Thế kỷ mười ba là thế kỷ đầy kết quả cho Kitô Giáo và cho Giáo Hội cũng như các giáo hoàng. Tuy nhiên, giai đoạn từ 1300 đến 1500 là thời kỳ suy thoái. Giai đoạn nhiều khó khăn này còn được ghi dấu bằng trận dịch hạch Tử Thần Ðen mà nó đã càn quét Âu Châu từ năm 1348 và đã giết chết một phần ba dân số Âu Châu. Tuy nhiên Thiên Chúa vẫn hoạt động trong Giáo Hội Công Giáo và trong xã hội giữa biết bao thử thách.
1. Giáo Triều Avignon. Triều đại giáo hoàng sôi nổi của Ðức Boniface VIII (1294-1303) được tiếp theo bằng một giai đoạn trên bảy mươi năm, 1306-76, mà trong thời gian đó các giáo hoàng cư ngụ ở Avignon, nước Pháp thay vì ở Rôma. Ðức Clêmentê V (làm giáo hoàng từ 1305 đến 1314) di chuyển đến Avignon để tránh áp lực chính trị của Ý, và của các hoàng tộc Rôma thường gây hấn. Vua Philip của Pháp hứa che chở và không phá rối để đổi lấy một vài ảnh hưởng trong chính sách của đức giáo hoàng. Mặc dù các giáo hoàng ở Avignon vẫn giữ vai trò độc đáo của mình là vị chủ chăn của toàn thể dân Chúa, nhưng tất cả thế giới còn lại đều nghi ngờ rằng các giáo hoàng này chỉ lên tiếng nói vì lợi ích cho nước Pháp. Thật vậy, khi tám giáo hoàng trong thời kỳ này đều là người Pháp thì sự kiện ấy chỉ như thêm dầu vào ngọn lửa hồ nghi.
Giáo triều Avignon đã bị phê phán bởi các thánh và các thi hào, như Petrarch, và còn bởi Thánh Bridget ở Thụy Ðiển (1303-73) và Thánh Catarina ở Siena (1347-80). Các đấng là nữ ngôn sứ mà Thiên Chúa đã dùng để thuyết phục đức giáo hoàng phải trở về Rôma. Thánh Bridget là một người vợ và là mẹ của tám người con; những thị kiến người nhận được từ Thiên Chúa đã thôi thúc các giáo hoàng ở Avignon phải thay đổi lối sống xa hoa và lo cho Giáo Hội. Thánh Catarina ở Siena hứa giữ mình đồng trinh ngay khi còn nhỏ và đã gia nhập dòng Ba Ða Minh. Người tận tụy phục vụ người nghèo cho đến khi Thiên Chúa gọi người làm ngôn sứ. Người đã thuyết phục Ðức Grêgôriô XI trở về Rôma năm 1376 và người là cố vấn cho đức giáo hoàng kế vị, là Ðức Urbanô VI. Mới đây, Thánh Catarina được tuyên xưng là Tiến Sĩ Hội Thánh và cùng với Thánh Phanxicô Assisi, người là quan thầy của nước Ý.
2. “Ðại Phân Ly” Giữa Các Giáo Hoàng (1378-1417). Sau khi từ Avignon trở về Rôma không lâu, Ðức Giáo Hoàng Grêgôriô XI từ trần năm 1378. Cái chết của người đã đem lại sự khủng hoảng lớn lao cho Giáo Hội. Các hồng y tụ họp ở Rôma, và dưới áp lực của người Rôma, các đấng ấy đã khôn ngoan tuyển chọn một hồng y người Ý làm giáo hoàng, là Ðức Urbanô VI. Nhưng trước sự kinh ngạc của họ, Ðức Urbanô đã trừng trị các hồng y, luôn lải nhải đòi hỏi họ cải tổ và ngay cả tra tấn hồng y nào bất đồng quan điểm. Các hồng y người Pháp, sau khi phủ nhận giá trị việc tuyển chọn Ðức Urbanô, đã bỏ về Rôma và chọn một hồng y người Pháp là “ngụy giáo hoàng,” Clêmentê VII. Sự kiện này bắt đầu một trang sử buồn thảm của Giáo Hội Công Giáo. Ðó là thời gian có đến hai, và sau này ba người tự xưng là giáo hoàng chính cống, mỗi người được sự hỗ trợ của một số quốc gia và đế quốc khác nhau.
