury tranh đấu cho quyền lợi và sự tự do của Giáo Hội cho đến khi vua người Norman, là Henry II, buộc đức tổng phải trốn sang Pháp trong vòng sáu năm. Vì sự nổi tiếng của Ðức TGM Tôma, nhà vua đã cho phép người về nước năm 1170. Vì đức tổng tiếp tục ủng hộ đức giáo hoàng, Henry nổi cơn thịnh nộ và một vài vệ sĩ của ông đã giết đức tổng ngay trên tam cấp vương cung thánh đường Canterbury. Hành động hung ác này đã chấn động cả Âu Châu. Ðức giáo hoàng đã ra vạ tuyệt thông vua Henry, mà sau đó ông đã sám hối và rút lại lời chống đối Giáo Hội. Ðức Tôma Becket được tuyên xưng là thánh năm 1173 sau nhiều phép lạ xảy ra ở mộ của người .
2. Thập Tự Chinh. Những tranh chấp chính trị được các giáo hoàng coi là cần thiết để duy trì sự tự do của Giáo Hội khỏi sự lũng đoạn và thống trị của các nhà cầm quyền dân sự. Việc sử dụng quân đội và liên minh quân sự của các giáo hoàng được coi là chính đáng vì lý do tự vệ -- bảo vệ đất đai của đức giáo hoàng và quyền cai trị Giáo Hội một cách tự do của đức giáo hoàng.
Tuy nhiên, các cuộc thập tự chinh là một trường hợp khác biệt. Thập tự chinh là các cuộc viễn chinh có tính cách quân sự do Giáo Hội tổ chức để giải thoát Ðất Thánh khỏi sự kiểm soát của người Hồi Giáo, và để bảo vệ đức tin Kitô Giáo cũng như bảo vệ người tín hữu đi hành hương. Thánh Augustine đã triển khai ý tưởng “cuộc chiến chính nghĩa,” và Giáo Hội tin rằng các cuộc thập tự chinh nằm trong khuôn khổ ấy. Thật vậy, những người tham dự thập tự quân được Giáo Hội tha thứ mọi hình phạt vì tội lỗi của họ. Ðức Urbanô II, người triệu tập Thập Tự Chinh I, đã ngăn cấm tất cả các động lực bất chính khi tham dự thập tự quân, tỉ như vì vinh dự hoặc lợi lộc thế tục.
Trên lý thuyết, các cuộc thập tự chinh có thể được coi là chính đáng, nhưng vì bản tính yếu đuối con người, hậu quả của các cuộc chiến này thường rất bi thảm. Thập Tự Chinh I là một thành công về quân sự, nhưng việc trục xuất các thượng phụ Hy Lạp ở Antiôkia đã làm sâu đậm thêm sự chia cắt giữa Giáo Hội Ðông Phương và Rôma, và đoàn quân thập tự ấy đã bừa bãi giết chết hàng trăm người vô tội khi họ tái chiếm Giêrusalem.
Mặc dù Thánh Bernard ở Clairvaux đã cổ động cho Thập Tự Chinh II vào năm 1146, nhưng đó là một thất bại về quân sự. Thập Tự Chinh III vào năm 1189 cốt để tái chiếm Giêrusalem khỏi tay người Thổ Nhĩ Kỳ Saladin, nhưng tất cả những gì đạt được chỉ là một thỏa ước đảm bảo sự an toàn cho Kitô Hữu khi đi hành hương ở Ðất Thánh. Hầu hết mọi người đều đồng ý rằng các cuộc thập tự chinh đã quá xa rời ý định nguyên thủy, và tệ hại hơn nữa, sự tương giao giữa Kitô Giáo Ðông và Tây lại càng thêm suy yếu khi các nhà lãnh đạo các cuộc thập tự chinh sau này đã viễn chinh với các lý do thiếu thánh thiện.
