Trong nhiều khía cạnh, cuộc Cách Mạng Pháp là cao điểm của thời Khai Sáng. Vì sự khủng hoảng tài chánh ở Pháp, một đại hội đồng được triệu tập mà trong đó thường dân (Giai Cấp Thứ Ba) đã lật đổ Vua Louis XIV và thành lập chính phủ cách mạng. Hàng giáo sĩ Pháp (Giai Cấp Thứ Nhất) ủng hộ cuộc cách mạng này và được chính phủ mới đãi ngộ trong thời gian đầu. Tuy nhiên, vào năm 1790, chính phủ mới ở Pháp đòi hỏi mọi giám mục, linh mục phải thề trung thành một cách vô điều kiện với chế độ mới, nếu không họ sẽ bị cách chức. Bản Hiến Pháp Dân Sự của Giáo Sĩ là một tấn công lộ liễu vào sự tự do của Giáo Hội Công Giáo và quyền bính của giáo triều. Ðức giáo hoàng giữ im lặng trong tám tháng, trong khi đó khoảng một nửa số giáo sĩ đã tuyên thệ -- với hy vọng rằng không có ảnh hưởng nhiều trên thực tế -- và một nửa từ chối không tuyên thệ vì muốn trung thành với Giáo Hội. Sự chia rẽ này khiến Giáo Hội Công Giáo Pháp rất hoang mang và xáo trộn, nhất là năm 1792, khoảng ba mươi đến bốn mươi ngàn linh mục là những người từ chối không tuyên thệ đã phải trốn tránh hoặc bị trục xuất; nhiều người sau đó đã bị tử hình khi Cách Mạng Pháp ngày càng có thế lực vào năm 1793.
Bước kế tiếp của cuộc cách mạng là trong năm 1793, chính phủ bắt đầu tẩy trừ tính chất Kitô Giáo của Pháp bằng cách thiết lập một tôn giáo mới. Mọi ngày lễ Công Giáo đều bị cấm, kể cả ngày Chúa Nhật, và mọi nhà thờ Công Giáo bị biến thành các Ðền Thờ Lý Lẽ. Một bức tượng Nữ Thần Lý Lẽ được dựng trong Vương Cung Thánh Ðường Notre Dame ở Balê. Sau này, chính phủ thấy tôn giáo của lý lẽ gần giống như vô thần nên Robespiere đã khởi xướng Giáo Phái Ðấng Tối Cao, có tin vào Thiên Chúa nhưng không có tín điều. Deism (Thuyết Hữu Thần) trở nên tôn giáo chính thức của Pháp, mà trước đây là một quốc gia Công Giáo.
Tuy nhiên, đức tin chân chính của người dân không thể đàn áp được. Sau khi tính chất mới mẻ của các giáo phái này không còn hấp dẫn, vào năm 1795 chính phủ cho phép tự do tôn giáo và các nhà thờ Công Giáo đã ào ạt mở cửa lại. Khi Napoleon lên ngôi vào năm 1796, ông phải thương lượng với đức giáo hoàng. Ðức Giáo Hoàng Piô VI từ trần trong thời gian Napoleon cầm tù người, nhưng vị tân giáo hoàng, Ðức Piô VII là nhà lãnh đạo cứng rắn dám chống lại Napoleon và nhất quyết không chịu nhượng bộ các quyền lợi của Giáo Hội Công Giáo. Napoleon và Ðức Piô VII đã ký một thoả ước vào năm 1801 nhằm tái lập Giáo Hội Công Giáo ở Pháp và chấm dứt việc chia cách giữa hàng giáo sĩ đã tuyên thệ và không tuyên thệ. Tuy nhiên, Napoleon vẫn tìm cách kiểm soát Giáo Hội Công Giáo và đức giáo hoàng, nhưng Ðức Piô VII chứng tỏ sức mạnh của mình bằng cách không chiều theo ý đồ của Napoleon, ngay cả khi người bị Napoleon cầm tù ở Pháp trong sáu năm (1808-14). Dưới áp lực chính trị, vào năm 1814, Napoleon đã phải trả tự do cho đức giáo hoàng, và người về lại Rôma giữa tiếng reo mừng chiến thắng. Sau đó ít lâu, Napoleon bị lật đổ và lưu đầy ở Elba trong khi Giáo Hội Công Giáo Pháp được phục hồi và quyền bính của đức giáo hoàng được tái xác nhận.