Vấn đề được đặt ra là làm sao giải quyết khó khăn này. Không một giáo hoàng nào chịu từ chức, và các hồng y, giám mục cũng chia rẽ trong sự trung thành của họ. Một số thần học gia, tỉ như Jean Gerson, là hiệu trưởng Ðại Học Ba Lê, trước đây chủ trương rằng thẩm quyền của một công đồng cao hơn thẩm quyền của đức giáo hoàng; và người đã triệu tập một công đồng để giải quyết vấn đề. Sau cùng Công Ðồng Constance (1414-18) đã truất phế hai giáo hoàng, khuyến khích vị thứ ba từ chức, và tuyển chọn một giáo hoàng mới, Ðức Martin V (1417), là người được toàn thể Giáo Hội công nhận. Cuộc đại phân ly chấm dứt, nhưng mãi cho đến khi uy tín của đức giáo hoàng được khôi phục thì sự phân ly mới thực sự kết thúc. Hậu quả của giáo triều Avignon và sự phân ly là không bao giờ chúng ta thấy được vị giáo hoàng thời Trung Cổ có uy thế như Ðức Innôxentê III hoặc Boniface VIII. Nhiều Kitô Hữu bắt đầu coi công đồng có uy thế hơn đức giáo hoàng, nhưng điều này không đúng. Công Ðồng Constance là một ngoại lệ, chứ không phải là quy tắc, được đưa ra như một phản ứng trước tình trạng nguy kịch của Giáo Hội. Sau công đồng này, các giáo hoàng tiếp tục xác nhận quyền bính và vai trò của mình trong Giáo Hội như trước đây.
3. Những Thử Thách của Giáo Hội. Các khó khăn hiển nhiên có liên hệ đến vấn đề giáo hoàng đã khiến một số người Công Giáo đặt vấn đề và có khi từ chối thẩm quyền của Giáo Hội. Một phê bình gia thức thời là John Wyclif (1330-84), một học giả của Oxford đã tấn công học thuyết về sự biến thể của Mình Thánh và các tín điều khác. Mặc dù ông không nghiên cứu về Kinh Thánh, bản dịch của ông là một trong những công trình nổi tiếng. Tư tưởng của Wyclif ảnh hưởng đến nhà cải cách Tiệp Khắc, John Hus (1369-1415). Hus là một linh mục Công Giáo bị vạ tuyệt thông năm 1412 vì từ chối giáo huấn Công Giáo về các bí tích và thẩm quyền của đức giáo hoàng. Vì ông tấn công Giáo Hội Công Giáo, Công Ðồng Constance đã ra lệnh thiêu sống ông vào năm 1445 vì tội lạc giáo.
Sự chỉ trích Giáo Hội và việc nổi loạn chống với giới thẩm quyền ngày càng gia tăng về số lượng cũng như tính cách trầm trọng. Ngay cả một chi nhánh của dòng Phanxicô mà họ tự cho là Linh Ðạo Phanxicô đã tách khỏi Giáo Hội Công Giáo, vì họ không thể chấp nhận quyền bính của Giáo Hội khi Tòa Thánh giảm bớt tính cách khắt khe của quy luật Thánh Phanxicô về vấn đề sở hữu sách vở hay làm chủ tài sản. Họ tiên đoán Giáo Hội đã đến lúc tận cùng.
Một thử thách khác của Giáo Hội vào cuối thời Trung Cổ là sự suy thoái của thần học Kinh Viện mà trước đây đã từng đạt đến cao điểm trong thời Thánh Tôma Aquinas và John Duns Scotus. Mặc dù trong thời gian này cũng có các thần học gia sáng giá và thánh thiện, tỉ như Nicholas ở Cusa (1401-64) là người đã viết cuốn The Vision of God, nhưng nói chung thần học Tây Phương đang trên đà suy thoái. Các thần học gia không còn nghiên cứu Kinh Thánh và các Giáo Phụ, nhưng đã dành thời giờ để xem xét và bình luận về các nhận định của nhau. Nhiều người còn tham dự vào các cuộc tranh luận vô bổ -- tỉ như “bao nhiêu thiên thần có thể nhảy múa trên đầu một cây kim?” -- các tranh luận ấy kích thích trí tuệ nhưng làm nguội lạnh tâm hồn. Ngay cả xuất hiện một phái triết thần mới gọi là Nominalism (thuyết duy danh), do William ở Ockham (1280-1349) khởi xướng, muốn tách biệt các lãnh vực của đức tin và lý lẽ thay vì coi chúng hỗ tương nhau như Thánh Tôma Aquinas và các học giả Kinh Viện lỗi lạc khác từng chủ trương.