3. Sự Canh Tân Giáo Hội và Lạc Giáo. Phong trào canh tân Giáo Hội Công Giáo được bắt đầu trong thế kỷ mười một và tiếp tục sang thế kỷ mười hai. Thánh Robert ở Molesme thành lập một đan viện ở Citeaux năm 1098, và đó là khởi đầu của Dòng Xitô. Một trong những đan sĩ trẻ tuổi của Xitô, tên Bernard, đã thiết lập một chi nhánh ở Clairvaux năm 1116 và làm đan viện trưởng cho đến khi từ trần năm 1153. Là một thầy giảng, một vị linh hướng, và thần học gia, Thánh Bernard ở Clairvaux là vị lãnh đạo canh tân đời sống tâm linh trong thế kỷ mười hai. Không bao lâu dòng Xitô có ảnh hưởng nhất trong Giáo Hội, vượt cả dòng Cluny, và sau cùng có đến sáu trăm đan viện được các tu sĩ Xitô thiết lập. Không những các đan viện được mọc lên như nấm mà cả các linh mục triều cũng được canh tân bởi các phong trào như Premonstratensian của Thánh Norbert, một người bạn của Thánh Bernard.
Sự canh tân quét sạch Giáo Hội, nhưng ảnh hưởng chính trị và sự sung túc ngày càng gia tăng của Giáo Hội Công Giáo, kể cả các đan viện, đưa đến sự xuất hiện của một số tổ chức mà họ tự cho rằng có đời sống căn bản hơn và trung thực hơn với phúc âm so với Giáo Hội. Người Cathar, là con cháu của người Manikê, xuất hiện từ phía nam nước Pháp và được gọi là Albigensian, vì họ thuộc miền Albi. Các tổ chức khác, tỉ như các môn đệ của Peter Waldes (phái Waldensian) và Humiliati ở Ý, khởi sự bằng cách thúc giục cải tổ và sống khó nghèo trong Giáo Hội, nhưng dần dà họ tách khỏi sự trung thành với Giáo Hội Công Giáo và bị kết án. Hầu hết các tổ chức này thấy chướng tai gai mắt vì sự giầu sang và thối nát trong Giáo Hội Công Giáo và họ muốn cải cách tận gốc, ngay tức thì mà không phải quy phục đức giáo hoàng và các giám mục. Tuy nhiên, cũng có một vài nhóm sống khắc khổ và nghiêm nhặt như các đan viện trước đây - Xitô, Carthusian, v.v. Sự canh tân xảy ra khắp nơi, và các tổ chức Công Giáo này chứng minh rằng Giáo Hội thực sự muốn canh tân và đã thể hiện được điều đó.
4. Thần Học và Giáo Dục. Nếp sống mới trong đan viện và các trường địa phận đem lại đời sống mới cho Giáo Hội qua nhiều phương cách. Kiểu kiến trúc vuông vức, thoáng rộng của Rôma đã nhường chỗ cho các thánh đường kiểu Gôtích với ngọn tháp cao chót vót. Hình ảnh Ðức Kitô là vua được thay thế bằng hình ảnh Ðức Kitô đau khổ trên thập giá, có lẽ phản ánh một đời sống cam go và nhiều bất trắc trong giai đoạn này. Sự đạo đức của người dân có tính cách riêng tư và cá biệt hơn, và việc sùng kính các thánh nhất là Ðức Maria, Mẹ Thiên Chúa, bắt đầu triển nở. Việc thờ phượng ngày càng hướng về Thánh Thể, nhất là sự hiện diện thực sự của Ðức Kitô trong Mình Thánh mà tín điều này đã được nhiều công đồng xác nhận. Danh từ “biến thể” bắt đầu được sử dụng để diễn tả sự thay đổi của bánh và rượu trở nên Mình và Máu Ðức Kitô trong hình thức bí tích. Tuy nhiên, Giáo Hội thời Trung Cổ chú trọng đến sự chiêm ngưỡng Mình Thánh hơn là rước Thánh Thể vào trong lòng. Thánh Lễ mang đặc tính của một vở tuồng để nhìn xem, một tấn bi kịch, thay vì một bữa tiệc chung của mọi người.
Thế kỷ mười hai cũng ghi dấu sự hình thành của thần học Kinh Viện. Lý trí được sử dụng để hiểu biết các mầu nhiệm về đức tin và thần học. Các thần học gia muốn tạo thành một tổng hợp bao gồm các tín điều trong Phúc Âm, các văn bản của các Giáo Phụ tiên khởi và triết học. Họ tin rằng, đức tin và lý lẽ không thể trái ngược nhau mà phải bổ sung cho nhau.