Ðâu là bài học và hậu quả của cuộc Cách Mạng Pháp? Thứ nhất, nó cho thấy ảnh hưởng lớn lao của thời Khai Sáng. Thật bàng hoàng khi một quốc gia từng là Công Giáo trên một ngàn năm lại có thể trở thành vô thần sau một thời gian quá ngắn ngủi. Tuy nhiên, cuộc Cách Mạng Pháp đã cho thấy tư duy Khai Sáng thực sự phiếm diện là chừng nào. Một số triết gia hay người cấp tiến có thể tin vào Tôn Giáo của Lý Lẽ, nhưng người dân không bao giờ từ bỏ đức tin Công Giáo và họ vui mừng khi được trở lại với đức tin đó.
Thứ hai, thời Khai Sáng đã để lại một vết thương đau trên Giáo Hội Pháp mà ngày nay vẫn còn thấy ở Pháp và ngay cả ở Âu Châu. Ðó là tâm trạng chống đối giáo sĩ hiện vẫn còn như một hậu quả của sự chia rẽ. Phong trào tục hóa vẫn tiếp tục tràn lan ở Pháp và mọi nơi. Ở Pháp, việc xuất hiện các án li dị dân sự, hôn nhân dân sự, và hệ thống trường đời (công) là những biểu hiện của cách mạng.
Thứ ba, thanh danh và quyền bính của đức giáo hoàng bắt đầu được phục hồi. Sự quả cảm của Ðức Giáo Hoàng Piô VII chống với Napoleon đã được mọi người Công Giáo ở khắp nơi thán phục. Trong một thời đại mà xã hội và chính quyền luôn luôn bất ổn và xáo trộn, người Công Giáo bắt đầu ngày càng nhìn đến đức giáo hoàng nhiều hơn để thêm phấn khởi, thêm sức mạnh và được hướng dẫn. Sự nhấn mạnh đến quyền bính và sự lãnh đạo của đức giáo hoàng được gọi là thuyết giáo hoàng toàn quyền. Thuyết này này được tiếp tục trong Giáo Hội Công Giáo trong thế kỷ mười chín.
Vì sự thất bại ê chề của Cách Mạng Pháp, trong ba mươi năm đầu của thế kỷ mười chín, hầu hết các quốc gia ở Âu Châu đều có những biện pháp mạnh mẽ để ngăn chặn những hậu quả tương tự. Các vua người Bourbon phục hồi được quyền bính ở Pháp, và các nhà cầm quyền cứng rắn, chuyên chế được thiết lập khắp Âu Châu. Trên thực tế, đây là giai đoạn cuối cùng của một thể chế và xã hội đang bị đào thải. Thời đại vua chúa và chế độ chuyên chế ở Âu Châu không bao lâu đã được thay thế bằng chính thể đại nghị như đã được thiết lập ở Hoa Kỳ, cho phép sự hợp tác chính trị cũng như sự tự do phát biểu trong nhiều lãnh vực. Ðiều này có nghĩa sự liên minh giữa Giáo Hội và nhà nước -- từng xuất hiện ở Âu Châu từ thời Constantine -- nay đã đến lúc kết thúc.
Câu hỏi quan trọng của Giáo Hội Công Giáo trong thế kỷ mười chín có liên quan đến thái độ của giáo hội đối với sự thay đổi lớn lao trong xã hội. Chủ nghĩa tự do là danh từ tổng quát dùng để chỉ một khuynh hướng muốn thay đổi và thiết lập một trật tự mới. Chủ nghĩa tự do trong chính trị cổ võ hiến pháp hoặc các chính thể đại nghị (thay vì chế độ quân chủ), sự khoan dung của tôn giáo, sự tách biệt giữa giáo hội và nhà nước, và tự do báo chí và giáo dục. Người Công Giáo chống với chủ nghĩa tự do chính trị vì họ sợ lại tái diễn cảnh hỗn loạn và vô trật tự của thời Cách Mạng Pháp và sự đàn áp Giáo Hội. Họ cũng mạnh mẽ chống đối tự do lương tâm, tự do báo chí, và tự do giáo dục vì không muốn các ý tưởng và lạc thuyết lại được coi ngang hàng với chân lý. Những người Công Giáo bảo thủ hoặc “toàn bộ” (integralist) muốn duy trì sự liên minh giữa Giáo Hội và nhà nước để chỉ có chân lý Công Giáo là được chính phủ bảo vệ và duy trì. Một thị trường tự do mà trong đó chân lý ngang bằng với sự lầm lạc thì không có gì hấp dẫn đối với họ.