4. Thức Tỉnh Tâm Linh. Khi thần học và triết học ngày càng khô khan và tách khỏi đời sống con người thì lại có khuynh hướng nhìn lại tâm hồn để tìm cách thức tỉnh tâm linh. Nổi tiếng vào cuối thời Trung Cổ là các nhà thần nghiệm Kitô Giáo, họ tìm cách đến với Thiên Chúa qua tâm hồn hơn là trí tuệ. Meister Eckhart (1260-1327), một tu sĩ Ðaminh người Ðức, là một trong các vị thần nghiệm đầu tiên và có ảnh hưởng nhất, tuy nhiên một số học thuyết của ông bị giới chức quyền Giáo Hội nghi ngờ. Một năm trước khi chết, năm 1326, Eckhart bị kết tội lạc giáo.
John Tauler (1300-61) và Henry Suo (1245-1366) cả hai đều là linh mục dòng Ðaminh và là môn đệ của Eckhart. Tauler chủ trương đời sống chúng ta phải phản ánh đời sống Ba Ngôi. Cuốn Sách Nhỏ Về Sự Khôn Ngoan Vĩnh Cửu của Suo được coi là sản phẩm tinh tuý nhất của khoa thần nghiệm Ðức. Văn sĩ thần nghiệm John van Ruysbroeck (1293-1381) được một số người coi là vị thánh vĩ đại người Flemin. Anh Quốc cũng có thể tự hào về nhiều nhà thần nghiệm: Julian ở Norwich (1342-1416) viết cuốn Mặc Khải của Tình Yêu Thiên Chúa; cuốn Bậc Tuyệt Hảo của Walter Hilton (k. 1395) là sự trình bầy rõ ràng nhất và quân bình nhất của đời sống nội tâm vào cuối thời Trung Cổ.
Một phản ứng khác đối với sự nguội lạnh của thần học thời bấy giờ là phong trào Devotio Moderna, loại đạo đức mới, xuất hiện từ cuối thế kỷ mười bốn và lan sang thế kỷ mười lăm. Các sáng tác đạo đức thời ấy tránh tranh luận thần học nhưng lại không phải là loại thần nghiệm. Ðó là một phương cách thực tiễn suy niệm về cuộc đời Chúa Giêsu theo một phương cách có thứ tự. Cuốn Gương Ðức Kitô của Thomas à Kempis là một tác phẩm kinh điển của phái này. Gerard Groote (1340-84) là một trong những người hết sức cổ võ phong trào đạo đức mới và khích lệ thành lập một tu hội đời được gọi là Anh Em của Ðời Sống Chung, và dòng Kinh Sĩ Thánh Augustine ở Windesheim. Một số dòng tu khác đã canh tân vào thời kỳ này, tỉ như các tu sĩ Phanxicô Nghiêm Thủ dưới sự dẫn dắt của Thánh Bernadine ở Siena (k. 1444) và Thánh Gioan ở Capistrano (k. 1456). Một số dòng của các đan sĩ Biển Ðức và Kinh Sĩ Augustine cũng canh tân, kể cả dòng mà Martin Luther gia nhập sau này.
Trong Kitô Giáo Ðông Phương, một phương pháp cầu nguyện được gọi là hesychasm, hay cầu nguyện bằng con tim, trở nên phổ thông trong thế kỷ mười ba và mười bốn. Gregory Palamas (1296-1359), một vị thần nghiệm vĩ đại của Giáo Hội Ðông Phương, và các người khác đã cổ võ hình thức cầu nguyện này gồm việc lập đi lập lại cách liên tục tên Ðức Giêsu (hoặc một lời nguyện ngắn như “Lạy Ðức Giêsu Kitô, Con Thiên Chúa, xin thương xót con”). Những lời nguyện ấy nhịp nhàng với hơi thở. Mục đích là cầu nguyện liên lỉ, luôn luôn nhắm đến Thiên Chúa. Một hợp tuyển văn bản của các Giáo Phụ Ðông Phương thường được gọi là Philokalia làm nền tảng cho sự tu đức này.