Ðứng đầu các thần học gia vĩ đại trong thế kỷ này là Thánh Anselm ở Canterbury (1033-1109), là cha đẻ của Học Thuyết Kinh Viện. Sau này xuất hiện một người tài giỏi, nhưng hơi kỳ dị là Peter Abelard, mà những sai lạc của ông đã bị bài bác bởi Thánh Bernard ở Clairvaux và Peter Lombard. Cuốn Luận Ðề Thần Học của Peter Lombard là một phương pháp được coi là tiêu chuẩn giáo khoa về thần học trong suốt thế kỷ mười ba. Cũng cần đề cập đến Gratian, một đan sĩ Camaldolese mà công trình của người là xếp đặt thứ tự các giáo huấn và quy luật của Giáo Hội Công Giáo, từ đó phát sinh khoa học mới về giáo luật trong thế kỷ mười hai.
Bất kể những đấu tranh chính trị của các giáo hoàng và kết quả lẫn lộn của các cuộc thập tự chinh, rõ ràng là Thiên Chúa đã làm việc trong thế kỷ mười hai. Ðó là con đường Người chuẩn bị cho thế kỷ tốt đẹp nhất về tâm linh, văn hóa, và tiến bộ tri thức trong lịch sử văn minh Tây Phương: thế kỷ mười ba.
Thế kỷ mười ba là một bông hoa thời Trung Cổ và là cao điểm của Kitô Giáo. Trong hầu hết lãnh vực của đời sống, chúng ta đều thấy ảnh hưởng của Giáo Hội và sự tiến bộ về văn hóa và học thuật. Chắc chắn có những giai đoạn u ám, như cuộc thập tự chinh và Tòa Thẩm Tra được phát động để chống với lạc giáo. Nhưng ánh sáng của các thành quả trong thế kỷ này đã xua tan tăm tối và soi sáng cho Giáo Hội Công Giáo mãi cho đến ngày nay.
1. Các Giáo Hoàng và Công Ðồng. Thế kỷ mười ba xuất hiện các giáo hoàng có ảnh hưởng nhiều nhất và một số công đồng tốt đẹp nhất trong lịch sử Kitô Giáo. Ðức giáo hoàng tài giỏi nhất là Ðức Innôxentê III (1198-1216), là người đã xoay sở để mọi nhà cầm quyền thế tục phải phục tùng Giáo Hội qua sự thuyết phục hoặc sử dụng vạ tuyệt thông hay khai trừ. Tuy nhiên quyền lực trần thế không phải là mục đích của Ðức Innôxentê; người muốn hoàn toàn kiểm soát Giáo Hội để có thể cải tổ. Vào năm 1215, người triệu tập Công Ðồng Latêranô IV, quy tụ trên bốn trăm giám mục và tám trăm viện phụ, tu viện trưởng cũng như đại diện các nhà cầm quyền. Công đồng này đã tán thành các nghị định cải tổ mà các quyết nghị ấy đã ảnh hưởng đến Giáo Hội trong nhiều thế kỷ, tỉ như nhiệm vụ của người Công Giáo là phải đi xưng tội và rước lễ mỗi năm ít là một lần trong mùa Phục Sinh. Công đồng này tán thành việc sử dụng danh từ biến thể và cũng có những xử trí để ngăn chặn lạc giáo, tỉ như Tòa Thẩm Tra.