Lúc đầu, chỉ có một vài người Công Giáo hỗ trợ chủ nghĩa tự do chính trị, vì nó quá khác biệt với kiểu cách xã hội đã từng tiến hành trong bao thế kỷ. Năm 1830, vị linh mục Pháp là Felicite de Lamenais (1782-1854) bắt đầu ủng hộ các quyền tự do chính trị như một cách để giải thoát Giáo Hội Công Giáo khỏi sự ràng buộc chính trị và để giúp giáo hội có thể theo đuổi các sứ vụ thiêng liêng. Tuy nhiên, Lamenais là ngôn sứ đi trước thời đại. Khi người đến Rôma để tìm sự hậu thuẫn cho lập trường của mình, Ðức Giáo Hoàng Grêgôriô XVI (làm giáo hoàng từ 1831 đến 1846), thay vì ủng hộ đã lên án chủ nghĩa tự do chính trị trong sắc lệnh Mirari Vos (1832). Theo quan điểm của đức giáo hoàng, chủ nghĩa tự do có liên quan với triết thuyết hoài nghi thời Khai Sáng, và người đã từng gặp khó khăn với các cuộc cách mạng chính trị tự do ngay ở quốc gia Vatican.
Trong khoảng 1830, ở Âu Châu (Bỉ) và Nam Mỹ, nhiều cuộc cách mạng thành công đã tạo lập được các chính thể hợp hiến, do đó khi Ðức Piô IX (1814-78) lên ngôi giáo hoàng năm 1846, người có khuynh hướng thuận lợi với các lực lượng hỗ trợ sự tự do chính trị. Một số người Công Giáo và các nhà cầm quyền thế tục đã bàng hoàng khi thấy một người theo chủ nghĩa tự do lên ngôi giáo hoàng. Tuy nhiên, khi một số lực lượng cách mạng giết vị tổng giám mục ở Balê, và một số khác ép buộc vị tân giáo hoàng phải ra khỏi nước Ý sau khi được đắc cử, Ðức Giáo Hoàng Piô IX tin rằng chủ nghĩa tự do chính trị thì nguy hiểm đối với Giáo Hội và xã hội, và người giữ lập trường cứng rắn chống đối chủ nghĩa này. Khi lực lượng Pháp giúp Ðức Giáo Hoàng Piô IX trở về Rôma năm 1850, người phải trường kỳ tranh đấu với các lực lượng hỗ trợ các chính thể hợp hiến và các quyền tự do chính trị. Chính sau một hành động quân sự mà Ðức Giáo Hoàng Piô IX đã mất chủ quyền của Vatican vào năm 1870, đồng thời cũng chấm dứt một giai đoạn lâu dài mà Giáo Hội Công Giáo được coi như một lực lượng chính trị ở Âu Châu.
Ðiều được coi là thảm kịch dưới ánh mắt của đức giáo hoàng và nhiều người Công Giáo -- mất chủ quyền Vatican và các chính thể hợp hiến tự do ngày càng gia tăng -- thì điều đó lại trở nên một phúc lành và một cơ hội cho Giáo Hội Công Giáo. Như Cha Lamenais đã tiên đoán, khi liên minh chính trị giữa Giáo Hội và nhà nước chấm dứt, Giáo Hội Công Giáo có thể tập trung vào sứ vụ thiêng liêng một cách rõ rệt hơn. Trong thế kỷ mười chín, trên toàn Âu Châu, Giáo Hội Công Giáo đã mất đi hàng ngàn mẫu đất và biết bao đan viện cũng như cơ sở qua phong trào tục hóa (chính phủ tiếp thu) tài sản của Giáo Hội. Hệ thống chính thể mới, một cách tổng quát, đã đưa đến một Giáo Hội Công Giáo nghèo hơn về tài chánh và ít uy thế về chính trị. Tuy nhiên, thay vì tiêu diệt Giáo Hội, điều này lại giúp Giáo Hội Công Giáo hướng về sứ vụ và thẩm quyền thiêng liêng của mình.