Trong các vị thần nghiệm và thụ khải của cuối thời Trung Cổ có Thánh Jeanne d'Arc (1412-31). Ngay từ khi mười ba tuổi, thánh nữ đã được nghe tiếng các thiên thần và các thánh mà các vị ấy cho biết sứ vụ của thánh nữ là giúp vua Charles VII nước Pháp thoát khỏi sự kiềm tỏa của Anh. Tin rằng thị kiến của Jeanne d'Arc là có thật, nhà vua đã giao cho thánh nữ một đạo quân để tái chiếm các thành luỹ của Pháp. Trong một cuộc chiến, thánh nữ bị bắt và bị giáo quyền Anh kết án là lạc giáo và bị thiêu sống. Hai mươi lăm năm sau, thánh nữ được minh oan, và năm 1920, người được tuyên xưng là thánh. Thánh Jeanne d'Arc quả thật là vị thánh đặc biệt và ngoại lệ trong thời kỳ xáo trộn.
5. Những Nguyên Do Căn Bản Cuộc Cải Cách Tin Lành. Có những bùng nổ thức tỉnh tâm linh vào cuối thời Trung Cổ, nhưng thảm kịch dẫn đến cuộc Cải Cách là sự cải tổ và canh tân tâm linh ấy không ảnh hưởng gì đến dòng sinh lực của Giáo Hội Công Giáo. Từ các giáo hoàng cho đến thường dân đều có những hành động cản trở sự canh tân. Các giáo hoàng phải đương đầu với sự phát sinh của chủ nghĩa dân tộc và phải đối phó với các thái tử, là những người chỉ cho phép Giáo Hội địa phương được thi hành sự cải tổ với một giá nào đó. Các giáo hoàng buộc phải ký kết các thoả ước với các quốc gia, và các nhà cầm quyền đạt được nhiều lợi nhuận trong việc thao túng Giáo Hội. Khi tình hình tài chánh của đức giáo hoàng ngày càng tệ hại, họ đã nghĩ ra các phương cách gia tăng lợi tức cho đức giáo hoàng và đã đưa đến các hậu quả thật xấu xa. Trong thời kỳ này, nhiều nhà cầm quyền thế tục cũng trở nên giám mục hay tu viện trưởng nhằm kiểm soát Giáo Hội và kiếm lợi tức. Các giáo hoàng tìm cách lấy lại tài chánh từ các nhà cầm quyền thế tục bằng cách gia tăng tiền thuế nộp cho đức giáo hoàng về các chức vụ trong giáo hội. Nếu các thái tử muốn kiểm soát Giáo Hội thì ít nhất họ phải trả một giá nào đó. Thói buôn thần bán thánh này luôn luôn bị kết án là trái với luân lý. Một số nhà cầm quyền dân sự mua đến hai ba chức vụ trong Giáo Hội (pluralism) và họ không màng gì đến việc chăm sóc giáo dân nhưng họ thuê mướn người khác làm công việc này (absenteeism). Do đó, các giám mục trong Giáo Hội thường là những người giầu có hoặc thuộc giới quý tộc, họ không lo lắng gì đến Giáo Hội nhưng dùng chức vụ này để được lợi lộc cho mình. Khi cần tài chánh, họ gia tăng lệ phí các trung tâm hành hương hoặc bán các ân xá. Ân xá được Giáo Hội ban phát như một đảm bảo cho người tín hữu khỏi phải chịu hậu quả của tội lỗi (tỉ như, hình phạt nơi luyện tội) sau khi chết. Lẽ ra ân xá được ban phát như để nhìn nhận đời sống tốt lành của người tín hữu, nhưng vào cuối thời Trung Cổ, ân xá được buôn bán như một món hàng. Tetzel là một tu sĩ dòng Ða Minh chuyên môn bán ân xá đến độ Luther phải nổi nóng và chống đối Giáo Hội. Tetzel thường rêu rao rằng: “Khi đồng tiền leng keng rơi vào kho bạc thì một linh hồn lại dzọt vào thiên đường.”
Hàng linh mục và phó tế của Giáo Hội Công Giáo cũng trở nên tồi tệ vì thiếu giáo dục và thối nát khắp nơi. Nhiều tu sĩ nghèo và hủ hóa đã ăn ở với các phụ nữ bất kể luật độc thân của Giáo Hội. Ngay cả các dòng Khất Thực cũng mất nhiệt huyết và trở nên chủ đề cho người đời châm biếm, các tu sĩ này bị mỉa mai là đối thủ của phường trộm cướp, và là các người ăn mày có chính nghĩa khi họ chỉ thích xin tiền chứ không muốn xin thực phẩm.