Ðức Innôxentê III, người đầu tiên dùng danh xưng Ðại Diện Ðức Kitô, đã chứng tỏ sự khôn ngoan của người trong cách giải quyết đối với các tu sĩ dòng khất thực hay Phong Trào Khó Nghèo. Nhiều Kitô Hữu cảm thấy chướng tai gai mắt vì của cải đang đổ về Tây Phương như một kết quả của cuộc thập tự chinh và vì xã hội ổn định. Các Kitô Hữu này muốn sống cuộc đời đơn giản khó nghèo trong phúc âm để noi gương Ðức Giêsu Kitô. Ðức Innôxentê nhận thấy cần phải có tinh thần này trong sự cải tổ Giáo Hội, do đó người tán thành các dòng tu mới của những người sống khó nghèo, còn được gọi là Tu Sĩ Khất Thực, được sáng lập bởi Thánh Phanxicô Assisi (1209) và Thánh Ðaminh Guzman (1215). Ðức Innôxentê III còn đem trở về với Giáo Hội Công Giáo các tổ chức trước đây lìa bỏ Giáo Hội, tỉ như Hội Người Nghèo ở Lyons, do Durand ở Huesca lãnh đạo, và Hội Người Công Giáo Khó Nghèo. Một số cho rằng Ðức Innôxentê III là một chính trị gia hơn là một vị thánh, nhưng không ai có thể từ chối rằng người đã thành công hơn bất cứ vị giáo hoàng nào thời Trung Cổ trong việc kiên cường và cải tổ Giáo Hội.
Vì đây là lịch sử cô đọng nên chúng ta không thể kể hết tất cả các giáo hoàng xuất sắc của thế kỷ, nhưng cần đề cập đến hai công đồng đã tiếp tục việc cải tổ Giáo Hội: Công Ðồng Lyons I (1245) và II (1274). Cả hai công đồng được tổ chức ở Pháp vì áp lực chính trị trên các giáo hoàng ở Rôma. Nước Pháp trung thành với đức giáo hoàng, và vị vua thánh thiện của Pháp, Vua Louis IX (1214-70, sau này được phong thánh), đã hỗ trợ và bảo vệ Giáo Hội. Vị giáo hoàng sau cùng của thế kỷ mười ba, Ðức Boniface VIII (1294-1303), là một thí dụ điển hình về các thành quả của các giáo hoàng thời bấy giờ. Người tiếp tục đả kích bất cứ sự can thiệp nào của chính phủ vào nội bộ Giáo Hội, và trong chỉ dụ nổi tiếng của người , Unam Sanctam, người tuyên bố thẩm quyền tuyệt đối của đức giáo hoàng trên Giáo Hội và trật tự xã hội Kitô Giáo. Năm Thánh 1300 do người công bố rất thành công, quy tụ trên một triệu người hành hương đến Rôma. Thẩm quyền của đức giáo hoàng đạt đến tuyệt đỉnh trong thời Ðức Innôxentê III và Boniface VIII.
2. Các Cuộc Thập Tự Chinh và Tòa Thẩm Tra. Khía cạnh u ám của thế kỷ này xảy ra là vì Giáo Hội cố gắng giữ lấy lãnh thổ của Kitô Giáo ở Ðông Phương và dùng quyền lực để tiêu diệt các lạc giáo. Cuộc Thập Tự Chinh IV được Ðức Innôxentê III triệu tập năm 1202, nhưng dù không có phép của người, thập tự quân đã dừng chân ở Constantinople để tấn phong một hoàng đế có lợi cho Tây Phương. Binh lính không ngừng bóc lột và tàn phá thành phố mỹ miều này vào năm 1204. Một nhà bình luận viết, “Ngay cả người Hồi Giáo còn có lòng từ bi hơn.” Sự kiện này đã tạo nên nỗi cay đắng lớn lao trong tâm hồn Kitô Hữu Ðông Phương đối với Giáo Hội Công Giáo, mà cho đến nay vẫn chưa thể hoàn toàn hàn gắn, hơn nữa nó còn làm mất chính nghĩa của toàn thể phong trào thập tự chinh. Ðức Innôxentê III rúng động vì biến cố này, nhưng trong Công Ðồng Latêranô IV, người đã triệu tập một cuộc thập tự chinh khác để khôi phục thành phố Giêrusalem. Thập Tự Chinh V (1218-21) tương đối thành công nhưng thất bại trong việc tái chiếm Giêrusalem. Qua phương cách ngoại giao, Hoàng Ðế Frederick II xoay sở để chiếm lại Giêrusalem trong cuộc Thập Tự Chinh VI (1228-29), nhưng chỉ kéo dài được mười lăm năm. Năm 1291, Ðất Thánh lọt khỏi tầm kiểm soát của Tây Phương với sự bại trận của các lực lượng Kitô Giáo ở Acre. Bài học của các cuộc thập tự chinh trong việc tái chiếm Ðất Thánh vẫn còn giá trị cho đến ngày nay. Vì Ðức Kitô, đừng bao giờ Giáo Hội Công Giáo tuyên chiến để tái chiếm lãnh thổ, ngay cả Ðất Thánh; cũng không nên cho phép xảy ra một cuộc chiến giữa các quốc gia vì lý do này.
Trong thế kỷ mười ba, Giáo Hội Công Giáo còn phải tiến hành một mặt trận khác quan trọng hơn. Vì sự giầu sang và thối nát trong Giáo Hội, một vài tổ chức như nhóm Cathar và Waldensian đang lôi cuốn nhiều người Công Giáo Âu Châu, và các nhóm này từ chối nhân tính của Ðức Kitô, tẩy chay các bí tích, và khước từ quyền bính thiêng liêng của các linh mục và của Giáo Hội. Ðể đối phó với vấn đề này, trong thế kỷ mười hai, Giáo Hội Công Giáo thiết lập một thủ tục pháp lý để thẩm vấn những người bị tình nghi là lạc giáo. Tiến trình pháp lý và tòa án này được nổi tiếng dưới tên Tòa Thẩm Tra (Inquisition).
Thật khó để chúng ta hiểu rằng trong thời ấy người ta không tin có sự tự do tôn giáo hay sự khoan dung. Một người sống trong đế quốc hay quốc gia Công Giáo thì được cho là phải tin tưởng vào giáo huấn Công Giáo. Nếu họ không tin, họ được coi là nguy hiểm cho xã hội và linh hồn của họ bị nguy cơ diệt vong. Giáo Hội Công Giáo coi Tòa Thẩm Tra là một cách để duy trì sự tinh tuyền của đức tin Công Giáo trong một quốc gia Công Giáo, và để gìn giữ linh hồn những người lạc giáo khỏi bị tiêu vong qua sự ăn năn sám hối và việc chấp nhận đức tin chân chính. Khoảng giữa thế kỷ mười ba, ngay cả việc tra tấn của nhà cầm quyền thế tục cũng được Giáo Hội cho là đúng, vì trên nguyên tắc, thà bị đau khổ phần xác ở đời này còn hơn bị đau khổ trong lửa hoả ngục đời đời. (Nên để ý rằng, luật La Mã, được duy trì ở Tây Phương bởi hoàng đế Justinian, cho sử dụng sự tra tấn để buộc phải thú tội). Tuy nhiên, trái với điều tin tưởng thông thường, mục đích của Toà Thẩm Tra là để tiêu diệt tận gốc nạn lạc giáo qua sự hoán cải những người lầm lạc trở về với đức tin chân chính. Cũng cần lưu ý ở đây, khi Ðức Grêgôriô IX cho thiết lập các tòa thẩm tra cách vĩnh viễn vào năm 1233, người đã chọn các tu sĩ từ dòng Khất Thực, nhất là dòng Ða Minh, để hoán cải dân chúng qua Tòa Thẩm Tra.
3. Phong Trào Khó Nghèo và Các Dòng Khất Thực. Thánh Phanxicô Assisi sinh năm 1181, con của một thương gia buôn vải của thành phố miền trung nước Ý này. Khi lớn lên, Phanxicô nổi tiếng là thích liên hoan và vui nhộn. Ðược khích động bởi hình ảnh hào hùng của tinh thần hiệp sĩ, Phanxicô tham dự cuộc chiến. Sau khi bị thương và bị bắt làm tù binh, Phanxicô trở về Assisi dưỡng bệnh. Cuộc đời người bắt đầu thay đổi. Một ngày kia, khi cầu nguyện trong nhà thờ San Damiano, người nghe Ðức Kitô trên thánh giá kêu gọi người “đi dựng lại Giáo Hội của Ta, đang đổ nát.” Lúc đầu, Phanxicô tưởng Chúa gọi người sửa chữa các ngôi nhà thờ cũ kỹ, nhưng sau đó người hiểu Chúa muốn xây dựng lại Giáo Hội qua lối sống phúc âm thật nghèo khó, để noi gương Ðức Kitô nghèo hèn. Vào năm 1209, Phanxicô và mười một đồng bạn lên Rôma để xin Ðức Innôxentê II chấp thuận cho quy luật đơn giản của họ, mà trong đó chỉ có một vài giòng chữ trích từ Phúc Âm. Lúc đầu Ðức Innôxentê do dự, nhưng người mơ thấy Phanxicô đưa tay chống đỡ các cột trụ của Giáo Hội Rôma. Kết quả là Ðức Innôxentê tán thành quy luật của Phanxicô và cho phép Phanxicô và các môn đệ được phép rao giảng bất cứ đâu mà đức giám mục địa phương đồng ý. Thánh Clara, một người bạn của Thánh Phanxicô, đã sáng lập dòng “Clara nghèo hèn,” một dòng nữ Phanxicô, và cũng đã phát triển mạnh.