Giáo dân Công Giáo cũng không màng đến việc canh tân trong Giáo Hội. Ðời sống đạo đức của họ là việc sùng kính bề ngoài đối với các thánh và Ðức Maria, thích đi hành hương để được ân xá mà không cần hiểu biết chân lý căn bản của đức tin Kitô Giáo. Nếu các giám mục và linh mục lười biếng trong việc giảng dạy thì không thể đổ lỗi cho người giáo dân là thiếu hiểu biết.
Làm thế nào Giáo Hội Công Giáo có thể cải tổ trong một tình trạng đáng buồn như vậy? Các giáo hoàng thì bận tâm với vấn đề chính trị, và hầu hết các giáo hoàng từ giữa thế kỷ mười lăm trở đi, đều lưu tâm đến việc hỗ trợ phong trào Phục Hưng, là một làn sóng văn hóa và học thuật đang càn quét Âu Châu. Trong một khía cạnh nào đó, đây là điều rất tốt. Các giáo hoàng thời Phục Hưng muốn chứng tỏ rằng Giáo Hội luôn hậu thuẫn cho sự học hỏi, nghệ thuật, âm nhạc, và văn chương. Ðức Giáo Hoàng Julius II đặt viên đá đầu tiên cho Ðền Thánh Phêrô ở Rôma và thuê Bernini, Raphael, và Michaelangelo -- những nghệ nhân vĩ đại của thế giới thời ấy -- cung cấp các tác phẩm điêu khắc, hội họa, kiến trúc cho thánh đường. Tuy nhiên, phí tổn lớn lao này đã khiến các giáo hoàng không còn lưu tâm đến tình hình tâm linh kiệt quệ của Giáo Hội.
Một vài giáo sĩ và thái tử thúc giục các giáo hoàng tổ chức công đồng để canh tân Giáo Hội. Sau nhiều lần do dự, vì sợ rằng công đồng sẽ cướp quyền của đức giáo hoàng hoặc sợ bị nhà cầm quyền dân sự kiểm soát, sau cùng Ðức Giáo Hoàng Julius II đã triệu tập Công Ðồng Latêranô V ở Rôma năm 1512. Công đồng chấm dứt năm 1517, dưới thời Ðức Giáo Hoàng Lêô X, ngay khi sự Cải Cách Tin Lành bắt đầu nhen nhúm. Công đồng đã phê chuẩn nhiều sắc lệnh canh tân có thể ngăn chặn được cuộc Cải Cách Tin Lành, nhưng vì sự thiển cận và tính cách trần tục của Ðức Lêô X (làm giáo hoàng từ 1513 đến 1521) nên hầu hết các sắc lệnh cải tổ của công đồng đã không được thi hành. Ngoài ra, một số giám mục của Giáo Hội cũng không màng gì đến chuyện canh tân.
Chúng ta có thể tự hỏi tại sao không có người Công Giáo nào dám lên tiếng, đòi hỏi Giáo Hội phải cải tổ. Chắc chắn là có. Ngoài những người khởi đầu cuộc canh tân tâm linh và cải tổ dòng tu, còn có một tổ chức Kitô Giáo được gọi là Humanist (Nhân Bản). Ðược dẫn đầu bởi học giả Erasmus ở Rotterdam (1465-1536), các thành viên Humanist là những trí thức Công Giáo, họ buồn vì sự suy sụp của thần học Kinh Viện và sự gia tăng của phái Nominalist (hữu danh vô thực). Họ quyết định khôi phục tư duy Công Giáo đặt nền tảng trên Phúc Âm và văn bản của các Giáo Phụ. Erasmus sáng tác rất nhiều trong lãnh vực này, cũng như cực lực châm biếm lối sống sai lạc của người Công Giáo. Tuy nhiên, sự trào phúng và châm biếm cũng như sự lỗi lạc của Erasmus không đủ để canh tân Giáo Hội. Tình trạng Giáo Hội thời bấy giờ đã đến lúc mà chỉ có tính khí nóng nẩy và cực kỳ nghiêm trọng của Martin Luther mới khích động được việc cải tổ đến độ lung lay và chia cắt Kitô Giáo.