Ðó là khởi đầu của cuộc canh tân vĩ đại nhất lịch sử Giáo Hội Công Giáo. Nhóm tu sĩ Phanxicô ít ỏi ấy đã phát triển thành một dòng tu lớn nhất và có ảnh hưởng nhất thời Trung Cổ, vượt xa các đan viện về số lượng cũng như sự ảnh hưởng. Ðời sống nhân chứng của các tu sĩ dòng Phanxicô thật cần thiết trong một thời đại mà Giáo Hội ngày càng giàu sang và nhiều giáo sĩ thật hư hỏng. Tuy nhiên, Phanxicô không nhìn đến các khiếm khuyết của Giáo Hội hay của giáo sĩ, mà người vẫn hết lòng trung thành và yêu quý Giáo Hội. Mặc dù người rất khó nghèo và khắc khổ, Thánh Phanxicô luôn luôn yêu đời, vui thích trong các tạo vật của Thiên Chúa và đặc biệt sùng kính nhân tính của Ðức Giêsu. Người sáng chế ra hang đá Giáng Sinh, và không như những người lạc giáo thời ấy, người đặc biệt yêu quý bí tích, nhất là bí tích Thánh Thể. Khi gần chết, Thiên Chúa đã ban cho người năm vết thương của Ðức Kitô trên thân thể -- là một món quà thích hợp cho những ai yêu mến Ðức Kitô bị đóng đinh. Người từ trần năm 1226, và chỉ hai năm sau, người đã được phong thánh.
Thánh Ðaminh Guzman là người Tây Ban Nha sinh năm 1170. Sau khi được thụ phong linh mục, người lưu tâm đến việc hoán cải những người bị ảnh hưởng của lạc giáo Albigensian (người Cathar). Người nhận thấy rằng, người ta chỉ trở lại đạo qua sự rao giảng hùng hồn nhờ vào sự huấn luyện kỹ càng cùng với một đời sống chứng nhân đơn sơ và nghèo hèn. Vào năm 1216, các môn đệ của người được Ðức Giáo Hoàng Honorius III chấp nhận là Dòng Thuyết Giáo, sau khi họ du nhập số quy luật của Thánh Augustine. Thánh Ðaminh rất yêu mến Thiên Chúa. Người thường nhỏ lệ khi rao giảng hay khi dâng Thánh Lễ, và người kêu gọi các môn đệ chỉ nói về Chúa và với Chúa. Người từ trần năm 1221 và được tuyên thánh năm 1234. Cũng giống như Dòng Phanxicô, Dòng Ðaminh trở nên một nguồn canh tân lớn lao, hoán cải người lạc giáo, và chỉnh đốn các hiểu biết sai lầm trong thế kỷ mười ba. Các dòng tu khác, tỉ như dòng Camêlô và dòng Augustine, cũng đã thôi thúc Giáo Hội trên con đường canh tân của thế kỷ này.
4. Thần Học, Sự Hiểu Biết và Văn Hóa Mới. Thế kỷ mười ba cũng là tột đỉnh của tư duy và văn hóa thời Trung Cổ. Ðiều này được khởi sự từ thế kỷ mười một với việc thành lập các trường của địa phận và của thành phố. Vào khoảng 1170 một trung tâm mới cao hơn về học thuật xuất hiện - trường đại học. Lúc đầu, đại học được coi là tổ chức hay hiệp hội của các học giả, mà trước tiên thu hút hàng giáo sĩ và được Giáo Hội hỗ trợ về tài chánh. Hai đại học lớn được thành lập ở Balê (chuyên về thần học) và ở Bologna (về luật), nhưng sau đó không lâu là các trường Oxford (1200), Cambridge (1209), Salamanca (1220), Naples (1224), và các trường khác. Y học, luật học và thần học là các môn chính yếu, và thần học được coi là nữ hoàng của kiến thức. Phương cách của thần học chủ yếu là nghiền ngẫm (lectio) các sách thiêng liêng, nhưng với công trình chuyển dịch các văn bản của triết gia Hy Lạp Aristotle từ tiếng Ả Rập sang tiếng Latinh, một phương pháp mới về lý luận để học hỏi thần học được khai sinh. Các thần học gia muốn chứng minh rằng đức tin Kitô Giáo thì hợp lý và sự hiểu biết tự nhiên rất thích hợp với quan điểm Kitô Giáo về vũ trụ và thực thể, và ngay cả hỗ trợ cho đức tin Kitô Giáo.
Ba vị thần học sáng giá của thế kỷ xuất thân từ các dòng Khất Thực: một tu sĩ dòng Phanxicô, Thánh Bônaventura (1217-74), và hai tu sĩ dòng Ða Minh, Thánh Albert Cả (1200-80) và Thánh Tôma Aquinas (1225-74). Thánh Bônaventura áp dụng truyền thống lâu đời để tìm hiểu thần học bằng phương cách bí nhiệm, trong khi dùng lý lẽ để hỗ trợ cho sự xác thực của truyền thống và đức tin. Thánh Albert Cả là một trong những người đầu tiên cực lực hỗ trợ tư duy của Aristotle, mà trước đây đã bị Rôma cấm chỉ trong các trường đại học vì có nguồn gốc ngoại giáo. Người học trò nổi tiếng của Thánh Albert, là Tôma Aquinas, hăng hái bảo vệ giá trị của Aristotle và hình thành một hệ tư tưởng bao gồm Phúc Âm, các Giáo Phụ, và lý luận của Aristotle trong một hệ thống hiểu biết vĩ đại, tổng hợp toàn thể mặc khải Kitô Giáo qua đức tin được khai sáng bởi lý lẽ. Kiệt tác của Thánh Tôma là cuốn Tổng Luận Thần Học (Summa Theologica, 1266-74), được coi là cực điểm của thiên tài và thật sáng sủa. Trái với điều tin tưởng thông thường, Thánh Tôma không bao giờ tách rời đức tin với lý lẽ. Lý lẽ giúp con người hiểu biết cách thâm sâu các chân lý đức tin mà Thiên Chúa đã mặc khải. Tuy nhiên, Thánh Tôma Aquinas không phải là người nổi tiếng trong thời ấy. Thần học gia và triết gia John Duns Scotus (1266-1308), một tu sĩ Phanxicô người Tô Cách Lan, có đông các môn đệ hơn. Người bất đồng với Thánh Tôma về vài điểm quan trọng, nhưng đồng ý với thánh nhân về tính cách nhận thức, hoặc hiểu biết được của mọi sự.
Các trường đại học không chỉ là bằng chứng cho sự tiến bộ của văn minh Tây Phương mà còn có các đại văn hào, tỉ như Dante Alighieri (1265-1321). Tác phẩm Divine Comedy (Hài Kịch Thần Thánh) của Dante, một quan điểm văn học về hoả ngục, luyện ngục và thiên đường, là tuyệt tác văn chương của mọi thời đại. Roger Bacon (1214-92), một tu sĩ dòng Phanxicô, là người tiên phong trong lãnh vực khoa học thực nghiệm. Các thánh đường kiểu Gôtích vút cao lên trời, và các nghệ nhân sáng tác nhiều tác phẩm vĩ đại. Thế kỷ mười ba quả thực là cao điểm của đời sống Giáo Hội và văn minh Tây Phương thời Trung Cổ.